PubMed数据库实习指导
学号姓名专业
注意事项：作业请另存为文件名为专业+姓名+班级的格式
一、基本检索
（一）检索骨折（fracture）的外科手术疗法（surgery）的近二年英文或者法文免费综述
检索式：
（二）词组检索：检索慢性胃炎相关文献
提示：在词组前后加双引号
检索式：
（三）字段限制检索：检索作者Josh William Smith发表的论文标题中含癌症治疗方面的文献。
提示：“smith jw”[au] AND CANCER[TI] AND (THERAPY[TI] OR TREATMENT[TI])
二、主题词检索
1．检索感冒诊断的相关文献
检索式：
2．检索胃炎防治方面的文献
检索式：
三、Single Citation Matcher检索
查找刊登在Magy Onkol上2006年50卷3期237-41页上的文章全文并写出题名
提示：点击左栏Single Citation Matcher
四、Journals Database检索
查出下列刊名的全称或缩写
提示：点击左栏Journals Database，在输入框中输入要查找的刊名，点击GO N Engl J Med →
International Journal of Cancer→
PubMed使用手册 【基本查询方法】 ?一个检索词： 一个单词：在文本框中输入检索词，按GO查询。 含两个单词以上的检索词：需要加双引号，注意是英文输入状态下的双引号。 如："ultrasonic diagnosis"是正确的，“ultrasonic diagnosis” 是错误的 ?两个以上的检索词：可使用AND、OR 连接各检索词。 如："three dimensional ultrasound" AND thyroid ?可以在“limit”菜单下限制文献出版的时间、语种等等。 【完全手册】 PubMed 系统的主要特点 1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping） 在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。 （1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘
词）进行检索。例如：键入"Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。 （2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE 形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为"MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。如：在检索提问框中键入："new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med [Journal Name]"后进行检索。 （3）短语表（Phrase list）。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短词表。 （4）著者索引（Author Index）。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用AND）在全部字段中检索。如："single cell"，系统就会自动将其分成两个词："single"和"cell"检索，其检索表达式为："single AND cell"。要查验检索词的转换情况，可点击"Details"键。 2.截词检索功能
常用免费外文全文数据库 1.SpringerLINK数据库 德国施普林格(Springer-Verlag)是世界上著名的科技出版集团, 通过SpringerLink系统提供其学术期刊及电子图书的在线服务。2002年7月开始，Springer公司和EBSCO/Metapress 公司在国内开通了SpringerLink服务。 访问方式：镜像服务器(本校读者无需登录)、国外站点（用户需登录出国并自付国际网络通信费）。 访问权限：校园网IP地址范围。 访问全文：(PDF格式)需要使用Acrobat Reader软件，如需安装，可由此下载Acrobat Reader。 2.EBSCOhost数据库 EBSCO公司通过国际专线提供检索服务，校园网的用户检索、下载无需支付国际网络通信费。采用IP控制访问权限，不需要帐号和口令。 3.WorldSciNet数据库 WorldSciNet为新加坡世界科学出版社(World Scientific Publishing Co.)电子期刊发行网站，该出版社委托EBSCO / MetaPress 公司在清华大学图书馆建立了世界科学出版社全文电子期刊镜像站. 4.Ptics Express Optics Express由美国光学学会创办，刊登光学技术领域方面的报告和新进展。提供1997年创刊以来的全部文献，以平均49天一期的速度出版，并支持彩色图像和多媒体文件。 网站地址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/ 创建者：Optical Society 0f America 5.New Journal 0f Physics New Journal 0fPhysics由英国皇家物理学会和德国物理学会出版，提供1998年创刊以来的全部文献。所有用户可免费获取电子版文章。 网站地址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html, 创建者：Institute of Physics & German Physical Society 6.The Journal of Machine Learning Research The Journal of Machine Learning Research由麻省理工学院出版，是机械研究领域的优质学术性论文的平台，用户可下载2000年创刊以来的全部文章。 网站地址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/ 创建者：MIT Press 7.Journal of Insect Science Journal of Insect Science由亚利桑那大学图书馆创办。它收集整理网上发布的有关昆虫生物学和节枝动物生态学的论文。可下载从2001年创刊至今的全部文献。 网站地址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/ 创建者：Library of the University of Arizona 8.Geometry & Topology GTP：Geometry＆Topology Publication是英国沃里克大学的数学系建立的，GT是国际化的数学类在线期刊，内容涉及几何学、拓扑学及其应用等领域。提供如下三种期刊的所有文献：Geometry＆Topology(1997年创刊至今)，Geometry＆Topology Monographs(1998年
PubMed简介及使用说明 壹、简介 PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技资讯中心(NCBI)所制作之生物医学相关文献的书目索引摘要型资料库，目前收录1950年以来约1400多万笔生物医学相关书目资料，并提供部分免费及付费全文连结服务，需要收费的全文，读者可自行与出版社接洽。 较之于MEDLINE资料以生物医学、生命科学、生化学、行为科学为主，PubMed 资料库范围更涵盖了如下内容： 1. 对于超出学科范围(如：资讯科学、航太科学) 的特定生命科学、医学、化学相 关之期刊文章都会收录于本资料库中； 2. 收录即将出版的医学论文； 3. 已由NLM审核通过并已由PubMed Central典藏的全文文献亦收录之。 美国国家生技资讯中心(NCBI)制作了一系列的生物医学资料库如下： 1.PubMed：生物医学文献书目索引摘要资料库。 2.Nucleotide：包含GenBank、RefSeq、PDB资料库中的人类基因序列资料。 3.Protein：整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq资料库中 的资料，并可参照Taxonomy资料库，了解特定种类的蛋白质的在资料库中分类状况的相关说明。 4.Structure：分子构造资料库。 5.Genome：基因组合序列资料库。 6.PopSet：可查询某族群的基因序列，了解该族群演进之相关资料。 7.OMIM：遗传学资料库。 8.Taxonomy：在NCBI基因资料库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状 况之相关说明。 9.Books：收录C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、Modern Genetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本书。 10. ProbeSet：以检索的方式使用基因学诠释文献资料库。 11. 3D Domains：以3D方式呈现细胞结构。 贰、连线方式 直接连至网址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/sites/entrez?holding=itwcathlib_fft_ndi ，即可使用已设定国泰医图Link-Out的PubMed资料库。
新版Pubmed检索攻略 ——日读一帖，解螺旋大V团队伴你科研路 【科研热点】让你时间比别人花的少、知道的比他早！【基金专栏】国自然等各项基金独到经验见解【SCI 专栏】从开始到接收全程tips【实验技能】这么棒快告诉你老板！关注我们，为您的科研路提速 第一章PubMed概述 笔者最近接到很多同学的微信，说希望看到pubmed的搜索教程，然后就在网上进行了检索，发现网上的教程都是老版的pubmed，比如还有limit按钮等等，其实pubmed改版之后已经变得更加简洁，就行百度搜索框一样，只有一个框和go。而以前的5个功能按钮早早已经删除，在你搜索结果中才可以显示，在我们搜索的左侧。那么下面我们就开始学习学习pubmed的搜索技巧吧！ 我看到很多人用了几年的PubMed，还是只知道在检索框里输入一个关键字，然后按一下'Go'按钮这样一种单一原始的检索方式。虽然有一半左右的情况，这样的操作就足以得到令人满意的信息，但对于另一半情况，就没有那么幸运了，要么你真正所需的信息湮没在大量纷繁芜杂的'无用'信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。 令人费解的是，很多医务工作者宁可在每次检索时都花
上成倍的时间，却不愿花上几个小时的时间去认真研究PubMed。'君欲善其事，必先利其器'，PubMed就好像一 把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把这把枪的功能发挥到及至。 在以后的章节中，我们将逐步深入地了解PubMed，相信通过这些章节的学习，我们可以真正熟练掌握PubMed，从而使自己的工作事半功倍。 第二章PUBMED简单检索技巧 一．在这一章里，我们将对如何应用PUBMED这一得力助手检索文献，作以简单介绍。 1．直接检索。当你打开浏览器，在地址栏内键入 https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/PubMed/ 或是百度pubmed，就进入了PUBMED检索系统主页。在靠近页面上部的地方，首先映入我们眼帘的，即是供我们输入所需查询内容的检索框。这就是改版之后的pubmed，是不是非常简洁？在检索框中输入查询词，然后单击'go'按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。在检索框前面，你还可以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库以外，可供选择的还有：PROTEIN、STRUCTURE、POPSET等等。 说到这里，很多人可能以为只需傻瓜式的输入几个字符
PubMed完全攻略 第一章进入PubMed魔法学校--PubMed概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed 的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？ PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed挂钩的出版商会自动向PubMed提供最新的文献摘要，而往往在这个时候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要好几个月的时间，但借助于PubMed，我们仍旧可以随时掌握最新的动向，从而大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过PubMed提供文献的全文，有时甚至是免费的，这样，我们就可以在PubMed上真正享受"坐拥书城"的感觉了（关于如何获取全文将在以后的章节中详述）。 进入PubMed的主界面后，首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和功能键（如下图）。
常用外文数据库介绍 SpringerLINK数据库 德国施普林格(Springer-Verlag)是世界上著名的科技出版集团, 通过SpringerLink系统提供其学术期刊及电子图书的在线服务。2002年7月开始，Springer公司和EBSCO/Metapress公司在国内开通了SpringerLink服务。 访问方式：镜像服务器(本校读者无需登录)、国外站点（用户需登录出国并自付国际网络通信费）。 访问权限：校园网IP地址范围。 访问全文：(PDF格式)需要使用Acrobat Reader软件，如需安装，可由此下载Acrobat Reader。 EBSCOhost数据库 EBSCO公司通过国际专线提供检索服务，校园网的用户检索、下载无需支付国际网络通信费。采用IP控制访问权限，不需要帐号和口令。 WorldSciNet数据库 WorldSciNet为新加坡世界科学出版社(World Scientific Publishing Co.)电子期刊发行网站，该出版社委托EBSCO / MetaPress 公司在清华大学图书馆建立了世界科学出版社全文电子期刊镜像站. Ptics Express Optics Express由美国光学学会创办，刊登光学技术领域方面的报告和新进展。提供1997年创刊以来的全部文献，以平均49天一期的速度出版，并支持彩色图像和多媒体文件。 网站地址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/ 创建者：Optical Society 0f America New Journal 0f Physics New Journal 0fPhysics由英国皇家物理学会和德国物理学会出版，提供1998年创刊以来的全部文献。所有用户可免费获取电子版文章。 网站地址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html, 创建者：Institute of Physics & German Physical Society
近年来，利用计算机进行文献检索已逐步代替传统的手工检索，随着Internet的普及，我们可以随时随地通过国际互联网来检索获得免费的医学文献，这是一条文献检索新捷径[1]，特别是进行MEDLINE检索，既简单又实用[2]。现在有多个机构提供免费的网上MEDLINE检索服务，其中由美国国立医学图书馆（NLM）所属的国家生物技术信息中心（NCBI）建立的PubMed数据更新快[3]，检索系统完善，深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。由于PubMed检索系统在不断完善和加强，要快速、全面、准确地在近4千种医学期刊、1千1百万条数据中检索出符合自己要求的资料[4]，并不容易。下面介绍最新版本（2000年9月版）的PubMed使用方法。 1. 进入PubMed 在浏览器的地址栏内输入Pubmed的网址：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/PubMed/后按回车键，就进入PubMed的主页，开始检索。 2. 普通检索 在检索式提问框中输入一个或更多的词（例如：vitamin c common cold），然后按回车键或用鼠标点击"Go"按钮，PubMed就会利用"自动词语匹配"功能将重要的词或词组用"AND"组合在一起进行检索（见图1）。输入的词可以是自由词、主题词、或其他指定字段。由于主题词检索的文献更全面、更准确，应尽量使用主题词/副主题词检索。对于某些新的技术词汇、新药、新方法、新疾病等，还没有相应的主题词时，应该用自由词检索。 3. 高级检索 使用逻辑词AND, OR, NOT（例如：vitamin c OR zinc）、指定文献记录字段名称检索、使用医学主题词（MeSH）/副主题词组配格式检索，如neoplasms/diet therapy［mh］。不久返回检索结果，检索提问框仍出现在页面顶端，并显示您刚才输入的检索词。您可以在提问框内、点击"Details"或"Limits"按钮再修改检索词。 3.1 PubMed检索规则和语法 ①布尔运算符AND，OR，NOT必须大写，例如，vitamin c OR zinc； ②PubMed从左至右进行布尔运算。不过，你可以通过加圆括符改变运算顺
Papers 帮助
从事科研工作的人，很多时间是花在看文献上。文献有不同的来源、不同的主题、对自己科研工作的贡献也不一样。我们经常遇到的问题是，似乎记得曾经下载了某一篇文献，等到要用的时候怎么也想不起放到哪了 在Mac电脑上有一个极富特点的文献管理软件Papers，把文献有关的各项活动流畅的组织在一起。 主要功能包括包文献导入、组织、阅读（注释）、自动匹配参考条目、搜索、在文档中插入引用、评点交流等。 今天抽点时间介绍一下如何导入文献，并进行参考条目匹配。 Papers2支持多种文件格式，如pdf，word、txt等，导入的方式是一样的。 以最常见的pdf文件为例，假设你已经下载了一篇论文或多篇论文，有了相应的pdf文件。 最简单的方式是把文件向papers图标上拖放即可。 或者打开Papers ，选择菜单项File--Import--Pdf Files, 注意你可以一次导入一篇，也可以选取所在目录下的所有文献。
完成后就可以看到该文献已经加入到papers 文献库中。 该文献的条目一般是根据文件名创建的，我们更希望得到是如论文题目、刊物名称、年、卷、期等这些的引文信息。这些在过去经常需要自己敲进去，或者从数据库下载参考信息再导进来。 Papers强大之处在于，它可以自动查找相关的引用信息。当然前提是联网
这一功能称为“match”.如何 Match？ 在刚导入的文献上条目上点右键，出现右键菜单，其中一项是“Match to repository”,就是它了 然后进入match界面，Papers可以从许多数据库查找引文信息，例如Google scholar, google books, pubmed,airXiv等。搜索依据可以是 Doi，标题、作者，...
Pubmed与MEDLINE的区别 专业：医学信息工程 姓名：黄彦东 学号：112524031 MEDLINE是一个数据库，是美国国立医学图书馆（The National Library of Medicine，NLM）生产的国际性综合生物医学信息书目数据库，是当前国际上最权威的生物医学文献数据库。内容包括美国《医学索引》（Index Medicus，IM）的全部内容和《牙科文献索引》（Index to Dental Literature）、《国际护理索引》（International Nursing Index）的部分内容，涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域。MEDLINE收录1966年以来世界70多个国家和地区出版的3400余种生物医学期刊的文献，近960万条记录。目前每年递增30-35万条记录，以题录和文摘形式进行报道，其中75%是英文文献，70%-80%文献有英文文摘。 PubMed是一个免费的搜索引擎，是NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）于2000年4月开发的，基于WEB的生物医学信息检索系统（https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/pubmed/），提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher 等，数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据库链接。其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康
学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援，像是生化学与细胞生物学。PubMed的资讯并不包括期刊论文的全文，但可能提供指向全文提供者（付费或免费）的连结。 Pubmed与MEDLINE的异同比较 （1）文献的收录范围 MEDLINE是PubMed系统的最大组成部分。PubMed收录范围包括：①MEDLINE联机数据库；②PREMEDLINE数据库。PREMEDLINE收录那些进入MEDLINE数据库之前正在进行标引处理中的文献记录。这些文献在MEDLINE联机数据库中检索不到；③由出版商直接提供给PubMed 的文献。出版商提供给PubMed的文献，一些在后来进入了MEDLINE 数据库，而另外一些不MEDLINE数据库收录的文献则作为由出版商提供的记录被永久保留在PubMed数据库；④MEDLINE选择性收录期刊中的非生物医学文章和MEDLINE收录时间范围以外的文章；⑤来自于OLDMEDLINE数据库中的一些没有更新主题词的文献记录。与MEDLINE 联机数据库相比，PubMed收录的文献量大、类型全、专业范围广。（2）数据库的更新速度 MEDLINE联机数据库为周更新，而PubMed数据库每天接受来自于PREMEDLINE数据库中的新纪录，出版商则直接将期刊中的文章以电子版的形式提供给PubMed上网运行。所以，PubMed数据库更新速度快、文章新。 （3）检索机制
PubMed数据库与Embase数据库的比较 PubMed是一个免费的搜索引擎，是NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）于2000年4月开发的，基于WEB的生物医学信息检索系统，它面向全世界免费提供最新的生物医学信息。每周5天更新数据，检索功能完善，使用方便。整合在NCBI的统一检索平台Entrez 上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索。PubMed 收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据，绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年。累积了1900多万条文献记录，部分文献可直接获取全文，包括：PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库、开放获取(Open Access，OA)期刊、部分出版商提供的免费文献，与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为[Epub ahead of print](先于印刷版期刊发表的电子文献)或Epub。MEDLINE——自1949年至今数据1400万余条，内容每周更新一次，内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和前临床科学等。In Process Citations ——1996年8月开始增加该数据库，只提供基本的引文信息和文摘，每天更新，经过标引以后进入MEDLINE，并从PreMEDLINE 中删除这些记录。Publisher Supplied Citation——接受出版商提供的文献数据，这种数据带有[MEDLINErecord in process]的说明。 Embase数据库全称Exceerpta Medica Database,由荷兰爱思唯尔公司出版，是印刷型检索工具Exceerpta Medica的电子版，也是最重要的生命科学文献书目型数据库之一。Embase收录从1974年以
医学信息检索练习题 主编：华北煤炭医学院医学信息检索教研室 第四章常用外文数据库 一、填空题 1．PubMed数据库中，Clipboard中的记录，可以保存_____小时 2．医学主题词表是______________________研制开发的。 3．MEDLINE的回溯期是_____年，它是一个型生物医学文献数据库。4．PubMed的检索原理中最主要的是。5．辨认题录，Feldman, DE; Spiess, C; Howard, DE; Frydman, J. Tumorigenic mutations in VHL disrupt folding in vivo by interfering with chaperonin binding. Molecular Cell. 2003;12(5):1213–1224. 该题录的期刊名称是。 二、判断题： （）1. OVID检索平台除提供MEDLINE数据库和期刊全文数据库的检索外，还能提供循证医学数据库的检索。 （）2. 在PubMed数据库中可以看到免费全文，因此，PubMed数据库是一个全文型数据库。 （）3. 在"MEDLINE with full text"数据库中，只能检索到文献的全文，不能看到文献的摘要。 （）4. PubMed Central（PMC）是NSTL研制开发的一个免费电子期刊全文数据库。 三、选择题 1. 在PubMed数据库中检索时，三个逻辑运算符在同一检索式中同时出现，其优先运算 顺序为 a. or>and>not b. 按照输入顺序运算 c. and>or>not d. not>and>or 2. 在PubMed数据库中检索期刊，可以输入期刊的 a. 刊名全称 b. 刊名的规范缩写 c. ISSN d. CN
PubMed中文使用手册 （一）PubMed简介： PubMed是美医学图书馆(NLM)下属的生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。 PubMed是NCBI Entrez数个数据库查询系统下中的一个。 PubMed是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。 PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。 PubMed提供与综合分子生物学数据库的与接入服务，这个数据库归NCBI 所有，其容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
（二）页面介绍:（更新很快，但其容变化一般不大） 在你的浏览器中的URL地址框中健 入https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/pubmed/ 并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。如图： 1. 主页面左侧框的介绍（注：Cubby和tutorial为最新加 入的） MeSh Browser你可以用它来分层浏览MesH表 Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的容。
Batch Citation Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个围：治疗、诊断、病原学与预后。 Old PubMed(使用以前的PubMed查询方式) 关于每一项的具体使用方法,后面将会有详细介绍。 Related Resources Order Documents提供一种收费性质服务，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝（费用与发送方式各不相同）。 Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。 Consumer Health提供与MEDLINE plus的，MEDLINE plus是与消费者健康信息相关的医学图书馆的网络节点。 Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。 2.主页面底部的介绍 Disclaimer 在这里可以得到的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。 Write to the Help Desk发e-mail给NLM消费者服务部。 NCBI|NLM|NIH这里是对创建和维护PubMed的机构网页。 下面将举例说明查询的主体部分，也就是页面上部的使用方法。
pubmed数据库的使用方法 本文以 pubmed中的一篇文章 Inhibition of Notch pathway attenuates the progression of human immunodeficiency virus-associated nephropathy. 为例来说明pubmed数据库的使用方法。 在pubmed中检索到该篇文章后，网址是 https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/pubmed/23389453 在页面左侧稍微靠上的地方，显示有该文章所属的期刊名字，如下图所示： 上图中棕色横线标注处显示的就是收录该文章的期刊的名字（是缩写），鼠标移动到该缩写的期刊名字上后，会弹出提示框显示该期刊的全名。棕色横线标注处同行的后边是这篇文章在该期刊中是哪一年的哪一期以及该文章的doi编号等信息。双击棕色横线标注处的链接，将可以查看该期刊的更多详细信息。 页面的右上角有时候会显示出该篇文章的全文获取链接，如下图所示:
在上图的棕色横线标注处，有时可以看到一个矩形的图标，那就是该篇文献的全文下载链接。点击该链接将来到收录该文章全文的期刊或者数据库的该篇文章的网络下载页面，例如该篇文献的网络下载页面如下图所示：
上图红色链接标注处出现了一个登陆框，要求进行登陆，这表明你没有下载该篇文献的权限。上图中绿色横线标注处是当你有此篇文献下载权限时，点击下载文献全文的位置。没有该篇文献全文下载权限的话，是无法下载到此文献的，如果您是通过seek68数字图书馆提供的pubmed入口来到此页面，则有很大机会直接就具有该篇文献的下载权限，如下图所示：
网上文献检索：PubMed的使用方法 引自康复之路https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/ 1. 进入PubMed (2) 2. 普通检索 (2) 3. 高级检索 (2) 3.1 PubMed检索规则和语法 (2) 3.2. PubMed的检索语法 (3) 3.3 作者姓名检索 (3) 3.4 期刊名检索 (3) 3.5 截词检索 (3) 3.6 检索细节 (4) 4. 限定检索（Limits） (4) 4.1 字段选择 (4) 4.2必须有摘要的文献（Only Items with Abstracts ） (4) 4.3 出版形式（Publication Types） (4) 4.4 出版语种（Languages ） (4) 4.5 年龄（Ages ） (4) 4.6 性别（Gender） (5) 4.7 人或动物（Human or Animal） (5) 4.8 子项（Subsets ） (5) 4.9 文献进入MEDLINE的时间 (5) 5. 利用预览/索引（Preview/Index）检索 (5) 6. 利用历史记录（History）检索 (6) 7. 利用剪贴板（Clipboard）检索 (6) 8. 检索结果的处理 (6) 8.1 显示（Displaying） (6) 8.2 显示形式 (6) 8.3 纯文本形式（Text） (7) 8.4 每页显示文献数（Show） (7) 8.5 保存（Saving） (7) 8.6 链接（Links） (7) 9. PubMed的其他服务 (8) 9.1 期刊浏览器（Journal Browser） (8) 9.2 MeSH词浏览器 (8) 9.3 临床咨询（Clinical Queries） (8) 9.4 储存室（Cubby） (8) 9.5 单条件和多条件匹配器（Single Citation Matcher，Batch Citation Matcher） (8) 附录tag说明 (9)
外文数据库PubMed检索实习题 PubMed网址为：https://www.doczj.com/doc/089528969.html,/pubmed 要求： 1、请新建一个文档，以“班级-学号-姓名”格式命名保存。将答案 做在新建的文档里，标清楚题号。 2、完成后在第二周周一下午4点前由班长或学委统一打包压缩（文件名称为所在班级名称） 发送至397039098@https://www.doczj.com/doc/089528969.html,。 3、每题要求写出检索途径、检索式、检索的篇数，以及其中一篇相关文献的题录信息。 1、检索近5年来发表在BMJ杂志上的有关乳腺癌（breast cancer）方面的文献。 2、检索SARS(severe acute respiratory syndrome)流行病学（epidemiology）方面的文 献。 3、检索期刊J Allergy Clin Immunol近五年来收录的综述文献。 4、检索作者Bishop B.近5年来发表在J Biol Chem.期刊上的文献。请写出检索步骤。 5、检索1990年以来有关艾滋病（AIDS）方面的文献。 6、检索有关肺癌（lung cancer）与吸烟(smoke)的关系方面的文献。 1．检索途径：Text Word Publication Date Journal 检索式：((breast cancer[Text Word]) AND "2006"[Publication Date] : "2010"[Publication Date]) AND "BMJ "[Journal] 检索的篇数：Results: 1 to 20 of 75 相关文献的题录信息：Fall in breast density is linked with lower risk of breast cancer, studies say. Tanne JH. BMJ. 2010 Apr 27;340:c2285. doi: 10.1136/bmj.c2285. No abstract available. PMID: 20423970 [PubMed - in process]Related citations 2．检索途径：Title ALL FIELDS 检索式：(severe acute respiratory syndrome[Title]) AND epidemiology 检索的篇数：Results: 1 to 20 of 656
PubMed使用指南 PubMed简介 PubMed是美国国家医学图书馆(NLM) 所属的国家生物技术信息中心(NCBI) 开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。该系统通过网络途径免费提供包括MEDLINE在内的自1950年以来全世界70多个国家4300多种主要生物医学文献的书目索引和摘要，并提供部分免费和付费全文链接服务。 PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。 PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。 PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE 是一个拥有1亿字条以上的巨大数据库。 PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。 PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。PubMed使用指南 1，PubMed使用指南之：如何获取PubMed全文？ 当很多人开始了解PubMed，并且逐渐得心应手的时候，都会面临一个棘手的问题，即如何获取全文？的确，PubMed真正向公众（public）免费开放的只是摘要部分，而绝大部分文章都没有全文提供。其实，只要我们掌握一些技巧，还是有可能获得一些文章的全文的。 一、PubMed PubMed上约有5％的文献是可以免费看到全文的，通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text的小标记（）。你只要点击这个图标，系统就自动链接入该文献的全文。但有两点值得注意的是，第一，很多时候，这个图标在PubMed处于显示简要（summary)状态下并不出现，而只有在选择显示摘要（abstract)时才出现。因此，如果你不只是泛泛浏览，而希望看到全文的话，我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要（abstract)状态。第二，有些时候，小图标上仅标着Full Text，而并没有Free字样，但仍然可以链接入全文，你不妨试一试（）。 二、免费提供全文的期刊 有些期刊就提供全文免费检索。比如著名的美国Science(科学）杂志。 方法如下： （1）先登录Science网址:https://www.doczj.com/doc/089528969.html, 。注意，不是https://www.doczj.com/doc/089528969.html,,否则你得不到全文。 （2）点击中间那个SEARCH按钮，就进入查询页了。你可以选择简单检索还是复杂检索。（3）输入您要找的关键词（不一定是MESH标准主题词），再点击search就可以了。（4）找出文章后，点击标题后的Full Text，就可以浏览原文了。 除了Science，其他一些期刊如美国科学院院报（PNAS)，Genetics等都可以在网上获取全文，甚至能够下载文献的pdf格式，这样就和真正在期刊上的排版形式一模一样了。一般而言，那些相应期刊的网址是以org为域名的，往往提供免费的全文。例如上面提到的两家期刊的
PubMed 检索系统 PubMed 检索系统 PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆 （U.S.National Library of Medicine）最重要的书目文摘数据库，内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊，现有书目文摘条目1000万余条，时间起自1966年。 PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。 PubMed还通过电子通讯方式接受出版商提供的文献条目数据，这种条目带有[MEDLINE record in process]的说明，并标有[Record as supplied by publisher]的标识。这种条目每天都在不停地向PreMEDLINE数据库中传送，但其中有些条目由于超出了MEDLARS数据库的收录范围，将永远不会被PreMEDLINE或MEDLINE条目所取代，例如在综合性的科学杂志（Science或Nature）上发表的地理学文章等。 PubMed 系统的主要特点 PubMed 检索 Details 键的用法 存储检索策略--URL 键的用法 特征栏（Feature Bar）介绍 检索结果的显示、存盘、打印 PubMed 详解 PubMed 系统的主要特点 1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping）在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。 （1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘词）进行检索。例如：键入“Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。 （2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[Journal
一、外文数据库预算：约4.5万/年。 参数：收录外文生物医学期刊共10000种以上，数据库每日更新与美国pubmed 同步。数据库使用不限并发数，同时在线使用人数不限制，不限使用量。 使用方式外网访问，支持电脑端和手机端。全文保证率95%以上，其他详细参数如下： （1）检索平台收录学科（专业领域）不少于120个，收录各学科期刊总数不少于20000种，数据库可检索到最新的电子优先（Epub ahead of print）文献，也可检索到上世纪六十年代以来的文献，文献量不少于2400万篇。且合同年度内不限量。（2）检索平台能同时在手机端及电脑端检索使用，并且两种检索一致。另外能够提供丰富的检索模式，包括自由词检索、主题词检索、高级检索、联想检索、二次检索、临床查询检索、字段限定检索、逻辑组合检索等，并能在检索结果中揭示与临床相关的循证医学文献，并能方便的查看系统综述、荟萃分析、随机对照试验、F1000等文献；（3）检索平台能够提供投稿指南功能，用户可以根据拟投稿论文的内容（即关键词）选择最佳的拟投稿期刊，也可以按科目浏览和选择期刊，并能提供最佳拟投稿期刊的官方网站以及投稿须知等。（4）数据库能够提供强大的数据分析功能，至少包括高IF论文分析、高TC论文分析以及统计分析（作者、期刊、年份、国家）等；数据库并能提供多方位的过滤分析功能，至少包括影响因子（IF）过滤、文献被引用次数（TC）过滤及分区过滤等；并可以在检索结果界面查看部分文献的参考文献和被引文献列表。（5）数据库能够提供指纹共词矩阵分析功能，对反映文献主题内容的主题词的共现频次进行统计分析，揭示文献内在联系、研究热点和科学结构，并可以将各组共献主题词随时间的演进显示出来。（6）数据库能够提供文献管理功能，能对读者个人申请的文献在系统中进行保存和分类，最大保存数量不少于10000篇，最大文件夹数不少于100个。（7）提供循证医学临床参考数据库，具备专业的PICO检索以及自由词检索，提供简洁而准确的TBL，并可自动过滤或屏蔽DOEs文献以及学术不端或有问题的文献等。（8）提供平台内嵌文献管理工具，不需要将文献发送到邮箱接收。 付款方式：正式签合同使用后付款50%，使用半年后付款50%。