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组建RAID从认识开始 手把手教你建磁盘阵列

组建RAID从认识开始 手把手教你建磁盘阵列
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组建RAID从认识开始手把手教你建磁盘阵列

作者:思雪出处:天极网

最近,刚刚帮朋友装了一台电脑,朋友选择了160GB的SATA硬盘。之前,朋友有一台老的电脑,由于经常在网上下载影片和游戏,因此对硬盘进行了几次升级,分几次购买了几块80GB PATA硬盘。由于朋友的那台旧电脑实在没法再用,因此打算把几块硬盘组合起来,装进新配的电脑中使用。因此朋友想组成RAID 磁盘阵烈进行使用,以提高机器性能和增大磁盘的容量。那么什么是RAID呢?如何实现RAID功能?PATA与SATA硬盘能组建RAID磁盘阵列吗?于是笔者进行了整理搜集,得文如下:

一、什么是RAID?其具备哪些常用的工具模式?

即然提到了RAID磁盘阵列,那么我们就先来了解一下什么是RAID?所谓的RAID,是Redundant Arrays of Independent Disks的简称,中文为廉价冗余磁盘阵列。由1987年由加州大学伯克利分校提出的,初衷是为了将较廉价的多个小磁盘进行组合来替代价格昂贵的大容量磁盘,希望单个磁盘损坏后不会影响到其它磁盘的继续使用,使数据更加的安全。RAID作为一种廉价的磁盘冗余阵列,能够提供一个独立的大型存储设备解决方案。在提高硬盘容量的同时,还能够充分提高硬盘的速度,使数据更加安全,更加易于磁盘的管理。

了解RAID基本定义以后,我们再来看看RAID的几种常见工作模式。

1、RAID 0

RAID 0是最早出现的RAID模式,即Data Stripping数据分条技术。RAID 0是组建磁盘阵列中最简单的一种形式,只需要2块以上的硬盘即可,成本低,可以提高整个磁盘的性能和吞吐量。RAID 0没有提供冗余或错误修复能力,是实现成本是最低的。

RAID 0最简单的实现方式就是把N块同样的硬盘用硬件的形式通过智能磁盘控制器或用操作系统中的磁盘驱动程序以软件的方式串联在一起创建一个大的卷集。在使用中电脑数据依次写入到各块硬盘中,它的最大优点就是可以整倍的提高硬盘的容量。如使用了三块80GB的硬盘组建成RAID 0模式,那么磁盘容量就会是240GB。其速度方面,各单独一块硬盘的速度完全相同。最大的缺点在于任何一块硬盘出现故障,整个系统将会受到破坏,可靠性仅为单独一块硬盘的

1/N。

为了解决这一问题,便出一了RAID 0的另一种模式。即在N块硬盘上选择合理的带区来创建带区集。其原理就是将原先顺序写入的数据被分散到所有的四块硬盘中同时进行读写。四块硬盘的并行操作使同一时间内磁盘读写的速度提升了4倍。

在创建带区集时,合理的选择带区的大小非常重要。如果带区过大,可能一块磁盘上的带区空间就可以满足大部分的I/O操作,使数据的读写仍然只局限在少数的一、两块硬盘上,不能充分的发挥出并行操作的优势。另一方面,如果带区过小,任何I/O指令都可能引发大量的读写操作,占用过多的控制器总线带宽。因此,在创建带区集时,我们应当根据实际应用的需要,慎重的选择带区的大小。

带区集虽然可以把数据均匀的分配到所有的磁盘上进行读写。但如果我们把所有的硬盘都连接到一个控制器上的话,可能会带来潜在的危害。这是因为当我们频繁进行读写操作时,很容易使控制器或总线的负荷超载。为了避免出现上述问题,建议用户可以使用多个磁盘控制器。最好解决方法还是为每一块硬盘都配备一个专门的磁盘控制器。

虽然RAID 0可以提供更多的空间和更好的性能,但是整个系统是非常不可靠的,如果出现故障,无法进行任何补救。所以,RAID 0一般只是在那些对数据安全性要求不高的情况下才被人们使用。

2、RAID 1

RAID 1称为磁盘镜像,原理是把一个磁盘的数据镜像到另一个磁盘上,也就是说数据在写入一块磁盘的同时,会在另一块闲置的磁盘上生成镜像文件,在不影响性能情况下最大限度的保证系统的可靠性和可修复性上,只要系统中任何一对镜像盘中至少有一块磁盘可以使用,甚至可以在一半数量的硬盘出现问题时系统都可以正常运行,当一块硬盘失效时,系统会忽略该硬盘,转而使用剩余的镜像盘读写数据,具备很好的磁盘冗余能力。虽然这样对数据来讲绝对安全,但是成本也会明显增加,磁盘利用率为50%,以四块80GB容量的硬盘来讲,可利用的磁盘空间仅为160GB。另外,出现硬盘故障的RAID系统不再可靠,应当及时的更换损坏的硬盘,否则剩余的镜像盘也出现问题,那么整个系统就会崩溃。更换新盘后原有数据会需要很长时间同步镜像,外界对数据的访问不会受到影响,只是这时整个系统的性能有所下降。因此,RAID 1多用在保存关键性的重要数据的场合。

RAID 1主要是通过二次读写实现磁盘镜像,所以磁盘控制器的负载也相当大,尤其是在需要频繁写入数据的环境中。为了避免出现性能瓶颈,使用多个磁盘控制器就显得很有必要。

3、RAID0+1

从RAID 0+1名称上我们便可以看出是RAID0与RAID1的结合体。在我们单独使用RAID 1也会出现类似单独使用RAID 0那样的问题,即在同一时间内只能向一块磁盘写入数据,不能充分利用所有的资源。为了解决这一问题,我们可以在磁盘镜像中建立带区集。因为这种配置方式综合了带区集和镜像的优势,所以被称为RAID 0+1。把RAID0和RAID1技术结合起来,数据除分布在多个盘上外,每个盘都有其物理镜像盘,提供全冗余能力,允许一个以下磁盘故障,而不影响

数据可用性,并具有快速读/写能力。RAID0+1要在磁盘镜像中建立带区集至少4个硬盘。

由于我们此次只是介绍家用台式机如何组建RAID磁盘阵列功能,目前主流的主板也只是提供这三种组建模式,因此其它诸如服务等的高级RAID模式,这里我们将不再过多的介绍。

二、主板芯片组RAID控制芯片介绍

Intel南桥芯片ICH5R、ICH6R集成有SATA-RAID控制器,但仅支持SATA-RAID,不支持PATA-RAID。Intel采用的是桥接技术,就是把SATA-RAID控制器桥接到IDE控制器,因此可以通过BIOS检测SATA硬盘,并且通过BIOS设置SATA-RAID。当连接SATA硬盘而又不做RAID时,是把SATA硬盘当作PATA硬盘处理的,安装OS时也不需要驱动软盘,在OS的设备管理器内也看不到SATA-RAID控制器,看到的是IDE ATAPI控制器,而且多了两个IDE通道(由两个SATA通道桥接的)。只有连接两个SATA硬盘,且作SATA-RAID时才使用SATA-RAID控制器,安装OS 时需要需要驱动软盘,在OS的设备管理器内可以看到SATA-RAID控制器。安装ICH5R、ICH6R的RAID IAA驱动后,可以通过IAA程序查看RAID盘的性能参数。

VIA南桥芯片VT8237、VT8237R的SATA-RAID设计与Intel不同,它是把一个SATA-RAID控制器集成到8237南桥内,与南桥里的IDE控制器没有关系。当然这个SATA-RAID控制器也不见得是原生的SATA模式,因为传输速度也没有达到理想的SATA性能指标。BIOS不负责检测SATA硬盘,所以在BIOS里看不到SATA 硬盘。SATA硬盘的检测和RAID设置需要通过SATA-RAID控制器自己BootROM(也可以叫SATA-RAID控制器的BIOS)。所以BIOS自检后会启动一个BootROM检测SATA硬盘,检测到SATA硬盘后就显示出硬盘信息,此时按快捷键Tab就可以进入BootROM设置SATA-RAID。在VIA的VT8237南桥的主板上使用SATA硬盘,无论是否做RAID安装OS时都需要驱动软盘,在OS的设备管理器内可以看到SATA-RAID控制器。VIA的芯片也只是集成了SATA-RAID控制器。

NVIDIA的nForce2/ nForce3/ nForce4芯片组的SATA/IDE/RAID处理方式是集Intel和VIA的优点于一身。第一是把SATA/IDE/RAID控制器桥接在一起,在不做RAID时,安装XP/2000也不需要任何驱动。第二是在BIOS里的SATA硬盘不像Intel那样需要特别设置,接上SATA硬盘BIOS就可以检测到。第三是不仅SATA硬盘可以组成RAID,PATA硬盘也可以组成RAID,PATA硬盘与SATA硬盘也可以组成RAID。这给需要RAID的用户带来极大的方便,Intel的ICH5R、ICH6R,VIA的VT8237都不支持PATA的IDE RAID。

三、NVIDIA芯片组BIOS设置和RAID设置简单介绍

nForce系列芯片组的BIOS里有关SATA和RAID的设置选项有两处,都在Integrated Peripherals(整合周边)菜单内。

SATA的设置项:Serial-ATA,设定值有[Enabled], [Disabled]。这项的用途是开启或关闭板载Serial-ATA控制器。使用SATA硬盘必须把此项设置为[Enabled]。如果不使用SATA硬盘可以将此项设置为[Disabled],可以减少占用的中断资源。

RAID的设置项在Integrated Peripherals/Onboard Device(板载设备)菜单内,光标移到Onboard Device,按进入如子菜单:RAID Config就是RAID配置选项,光标移到RAID Config,按就进入如RAID配置菜单:

第一项IDE RAID是确定是否设置RAID,设定值有[Enabled], [Disabled]。如果不做RAID,就保持缺省值[Disabled],此时下面的选项是不可设置的灰色。

如果做RAID就选择[Enabled],这时下面的选项才变成可以设置的黄色。IDE RAID下面是4个IDE(PATA)通道,再下面是SATA通道。nForce2芯片组是2个SATA通道,nForce3/4芯片组是4个SATA通道。可以根据你自己的意图设置,准备用哪个通道的硬盘做RAID,就把那个通道设置为[Enabled]。

设置完成就可退出保存BIOS设置,重新启动。这里要说明的是,当你设置RAID 后,该通道就由RAID控制器管理,BIOS的Standard CMOS Features里看不到做RAID的硬盘了。

BIOS设置后,仅仅是指定那些通道的硬盘作RAID,并没有完成RAID的组建,前面说过做RAID的磁盘由RAID控制器管理,因此要由RAID控制器的RAID BIOS 检测硬盘,以及设置RAID模式。BIOS启动自检后,RAID BIOS启动检测做RAID 的硬盘,检测过程在显示器上显示,检测到硬盘后留给用户几秒钟时间,以便用户按F 1 0 进入RAID BIOS Setup。

nForce芯片组提供的RAID(冗余磁盘阵列)的模式共有下面四种:

RAID 0:硬盘串列方案,提高硬盘读写的速度。

RAID 1:镜像数据的技术。

RAID 0+1:由RAID 0和RAID 1阵列组成的技术。

Spanning (JBOD):不同容量的硬盘组成为一个大硬盘。

四、操作系统安装过程介绍

按F10进入RAID BIOS Setup,会出现NVIDIA RAID Utility -- Define a New Array(定义一个新阵列)。默认的设置是:RAID Mode(模式)--Mirroring(镜像),Striping Block(串列块)--Optimal(最佳)。

通过这个窗口可以定义一个新阵列,需要设置的项目有:选择RAID Mode(RAID 模式):Mirroring(镜像)、Striping(串列)、Spanning(捆绑)、Stripe Mirroring (串列镜像)。

设置Striping Block(串列块):4 KB至128 KB/Optimal

指定RAID Array(RAID阵列)所使用的磁盘

用户可以根据自己的需要设置RAID模式,串列块大小和RAID阵列所使用的磁盘。其中串列块大小最好用默认的Optimal。RAID阵列所使用的磁盘通过光标键→添加。

做RAID的硬盘可以是同一通道的主/从盘,也可以是不同通道的主/从盘,建议使用不同通道的主/从盘,因为不同通道的带宽宽,速度快。Loc(位置)栏显示出每个硬盘的通道/控制器(0-1)/主副状态,其中通道0是PATA,1是SATA;控制器0是主,1是从;M是主盘,S是副盘。分配完RAID阵列磁盘后,按F7。出现清除磁盘数据的提示。按Y清除硬盘的数据,弹出Array List窗口:如果没有问题,可以按Ctrl-X保存退出,也可以重建已经设置的RAID阵列。至此RAID建立完成,系统重启,可以安装OS了。

安装Windows XP系统,安装系统需要驱动软盘,主板附带的是XP用的,2000的需要自己制作。从光驱启动Windows XP系统安装盘,在进入蓝色的提示屏幕时按F6键,告诉系统安装程序:需要另外的存储设备驱动。当安装程序拷贝一部分设备驱动后,停下来提示你敲S键,指定存储设备驱动:

系统提示把驱动软盘放入软驱,按提示放入软盘后,敲回车。系统读取软盘后,提示你选择驱动。nForce的RAID驱动与Intel和VIA的不同,有两个:NVIDIA RAID CLASS DRIVER和NVIDIA Nforce Storage Controller都要安装。

第一次选择NVIDIA RAID CLASS DRIVER,敲回车系统读入,再返回敲S键提示界面,此时再敲S键,然后选择NVIDIA Nforce Storage Controller,敲回车,系统继续拷贝文件,然后返回到下面界面。

在这个界面里显示出系统已经找到NVIDIA RAID CLASS DRIVER和NVIDIA Nforce Storage Controller,可以敲回车继续。

系统从软盘拷贝所需文件后重启,开始检测RAID盘,找到后提示设置硬盘。此时用户可以建立一个主分区,并格式化,然后系统向硬盘拷贝文件。在系统安装期间不要取出软盘,直到安装完成。

剩余的磁盘分区等安装完系统后,我们可以用XP的磁盘管理器分区格式化。用XP的磁盘管理器分区,等于/小于20GB的逻辑盘可以格式化为FAT32格式。大于20GB的格式化为NTF格式。

服务器之磁盘阵列RAID——配置方法(图解)

磁盘阵列可以在安装系统之前或之后产生,系统会视之为一个(大型)硬盘,而它具有容错及冗余的功能。磁盘阵列不单只可以加入一个现成的系统,它更可以支持容量扩展,方法也很简单,只需要加入一个新的硬盘并执行一些简单的指令,系统便可以实时利用这新加的容量。 ·RAID 的种类及应用 IDE和SCSI是计算机的两种不同的接口,前者普遍用于PC机,后者一般用于服务器。基于这两种接口,RAID分为两种类型:基于IDE接口的RAID应用,称为IDE RAID;而基于SCSI接口的RAID应用则相应称为SCSI RAID。 基于不同的架构,RAID 又可以分为: ● 软件RAID (软件RAID) ● 硬件RAID (硬件RAID) ● 外置RAID (External RAID) ·软件RAID很多情况下已经包含在系统之中,并成为其中一个功能,如Windows、Netware及Linux。软件RAID中的所有操作皆由中央处理器负责,所以系统资源的利用率会很高,从而使系统性能降低。软件RAID是不需要另外添加任何硬件设备,因为它是靠你的系统——主要是中央处理器的功能——提供所有现成的资源。 ·硬件RAID通常是一张PCI卡,你会看到在这卡上会有处理器及内存。因为这卡上的处理器已经可以提供一切RAID所需要的资源,所以不会占用系统资源,从而令系统的表现可以大大提升。硬件RAID可以连接内置硬盘、热插拔背板或外置存储设备。无论连接何种硬盘,控制权都是在RAID卡上,亦即是由系统所操控。在系统里,硬件RAID PCI卡通常都需要安驱动程序,否则系统会拒绝支持。

·外置式RAID也是属于硬件RAID的一种,区别在于RAID卡不会安装在系统里,而是安装在外置的存储设备内。而这个外置的储存设备则会连接到系统的SCSI卡上。系统没有任何的RAID功能,因为它只有一张SCSI卡;所有的RAID功能将会移到这个外置存储里。好处是外置的存储往往可以连接更多的硬盘,不会受系统机箱的大小所影响。而一些高级的技术,如双机容错,是需要多个服务器外连到一个外置储存上,以提供容错能力。 ·配置RAID磁盘阵列 一、为什么要创建逻辑磁盘? 当硬盘连接到阵列卡(RAID)上时,操作系统将不能直接看到物理的硬盘,因此需要创建成一个一个的被设置为RAID0,1和5等的逻辑磁盘(也叫容器),这样系统才能够正确识别它。 逻辑磁盘(Logic Drive)、容器(Container)或虚拟磁盘(Virtual Drive)均表示一个意思,他们只是不同阵列卡产商的不同叫法。 二、创建逻辑磁盘的方式 使用阵列卡本身的配置工具,即阵列卡的BIOS。(一般用于重装系统或没有安装操作系统的情况下去创建容器(Adaptec阵列卡)/逻辑驱动器(AMI/LSI 阵列卡)。 使用第三方提供的配置工具软件去实现对阵列卡的管理。如Dell Array Manager。(这些软件用于服务器上已经安装有操作系统) 三、正确识别您的阵列卡的型号(本文以Dell为例,其实都大同小异) 识别您的磁盘阵列控制器(磁盘阵列控制器为可选项, 如果没有购买磁盘阵列控制器的话以该步骤可以省去) 如果您有一块Adaptec磁盘阵列控制器(PERC 2,PERC2/SI,PERC3/SI,PERC3/DI),在系统开机自检的时候您将看到以下信息: Dell PowerEdge Expandable RAID Controller 3/Di, BIOS V2.7-x [Build xxxx](c) 1998-2002 Adaptec, Inc. All Rights Reserved. <<< Press CTRL+A for Configuration Utility! >>>

引物设计基本方法

Primer 5.0搜索引物: 1.Primer Length我常设置在18-30bp,短了特异性不好,长了没有必要。当然有特殊要求的除外,如加个酶切位点什么的。 2.PCR Product size最好是100-500bp之间,小于100bp的PCR产物琼脂糖凝胶电泳出来,条带很模糊,不好看。至于上限倒也不必要求苛刻。 3.Search parameters还是选Manual吧,Search stringency应选High,GC含量一般是40-60%。其它参数默认就可以了。 4.搜索出来的引物,按Rating排序,逐个送Oligo软件里评估。当然,搜索出的引物,其扩增产物很短,你可以不选择它,或是引物3端≥2个A或T,或引物内部连续的G或C太多,或引物3端≥2个G或C,这样的引物应作为次选,没得选了就选它。对于这样的引物,如果其它各项指标还可以,我喜欢在引物末端去掉一个不满意的或加上一个碱基,看看引物的评估参数有没有变好点。 Oligo 6.0评估引物: 1.在analyze里,Duplex Formation不管是上游引物、下游引物还是上下游引物之间,The most stable 3’-Dimer绝对值应小于4.5kcal/mol, The most stable Dimer overall绝对值一般应小于多少kcal/mol跟PCR退火温度有关,我几次实验感觉在PCR退火温度在65°的时候,The most stable Dimer ove rall 6.7kcal/mol没有问题。 2.Hairpin Formation根据黄金法则 3.False priming sites: Primer的priming efficiency应该是错配地方的4倍左右,更多当然更好。 4.在PCR栏,个人感觉其所显示的optimal annealing temperature数值值得参考。在PCR摸索条件的时候,退火温度为其数值加减2的范围就可以了。 5.Internal stability很重要:我们希望引物的内部稳定性是中间高、两边低的弧形,最起码保证3端不要过于稳定。下图1引物3端过于稳定,很容易导致不适当扩增。△G参照黄金法则,这其实很好理解:把一滴水放到大海里,这滴水就会不停的扩散分布,扩散的越厉害越稳定,所以△G绝对值越大结构越稳定。 最后说一句,敢于尝试就会成功。 第二贴 --科室工作很多,小医生了,没有办法,所以肯怕不能满足很多战友的要求(qq聊或帮助设计),在此表示抱歉。就楼上的问题我试着回答一下,不一定正确,供参考吧。 --1、两个评价系统不一样,个人感觉oligo评价引物好点,primer出来的引物,我一般按效率排序,再结合退火温度和引物长度,选择引物到oligo测试。这是初步的选择,其实引物到了oligo里,退火温度也不一样。 --2、3端的二聚体应该避免,这个要看你的退火温度决定,一个50°的退火温度肯定和65°对二聚体的影响不一样了,一般来讲尽量控制在-4.5kcal/mol以下(个人观点,很多东西真得还是需要自己摸索)。 --3、个人感觉3端有A无A影响不大,3端有T的没有经验。有T是不是一定不行,个人感觉不见得。软件是评估,法则也不是没有例外,不是1+1=2那么确定。 --4、错配和二聚体谁轻谁重,个人觉得“到致命的程度”谁都重要,我也说不好。我设计的时候,尽量两个都不得罪。 --5、GC含量并非不重要,它直接影响引物各端稳定性,3端来两个G或C,稳定性就上去了,粘在模板上很牢。所以我设计的时候,尽量避免这样的情况出现。 谈一下我学这个引物设计的过程吧:

软件磁盘阵列实现过程详解

软件磁盘阵列RAID0实现过程详解 很多朋友在升级时安装两块或多块硬盘,这时候用多块硬盘组成RAID性能将会有很大提升;但是几百元一块的RAID控制卡并非所有人都能够接受,再加上受硬盘容量大小必须相同的限制,于是Windows 2000/XP自带的软RAID功能就成为了大家的最爱。怎样实现软RAID 呢?下面笔者将给大家一步一步介绍。一、简单认识软RAID 软RAID不需要RAID控制卡,它通过软件进行控制。Windows 2000/XP支持该功能。先给大家介绍一下软RAID的基本知识。 在Windows2000/XP中,物理硬盘分为两种类型,一种是基本磁盘,一种是动态磁盘。基本磁盘是包含主分区、扩展分区和逻辑驱动器的物理硬盘,可以被其他操作性访问;动态磁盘可通过Windows 2000/XP中的“磁盘管理”升级得到,只包含由“磁盘管理”创建的动态卷,并由“磁盘管理”程序管理,所以不能被其他操作系统访问。 软RAID被Windows 2000/XP称为卷。要在Windows 2000上使用软件RAID,必须把基本磁盘升级到动态磁盘,才能在动态磁盘上创建我们所需的带区卷(RAID0)。卷有多种格式,下面是我们组建软RAID 0涉及的几种。 1.简单卷:构成单个物理磁盘空间的卷。它可以由磁盘上的单个区域或同一磁盘上连接在一起的多个区域组成,可以在同一磁盘内扩展简单卷。安装操作系统的简单卷成为引导卷。 2.跨区卷:简单卷也可以扩展到其他的物理磁盘,这样由多个物理磁盘的空间组成的卷就称为跨区卷。简单卷和跨区卷都不属于RAID范畴。 3.带区卷:以带区形式在两个或多个物理磁盘上存储数据的卷。带区卷上的数据被交替、平均(以带区形式)地分配给这些磁盘,带区卷是所有Windows 2000/XP可用的卷中性能最佳的,但它不提供容错。如果带区卷上的任何一个磁盘数据损坏或磁盘故障,则整个卷上的数据都将丢失。带区卷可以看做硬件RAID中的RAID0。 二、建立带区卷(RAID0) 了解了有关知识后,让我们看看如何建立一个高性能的带区卷。下面已Windows 2000为例,给大家介绍。建立带区卷必须对硬盘重新格式化,数据将会丢失,所以建议将硬盘数据备份后,删除Windows 2000所在分区以外的所有分区。 接着以系统管理员身份登录Windows 2000,然后依次打开“我的电脑→控制面板→管理工具→计算机管理→存储→磁盘管理(本地)”(如图1)。在屏幕的上半部分显示的是分区或卷的详细情况,下半部分显示物理磁盘的状态,在这一部分的左边显示物理磁盘的两种类型。图中的磁盘0、1都是物理磁盘,并且现在都是基本磁盘,我们要把它们升级到动态磁盘并创建一个带区卷。 接着就是升级到动态磁盘。在磁盘0或磁盘1上点击鼠标右键,选择“升级到动态磁盘(U)”,出现对话框后在磁盘0和磁盘1前面打勾并确定,几秒钟后升级就完成了,此时在“磁盘管理”中磁盘0和磁盘1已经变成动态磁盘了,并且Windows 2000所在分区变成包含引导信息的简单卷,也就是引导卷。而其他空间则变成未指派空间。 然后创建带区卷。未指派空间可以创建简单卷或者带区卷,在磁盘0未指派空间上点右键并选择“创建卷”;点击“下一步”后选择“带区卷”,将磁盘0和磁盘1添加到右边的“选定的动态磁盘(S)”一栏中(如图2),按下一步后,Windows提示指派驱动器号(可以由Windows 指定也可手动分配,一般以系统默认即可),然后需要进行格式化.可以选择FAT32和NTFS 作为带区卷的文件系统,然后选择簇的大小和卷标,簇越大磁盘性能越高但造成的空间浪费

磁盘阵列配置全程解

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可以实现RAID 1功能。软件阵列可以提供数据冗余功能,但是磁盘子系统的性能会有所降低,有的降代还比较大,达30%左右。 硬件阵列是使用专门的磁盘阵列卡来实现的,这就是本文要介绍的对象。现在的非入门级服务器几乎都提供磁盘阵列卡,不管是集成在主板上或非集成的都能轻松实现阵列功能。硬件阵列能够提供在线扩容、动态修改阵列级别、自动数据恢复、驱动器漫游、超高速缓冲等功能。它能提供性能、数据保护、可靠性、可用性和可管理性的解决方案。磁盘阵列卡拥有一个专门的处理器,如Intel的I960芯片,HPT370A/372 、Silicon Image SIL3112A等,还拥有专门的存贮器,用于高速缓冲数据。这样一来,服务器对磁盘的操作就直接通过磁盘阵列卡来进行处理,因此不需要大量的CPU及系统内存资源,不会降低磁盘子系统的性能。阵列卡专用的处理单元来进行操作,它的性能要远远高于常规非阵列硬盘,并且更安全更稳定。 二、几种磁盘阵列技术 RAID技术是一种工业标准,各厂商对RAID级别的定义也不尽相同。目前对RAID级别的定义可以获得业界广泛认同的有4种,RAID 0、RAID 1、RAID 0+1和RAID 5。 RAID 0是无数据冗余的存储空间条带化,具有成本低、读写性能极高、存储空间利用率高等特点,适用于音、视频信号存储、临时文件的转储等对速度要求极其严格的特殊应用。但由于没有数据冗

引物设计的11条黄金法则

引物设计的11条黄金法则

PCR引物设计的11条黄金法则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度(primerlength)常用的是18-27bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于TaqDNA聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最好接近72℃。 GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外,上下游引物的Tm值(meltingtemperature)是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度,一般高于Tm值

5~10℃。若按公式Tm=4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域,引物3′端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第3位易发生简并,会影响扩增的特异性与效率。 5.引物3′端不能选择A,最好选择T。 引物3′端错配时,不同碱基引发效率存在着很大的差异,当末位的碱基为A时,即使在错配的情况下,也能有引发链的合成,而当末位链为T 时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。 6.碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发(Falsepriming)。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端

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08 年第一期螺旋课堂--“荧光定量 PCR 技术”
2008 年螺旋课堂的课程计划!
2007 年已悄然逝去,2008 年已向我们扑面而来。08 年是共和国发展的关键 一年,也是螺旋网抓住机遇,加快发展的关键一年。今年螺旋网将为各位螺友提 供大量的关于生命科学的讨论主题,让各位螺友对生命科学的灵感相互碰撞,达 到共鸣。还有螺旋网将联合一批一线生命科学人员为您的研究保驾护航。同时还 将为大家提供各种资源包括各类电子书、生命科学研究进展、生物软件等。 为此,螺旋课堂 08 年的课程将围绕着最新的研究方法、研究进展进行课程 设置。具体安排如下: 第一期:荧光定量 PCR 技术 第二期:原位杂交技术 第三期:引物的设计原理及方法 第四期:BAC 库的构建技术 第五期:手把手教你进行序列分析
..................... 除以上技术外,欢迎大家点播!
以上讲座的具体时间详见论坛通知!
螺旋网:https://www.doczj.com/doc/1215370758.html,
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磁盘阵列详解配置

磁盘阵列(Disk Array) 1.为什么需要磁盘阵列 如何增加磁盘的存取(access)速度,如何防止数据因磁盘的故障而失落及如何有效的利用磁盘空间,一直是电脑专业人员和用户的困扰;而大容量磁盘的价格非常昂贵,对用户形成很大的负担。磁盘阵列技术的产生一举解决了这些问题。 1 过去十年来,CPU的处理速度增加了五十倍有多,内存(memory)的存取速度亦大幅增加,而数据储存装置--主要是磁盘(hard disk)--的存取速度只增加了三、四倍,形成电脑系统的瓶颈,拉低了电脑系统的整体性能(throughput),若不能有效的提升磁盘的存取速度,CPU、内存及磁盘间的不平衡将使CPU及内存的改进形成浪费。 目前改进磁盘存取速度的的方式主要有两种。一是磁盘快取控制(disk cache controller),它将从磁盘读取的数据存在快取内存(cache memory)中以减少磁盘存取的次数,数据的读写都在快取内存中进行,大幅增加存取的速度,如要读取的数据不在快取内存中,或要写数据到磁盘时,才做磁盘的存取动作。这种方式在单工环境(single-tasking environment)如DOS之下,对大量数据的存取有很好的性能(量小且频繁的存取则不然),但在多工(multi-tasking)环境之下(因为要不停的作数据交换(swapping)的动作)或数据库(database)的存取(因为每一记录都很小)就不能显示其性能。这种方式没有任何安全保障。其二是使用磁盘阵列的技术。磁盘阵列是把多个磁盘组成一个阵列,当作单一磁盘使用,它将数据以分段(striping)的方式储存在不同的磁盘中,存取数据时,阵列中的相关磁盘一起动作,大幅减低数据的存取时间,同时有更佳的空间利用率。磁盘阵列所利用的不同的技术,称为RAID level,不同的level针对不同的系统及应用,以解决数据安全的问题。 一般高性能的磁盘阵列都是以硬件的形式来达成,进一步的把磁盘快取控制及磁盘阵列结合在一个控制器(RAID controller)?或控制卡上,针对不同的用户解决人们对磁盘输出入系统的四大要求: (1)增加存取速度, (2)容错(fault tolerance),即安全性 (3)有效的利用磁盘空间; (4)尽量的平衡CPU,内存及磁盘的性能差异,提高电脑的整体工作性能。 2.磁盘阵列原理 磁盘阵列中针对不同的应用使用的不同技术,称为RAID level, RAID是Redundant Array of Inexpensive Disks的缩写,而每一level代表一种技术,目前业界公认的标准是RAID 0~RAID 5。这个level并不代表技术的高低,level 5并不高于level 3,level 1也不低过level 4,至于要选择那一种RAID level的产品,纯视用户的操作环境(operating environment)及应用(application)而定,与level的高低没有必然的关系。RAID 0及RAID 1适用于PC及PC相关的系统如小型的网络服务器(network server)及需要高磁盘容量与快速磁盘存取的工作站等,因为比较便宜,但因一般人对磁盘阵列不了解,没有看到磁盘阵列对他们价

磁盘阵列配置安装

RAID磁盘阵列|1|1 据统计60%的企业关键数据都存储在企业内部员工的PC机和笔记本 电脑上。对这部分的数据的存储管理及备份管理本应是一个重要问题,但因为用户过于分散及管理工作过于琐碎等原因,反而疏忽了对这些机器上的数据的管理,由于各种原因造成数据丢失。 磁盘阵列的使用方式根据具体需求的不同,连接和配置的方式可谓 是多种多样,都具有各自的特点和功能。 本方案将采用IBM DS4200 磁盘阵列柜为模型,列举目前最具代表性 的配置安装方式供客户参考。 磁盘阵列配置安装

典型用户网络结构: 2.1连接示意图如下: 如图所示,公司、学校。内网有文件服务器1台、WEB 服务器1台、OA 服务器一台、MIS 服务器1台、SQL 数据库服务器1台、共有办公电脑X 台左右客户需求: 1. 公司,学校。需对企业局域网内的PC及工作站终端重要数据备份至服务器 2. 将服务器上的数据备份到磁盘阵列 3. 服务器系统备份、重要PC系统备份 4. 保证公司文件资料的安全性 硬件需求: 1. 服务器一台 2. 磁盘阵列柜一台 综合分析: 此方案硬件连接方便,只需增加存储设备,和一台服务器就能建立 硬件平台,成本小且组建迅速。 典型用户网络结构是目前大多数企业公司现行的网络结构,增加此 方案中磁盘阵列容易实现,能满足客户的多重基本需求,有立竿见影的 作用且使用效率高,硬件方面设备维护简单,数据集中管理,唯独各种 数据(邮件,myserver等)的备份都需要手动操作。但可以使用恰当的 软件弥补该缺点,智能自动备份各种数据

2.2 双机热备方案: 根据ds4300磁盘阵列具有双控制卡的特定本节采用全冗余建议方案 采用2 台IBM p5 520 服务器运行应用,分别运行HACMP 软件, 保证系统的高可靠性。 采用2 台2005 -H08 光纤交换机建立存储局域网环境,分别连 接两台p5 520 服务器和磁盘阵列。2 台光纤交换机可以避免单点故障。 采用IBM DS4300 保证数据存储的可靠性和读取效率。 2 台p5 520 分别通过2 根光纤连接到2 台存储光纤交换机, DS4300 通过4 根光纤连接到2 台存储光纤交换机,如此连接即保证了可靠性,又提高了数据访问的效率。 硬件需求:(所有配置只提供参考,具体根据需求提供详细配置) 服务器:IBM p5 520 2 台;2 颗1.5GHz/1.65GHz 的power5 处 理器,4GB 内存。 2 块73GB 内置硬盘: 用于安装操作系统

磁盘阵列技术详解

由磁盘阵列角度来看 磁盘阵列的规格最重要就在速度,也就是CPU的种类。我们知道SCSI的演变是由SCSI 2 (Narrow, 8 bits, 10MB/s), SCSI 3 (Wide, 16bits, 20MB /s), Ultra Wide (16bits, 40MB/s), Ultra 2 (Ultra Ultra Wide, 80MB /s), Ultra 3 (Ultra Ultra Ultra Wide, 160MB/s),在由SCSI到Serial I/O,也就是所谓的 Fibre Channel (FC- AL, Fibre Channel - Arbitration Loop, 100 – 200MB/s), SSA (Serial Storage Architecture, 80 – 16 0 MB /s), 在过去使用 Ultra Wide SCSI, 40MB/s 的磁盘阵列时,对CPU的要求不须太快,因为SCSI本身也不是很快,但是当SCSI演变到Ultra 2, 80MB/s时,对CPU的要求就非常关键。一般的CPU, (如 586)就必须改为高速的RISC CPU, (如 Intel RISC CPU, i960RD 32bits, i960RN 64 bits),不但是RISC CPU, 甚至于还分 32bits, 64 bits RISC CPU 的差异。586 与 RISC CPU 的差异可想而知 ! 这是由磁盘阵列的观点出发来看的。 由服务器的角度来看 服务器的结构已由传统的 I/O 结构改为 I2O ( Intelligent I/O, 简称 I2O ) 的结构,其目的就是为了减少服务器CPU的负担,才会将系统的 I/O 与服务器CPU负载分开。Intel 因此提出 I2O 的架构,I2O 也是由一颗 RISC CPU ( i960RD 或I960RN ) 来负责 I/O 的工作。试想想若服务器内都已是由 RISC i960 CPU 来负责 I/O,结果磁盘阵列上却仍是用 586 CPU,速度会快吗 ? 由操作系统的角度来看 在操作系统都已由 32 bits 转到 64 bits,磁盘阵列上的CPU 必须是 Intel i960 RISC CPU 才能满足速度的要求。586 CPU 是无法满足的! 磁盘阵列的功能 使用磁盘阵列的好处,在于数据的安全、存取的速度及超大的存储容量。如何确保数据的安全,则取决于磁盘阵列的设计与品质。其中几个功能是必须考虑的:是否有环境监控器针对温度、电压、电源、散热风扇、硬盘状态等进行监控。磁盘阵列内的硬盘连接方式是用SCA-II整体后背板还是只是用SCSI 线连的?在 SCA-II整体后背板上是否有隔绝芯片以防硬盘在热插拔时所产生的高/低电压,使系统电压回流,造成系统的不稳定,产生数据丢失的情形。我们一定要重视这个问题,因为在磁盘阵列内很多硬盘都是共用这同一SCSI 总线!一个硬盘热插拔,可不能引响其它的硬盘!甚幺是热插拔或带电插拔?硬盘有分热插拔硬盘, 80针的硬盘是热插拔硬盘,68针的不是热插拔硬盘,有没有热插拔,在电路上的设计差异就在于有没有保护线路的设计,同样的硬盘拖架也是一样有分真的热插拔及假的热插拔的区别。磁盘阵列内的硬盘是否有顺序的要求?也就是说硬盘可否不按次序地插回阵列中,数据仍能正常的存取?很多人认为不是很重要,不太会发生,但是可能会发生的,我们就要防止它发生。假如您用六个硬盘做阵列,在最出初始化时,此六个硬盘是有顺序放置在磁盘阵列内,分为第一、第二…到第六个硬盘,是有顺序的,如果您买的磁盘阵列是有顺序的要求,则您要注意了:有一天您将硬盘取出,做清洁时一定要以原来的摆放顺序插

QPCR原理及应用

QPCR原理及应用 由于Real-time qPCR的众多优点,现在已经是生命科学领域的一项常规技术。越来越多的研究文章中涉及RT-PCR的实验,也基本上被real-time qPCR 所代替。由于real-time aPCR 输出的数据不同于常规的PCR 电泳检测,很多没有做过real-time qPCR的研究者常常感到高深莫测,不知从何入手;甚至一些做过次实验的研究者也会对数据处理分析感到迷惑,不知所措。 本文就从real-time qPCR的发展史说起,包括real-time qPCR的原理,实验设计,实际操作,数据分析,常见问题解答五个方面,手把手教你从各个方面了解real-time qPCR,彻底的从菜鸟到高手! 一、Real-time qPCR发展史 Real-time qPCR就是在PCR扩增过程中,通过荧光信号,对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期,模板的Ct 值和该模板的起始拷贝数存在线性关系,所以成为定量的依据。由于常规的PCR的缺点,real-time qPCR 由于其操作简便,灵敏度高,重复性好等优点发展非常迅速。现在已经涉及到生命科学研究的各个领域,比如基因的差异表达分析,SNP检测,等位基因的检测,药物开发,临床诊断,转基因研究等。 在Real-time qPCR技术的发展过程中,定量PCR仪的发展起了至关重要的作用。1995年,美国PE公司(已经并入Invitrogen公司)成功研制了Taqman 技术,1996年推出了首台荧光定量PCR检测系统,通过检测每个循环的荧光强度,通过Ct值进行数据分析。从而荧光定量PCR获得广泛应用。现在的定量PCR 仪有ABI7000、7300、7500,7700、7900HT、StepOnePlusTM、StepOneTM、PRISM@StepOneTM系列;BIO-RAD的CFX96、iCycler iQ5@、MyiQ@、MJ Research Chromo4TM Opticon 系列;Stratagene MxTM系列;Roche LightCycler@系列;Eppendorf Masercycler@;Corbett Rotor-GeneTM;Cepheid SmartCycler@和BIOER的LineGene系列。 随国内生命科学的快速发展,科研水平不断提高,发高水平文章已不再是新鲜事。与其同时,国内公司经过长期不懈的努力,也有自主研发的real-time PCR

引物设计OLIGO图解

在专门的引物设计软件中,“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂,但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0的初始界面是两个图:Tm图和ΔG图;Oligo 6.0的界面更复杂,出现三个图,加了个Frq图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一,就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了,打开oligo相信也无需多讲。打开oligo的页面如下: 单击file菜单再点open或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl+O”可打开下面的窗口:在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”: 选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”:

出现以下窗口,点击“window”再点击“Tile”: 出现以下窗口,图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq,其中Frq是6.0版本的新功能,为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误 引发的可能性。因为分析要涉及多个指标,起动窗口的cascade排列方式不太方便,可从 windows菜单改为tile方式。如果觉得太拥挤,可去掉一个指标,如Frq,这样界面的结构同于Oligo 5.0,只是显示更清楚了: ?G值反映了序列与模板的结合强度,最好引物的?G值在5'端和中间值比较高,而在3'端相 对低(如图)。Tm值曲线以选取72℃附近为佳,5'到3'的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标,揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时,宜选 用3'端Frq值相对较低的片段: 再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3:

实例设置RAID1

实例设置RAID1 Intel的ICH5R芯片为例,讲解如何利用两块硬盘来组建RAID 0或RAID 1系统。 二、在BIOS中打开RAID功能 安装好SATA硬盘之后,就要进入BIOS中打开南桥芯片的RAID功能。具体方法是:进入BIOS设置程序的“OnChip IDE Device”窗口,找到一个名为“SATA Mode”的选项,将它设置为“RAID”,然后保存BIOS设置并重新启动电脑。 三、组建RAID系统 在BIOS中启动了RAID功能后,ICH5R南桥芯片内置的“Intel RAID Option ROM”便开始启动,该软件是Intel RAID应用程序,提供BIOS和DOS服务。在系统启动POST(加电自检)时,屏幕上会有一些提示信息,按“Ctrl+I”键便可进入Intel RAID Configuration Utility窗口.在该窗口中,窗口上半部分是主菜单,下半部分显示的是已经安装好的两个硬盘的信息,例如硬盘型号、容量、是否已经组建RAID系统等。 将光标移动到主菜单的“1.Create RAID Volume”上,然后按回车键,此时便进入创建RAID系统的主界面,首先将光标移动到“Name”选项上,在此输入一个RAID卷的名称,一般用默认的名称即可;按“TAB”键,将光标停留在“RAID Level”选项上,在此按向上或向下的箭头按键,可以选择RAID的类型──RAID 0或者RAID 1;根据自己的实际需要选择RAID 类型(如果要提高磁盘性能,则选择RAID 0;如果要更好的安全性,则选择RAID 1)后,按“TAB”键将光标移动到“Strip Size”选项上,选择串列值,一般选择“128KB”。完成上述设置后,按“TAB”键,使光标停留在“Create Volume”上.按下回车键,此时会出现一条提示信息,询问是否确认创建RAID系统. 小提示: 注意,如果是创建RAID 0这种类型的RAID系统,必须在创建前备份硬盘上的数据,否则一旦创建RAID 0系统,则硬盘上的所有数据及分区都会被删除。 按“Y”键确认创建RAID,此时会回到主界面,在窗口的下方会发现硬盘的信息已经发生改变,显示已经创建了一个RAID卷 按“Esc”键,此时会出现确认是否退出的提示信息,按“Y”键退出RAID配置程序,此时系统重新启动。 四、硬盘分区及安装系统 如果创建的RAID系统是RAID 1,那么系统会自动将主盘上的数据备份到从盘上,此时

RAID技术概述

RAID技术概述 RAID的形式是多种多样的,它们都是高可用性和高性能存储的骨干力量。RAID设备的最初应用可以追溯到上世纪80年代末,而在今天,RAID已经成为我们IT生活中一个应用广泛且非常重要部分,以至于很多人已经忘记RAID这个缩写到底是什么意思。 RAID是Redundent Array of Inexpensive Disks的缩写,直译为“廉价冗余磁盘阵列”,也简称为“磁盘阵列”。后来RAID中的字母I被改作了Independent,RAID就成了“独立冗余磁盘阵列”,但这只是名称的变化,实质性的内容并没有改变。简单地讲,RAID技术就是利用多个硬盘的组合提供高效率及冗余的功能。 RAID这个概念最早是由1987年加州伯克利大学的David Patterson,Garth Gibson, Randy Katz提出的,他们的目标是展示一个RAID的性能可以达到或超过当时的一个单一的,大容量的,昂贵的磁盘。在项目开发的过程中,随着频繁的磁盘失败,通过磁盘的冗余来避免磁盘数据的丢失已经是必须的了。这样一来,该项目的研究对于将来的RAID变得至关重要。 一、RAID 的优点 RAID的采用为存储系统(或者服务器的内置存储)带来巨大利益,其中提高传输速率和提供容错功能是最大的优点。 RAID通过同时使用多个磁盘,提高了传输速率。RAID通过在多个磁盘上同时存储和读取数据来大幅提高存储系统的数据吞吐量(Throughput)。在RAID 中,可以让很多磁盘驱动器同时传输数据,而这些磁盘驱动器在逻辑上又是一个磁盘驱动器,所以使用RAID可以达到单个磁盘驱动器几倍、几十倍甚至上百倍

怎样配置磁盘阵列RAID5

怎样配置磁盘阵列RAID5 RAID5是大型磁盘阵列中最常见的一种RAID类型,具有访问速度快,容错率高的优点。下面就详细讲解一下RAID5的常见技术常识 RAID 5 模式的入门知识 RAID 5 是一种存储性能、数据安全和存储成本兼顾的存储解决方案。它既能实现RAID 0的高速存储读取功能也能够实现RAID 1的数据恢复功能,可以说是RAID 0和RAID 1的折衷方案。 RAID 5为系统提供数据安全保障,但保障程度要比磁盘镜像低而磁盘空间利用率要比磁盘镜像高。同时RAID 5还具有和RAID 0相近似的数据读取速度,只是多了一个奇偶校验信息,而且存储成本相对较低。 RAID 5至少需要三块硬盘才能实现阵列,在阵列当中有三块硬盘时,RAID 控制器将会把需要存储的数据按用户定义的分割大小把文件分成碎片再分别存储到其中的两块硬盘上,此时另一块硬盘不接收文件碎片,只用来存储其它两块硬盘的校验信息,这个校验信息是通过RAID控制器上的单独的芯片运算产生的,而且可以通过这个校验信息来恢复存储在两块硬盘上的数据。 另外,这三块硬盘的任务也是随机的,也就是说在这次存储当中可能是1 号硬盘和2好硬盘用来存储分割后的文件碎片,那么在下次存储的时候可能就是2号硬盘和3号硬盘来完成这个任务了。可以说,在每次存储操作当中,每块硬盘的任务是不一样的,不过,不管任务怎么随机分配也是两块硬盘用来存储数据信息,另一块硬盘用来存储校验信息。 RAID 5可以利用三块硬盘同时实现RAID 0的加速功能也实现RAID 1的数据备份功能,并且当其中的一块硬盘损坏之后,加入一块新的硬盘也可以实现数据的还原。 RAID 5模式并不是完全没有缺点,如果阵列当中某块硬盘上的信息发生了改变的话,那么就需要重新计算文件分割碎片,并且,校验信息也需要重新计算,这时,三个硬盘都需要重新调用那么整个系统性能将会降下来。如果要做RAID 5阵列的话,最好使用相同容量相同速度的硬盘,RAID 5模式的有效容量是阵列中容量最小的硬盘容量乘上阵列中硬盘数减一后的数目,这是因为其中有一块硬盘用来存放校验信息。 RAID 5既能够实现速度上的加倍,同时也能够保证数据的安全性,所以在很多高端系统当中都使用这种RAID模式。 如何实现 RAID 5:

手把手教你PCR引物设计来自小木虫

PCR引物设计的黄金法则 1. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度(primer length)常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最好接近72℃。 GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外,上下游引物的Tm值(melting temperature)是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度,一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm= 4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域,引物3′端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第3位易发生简并,会影响扩增的特异性与效率。

5.引物3′端不能选择A,最好选择T。 引物3′端错配时,不同碱基引发效率存在着很大的差异,当末位的碱基为A时,即使在错配的情况下,也能有引发链的合成,而当末位链为T时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。 6. 碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发(False priming)。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构(Hairpin)使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性,尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体(Dimer与Cross dimer)的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话,应尽量使其△G值不要过

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