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序列分析DNAMAN极简使用方法

序列分析DNAMAN极简使用方法
序列分析DNAMAN极简使用方法

水天2014.11.3编辑

DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学综合应用软件,可以用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等,几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。

下面是软件界面截图的操作流程以及简单说明,其他的一些功能可以自己摸索,都比较简单。这个软件很容易找到汉化版,一般都没有功能限制,而且很好的一点就是可以保存所有的比对和分析结果!!有木有,这一点太赞了。

First.DNA

多序列比对

可以批量载入测序结果以及参考序列

在比对方式的选择上,一般选完全比对和快速比对,其他参数一般默认。其中完全比对只能同时比对一个方向的测序结果,如果正反向同时进入比对,反向会和正向从一边开始比对,当然就比对不上了。而快速比对可以正反向批量比对。生物分析软件DNAMAN 简单使用方法

2014年11月3日9:59

2.限制性酶切分析

限制性酶切分析需要首先载入目标序列

选择合适的酶文件以及想要看到的信息,下一步就OK了

我的示例序列的分析结果

频谱分析仪的使用方法

频谱分析仪的使用方法(第一页) 13MHz信号。一般情况下,可以用示波器判断13MHz电路信号的存在与否,以及信号的幅度是否正常,然而,却无法利用示波器确定13MHz电路信号的频率是否正常,用频率计可以确定13MHz电路信号的有无,以及信号的频率是否准确,但却无法用频率计判断信号的幅度是否正常。然而,使用频谱分析仪可迎刃而解,因为频谱分析仪既可检查信号的有无,又可判断信号的频率是否准确,还可以判断信号的幅度是否正常。同时它还可以判断信号,特别是VCO信号是否纯净。可见频谱分析仪在手机维修过程中是十分重要的。 另外,数字手机的接收机、发射机电路在待机状态下是间隙工作的,所以在待机状态下,频率计很难测到射频电路中的信号,对于这一点,应用频谱分析仪不难做到。 一、使用前须知 在使用频谱分析仪之前,有必要了解一下分贝(dB)和分贝毫瓦(dBm)的基本概念,下面作一简要介绍。 1.分贝(dB) 分贝是增益的一种电量单位,常用来表示放大器的放大能力、衰减量等,表示的是一个相对量,分贝对功率、电压、电流的定义如下: 分贝数:101g(dB) 分贝数=201g(dB) 分贝数=201g(dB) 例如:A功率比B功率大一倍,那么,101gA/B=10182’3dB,也就是说,A功率比B功率大3dB, 2.分贝毫瓦(dBm) 分贝毫瓦(dBm)是一个表示功率绝对值的单位,计算公式为: 分贝毫瓦=101g(dBm) 例如,如果发射功率为lmw,则按dBm进行折算后应为:101glmw/1mw=0dBm。如果发射功率为40mw,则10g40w/1mw--46dBm。 二、频谱分析仪介绍 生产频谱分析仪的厂家不多。我们通常所知的频谱分析仪有惠普(现在惠普的测试设备分离出来,为安捷伦)、马可尼、惠美以及国产的安泰信。相比之下,惠普的频谱分析仪性能最好,但其价格也相当可观,早期惠美的5010频谱分析仪比较便宜,国产的安泰5010频谱分析仪的功能与惠美的5010差不多,其价格却便宜得多。 下面以国产安泰5010频谱分析仪为例进行介绍。 1.性能特点 AT5010最低能测到2.24uv,即是-100dBm。一般示波器在lmv,频率计要在20mv以上,跟频谱仪比相差10000倍。如用频率计测频率时,有的频率点测量很难,有的频率点测最不准,频率数字显示不

频谱分析仪使用指南

Spectrum Analyzer Basics 频谱分析仪是通用的多功能测量仪器。例如:频谱分析仪可以对普通发射机进行多项测量,如频率、功率、失真、增益和噪声特性。 功能范围(Functional Areas ) 频谱分析仪的前面板控制分成几组,包含下列功能:频率扫描宽度和幅度(FREQUENCY,SPAN&LITUDE)键以及与此有关的软件菜单可设置频谱仪的三个基本功能。 仪器状态(INSTRUMENT STATE ):功能通常影响整个频谱仪的状态,而不仅是一个功能。 标记(MARKER)功能:根据频谱仪的显示迹线读出频率和幅度 提供信号分析的能力。 控制(CONTRIL)功能:允许调节频谱分析的带宽,扫描时间和 显示。 数字(DATA)键:允许变更激活功能的数值。 窗口(WINDOWS)键:打开窗口显示模式,允许窗口转换,控 制区域扫宽和区域位置。 基本功能(Fundamental Function) 频谱分析仪上有三种基本功能。通过设置中心频率,频率扫宽或者起始和终止频率,操作者可控制信号在频幕上的水平位置。信号的垂直位置由参考电平控制。一旦按下某个键,其

功能就变成了激活功能。与这些功能有关的量值可通过数据输入控制进行改变。 Sets the Center Frequency Adjusts the Span Peaks Signal Amplitude to 频率键(FREQUENCY) 按下频率( FREQUENCY)键,在频幕左侧显示CENTER 表示中心频率功能有效。中心频率(CENTERFREQ)软键标记发亮表示中心频率功能有效。激活功能框为荧屏上的长方形空间,其内部显示中心频率信息。出现在功能框中的数值可通过旋钮,步进键或数字/单位键改变。 频率扫宽键(SPAN) 按下频率扫宽 (SPAN)键, (SPAN)显示在活动功能框中,(SPAN)软键标记发亮,表明频率扫宽功能有效。频率扫宽的大小可通过旋钮,步进键或数字键/单位键改变。 幅度键(AMPLITUDE)按下 按下幅度键(AMPLITUDE)参考电平(REFLEVEL)0dbm显示在 激活功能框中,( REFLEVEL)软键标记发亮,表明参考电平功

临床微生物检测的基因同源性分析

临床微生物检测的基因同源性分析 医院感染的流行病学研究是临床微生物学工作者的重要课题,在医院感染监测的研究中,一个很重要的问题就是如何确定感染途径和传播途径,以采取有效预防和控制措施,从而防止医院感染或者暴发流行,因此对微生物鉴定和菌株同源性分析提出了更高的要求。 目前,传统的细菌鉴定和同源性分析技术已不能很好地满足医院感染诊断和流行病学调查的需要,从型、亚型、株,甚至分子水平上去认识细菌变得愈来愈重要了。近年来分子生物学的理论和技术在细菌感染诊断中的渗透和广泛应用,使得细菌鉴定、耐药基因的检测、分子流行病学调查变得更加准确、简洁和快速。细菌DNA同源性分析技术如脉冲场凝胶电泳、聚合酶链反应、DNA探针杂交以及序列分析等方法是目前在分子水平上分析细菌的主要手段,它在鉴定细菌感染的爆发、确定院内交叉感染、感染病原菌之间的基因同源性等方面有着重要的作用,本文将对常用基因同源性分析方法的机理和过程做简要综述。 一、质粒分型(Plasmid profile assay): 1、原理: 质粒是可移动的染色体外元件,可以自发丢失或者被宿主稳定地获得,因此流行病学上相关的分离菌株有可能表现出不同的质粒图谱。把质粒提取出来,进行常规的琼脂糖电泳分析,就可以知道分离菌株携带质粒的大小和数目。 2、实验过程:a.质粒抽提;b.0.8%琼脂糖电泳;c.EB染色、凝胶成像。 3、实验方法的评价: 优势: a.步骤比较简单,对实验仪器要求不高。 b.在评价那些从局限的时间和地点(如一个医院中的急性爆发)分离出来的菌株非常有效。 缺点: a.实验结果的重复性不好。 b.分辨力不高。 二、染色体DNA的限制性内切核酸酶分析 (Restriction Endonuclease Assay REA) 1、原理: 限制性内切核酸酶(REA)在特异的核酸识别序列切割DNA,DNA被消化后,所得到的限制性片段的数目和大小是由酶的识别位点和DNA的组成共同决定的。在传统的限制性内切核酸酶分析中,人们用含有相对多的限制性位点的内切核酸酶消化细菌的DNA,这样就会得到成百上千条长度在0.5-50Kb范围内的DNA 片段。恒定的电场琼脂糖电泳,可以根据分子质量的大小将这些DNA片段分开,然后通过EB染色并在紫外灯下观察其图谱。同一种的不同分离菌株的DNA序列的变异可造成限制性位点数目和分布的变化,所以可以导致其REA图谱出现差异。 2、实验流程:a.染色体DNA抽提;b.限制性内切酶消化DNA(主要是Hind III); c.0.7%琼脂糖电泳; d.EB 染色、凝胶成像。

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介 DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例,简单介绍其使用方法。 打开DNAMAN,可以看到如下界面: 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏: 第三栏为浏览器栏: 在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提供20 个Channel,(如左所示:)点击Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel 中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。 本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1.将待分析序列装入Channel (1)通过File Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。(2)通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。 2.以不同形式显示序列 通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:Sequence &Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列 3.DNA 序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对 话框,如下所示: 参数说明如下: Results 分析结果显示 其中包括: Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点) Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点) Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点) Target DNA (目标DNA 特性) circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化) all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析,如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个酶

运筹学课程设计指导书

运筹学课程设计指导书 一、课程设计目的 1、初步掌握运筹学知识在管理问题中应用的基本方法与步骤; 2、巩固和加深对所学运筹学理论知识及方法的理解与掌握; 3、锻炼从管理实践中发掘、提炼问题,分析问题,选择建立运筹学模型,利用模型求解问题,并对问题的解进行分析与评价的综合应用能力; 4、通过利用运筹学计算机软件求解模型的操作,掌握运筹学计算软件的基本操作方法,并了解计算机在运筹学中的应用; 二、课程设计内容与步骤 第一部分是基本实验,为必做部分;需要每位同学单独完成,并写出相应的实验报告。第二部分是提高部分,题目自选或自拟,锻炼综合应用运筹学知识及软件解决实际问题的能力;可以单独完成,也可以合作完成(最多3人一组),写出相应的报告。 1、基本实验在完成基本实验后,每位同学要按照实验要求完成实验报告,实验报告应包括问题描述、建模、上机求解、结果分析及答辩几方面。实验报告必须是打印稿(word文档等),手写稿无效。请大家按照要求认真完成实验报告,如果两份实验报告雷同,或相差很少,则两份实验报告均为0分,其它抄袭情况,将根据抄袭多少扣分。(约占总分的70%) 2、提高部分根据自己的兴趣或所查找的资料,从实际情况出发,自拟题目;在实验报告中,陈述问题,建立模型,求解,结果分析,此部分应着重突出自己的观点和想法。(此部分按照排名先后给分,约占总分的30%) 三、课程设计要求 1、实验目的 学会建立相应的运筹学模型 学会Excel、Lindo和WinQSB,QM for windows软件的基本使用方法 学会用Excel、Lindo和WinQSB,QM for windows软件得到问题的最优解 2、实验要求 分析问题、建立模型,并阐明建立模型的过程; 说明并显示软件使用和计算的详细过程与结果; 结果分析,将结果返回到实际问题进行分析、评价。 四、题目内容 (一)Excel规划求解基本实验 1、雅致家具厂生产4种小型家具,由于该四种家具具有不同的大小、形状、重量和风格,所以它们所需要的主要原料(木材和玻璃)、制作时间、最大销售量与利润均不相同。该厂每天可提供的木材、玻璃和工人劳动时间分别为600单位、1000单位与400小时,详细的数据资料见下表。问: (1)应如何安排这四种家具的日产量,使得该厂的日利润最大? (2)家具厂是否愿意出10元的加班费,让某工人加班1小时? (3)如果可提供的工人劳动时间变为398小时,该厂的日利润有何变化? (4)该厂应优先考虑购买何种资源?

DNAman使用说明

查看文章 DNAMAN使用说明书(中文) 2008年04月16日星期三下午10:50 DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例,简单介绍其使用方法。 打开DNAMAN,可以看到如下界面: 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏: 第三栏为浏览器栏: 在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提供20 个Channel,(如左所示:)点击Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel 中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。 本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1.将待分析序列装入Channel (1)通过File Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。(2)通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。 2.以不同形式显示序列 通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:Sequence &Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列 3.DNA 序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对 话框,如下所示: 参数说明如下: Results 分析结果显示 其中包括: Show summary(显示概要)Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点) Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点) Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点) Target DNA (目标DNA 特性) circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化) all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析,如

安立频谱仪使用说明

安立频谱仪介绍

安立频谱仪使用章程 频谱分析仪的正面图如下: 下面介绍这些按键的功能: 第三章按键功能 硬键 硬键是指在面板上用黑色和蓝色标注的按键,他们有着特殊的功能。功能硬键有四种,他们位于下端,而右端则有17个硬键,这17个硬键中有12个硬键有着双重的功能,这就要看当前所使用的模式而决定它们的功能了。 功能硬键 模式 按一下“MODE(模式)”键,然后用“UP/DOWN(上下)”键来选 择所要操作的模式,然后再按“ENTER(回车)”键来确认所选的模 式。 FREQ/SPAN (频率/频宽)

按一下“FREQ/SPAN(频率/频宽)”键后便会出现“CENTER(中心)、 FREQUENCY(频率)、SPAN(频宽)、START(开始频率)和STOP(截 至频率)的选项。我们可以通过相应的软键来选择相应的功能。AMPLITUDE (幅度) 按一下“AMPLITUDE(幅度)”键后便会出现“REFLEVEL(参考电平)、 SCALE(刻度)、ATTEN(衰减)、REF LEVEL OFFSET(参考电平偏移)、 和UNITS(单位)”选项,我们可以通过相应的软键来选择相应的功能。BW/SWEEP (带宽/扫描) 按一下“BW/SWEEP(带宽/扫描)”键后便会出现“RBW、VBW、 MAXHOLD(保持最大值)、A VERAGE(平均值)和DETECTION(检 测)”选项,我们可以通过相应的软键来选择相应的功能。KEYPAD HARD KEYS (面板上的硬键) 下面的这些按键是用黑色字体标注的 0~9 是当需要进行测量或修改数据时用来输入数据的。 +/- 这个键可以使被操作的数值的符号发生变化即正负变化。 . 入小数点。 ESCAPE CLEAR 这个键的功能是退出当前操作或清楚显示。如果您在进行参数修改时 按一下这个键,则该参数值只保存最后一次操作的有效值,如果再按 一次该键则关闭该参数的设置窗口。再正常的前向移动(就是进入下 层目录)中,按一下这个键则返回上层目录。如果在开该仪器的时候 一直按下该键则仪器将恢复出厂时的设置。 UP/DOWN ARROWS

DNA序列比对同源性分析图解BLAST

1、进入网页:https://www.doczj.com/doc/0215166904.html,/BLAST/ 2、点击Search for short, nearly exact matches 3、在search栏中输入引物系列: 注:文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’; 5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’ (1)输入方法可先输入上游引物,进行blast程序,同样方法在进行下游引物的blast程序。 这种方法叫繁琐,而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列,还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。

(2)简便的做法是同时输入上下游引物:有以下两种方法。输入上下游引物系列都从5’——3’。 A、输入上游引物空格输入下游引物 B、输入上游引物回车输入下游引物 4、在options for advanced blasting中: select from 栏通过菜单选择Homo sapiens Expect后面的数字改为10

5、在format中: select from 栏通过菜单选择Homo sapiens Expect后面的数字填上0 10

6、点击网页中最下面的“BLAST!” 7、出现新的网页,点击Format!

8、等待若干秒之后,出现results of BLAST的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。(1)图形格式: 图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40~50分 图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40~50分,而与下游引物不互补 图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分,而与上游引物不匹配 通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。

MATLAB与在运筹学中的应用

MATLAB与在运筹学中的应用 摘要:论文通过MATLAB在运筹学中的应用实例,探讨了MATLAB在运筹学中的应用方法和技巧,初步了解matlab中优化工具箱的使用。 关键字:MATLAB应用运筹学优化计算 引言 运筹学是近代应用数学的一个分支,主要是研究如何将生产、管理等事件中出现的运筹问题加以提炼,然后利用数学方法进行解决的学科。运筹学是应用数学和形式科学的跨领域研究,利用像是统计学、数学模型和算法等方法,去寻找复杂问题中的最佳或近似最佳的解答。运筹学经常用于解决现实生活中的复杂问题,特别是改善或优化现有系统的效率。运筹学中常用的运算工具有Matlab、Mathematica、Maple、SAS 、SPSS、Lindo/Lingo、GAMS、WinQSB、Excel、其他,如SQP、DPS、ORS、Visual Decision、Decision Explore、AIMMS、Crystal等。 Matlab是矩阵实验室(Matrix Laboratory)的简称,是美国MathWorks公司出品的商业数学软件,和Mathematica、Maple并称为三大数学软件。 用于算法开发、数据可视化、数据分析以及数值计算的高级技术计算语言和交互式环境,主要包括Matlab和Simulink两大部分。 主要应用于工程计算、控制设计、信号处理与通讯、图像处理、信号检测、金融建模设计与分析等领域。 将matlab用于运筹学的最优化运算可以很好的解决优化问题,而且matlab 还专门有优化工具箱,是处理优化问题更加方便。 一、例:0-1规划(《运筹学》80页例3-9) 求minZ=x1-3*x2+6*x3+2*x4-4*x5 6*x1+2*x2-x3+7*x4+x5<=12 约束条件 x1+4*x2+5*x3-x4+3*x5>=10 Xj=0或1,j=1,2,3,4

安捷伦glenB 频谱分析仪使用说明简介

Agilent E4402B ESA-E Series Spectrum Analyzer 使用方法简介 宁波之猫 2009-6-17

目录

1简介 Agilent ESA-E系列是能适应未来需要的Agilent中性能频谱分析仪解决方案。该系列在测量速度、动态范围、精度和功率分辨能力上,都为类似价位的产品建立了性能标准。它灵活的平台设计使研发、制造和现场服务工程师能自定义产品,以满足特定测试要求,和在需要时用新的特性升级产品。该产品

采用单键测量解决方案,并具有易于浏览的用户界面和高速测量的性能,使工程师能把较少的时间用于测试,而把更多的时间用在元件和产品的设计、制作和查错上。 2.面板 操作区 1.观察角度键,用于调节显示,以适于使用者的观察角度。 2.Esc键,可以取消输入,终止打印。 3.无标识键,实现左边屏幕上紧挨的右边栏菜单的功能。 4.Frequency Channel(频率通道)、Span X Scale(扫宽X刻度)和Amplitude Y scale(幅度Y 刻度)三个键,可以激活主要的调节功能(频率、X轴、Y轴)并在右边栏显示相应的菜单。 5.Control(控制)功能区。 6.Measure(测量)功能区。 7.System(系统)功能区。 8.Marker(标记)功能区。 9.软驱和耳机插孔。 10.步进键和旋钮,用于改变所选中有效功能的数值。 11.音量调节。 12.外接键盘插口。 13.探头电源,为高阻抗交流探头或其它附件提供电源。 14.Return键,用于返回先前选择过的一级菜单。 15.Amptd Ref Out,可提供-20dBm的50MHz幅度参考信号。 16.Tab(制表)键,用于在界限编辑器和修正编辑器中四处移动,也用于在有File菜单键所访问对话 框的域中移动。 17.信号输入口(50Ω)。在使用中,接50ΩBNC电缆,探头上必须串联一隔直电容(30PF左右,陶瓷 封装)。探头实物:

同源性分析标准操作规程

同源性分析标准操作规程 持有部门:检验科 制定部门:丰都县人民医院医院感染管理科执行时间: 2013年11月1日 一、同源性分析的应用 包括感染暴发的判断,感染病原菌的确定及感染源的寻找。 二、基本方法 1.细菌的表型特征分型技术(如血清型、耐药表型等)。 2.基因分型技术(如.PFGE、Rep—PCR、AFLP等)。 三、操作步骤 (一)表型分型(血清型、耐药表型) 1.标本孵育:从患者感染部位采集标本,并接种于相应培养基(培养瓶)中孵育。 2.分离菌种:分离病原菌(细菌或真菌),并鉴定细菌(真菌)种类。 3.血清分型:如可能则对同种细菌进行血清分型,如军团菌等。 4.药敏试验:根据细菌(真菌)种类选择药敏卡(纸片),进行药敏试验。 5.结果分析:分析血清型和药敏谱,如结果相同或药敏相差不大则提示有同源性。 (二)基因分型(PFGE) 1.菌栓制备:将细菌悬液与2%低熔点琼脂糖凝胶混合,制备菌栓。 2.细菌消化:分别用含溶菌酶和(或)蛋白酶K的裂解液对菌栓进行消化。 3.洗涤菌栓:可用无菌水反复清洗或PMSF中和多余的蛋白酶K。 4.酶切:按照各种不同限制性内切酶的说明进行酶切。 5.制胶:用PF(讵电泳凝胶模具制备:PF(逼级琼脂糖凝胶。 6.电泳:根据不同细菌酶切片段的大小选择适当的脉冲参数,进行电泳。 7.凝胶成像:胶块染色后在凝胶成像仪下成像。 8.结果分析:根据Tenover等制定的标准对凝胶图像进行分析,判断菌株之间的同源性。 四、注意事项 1.不同的分型方法,在分型能力、重复性、分辨能力、操作和成本等方面都不尽相同,可根据情况进行选择。 2.表型分型方法的分辨能力普遍比基因分型方法低,但简便、快速,适用于对感染暴发的初筛。

DNAMAN使用说明

DNAMAN for Windows DNAMAN uses advanced features of Microsoft Windows and offers versatile visual tool analysis. Sequence Manipulation 生物秀-专心做生物 w w w .b b i o o .c o m

Sequence input DNAMAN provides 20 sequence channels to keep active sequences in memory. These channels simplify multiple functional analyses and substantially increase the your works. A panel window shows the current working sequence. You can edit th directly in the panel. Information exchange DNAMAN accepts sequence files in GenBank, GCG, CUSTAL, FASTA, PIR and GDE form export multiple sequences in GCG, CUSTAL, PIR and GDE format. DNAMAN provides a word processor for sequence editing. With this word processo incorporate charts, images, graphics from any other Windows software into your DNAMAN works as an object linking and embedding (OLE) server to exchange the i restriction maps with other software. With OLE, you can incorporate your restr other Windows applications, and directly modify the maps within the applicatio You can directly access the Internet with DNAMAN through the Netscape browser.the browser into a document of the DNAMAN word processor, you can directly exc information between your documents and the Internet. 生物秀-专心做生物 w w w .b b i o o .c o m

频谱分析报告仪地使用方法

频谱分析仪的使用方法 13MHz信号。一般情况下,可以用示波器判断13MHz电路信号的存在与否,以及信号的幅度是否正常,然而,却无法利用示波器确定13MHz电路信号的频率是否正常,用频率计可以确定13MHz电路信号的有无,以及信号的频率是否准确,但却无法用频率计判断信号的幅度是否正常。然而,使用频谱分析仪可迎刃而解,因为频谱分析仪既可检查信号的有无,又可判断信号的频率是否准确,还可以判断信号的幅度是否正常。同时它还可以判断信号,特别是VCO信号是否纯净。可见频谱分析仪在手机维修过程中是十分重要的。 另外,数字手机的接收机、发射机电路在待机状态下是间隙工作的,所以在待机状态下,频率计很难测到射频电路中的信号,对于这一点,应用频谱分析仪不难做到。 一、使用前须知 在使用频谱分析仪之前,有必要了解一下分贝(dB)和分贝毫瓦(dBm)的基本概念,下面作一简要介绍。 1.分贝(dB) 分贝是增益的一种电量单位,常用来表示放大器的放大能力、衰减量等,表示的是一个相对量,分贝对功率、电压、电流的定义如下: 分贝数:101g(dB) 分贝数=201g(dB) 分贝数=201g(dB) 例如:A功率比B功率大一倍,那么,101gA/B=10182’3dB,也就是说,A功率比B功率大3dB, 2.分贝毫瓦(dBm) 分贝毫瓦(dBm)是一个表示功率绝对值的单位,计算公式为: 分贝毫瓦=101g(dBm) 例如,如果发射功率为lmw,则按dBm进行折算后应为:101glmw/1mw=0dBm。如果发射功率为40mw,则10g40w/1mw--46dBm。 二、频谱分析仪介绍 生产频谱分析仪的厂家不多。我们通常所知的频谱分析仪有惠普(现在惠普的测试设备分离出来,为安捷伦)、马可尼、惠美以及国产的安泰信。相比之下,惠普的频谱分析仪性能最好,但其价格也相当可观,早期惠美的5010频谱分析仪比较便宜,国产的安泰5010频谱分析仪的功能与惠美的5010差不多,其价格却便宜得多。 下面以国产安泰5010频谱分析仪为例进行介绍。 1.性能特点 AT5010最低能测到2.24uv,即是-100dBm。一般示波器在lmv,频率计要在20mv以上,跟频谱仪比相差10000倍。如用频率计测频率时,有的频率点测量很难,有的频率点测最不准,频率数字显示不稳定,甚至测不出来。这主要足频率计灵敏度问题,即信号低于20mv频率计就无能为力了,如用示波器测量时,信号5%失真示波器看不出来,在频谱仪上万分之一的失真都能看出来。

DNAMAN软件中文说明书

DNAMAN软件中文说明书 DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例,简单介绍其使用方法。 打开DNAMAN,可以看到如下界面: 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏: 第三栏为浏览器栏: 在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提供20 个Channel,(如左所示:)点击Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel 中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。 本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1.将待分析序列装入Channel (1)通过File Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。(2)通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。 2.以不同形式显示序列 通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:Sequence &Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列 3.DNA 序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对 话框,如下所示: 参数说明如下: Results 分析结果显示 其中包括: Show summary(显示概要)Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图) Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点) Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点) Target DNA (目标DNA 特性) circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化) all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析,如果 选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能

频谱仪的简单操作使用方法

R3131A频谱仪简单操作使用方法 一.R3131A频谱仪简介。 R3131A频谱仪是日本ADV ANTEST公司的产品,用于测量高频信号,可测量的频率范围为9K—3GHz。对于GSM手机的维修,通过频谱仪可测量射频电路中的以下电路信号, (维修人员可以通过对所测出信号的幅度、频率偏移、干扰程度等参数的分析,以判断出故障点,进行快速有效的维修): 1.手机参考基准时钟(13M,26M等); 2.射频本振(RFVCO)的输出频率信号(视手机型号而异); 3.发射本振(TXVCO)的输出频率信号(GSM:890M—915M;DCS:1710—1785M); 4.由天线至中频芯片间接收和发射通路的高频信号; 5.接收中频和发射中频信号(视手机型号而异)。 面板上各按键(如图-1所示)的功能如下: A区:此区按键是其他区功能按键对应的详细功能选择按键,例如按下B区的FREQ 键后,会在屏幕的右边弹出一列功能菜单,要选择其中的“START”功能就可通过按下其对 (图-1) B区:此区按键是主要设置参数的功能按键区,包括:FREQ—中心频率; SPAN—扫描频率宽度;LEVEL—参考电平。此区中按键只需直接按下对应键输入数值及单位即可。 C区:此区是数字数值及标点符号选择输入区,其中“1”键的另一个功能是“CAL(校

准)”,此功能要先按下“SHIFT(蓝色键)”后再按下“1”键进行相应选择才起作用; “-”是退格删除键,可删除错误输入。 D 区:参数单位选择区,包括幅度、电平、频率、时间的单位,其中“Hz ”键还有“ENTER(确认)”的作用。 E 区:系统功能按键控制区,较常使用的有“SHIFT ”第二功能选择键,“SHIFT+CONFIG(PRESET )”选择系统复位功能,“RECALL ”调用存储的设置信息键,“SHIFT+RECALL(SA VE )”选择将设置信息保存功能。 F 区:信号波形峰值检测功能选择区。 G 区:其他参数功能选择控制区,常用的有“BW ”信号带宽选择及“SWEEP ”扫描时间选择,“SWEEP ”是指显示屏幕从左边到右边扫描一次的时间。 显示屏幕上的信息(如图-2所示)。 二.一般操作步骤。[“ ”表示的是菜单面板上直接功能按键,“ ” 表 示单个菜单键的详细功能按键(在显示屏幕的右边)]: 1) 按Power On 键开机。 2) 每次开始使用时,开机30分钟后进行自动校准,先按 Shift+7(cal ) ,再选择 cal all 键,校准过程中出现“Calibrating ”字样,校准结束后如通过则回复校准前状态。校准过程约进行3分钟。 3) 校准完成后首先按 FREQ 键,设置中心频率数值,例如需测中心频率为902.4M 的信

小麦TaeEF1β基因的克隆、同源性及表达分析

浙江农业学报ActaAgriculturaeZhejiangensis?2019?31(1):98-103http://www.zjnyxb.cn陈炫?张天烨?羊健?等.小麦TaeEF1β基因的克隆二同源性及表达分析[J].浙江农业学报?2019?31(1):98-103. DOI:10 3969/j.issn.1004 ̄1524 2019 01 13 收稿日期:2018 ̄03 ̄25 基金项目:国家自然科学基金(3150160)?国家农业产业体系(CARS ̄3 ̄1)?国家小麦转基因专项(2016ZX08002001) 作者简介:陈炫(1992 )?女?陕西咸阳人?硕士研究生?主要从事植物病理学研究?E ̄mail:vivianccx@163.com?通信作者?陈剑平?E ̄mail:jpchen2001@126.com小麦TaeEF1β基因的克隆二同源性及表达分析 陈一炫1?张天烨1?羊一健2?张恒木2?陈剑平2?? (1.浙江农林大学林业与生物技术学院?浙江杭州311300?2.浙江省农业科学院病毒学与生物技术研究所?浙江杭州310021) 摘一要:真核翻译延伸因子(eukaryotictranslationelongationfactor?eEFs)是一种重要的多功能调控蛋白?eEF1β是eEF1的组成部分?在蛋白质生物合成过程中发挥着重要的作用?本文通过RT ̄PCR扩增克隆小麦(TriticumaestivumL.)的eEF1β基因?并命名为TaeEF1β?氨基酸同源性分析发现?TaeEF1β具有高度保守性?且其保守结构域位于137~226aa处?qRT ̄PCR结果表明?中国小麦花叶病毒(Chinesewheatmosaicvi ̄rus?CWMV)侵染小麦植株后?可以诱导TaeEF1β基因转录水平的上调表达?另外?本文也进一步分析了TaeEF1β基因在小麦根二茎二叶的表达水平和CWMV侵染不同时间点的表达情况? 关键词:真核翻译延伸因子?中国小麦花叶病毒?同源性分析 中图分类号:S435 12文献标志码:A文章编号:1004 ̄1524(2019)01 ̄0098 ̄06Genecloning?homologyandexpressionanalysisofTaeEF1βinTriticumaestivumL.CHENXuan1?ZHANGTianye1?YANGJian2?ZHANGHengmu2?CHENJianping2?? (1.CollegeofForestryandBiotechnology?ZhejiangA&FUniversity?Hangzhou311300?China?2.InstituteofVirolo ̄gyandBiotechnology?ZhejiangAcademyofAgriculturalSciences?Hangzhou310021?China) Abstract:Eukaryotictranslationelongationfactor(eEFs)isanimportantmultifunctionalprotein.eEF1βwassub ̄unitoftheeukaryotictranslationelongationfactor ̄1(eEFs ̄1)complexandplayedanimportantroleinproteinbio ̄synthesis.TheeEF1βgenewasobtainedbycloningwithRT ̄PCRfromwheatandnamedasTaeEF1β.TheaminoacidsequencesofTaeEF1βwerehighlyconservedandtheconserveddomainwaslocatedin137 ̄226aa.TheresultsofqRT ̄PCRshowedthatTaeEF1βwereup ̄regulatedintheCWMV ̄infectedplants.Inthisstudy?theexpressionofTaeEF1βinthestems?leavesandrootsofwheatanddifferentstagesofCWMVinfectionwasalsodetectedbyqRT ̄PCR.Keywords:eukaryotictranslationelongationfactor?Chinesewheatmosaicvirus?homologyanalysis 一一真核翻译延伸因子(eukaryotictranslatione ̄longationfactor?eEFs)最早作为一个对噬菌体Qβ 的依赖于RNA的RNA聚合酶(RNA ̄dependentRNApolymerase?RdRp)活性具有重要作用的辅助因子被发现并鉴定[1]?在真核细胞中包括3类延伸因子?分别为eEF1α(eukaryotictranslationelongationfactor1α)二eEF1β和eEF2[2]?EF1β在真核生物中的结构比在细菌中更复杂?该蛋白由EF1β ̄alpha二EF1β ̄gamma和EF1β ̄beta三个亚基组成?在蛋白质的合成过程中?eEF1β主要作为

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