A f f y m e t r i x全基因组S N P芯片检测
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP) 指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性是基因组上高密度的遗传标志，在人类基因组中已发现的SNP数量超过3000万。作为第三代遗传标记，SNP数量众多、分布密集、易于检测，因而是理想的基因分型目标。SNP分型检测在疾病基因组（如疾病易感性），药物基因组（药效、药物代谢差异和不良反应）和群体进化等研究中具有重大意义。在人研究方面，Affymetrix 公司有分别基于GeneChip和GeneTitan平台的SNP 6.0 芯片和针对中国人群设计的CHB1＆2 Array，既可用于全基因组SNP分析，又可用于CNV分析，极大地方便了中国人类疾病GWAS研究。Affymetrix公司针对多个农业物种也开发了多款商品化的基因分型芯片，如鸡、牛、水牛、鲑鱼、水稻、小麦、辣椒、草莓等，为农业育种研究、遗传图谱构建、群体基因组学研究提供研究手段。此外，Affymetrix公司还支持定制芯片，最低起订量为480个样品。
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基于GeneChip平台的人SNP 6.0 芯片实验流程：
基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片检测流程：
从SNP原理谈SNP分析技术之SNP芯片
日期：2012-05-21 ? ? 来源：网络
标签：?SNP原理?SNP分析?SNP芯片
摘要:?SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。
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广州赛诚生物基因表达调控专题
SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM 技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。
SNP 的分型技术可分为两个时代，一为凝胶时代，二为高通量时代。凝胶时代的主要技术和方法包括限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)、寡核苷酸连接分析(OLA)、等位基因特异聚合酶链反应分析(AS2PCR)、单链构象多态性分析(SSCP)、变性梯度凝胶电泳分析(DGGE)，虽然这些技术与高通量时代的技术原理大致一样，但是由于它不能进行自动化，只能进行小规模的SNP分型测试，所以必然会被淘汰。高通量时代的SNP分型技术按其技术原理可分为:特异位点杂交(ASH)、特异位点引物延伸(ASPE)、单碱基延伸(SBCE)、特异位点切割(ASC)和特异位点连接(ASL)5 种方法。此外，采用特殊的质谱法和高效液相层析法也可以大规模、快速检出SNP 或进行SNP 的初筛。近年来已经在晶体上用“光刻法”实现原位合成，直接合成高密度的可控序列寡核苷酸，使DNA 芯片法显示出强大威力，对SNP 的检测可以自动化、批量化，并已在建立SNP 图谱方面投入实际应用。DNA 芯片法有望在片刻之间评价整个人类基因组。
2007 年5月份，Affymetrix?公司发布了Genome-wide SNP 6.0 芯片，除包括90多万个用于单核苷酸多态性(SNP)检测探针外，还有90多万个用于拷贝数变化(CNV)检测的探针，可使全基因组平均分辨率达3 kb，既可用于全基因组SNP分析，又可用于CNV分析，真正实现了一种芯片两种用途，方便研究者挖掘基因组序列变异信息。通过基因分型信息还可以鉴别中性拷贝数的杂合性缺失(copy neutral LOH)、单亲二体病(UPD)及嵌合现象(可以精确检测到20% 嵌合体)。近来Affymetrix 公司又陆续发布了多款针对东亚、中国、欧洲、非洲等不同人群的SNP基因分型芯片，采用GeneTitan平台进行高通量检测，极大地方便了人类疾病GWAS研究。另外，也推出了牛、水稻等物种的基因分型芯片。
基于GENE Chip平台的人SNP 6.0 芯片实验流程：
基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片检测流程：
现已发现的单核苷酸多态性在人类基因组上就已经达到了三千万以上。SNP分析无论是对于疾病的诊治、药物的开发还是物种群体的进化都具有十分重要的意义。
问：
大夫您好，我女儿是高龄产妇，36岁，现在孕周是29周+，因为高龄所以未做唐筛，直接羊水穿刺，FLSH结果一周后出来无异常，羊水核型分析是9号染色体臂间倒位，医生建议他们夫妻做了外周血染色体检测，现在结果未出。为保险起见，医生还建议他们用羊穿剩余的细胞液继续做SNP Array基因芯片检测，结果两周后出。现在刚拿到结果，非常不好，9号染色体没有问题，却查出X染色体上有7.44M的片段缺失，并且包含了33个致病基因，特别是有一个CDKL5基因的缺失。医生建议放弃这个孩子，他们很不甘心，之前的几次排畸B超都显示胎儿无任何异常。所以，我们还想再请教一下，这样的检测结果是否100%准确？有这些致病基因的缺失是否一定会出现相应的表型？他们还需要再做什么进一步的检查吗？北京贝康医学检验所资质如何？他们如果还想怀孕需要注意什么？30周引产是不是会非常危险？
胎儿基因芯片检测结果显示X染色体上存在7.44mb的基因片段缺失，内含33个致病基因，这样的胎儿是否一定会出现致病基因提示的那些表型？B超显示胎儿无问题，我们是否必须放弃这个胎儿？我女儿这是第二胎，头胎是剖腹产，已经过了三年半，现在要30周引产，是否只能顺产不能剖腹产，危险很大吗？
答：
建议问问羊水穿刺检查实验室，胎儿如果是男胎，最好查下母亲的基因芯片分析。如果女胎，则查夫妇双方芯片，看是否遗传。
问：
实验室告知了是女胎，认为遗传可能性不大，因为如果有这么大片段的基因缺失，我们夫妻
二人一定会有表型，但我们现在很健康，基本可以排除是遗传因素，应该是基因突变。而且如果我们夫妻二人再做基因检查，好需要三周时间，这样胎儿月份就更大了，引产会更困难了吧？
答：
缺失这么大片段理论上会有表型，但只是理论上，最好需要验证夫妇芯片，还是建议查夫妇芯片，至少弄清这个问题。引产在22-28周之间差别不大。
问：
谢谢何大夫，我女儿现在已经30周了，等做完夫妻芯片就该33周了，有点太迟了。另外，如果证明是夫妻一方遗传给孩子的，那能保证孩子也会像父母一样没有表型，是健康的吗？再次感谢您的回复，我们一家人在得知检查结果后各种纠结痛苦难以名状，遗传专家的号又极为难挂，您的回复给了我们极大的帮助，不管最后结局如何，我们都对您感激不尽。答：
如果遗传自夫妇双方之一，提示出生后理论上应该和夫妇之一表型类似，即没有多大影响，这个问题一直没得到证实，孕周一天天大，你考虑的问题可以理解，但没得到明确的答案，所以一直纠结。应该拿到报告时就果断去检测。
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病情信息：1,基因分析正常，父母核型正常，羊穿fish结果正常，羊穿核型异常，一条4号染色体为衍生染色体，短臂末端有遗传物质增加。脐带血核型异常，嵌合体，46,xn,der（4）[3] /46,xn[42] ,异常核型细胞比例6％，正常核型细胞比例94％。镜下分析45个细胞，核型配对15个细胞。
2，22周大排畸发现侧脑室双侧宽9mm,29周5天核磁共振左侧宽14.5右侧宽13.3，33周5天侧宽是15和17。核磁共振除了侧宽，其他结构正常。3，孩子可以生吗？嵌合体的异常核型对孩子有什么影响？孩子以后能正常生育的比例有多少？
Affymetrix SNP芯片数据分析方案
项目一、基本分析 包括： 芯片原始数据的处理和基因分型，我们给出有统计意义的SNP列表。 描述性统计，如minor allele frequency，Hardy-Weinberg equilibrium等。 显著性检验，实验组与对照组的差异，假阳性率（FDR）的计算等。 SNP的关联分析，建立线性模型或logistic回归模型等。(所有的统计可以选择由SAS，SPSS，或S-Plus/R给出) 项目二、Copy Number Variation（CNV）的计算。 CNV是目前的一个热点研究内容。SNP芯片数据可以用于精确地计算CNV。我们提供针对SNP芯片的基于CNAG(Copy Number Analyser for GeneChip), dChip(DNA-Chip Analyzer)和CNAT(Chromosome Copy Number Analysis Tool)等算法的CNV计算结果。 项目三、SNP注释 通过SNP在染色体上的位置，利用寻找SNP可能影响的基因( or EST)。我们也可以对相应基因进行功能的注释（gene ontology ，pathway和转录因子分析等），进而解释SNP可能的作用机理。该部分可以参考常规表达谱芯片的分析。 项目四：基于模式识别的SNP挖掘 传统的SNP挖掘使用统计学的方法来进行，往往在敏感性与特异性上有一定的限制。利用一些模式识别/机器学习的方法可以更好解决SNP筛选问题。我们提供基于决策树等SNP挖掘算法。 Hsiang-Yu Yuan et al. FASTSNP: an always up-to-date and extendable service for SNP function analysis and prioritization. Nucleic Acids Research 2006 34(Web Server issue):W635-W641
现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。 Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。 SNP检测方法汇总 分析SNP的方法有许多种，本文收集目前还在用的方法，按通量从高到低排列： 全基因组测序 这是最贵的方法，但也是看SNP最全的方法 大概一个人样本，花2万元 外显子组测序 外显子组测序，也可以得到较全面的SNP信息
大概一个人样本，花1.5万元 随着人全基因组测序的价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场 全基因组SNP芯片 原理，核酸杂交，荧光扫描 Illumina和Affymetrix都有很著名的全基因组SNP芯片，例如： Affymetrix: CytoScan，SNP 6.0， Illumina: 660，中华，450K等 SNP芯片，在2000~5000元每样本，还是比全基因组测序的2万元一个样本的价格要低质谱法
原理，精确测量PCR产物的分子量，就可以知道SNP位点上是A/C/G/T中的哪一个Sequenome MassArray法测中等通量的SNP位点是十分准确的 单个位点、单个样本的费用约2元人民币 无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规的PCR引物就可以做实验了 如果测几十个点，到上百个点，是很方便的方法 SNPseq法 此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点 原理：
用Goldgate法做出针对某些位点的多重PCR片段高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex 中等偏高通量的方法，一次几十个位点 原理： 用末端特异的引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot
A f f y m e t r i x全基因组S N P芯片检测 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP) 指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性是基因组上高密度的遗传标志，在人类基因组中已发现的SNP数量超过3000万。作为第三代遗传标记，SNP数量众多、分布密集、易于检测，因而是理想的基因分型目标。SNP分型检测在疾病基因组（如疾病易感性），药物基因组（药效、药物代谢差异和不良反应）和群体进化等研究中具有重大意义。在人研究方面，Affymetrix 公司有分别基于GeneChip和GeneTitan平台的SNP 6.0 芯片和针对中国人群设计的CHB1＆2 Array，既可用于全基因组SNP分析，又可用于CNV分析，极大地方便了中国人类疾病GWAS研究。Affymetrix公司针对多个农业物种也开发了多款商品化的基因分型芯片，如鸡、牛、水牛、鲑鱼、水稻、小麦、辣椒、草莓等，为农业育种研究、遗传图谱构建、群体基因组学研究提供研究手段。此外，Affymetrix公司还支持定制芯片，最低起订量为480个样品。 检测原理|?技术优势|?产品列表|?定制芯片|?数据分析| 基于GeneChip平台的人SNP 6.0 芯片实验流程： 基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片检测流程： 从SNP原理谈SNP分析技术之SNP芯片 日期：2012-05-21 ? ? 来源：网络 标签：?SNP原理?SNP分析?SNP芯片 摘要:?SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。 恩必美生物新一轮2-5折生物试剂大促销！ Ibidi细胞灌流培养系统-模拟血管血液流动状态下的细胞培养系统 广州赛诚生物基因表达调控专题 SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM 技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。
基因芯片数据处理流程与分析介绍 关键词：基因芯片数据处理 当人类基因体定序计划的重要里程碑完成之后，生命科学正式迈入了一个后基因体时代，基因芯片(microarray) 的出现让研究人员得以宏观的视野来探讨分子机转。不过分析是相当复杂的学问，正因为基因芯片成千上万的信息使得分析数据量庞大，更需要应用到生物统计与生物信息相关软件的协助。要取得一完整的数据结果，除了前端的实验设计与操作的无暇外，如何以精确的分析取得可信数据，运筹帷幄于方寸之间，更是画龙点睛的关键。 基因芯片的应用 基因芯片可以同时针对生物体内数以千计的基因进行表现量分析，对于科学研究者而言，不论是细胞的生命周期、生化调控路径、蛋白质交互作用关系等等研究，或是药物研发中对于药物作用目标基因的筛选，到临床的疾病诊断预测，都为基因芯片可以发挥功用的范畴。 基因表现图谱抓取了时间点当下所有的动态基因表现情形，将所有的探针所代表的基因与荧光强度转换成基本数据(raw data) 后，仿如尚未解密前的达文西密码，隐藏的奥秘由丝丝的线索串联绵延，有待专家抽丝剥茧，如剥洋葱般从外而内层层解析出数千数万数据下的隐晦含义。 要获得有意义的分析结果，恐怕不能如泼墨画般洒脱随兴所致。从raw data 取得后，需要一连贯的分析流程(图一)，经过许多统计方法，才能条清理明的将raw data 整理出一初步的分析数据，当处理到取得实验组除以对照组的对数值后(log2 ratio)，大约完成初步的统计工作，可进展到下一步的进阶分析阶段。
图一、整体分析流程。基本上raw data 取得后，将经过从最上到下的一连串分析流程。(1) Rosetta 软件会透过统计的model，给予不同的权重来评估数据的可信度，譬如一些实验操作的误差或是样品制备与处理上的瑕疵等，可已经过Rosetta error model 的修正而提高数据的可信值；(2) 移除重复出现的探针数据；(3) 移除flagged 数据，并以中位数对荧光强度的数据进行标准化(Normalized) 的校正；(4) Pearson correlation coefficient (得到R 值) 目的在比较技术性重复下的相似性，R 值越高表示两芯片结果越近似。当R 值超过0.975，我们才将此次的实验结果视为可信，才继续后面的分析流程；(5) 将技术性重复芯片间的数据进行平均，取得一平均之后的数据；(6) 将实验组除以对照组的荧光表现强度差异数据，取对数值(log2 ratio) 进行计算。 找寻差异表现基因 实验组与对照组比较后的数据，最重要的就是要找出显著的差异表现基因，因为这些正是条件改变后而受到调控的目标基因，透过差异表现基因的加以分析，背后所隐藏的生物意义才能如拨云见日般的被发掘出来。 一般根据以下两种条件来筛选出差异表现基因：(i) 荧光表现强度差异达2 倍变化(fold change 增加2 倍或减少2倍) 的基因。而我们通常会取对数(log2) 来做fold change 数值的转换，所以看的是log2 ≧1 或≦-1 的差异表现基因；(ii) 显著值低于0.05 (p 值< 0.05) 的基因。当这两种条件都符合的情况下所交集出来的基因群，才是显著性高且稳定的差异表现基因。
个体化医学检测 微阵列基因芯片技术规范
微阵列基因芯片是基于DNA分子杂交技术原理研制，通过探针结合碱基互补序列的单链核酸，从而确定其相应序列来识别基因或其产物。能够同时快速检测多个基因及其多个位点，在多态性分析、突变分析、基因表达谱测定及杂交测序等多领域具有广泛应用价值。 临床诊断技术使用的微阵列基因芯片，可快速鉴定病原体、检测遗传突变及基因表达，更早更方便的检测肿瘤基因标志，检测药物反应和代谢相关基因多态性来指导临床个体化治疗。 本规范旨在对个体化医学检测中采用微阵列基因芯片检测核酸序列以及基因表达进行一般性技术指导，不包括行政审批要求。 本规范由全国生物芯片标准化技术委员会（SAC/TC 421）提出。 本规范起草单位：全国生物芯片标准化技术委员会、清华大学医学院、生物芯片北京国家工程研究中心、北京博奥医学检验所。 本规范起草人：项光新、李元源、王辉、邓涛、孙义民、张治位、张川、邢婉丽、程京。
1.适用范围 (1) 2.声明/警告 (1) 3.术语和定义 (1) 4.样本处理 (2) 4.1样本类型 (2) 4.2样本采集、运输与保存 (3) 4.3样本质量保证 (3) 4.4样本信息保存 (3) 5.检测各步骤分述 (4) 5.1核酸分离 (4) 5.2核酸定量（如适用） (4) 5.3核酸扩增和标记 (4) 5.4芯片杂交 (5) 5.5信号采集和数据分析 (5) 6.结果报告 (5) 7.质量控制 (5) 8.注意事项 (6) 9.参考文献 (6)
1.适用范围 本规范适用于医疗机构开展微阵列基因芯片个体化医学检测服务。 检测服务需遵循国家卫生主管部门或各专业协会发布的疾病诊疗指南或国家卫生计生委医政医管局个体化医学检测技术专家委员会发布的个体化医学检测指南。 2.声明/警告 本规范所称微阵列基因芯片诊断技术是指从医疗机构获得的临床样本中，提取核酸（DNA或RNA），进行必要的扩增和标记，标记后的靶标与基因芯片进行分子杂交，通过基因芯片扫描仪器获得基因芯片杂交的图像与数据，经计算机程序分析，并给出检测报告的全过程。 3.术语和定义 （1）聚合酶链反应polymerase chain reaction（PCR） 聚合酶链反应或多聚酶链反应是一种对特定的DNA或RNA片段在体外进行快速扩增的方法。 （2）杂交hybridization 具有一定同源序列的两条核酸单链（DNA或RNA）可以通过氢键的方式，按碱基互补配对原则相结合。 （3）突变mutation 是细胞中DNA核苷酸序列发生了稳定的可遗传的改变。 （4）点重复spot replicates 每种探针在芯片上每个阵列中的重复次数。 （5）探针probe
SNP检测(中文) Part I：样本基因组DNA的提取 1.取50 μl血样于离心管中，加PBS缓冲液至1.5mL，轻轻地摇匀。冷冻离心机6500 rpm离心10 min，去掉上清液，保留沉淀物。重复洗2次。 2.向保留沉淀物的离心管中加入DNA提取液500 μl，15 μl的蛋白酶K，混匀放入55℃水浴锅中消化过夜。 3.将消化过夜的反应液冷却至室温，加入等体积冰冷的饱和酚溶液，盖紧离心管盖，缓慢地来回颠倒10 min（在冰上进行），形成均匀的乳浊液。 4.冷冻离心机12000 rpm离心10min。 5.小心地吸取上层水相至新管，用等体积饱和酚再抽提一次。 6.用等体积的氯仿再抽提一次。 7.离心后再取上清液于另一离心管中，加入1∕10体积3mol/L的NaAc使终浓度达到0.3mol/L，并加2倍体积冷无水乙醇，上下倒置混匀，置-20℃冰箱沉淀30-60min。 8.冷冻离心机12000 rpm离心10 min，弃上清液。 9.加入500 μl 70%冷乙醇小心洗涤沉淀。冷冻离心机6500 rpm离心5 min，弃上清，用干净的吸水纸或用吸头将管壁残留的乙醇去除，干燥10～15 min，不要等沉淀完全干燥，否则难以溶解。 10.沉淀于100 μl超纯水中。 11.将提取的基因组DNA进行琼脂糖凝胶电泳及浓度的测定。 Part II：SNP分型检测 1.引物的设计与合成 (1)查阅文献，参考文献中的引物，直接合成； (2)根据SNP的位置找到其序列，设计引物并合成 2.PCR扩增片段 (1)PCR扩增体系： Components Volume (μl)
DNA template1 PrimeSTAR0.5 dNTPs (2.5 mM)1 Primer-F (10 μM)1 Primer-R (10 μM)1 5*PS buffer(Mg2+)10 ddH2O1 (2)PCR扩增程序： (3)将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。 (4)A. 测序法：对目的条带进行切胶回收纯化测序，根据测序结果统计分析各个样本下该SNP的基因型。 B. 酶切法：一般这种方法都有文献支持，在前期可以确定好对应的内 切酶。根据内切酶的反应体系将PCR产物进行酶切，酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。根据酶切条带来统计分析各个样本下该SNP的基因型。 Part II 标签SNP检测 1.引物的设计与合成 根据基因的序列设计扩增片段引物并合成。 2.PCR扩增片段 (1)PCR扩增体系： Components Volume (μl) DNA template1 PrimeSTAR0.5 dNTPs (2.5 mM)1 Primer-F (10 μM)1 Primer-R (10 μM)1 5*PS buffer(Mg2+)10 ddH2O1
基因表达谱芯片的数据分析(2012-03-13 15:25:58)转载▼ 标签：杂谈分类：生物信息 摘要 基因芯片数据分析的目的就是从看似杂乱无序的数据中找出它固有的规律, 本文根据数据分析的目的, 从差异基因表达分析、聚类分析、判别分析以及其它分析等角度对芯片数据分析进行综述, 并对每一种方法的优缺点进行评述, 为正确选用基因芯片数据分析方法提供参考. 关键词: 基因芯片; 数据分析; 差异基因表达; 聚类分析; 判别分析 吴斌, 沈自尹. 基因表达谱芯片的数据分析. 世界华人消化杂志2006;14(1):68-74 https://www.doczj.com/doc/431211895.html,/1009-3079/14/68.asp 0 引言 基因芯片数据分析就是对从基因芯片高密度杂交点阵图中提取的杂交点荧光强度信号进行的定量分析, 通过有效数据的筛选和相关基因表达谱的聚类, 最终整合杂交点的生物学信息, 发现基因的表达谱与功能可能存在的联系. 然而每次实验都产生海量数据, 如何解读芯片上成千上万个基因点的杂交信息, 将无机的信息数据与有机的生命活动联系起来, 阐释生命特征和规律以及基因的功能, 是生物信息学研究的重要课题[1]. 基因芯片的数据分析方法从机器学习的角度可分为监督分析和非监督分析, 假如分类还没有形成, 非监督分析和聚类方法是恰当的分析方法; 假如分类已经存在, 则监督分析和判别方法就比非监督分析和聚类方法更有效率。根据研究目的的不同[2,3], 我们对基因芯片数据分析方法分类如下: (1)差异基因表达分析: 基因芯片可用于监测基因在不同组织样品中的表达差异, 例如在正常细胞和肿瘤细胞中; (2)聚类分析: 分析基因或样本之间的相互关系, 使用的统计方法主要是聚类分析; (3)判别分析: 以某些在不同样品中表达差异显著的基因作为模版, 通过判别分析就可建立有效的疾病诊断方法. 1 差异基因表达分析(difference expression, DE) 对于使用参照实验设计进行的重复实验, 可以对2样本的基因表达数据进行差异基因表达分
基因芯片检测服务内容和技术指标 一、服务内容说明： 、项目服务总样本量为：例，在合同订立后个月内完成检测，并完成例数据的生物信息学分析。 2、使用公司的? ，该芯片产品说明、技术指标等内容见下。 3、实验过程（包括样品收集、处理和运输；实验实施；数据处理及后续生物信息学 分析）中的具体内容： 提供项目总体实施方案，包括实验设计，实验样品准备，实验操作流程，数据处理，数据分析等部分。 （）实验设计中包括，对实验总体方案的设计，和对血液离体后快速分离核酸的方法，实验批次间的数据归一化问题，指控样本的选择及数量等问题的说明； （）实验实施中包括，对样本采集的要求，细胞数量质量的规定，核酸质量的规定，样本保存运输的条件及要求； （）实验操作中包括，提供样本前处理，样本核酸抽提，核酸质量控制及后续实验的整体详细的规范操作流程； （）数据处理中包括，数据标准化，如何处理质量较差的样本，如何特殊处理临界样本，如何进行批次间指控等特殊情况的处理说明； （）数据分析中包括，常规的选择差异基因，并根据顾客需求，设计定制服务。 要求提供分析总体方案和相应问题的解决策略。 二、技术指标： 1、必须提供公司在中国区的服务授权书，即：公司的认证证书； 2、必须是公司优秀服务商，并提供颁发的优秀服务商证书； 3、公司必须有完善的质量管理体系，包括 （1）有独立的部门， （2）有完善的，提供相应的文件， （3）有认证，提供质量管理体系的认证书， （4）有级实验室，提供相应的（病原微生物实验室备案凭证）， 4、生物信息学分析方面，要有很强的分析能力或者成熟软件。 5、服务水平及反馈信息： （）实验需达到天处理个样本以上的能力，并提供完整的数据质量控制和质量分析报告，完成数据的初步分析。 （）返回给客户的数据包括： （）从样本中抽提的质量报告（），得率及质量报告，片度化后的得率及质量报告（所有应提供电泳或质检图）； （）所有芯片扫描的原始文件，包括、、、、格式原始文件及原始扫描图片文件； （）返回总体质量评估报告和初步数据分析； （）定制化的分析流程，分析策略，源代码（若需要使用开源软件编写程序）及最终结果。
基因芯片检测试剂盒 研发背景 致病微生物是影响人类健康、食品安全的主要因素之一。对于致病微生物的检测除了传统的免疫学检测之外，分子生物学检测以其灵敏度高、检测时间短等特点得到越来越广泛的应用。基因芯片检测试剂盒是利用高通量生物芯片检测技术制备而成的快速集成检测产品，该类产品灵敏快速、信息量大、操作便捷，可对样品中多种致病菌同时进行检测分析。目前，天津生物芯片已自行研发出8种基因芯片检测试剂盒产品（检测菌种总计可达69种菌，44种血清型）。这些产品已在出入境检验检疫局、中国CDC及各省市CDC应用，效果良好。 核心技术 掌握利用细菌表面多糖抗原合成基因簇中的特异基因筛选特异分子标识的关键技术，已获得了 建立了当前国际上容量最大的致病微生物特异分子标识库——包括520余种不同细菌的特异分 ●种属水平——拥有121个细菌种属水平的特异分子标识。 ●血清型水平——拥有针对405种血清型的特异分子标识。 在FEMS Microbiology Reviews、Journal of Bacteriology等国际微生物权威期刊上发表65篇关于 具有丰富的菌株资源——菌种库中共有标准菌株3500余株、临床分离株8000余株，其中包括 产品特性 芯片所用探针均经过生物信息学分析，确保了每条探针都有着较高的种内保守性和种间特异性， 芯片所用探针均经过大量菌株实验验证，监测范围内和范围外均经过了标准株和临床株的双重 实用性强。针对高致病性或者食品、水产品、饮用水中较常出现并且对人类有着较高威胁的致 灵敏度高。可实现对检测菌1ng DNA的检测。 1
2.4性能指标 高特异性和高保守性：实现对每一种检测菌的准确检测，确保试剂盒具有较高的保守性和特异 高灵敏性：当样品中检测菌的DNA量达到1ng时，可实现对检测菌的准确检测。 高重复性：针对每一种检测菌多次重复可实现100%的重复检测。 稳定性：有效期长达6个月。 2.5订货信息
芯片达人教你如何看数据手册 2013-11-30 15:21:38 分享： 标签：数据手册datasheet 【摘要】数据手册怎么看？先看芯片特性、应用场合、内部框图，有一个宏观的了解。重点关注芯片参数，同时参考手册给出的参数图。选定器件后，研究管脚定义、推荐的PCB layout。内部寄存器，时序图必须研究透彻。数据手册中的note，都必须仔细阅读，是把芯片用好的关键所在。 不管什么芯片手册，它再怎么写得天花乱坠，本质也只是芯片的使用说明书而已。而说明书一个最显著的特点就是必须尽可能地使用通俗易懂的语句，向使用者交代清楚该产品的特点、功能以及使用方法。无论什么芯片手册，都不会存在生僻的单词语法（专业词汇除外），运用在大学英文知识去分析这些手册足矣。（当然另外一种选择是看中文版数据手册，像搜ic 数据手册之类的专业datasheet翻译网站，语法不一定符合国人语言习惯，但术语还是基本正确的，见仁见智吧。） Datasheet为何难读？难点有三： 语言风格——跟平常我们所阅读的新闻、报导都不一样，好多数据手册在表达意思上的连贯性做得不好，没有太大联系的两句话就放在了一起，没办法，只得接受（莫非这也是中外思维的差异？） 长句太多——为保证严谨，不至于让读者产生误解，数据手册通常多用长句描述，并且长句所描述问题都比较关键。这很让人头疼，要连贯地理解这些长句，需要较好的记忆力。当然，俺们也有笨办法：按照古老的主谓宾状补结构，把整个长句拆开，对每一个小短句进行分析，最后联系上下文揣摩出整句意思。
专业词汇多，甚至有字典上都找不到的单词，——没办法，一得靠平时的积累，二得善于借助网络资源翻译，比如搜ic数据手册（https://www.doczj.com/doc/431211895.html,）就是个挺专业的网站。不过强调一下：我们没有必要把每一个单词的意思都完完全全地、准确无误地翻译出来，只要理解它所表达的意思就足够了，就说是只需意会，不必言传倒也合适。 以AD9945为例，我们可以这么去读芯片数据手册： 1、先看看芯片的特性（Features）、应用场合（Applications）以及内部框图。这有助于我们对芯片有一个宏观的了解，此时需要弄清楚该芯片的一些比较特殊的功能，充分利用芯片的特殊功能，对整体电路的设计，将会有极大的好处。比如AD9945可以实现相关双采样（CDS），这可以简化后续信号调理电路，并且抵抗噪声的效果还好。 2、重点关注芯片的参数，同时可以参考手册给出的一些参数图（如AD9945的TPC 1，TPC2等），这是是否采用该芯片的重要依据。像AD9945，就可以关注采样率（maximum clock rate）、数据位数（AD converter）、功耗（power consumption）、可调增益范围（gain range）等。 3、选定器件后，研究芯片管脚定义、推荐的PCB layout，这些都是在硬件设计过程中必须掌握的。所有管脚中，要特别留意控制信号引脚或者特殊信号引脚，这是将来用好该芯片的前提。比如AD9945的SHP、SHD、PBLK、CLPOB等。 4、认真研读芯片内部寄存器，对寄存器的理解程度，直接决定了你对芯片的掌握程度。比如AD9945就有4个寄存器：Operation、Control、Clamp Level和VGA gain，对于这些寄存器，必须清楚它们上电后的初始值、所能实现的功能、每个bit所代表的含义这些基本情况。
1定义：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP 并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。依据排列组合原理,SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换（C T，在其互补链上则为G A），也可能是颠换（C A，G T，C G，A T）。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有
基因芯片文献综述 摘要：基因芯片技术是伴随着人类基因组计划的实施而发展起来的生命科学领域里的前沿生物技术。目前，人们对疾病的分类和诊断的水平已经有了进一步的提高，基于基因芯片的特征选择技术在其中起到了关键性的作用。经过十几年的发展，基因芯片技术也在不断完善、成熟，并广泛运用于生命科学的各个领域。本文重点介绍基因芯片技术的进展、分类、应用领域及发展前景。 关键词：基因芯片技术背景，分类，应用领域，展望 1．基因芯片技术背景 1.1技术背景 20世纪80年代启动的由多个国家参加的人类基因组计划，被称为是继曼哈顿原子计划、阿波罗登月计划之后的第三大科学计划，这个计划的完成对人类认识自身，提高健康水平，推动生命科学、医学、生物技术、制药业、农业等的发展具有极其重要的意义。 随着人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)的完成以及分子生物学相关学科的迅猛发展，极大地带动了人类疾病相关基因以及病原微生物基因的定位、克隆、结构与功能研究，基因芯片(gene chip)就是在这个背景下发展起来的一项分子生物学新技术[1]。 1.2基因芯片概念 基因芯片即DNA芯片或DNA微阵列，大小如指甲盖一般，每个芯片的基而上都可以划分出数万至数百万个小区，在指定的小区内，可固定大量具有特定功能、长约20个碱基序列的核酸分子。它是把大量己知序列探针集成在同一个基片(如玻片、膜)上[2-4]，经过标记的若干靶核苷酸序列与芯片特定位点上的探针杂交，通过检测杂交信号，对生物细胞或组织中大量的基因信息进行分析。 1.3基因芯片特点 其突出特点在十高度并行性、多样性、微型化和自动化。高度的并行性不仅可以大大提高实验的进程，而且有利于DNA芯片技术所展示图谱的快速对照和阅读。多样性可以在单个芯片中同时一进行样品的多参数分析，从而避免因不同实验条件产生的误差，大大提高分析的精确性。微型化可以减少试剂用量和减小反应液体积，降低实验费用。高度自动化则可以降低制造芯片的成本和保证芯片的制造质量[5]。1995年Science杂志首次报道了Schena等人用DNA微阵列技术并行检测拟南芥多个基因的表达水平。1994年第一张商业化基因芯片由Affymetrix公司推出。 二．分类 基因芯片有不同的分类方法： ①按其片基不同可分为无机片基芯片和有机合成片基芯片； ②按其应用不同，可分为表达谱芯片、诊断芯片、检测芯片； ③按其制备方法不同可分为原位合成芯片和合成后交联芯片(合成后点样芯片)； 最常用的还是按载体上所点探针的长度分为cDNA芯片和寡核苷酸芯片两种。
https://www.doczj.com/doc/431211895.html,/contents/94/382.html中国医药生物技术协会 生部日前下发通知,决定将基因芯片诊断技术审批权“下放”到省级卫生主管部门。这意味着今后在临床上,将有越来越多的有资质的临床医生使用该项技术。业内人士分析,此举是卫生部在医药卫生系统推进科技产业化的风向标之一。 据基因科学家介绍,如采用基因芯片技术,对心血管疾病、神经系统疾病、内分泌系统疾病、免疫性疾病、代谢性疾病等早期诊断率将大大提高,而误诊率会大大降低。 基因芯片带来巨大商机 基因芯片技术此前我国需要经过卫生部门的审核,医院才可以把它运用到临床治疗中。 基因芯片专家严新民、郑芳在接受采访时说,疾病的发生发展经历了从基因到蛋白质,再到细胞、组织的变化,最后表现在脏器层面等一系列复杂的过程。传统诊断技术最多能捕捉到蛋白质层面,而基因芯片可以分析到分子层面。 专家表示,迄今为止,国内已有多款基因芯片产品获得不同形式的新药及医疗器械证书,其中部分项目获得国家“863”等重大课题资助。 基因芯片技术的推广必然带来巨大的商机,我国已经有一些依靠基因芯片技术而发展起来的公司。中山大学达安基因股份已成为实力雄厚的上市公司。 产业化需要长线投入 基因诊断需要尖端的设备,从业人员需要有十分专业的技术,因此其收费也非常昂贵。不少医院看准这项技术将带来丰厚的收入,不过,卫生部对基因诊断临床应用有严格的规定。 据介绍,目前获准开展基因芯片诊断技术的医疗机构不仅要求是三级医院,还要有卫生行政部门核准登记的医学检验科诊疗科目,有涉及生物安全的样本采集和处理的相应安全等级的实验室。同时,对相应的仪器设备也有严格的要求。 华南基因组研究中心主任郑文岭坦言,由于基因芯片诊断技术没有前期的管理规范,而在健康保健领域又存在着大量不规范应用的行为,令人没有信服感,至今还未能在临床上大规模应用。 不过,新的规定令以前高高在上的尖端科技“跌落云端”,基因诊断将更快走入寻常百姓家,产业化规模也有望迅速扩大。专家介绍,目前全球提供基因检测的机构有1762家,绝大部分在美国;可以应用基因检测的疾病达到1502种。但目前一半以上的人类基因功能还是未知数。链接 一滴血验癌症是否靠谱 人们经常会看到这样的广告:只需一滴血,你就可以预知自己是否会患上癌症等疾病。这样的基因诊断是否可信呢?据专家介绍,基因诊断能预知疾病,但其结果并非一定就会发生。 基因改变作为最早期的量变,与疾病的关系并不能一一对应,所有基因检测的结果,仅具有参考价值。比如癌症,基因检测可明确找出一个人是否携带相关的癌症基因,但是癌症发病受环境、遗传等诸多因素影响,有突变基因不代表一定会发病。而从业人员是否接受过完整、规范的培训,是否能准确地操作出检验结果,也很重要。 基因芯片诊断主要适用于那些依靠目前的临床诊断手段仍无法确诊,而病人已有症状或者主观感觉不适者。客观地说,基因芯片并不能完全取代目前临床实验室诊断,而只能视其为补充或扩展。(江华) PCR基因芯片和配套检测仪器可行性报告书 【字号大中小】发布时间:2010-05-25 来源： PCR基因芯片和配套检测仪器可行性报告书
基因芯片技术 2007-12-17 基因芯片技术及其研究现状和应用前 景 陈华友，崔振玲（上海200062华东师范大学生物系分子生物学实验室） 摘要：基因芯片技术是90年代中期以来快速进展起来的分子生物学高新技术，是各学科交叉综合的崭新科学。其原理是采纳光导原位合成或显微印刷等方法，将大量DNA 探针片段有序地固化予支持物的表面，然后与已标记的生物样品中DNA分子杂交，再对杂交信号进行检测分析，就可得出该样品的遗传信息。基因芯片技术目前国内外都取得了较大的进展，该技术可用于DNA测序，基因表达及基因组图的研究，基因诊断，新基因的发觉，药物选择，给药个性化等等，因此为二十一世纪生物医药铺平道路，将为整个人类社会带来深刻广泛的变革，促进人类早日进入生物信息时代。 关键词：基因芯片；微阵列；基因诊断；药物选择 生物芯片技术是随着"人类基因组打算"（human ge nome project, HGP）的进展而进展起来的，它是90年代中期以来阻碍最深远的重大科技进展之一，它融微电子学、生物学、物理学、化学、运算机科学为一体的高度交叉的新技术，具有重大的基础研究价值，又具有明显的产业化前景。生物芯片技术包括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片、以及元件型微阵列芯片、通道型微阵列芯片、生物传感芯片
等新型生物芯片（1）。本文要紧讨论基因芯片技术，它为"后基因组打算"时期基因功能的研究提供了强有力的工具，将会使基因诊断、药物选择、给药个性化等方面取得重大突破，该技术被评为1998年度世界十大科技进展之一。 1 差不多概念 基因芯片（gene chip）也叫DNA芯片、DNA微阵列（DNA microarray）、寡核苷酸阵列（oligonucleotide array），是指采纳原位合成（in situ synthesis）或显微打印手段，将数以万计的DNA探针固化于支持物表面上，产生二维DNA 探针阵列，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号来实现对生物样品快速、并行、高效地检测或医学诊断，由于常用硅芯片作为固相支持物，且在制备过程运用了运算机芯片的制备技术，因此称之为基因芯片技术。 2 技术差不多过程 2．1 DNA方阵的构建 选择硅片、玻璃片、瓷片或聚丙烯膜、尼龙膜等支持物，并作相应处理，然后采纳光导化学合成和照相平板印刷技术可在硅片等表面合成寡核苷酸探针;（2）或者通过液相化学合成寡核苷酸链探针，或PCR技术扩增基因序列，再纯化、定量分析，由阵列复制器（arraying and replicating de vice ARD），或阵列机（arrayer）及电脑操纵的机器人，准确、快速地将不同探针样品定量点样于带正电荷的尼龙膜或硅片等相应位置上，再由紫外线交联固定后即得到DNA微阵列或芯片（3）。
1定义： 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。依据排列组合原理,SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。理论
基因芯片技术的诞生为生物技术工作人员打开了一道科研的便利之门，曾被评为1998年年度十大科技进展之一。本文对基因芯片的实验原理、技术基础、分类、用途、操作主要环节等内容做详细的介绍。 基因芯片技术的诞生为生物技术工作人员打开了一道科研的便利之门，曾被评为1998年年度十大科技进展之一。本文对基因芯片的实验原理、技术基础、分类、用途、操作主要环节等内容做详细的介绍。 1.基本原理和技术基础 基因芯片以DNA杂交为基本原理，基于A和T、G和C的互补关系。它是在探针的基础上研制出的。所谓探针是一段人工合成或筛选出的已知顺序的碱基序列，样品分子上连接有一些cy3、cy5等可检测的物质。经激光共聚焦荧光显微镜检出杂交或反应信号，通过计算机处理、分析，即可获得所需信息。例如，用红、绿荧光分别标记实验样本和对照样本的cDNA，混合后与微阵列杂交，可显示实验样本和对照样本基因的表达强度(显示红色、绿色或黄色)，由此可在同一微阵列上同时检测两样本的基因表达差异。在基因芯片工作过程中，固定位点使用不同分子生物学技术和碱基互补配对原则与待测基因片段杂交，并通过自动阅读设备分析杂交结果，达到定性、定量分析的目的。基因芯片通过应用平面微细加工技术和超分子自组装技术，把大量分子检测单元集成在一个微小的固体基片表面，可同时对大量的核酸等生物分子实现高效、快速、低成本的检测和分析。 基因芯片的检测主要建立在放射标记技术、荧光标记技术、质谱分析、化学发光等技术上。使用荧光标记的基因芯片需要专用的荧光扫描仪。对于高密度的基因芯片，目前最常用的是激光共聚焦显微镜和高性能的冷却CCD。目前专用于荧光扫描的扫描仪大致分为两类：一类是基于CCD(charge-coupled device，电荷耦合装置)的检测光子;另一类则是基于PMT(photomultiplier tube，光电倍增管)的检测系统。 生物芯片的发展得益于微细加工技术和现代分子生物技术的结合。随着人类基因组计划的实施，现代分子生物技术也取得了巨大突破：体外基因扩增技术实现了核酸样品的快速制备和放大，基因扩增后可进行基因测序，而基因探针技术使得基因测序的检测自动化成为可能，极大地促使了生物芯片的发展。微阵列的加工借助的是微电子工业中应用十分成熟的光学光刻技术和微机电系统加工中所采用的各种方法，根据要求在玻璃、塑料、硅片等基底材料上加工出用于生物样品分离、反应的各种微细结构，然后在微结构上施加表面化学处理。光学光刻的第一步是通过光学制板照相制备掩模。制备好的掩模通常是镀有铬层的石英玻璃板，该铬层事先已按微细结构的图形被刻蚀成透光和不透光两个部分。第二步是光刻，让掩模与表面涂有光刻胶的硅片接触，然后让光源通过掩模照射到硅片上。通过显影光刻胶中的图形，使其上未被掩模遮掩的部分被溶解除去。上述工作完成之后，通过对无胶保护的硅片用腐蚀剂蚀刻，再去除剩余的光刻胶便可获得所需生物芯片的微细结构。微米级甚至纳米级的微细加工技术使得数以
芯片项目分析内容说明（示例）： 1）原始芯片数据处理： 我们重老师提供的数据列表中下载了408张非重复的芯片，这些芯片来自13批不同的数据，首先，我们使用RMA算法对每一个批次的芯片，分批进行了信号值处理，经过PCA分析后发现，不同的芯片按照不同的批次被分开，说明来自不同实验的数据之间存在非常强的批次效应。 对应文件为: 01原始芯片数据处理\RMA_in_Batches\all_exp.xls.PCA3D.pdf 截止，我们将所有芯片的放在一起，一起使用RMA算法进行信号值处理，经过PCA分析后发现，纵使是将所有芯片一起进行RMA处理，这些来自不同实验的数据还是存在批次效应。对应文件为：01原始芯片数据处理\RMA_in_Batches\ all_exp.xls.PCA3D.pdf 2）批次效应矫正： 因为，来自不同实验的数据之间存在批次效应，所以我们使用基于经验贝叶斯方法的ComBat 算法对不同批次的数据进行批次效应矫正。 我们使用将全部芯片放在一起进行RMA处理后的数据作为输入文件，进行批次效应表达量矫正，然后使用PCA分析发现，批次效应基本被消除掉了。 对应文件为：02批次效应矫正\校正前\all_exp.xls.PCA3D.pdf 02批次效应矫正\校正后\Adjusted.all_exp.xls.out.xls.out.PCA3D.pdf 3）差异分析: 我们使用t_test和方差分析对批次效应矫正前后的数据都进行差异检测，我们使用t_test的pvalue<0.01和方差分析的pvalue<0.01为标准选取差异基因，对于校正后我们共得到26760个差异探针，对于校正前我们23349个差异探针，我们对得到的差异探针都经行了PCA分析和cluster分析 对应文件：03差异表达\ 4）特征选择： 我们使用SVMRFE算法，一种基于支持向量机的特征选取算法，对差异探针，进行了特诊选择。我们对校正前和校正后的差异探针都进行了特征选择 SVMRFE会将特征基因按照从高到低的顺序进行排序，我们选择排名前10,前20，前30，前40的探针，进行PCA分析，观测使用特征基因进行分类是否准确。 对应文件：04SVMRFE\ 其中nohup.out文件为进行SVM分类时，选取不同数量特征基因，使用留一法交叉验证所得到的准确率。 下图为特征选择前后样本的热图分析结果。
SNP的检测方法（直接测序法与PCR-SSCP） 人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。SNP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的30亿个碱基中，平均每1000个就有一个SNP。SNP作为第三代遗传标记，在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发挥着愈来愈重要的作用。 1.直接测序法进行SNP分析 在所有SNP的检测方法中，对欲检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法。通常情况下，纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP位点的测序峰为套峰，因而很容易将其区分开来。通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。 2. PCR-SSCP方法 单链构象多态性分析（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一种简单、高效地检测DNA或RNA序列中点突变的技术，由于实验成本较低，也是一种目前较为常用的方法。 检测原理： 单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开。 需要注意的问题：
A．PCR-SSCP只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步 测序。 B．由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。 C．经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90%可被SSCP发现。