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植物转录因子的超表达及其在分子育种中的应用_张秋平

分子植物育种,2006年,第4卷,第3期,第411-418页

MolecularPlantBreeding,2006,Vol.4,No.3,411-418

专题介绍

Review

植物转录因子的超表达及其在分子育种中的应用

张秋平1,2杨宇红1谢丙炎1*刘志敏2

1中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京,100081;2湖南农业大学园艺园林学院,长沙,410128

*通迅作者,xieby@mail.caas.net.cn

摘要植物在生长发育过程中经常遭受到许多生物和非生物因素的胁迫,需要通过对基因的调控来适应,而转录因子在植物的生长发育和防卫反应的表达调控中有着非常重要的作用,因此需要对转录因子的功能进行深入的研究。为了研究转录因子的功能,一系列的反遗传学工具随之发展起来,包括超表达、反义抑制、基因敲除等,而最为普遍的则为基因敲除技术与超表达技术。本文对基因敲除与超表达进行了比较和对比,阐述了转录因子独特的特性和作用模式以及超表达策略,总结了各种以超表达为基础的方法学,包括组成型表达、组织特异性表达、化学诱导表达等,并说明了超表达后如何进行分析。然后结合转录因子超表达的转基因应用方面分析了其在分子育种上的应用前景。

关键词转录因子,基因敲除,超表达,分子育种

OverexpressionofPlantTranscriptionFactorsanditsApplicationinMolec-ularBreeding

ZhangQiuping1,2YangYuhong1XieBingyan1*LiuZhimin2

1InstituteofVegetablesandFlowers,ChineseAcademyofAgriculturalSciences,Beijing,100081;2CollegeofHorticultureandLandscape,HunanA-griculturalUniversity,Changsha,410128

*Correspondingauthor,xieby@mail.caas.net.cn

AbstractPlantoftensubjecttomanybioticandabioticfactorsinplantgrowthanddevelopmentphases,anditmustadapttotheenvironmentthroughregulationofgenes.Transcriptionfactors(TFs)playimportantrolesinplantdevelopmentanditsresponsetotheenvironment,soweneedtoresearchthefunctionoftranscriptionfactorsdeeply.Asaresult,avarietyofreversegeneticstoolshavebeendevelopedtostudyTFfunction,includeantisensesuppression,overexpression,knockoutandsoon.Thetwomostcommonlyusedonesareknockoutandoverex-pression.Thisreviewcomparesandcontraststheknockoutandoverexpressiontechniques,andillustratestheu-niquecharacteristicsandmodesofactionofTFsandtranscriptionalfactorovexpressionstrategy,thensummarizesthevariousoverexpession-basedmethodologies-constitutiveexpression,tissue-specificexpression,chemicallyin-ducibleexpression,andillustratehowtoanalyzeafteroverexpression.Atlast,basedonitstransgenicapplication,itdiscussestheapplicationforegroundinmolecularbreedingoftranscriptionfactorsoverexpression.

KeywordsTranscriptionfactor,Knockout,Overexpression,Molecularbreeding

转录因子也称反式作用因子,是指具有与真核生物启动子特定DNA序列结合活性的蛋白质分子,或者是具有已知DNA结合域结构特征的蛋白质分子(刘强等,2000,科学通报,45(14):1465-1474)。转录因子能与基因启动子区域中的顺式作用元件发生特异性相互作用,通过它们之间以及与其它相关蛋白之间的相互作用激活或抑制转录。转录因子在基因调控的选择性方面起主要作用,而且一般在特定的刺激方式下,在植物特定的组织和特定的生长发育阶段表达。因此植物驯化过程中许多形态特点的进化都与转录因子的变化或转录因子的调控有关(Pengetal.,1999;Wangetal.,1999)。同时,转录因子参与到植物防卫反应的各种信号途径,在调节植物的生长发育和对环境的反应等方面起着重要的作用(李蕾

分子植物育种

MolecularPlantBreeding

等,2005)。由于一个逆境相关转录因子可以调控多个下游功能基因的表达,因此利用转录因子来改良植物的抗逆性比单个下游功能基因的转基因应用能获得更加理想的综合效果,这也为分子育种提供了一条十分有效的途径。

随着拟南芥基因组测序工程的完成,已推断至少有1533个编码转录因子的基因,约占其估计总基因数的5.9%,而拟南芥中植物特有的转录因子约占45%(Riechmannetal.,2000)。拟南芥中的转录因子基因数量如此之大,种类如此之多,表明植物转录调控的复杂性,也表明了植物转录因子研究的重要性。因此,大量用来研究转录因子功能的反遗传学方法迅速发展,包括基因的互补实验、超表达、反义抑制、基因敲除、基因诱捕、基因激活等,用得最普遍的两种即基因敲除和超表达。然而,由于转录因子独特的特性和作用模式,用超表达分析来研究转录因子的功能显得更加有效。因此,很多基于超表达的用来分析转录因子功能的方法形成了,如:组成型表达、组织特异性表达、化学诱导表达等。

1基因敲除与超表达策略的比较

1.1基因敲除技术

基因敲除是指对一个结构已知但功能未知的基因,从分子水平上设计实验,将该基因去除,或用其它序列相近基因取代,然后从整体观察实验动物,推测相应基因的功能。基因敲除包括定点敲除、T-DNA或转座子插入突变。

近年来,通过插入突变和RNA干扰(RNAi)对酿酒酵母和线虫进行了基因敲除分析,并且获得了大量相关基因的信息(Giaeveretal.,2002;Kamathetal.,2003)。但是在这些实验中也都存在一个问题,即在产生的突变体中,仅仅只有非常小的部分表现出表型的变化。如:19427个线虫基因中有86%被敲除,这其中又只有10%表现出表型变化。另外在基因组中单拷贝的基因比多拷贝的基因更容易表现出RNAi表型。因此,Kamath等(2003)推测:最近复制的横向同源物paralogs(一个祖先序列通过复制等方法在基因组中产生的歧化序列)至少有部分是冗余的,从而导致低的表型比率。

基因敲除方法在植物功能基因组的研究中也存在类似的问题。研究者们通过T-DNA插入突变和转座子插入突变对拟南芥基因组进行了大量的研究,但是得到的能够说明转录因子功能的表型相对太少(BoucheandBouchez,2001)。这一方面可能是由于我们不能发现细微的表型变化导致的。另外一个关键的原因就是基因的功能冗余问题。Vision等(2000)认为功能冗余很有可能是拟南芥染色体的大量复制的结果,Kumaran等(2002)则认为功能冗余的问题也可能是转录因子引起的,因为转录因子一般属于一个包含了很多近源基因的大的基因家族,而且很多实验证明同时敲除掉多个转录因子可以产生表型。

1.2超表达技术

超表达是指目的基因的全长序列与高活性组成型启动子或组织特异性启动子融合,通过转化,获得该基因产物大量积累的植株。与基因敲除技术相比,超表达技术的一个重要优势就是其受功能冗余问题的影响不大,因此通过超表达可以鉴定很多基因敲除无法鉴定的转录因子的功能。Stevenson等(2001)发现,基因的随机大量超表达可以鉴定酵母中与细胞周期有关的基因,而这些基因的功能用基因敲除方法很难鉴定。同时,在植物中也有很多实验证明:通过转录因子基因敲除不能产生有价值的表型,而在基因超表达时能鉴定其功能(vanderGraaffetal.,2002;Baimaetal.,2001;FanandDong,2002;Pontieretal.,2001)。甚至当基因敲除能产生表型时,超表达仍然具有一定的意义,因为通过超表达还可以产生一些完全意想不到的表型,通过这些表型则可以了解到很多不被注意的转录因子的功能(Wadaetal.,1997;2002)。当然超表达也具有一定的局限性,如其可能会导致转基因植株的致死效应或强烈的多重效应,很难从表型中鉴定出转基因植株。

现在还没有足够和直接的数据来比较和对比超表达和基因敲除策略,但是可以肯定的是两者都是功能基因组学研究的有力手段。

2转录因子超表达

2.1转录因子超表达策略

2.1.1使用高效组成型启动子驱动转录因子超表达在超表达外源基因时,选择合适的启动子是增强外源基因表达的关键,目前常用的植物表达启动子有花椰菜花叶病毒35S(CaMV35S)启动子、水稻肌动蛋白基因(ActⅠ)启动子、玉米泛素基因(UbiⅠ)启动子等组成型启动子。在这些启动子调控下,外源基因在转基因植物的所有部位和发育阶段均做同等水平表达(Huangetal.,2001)。转录因子一般在高效

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组成型启动子驱动下超表达,得到功能获得型转录因子等位基因,如CaMV35S启动子。对转录因子进行的超表达研究绝大多数都是利用35S启动子构建表达载体,并且也已经报道了很多成功的实例。通过这一策略进行超表达经常会获得超效等位基因,其表型则可以直接地揭示内源基因的功能。如:在超表达时,许多转录因子自身就能产生大量的表型,如非生物胁迫忍受力(Hsiehetal.,2002a;2002b;Kangetal.,2002;Parketal.,2001;Kimetal.,2001;Dubouzetetal.,2003;Chinnusamyetal.,2003)、抗病性(KimandDelaney,2002;ChenandChen,2002;Guetal.,2002)、异位体细胞胚胎的形成(Boutilieretal.,2002;Stoneetal.,2001)、异位毛状体形成(Kiriketal.,2001)或生物化学成分的改变(Aharonietal.,2001;Nesietal.,2001;Robbinsetal.,2003)等。Takeda等(2003)实验发现,当超表达表型与基因敲除表型相反时,则可以明确地鉴定转录因子的功能。

2.1.2多转录因子超表达

现在已经越来越清楚知道,在真核细胞生物中对基因表达的组合调控是一种普遍的机制,可以通过有限转录因子创造调控的多样性。实验证明许多转录因子可以直接地相互作用,而且这些相互作用的转录因子可以是同一个家族的成员(如MADS区域蛋白)(Huangetal.,1996;Riechmannetal.,1996),也可以是不同家族的成员(如bHLH和MYB家族)(Payneetal.,2000;Grotewoldetal.,2000;Abeetal.,2003)。许多转录因子超表达不能产生表型的主要原因之一可能就是由于转录因子之间是相互依赖而不是单独起作用。因此,要获得有用的表型,必须在同一个植株中超表达多个转录因子。

另外,我们也可以通过多个转录因子在同一转基因植株中超表达来研究2个或多个转录因子之间的相互作用,如第三级和第四级蛋白之间的相互作用。Honma和Goto(2001)发现3个转录因子(PI,AP3,SEP3)可以使叶子变成花瓣状的;Pelaz等(2001)发现4个转录因子(PI/AP3/SEP3/AG)则可以使叶子转变成雄蕊状的,而当这些转录因子单独超表达时则不能产生这样的表型。尽管在这方面已经有一些报道,但是成功实例相对来说还不是很多。转录因子的相互作用在其它一些有机体中研究已经比较清楚,但在植物中的研究还有待取得更好的进展。2.1.3变异的转录因子超表达——

—显性功能获得性或显负性转基因

转录因子的重要特征之一是其模式性,它们通过DNA结合域、转录激活(或抑制)域等可以独立地相互作用。这一特性使得我们可以通过修饰转录因子来创造显性功能获得性和显负性等位基因。我们可以通过删除转录因子的调控区域获得显性功能获得性等位基因,并且使其具有组成型活性(Sakaietal.,2001)。转录因子的显负性等位基因可以通过只含有DNA结合域(Petruccellietal.,2001),或删除DNA结合域(FanandDong,2002;Pontieretal.,2002),或具有异源转录激活域的转录因子的超表达而获得(Parcyetal.,2002)。另一个获得显负性等位基因的方法是融合一个抑制区域,如将果蝇上的锯齿状(engrail)抑制区域融入到转录因子。这一技术已经用来研究了属于2个不同家族的4个转录因子(homeodomain家族的STM和KNAT1,MADS家族的AP3和PI)。在这个研究中,75%以上的原始转化突变型都出现了大家都知道的stm,ap3/pi的功能丧失性表型或brevipedicel-lus的新表型的反式显性拟表型(Markeletal.,2002)。

2.2基于超表达的转录因子功能分析方法

2.2.1组织特异性表达

由于许多的转录因子是在植物发育和生化过程中的关键调节子,它们的组成型表达有时可以产生难以解释的表型。为了获得有意义的表型,必须在特异的组织或在特异的发育阶段表达转录因子。实验证明,用转录因子与其自身的调控序列一起转化植物可以达到组织特异性表达的目的(MichaelsandA-masino,2000)。

有趣的是,许多转录因子的编码区有相同的功能:它们的表达特异性和关系决定了其在植物发育或对环境的反应中所起到的作用。而且,许多包含在作物进化中的非常重要的数量性状指标与调控基因(如转录因子)的表达形式相关,而不是与其编码区的改变相关(Wangetal.,1999)。在组织特异性、发育阶段特异性、或环境条件特异性启动子下表达转录因子和其它调节基因,很有可能产生大量的其他途径不能产生的新表型。

2.2.2化学诱导表达

除组织特异性表达外,化学诱导转录因子的活性也可以用来研究转录因子的功能,当其异源表达时,对植物的发育会产生很大的影响,而且会产生一些隐性的表型。由于转录因子具有模块性,因此我们可以构建一个转录因子嵌合体,并且通过化学条件植物转录因子的超表达及其在分子育种中的应用

OverexpressionofPlantTranscriptionFactorsanditsApplicationinMolecularBreeding

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来调控其活性。运用这一技术,已经成功地将转录因子与哺乳动物的糖皮质激素受体融合,并且该转录因子可以正常翻译成蛋白质,但在没有活性配体的情况下,仅在细胞质积累,因为糖皮质激素受体与热激蛋白hsp90结合而且阻止转录因子嵌合体进入细胞核,而糖皮质激素的衍生物地塞米松(DEX)则可以将转录因子嵌合体从hs90中释放出来,使其进入细胞核(AoyamaandChua,1997)。

由于转录因子的功能可以在一定水平上被定义为其控制的转录因子调节子,在不知道其直接和间接调控哪些基因的情况下没有一个人能够声称完全了解任何一个转录因子的功能。简单的转录因子的表达为研究转录因子调控子提供了一个非常有力的工具。而且在很多情况下可以提供足够的信息。因为受转录因子超表达影响的基因表达很复杂,然而,有时候很难区分转录因子的直接靶标和调控的下游基因(如第二级或第三级靶标)。随着微阵列技术的发明,使得同时分析成千上万个基因的表达成为可能。由于mRNA的复杂性,要直接锁定与特定转录因子的有关的唯一直接靶标比较困难。而通过环乙烯亚胺(CYC)的翻译抑制可以达到这一目标。如果将CYC与DEX结合起来,运用到含有受DEX诱导的转录因子的植物,转录因子嵌合体则只能够激活其直接靶标基因的转录,而不是下游的间接调控基因。这一技术已经成功地应用于鉴定调节花器官、开花时间和细胞分裂素行为的转录因子的直接靶标基因(Sakaietal.,2001;Samachetal.,2000)。随着微阵列技术变得越来越便宜和更容易操作,这一技术也将成为研究转录因子功能基因组学的另一重要工具。

2.3超表达后的分析

由于转录因子特性和作用模式以及超表达本身存在的局限性,通过超表达来分析转录因子的功能时,要注意以下的两方面。

2.3.1结合其它数据进行功能分析

转录因子在高等植物的生长、发育和形态建成,以及生物和非生物胁迫等环境反应中起着非常重要的调控作用。其功能在一定意义上可以定义为其所调控的转录网络或转录因子调节子。但是,这种解释仅仅机械地说明了转录因子的功能,而不能从生物学意义上说明其真正的功能。如:干旱诱导转录因子CBF4与低温诱导转录因子CBF3所调控的调节子基本相同,但是两者的生物学功能却完全不同,CBF4的生物学功能是抗旱,而CBF3的生物学功能则是耐寒(Haakeetal.,2002;霍秀文等,2005)。同样WEREWOLF(WER)与GLABRA1’s(GL1’s)则分别在根毛与毛状体发育中起作用(LeeandSchiefelbein,2001)。这两个例子证明,转录因子的生物学功能取决于组织的特异性或其对环境刺激的特异反应。因此,为了了解转录因子在植物生长发育过程中的真正作用,要将超表达与转录因子的表达形式、转录因子与其他蛋白的互作以及缺失突变表型等结合起来。2.3.2对超表达表型进行分析

转录因子超表达所获得的表型可以分为两大类:超效等位基因和新效等位基因。超效等位基因(高型)是导入的基因与内源基因行使相同的功能但是具有更高活性的超表达子。而在新型等位基因中(新型),导入的蛋白由于量的问题,或者在不合适的组织或发育阶段,而行使在野生型植株中没有的新功能。

由于转录因子的反式激活域经常与转录过程中的其它元素互作。所以一般通过抑制(squelching)得到转录因子新效等位基因。所谓抑制(squelching)可以通过隔离有限定作用的组分(如辅激活蛋白)而阻抑其它非耙标基因的转录(PtashneandGann,1990;Ptashne,1988)。同样也可以通过隔离转录阻抑蛋白提高非耙标基因的转录。因此,由于大量非耙标基因的表达,依赖于辅助因子表达的耙标基因则会受到积极或消极的影响。所以,当我们解释转录因子超表达引起的表型时,也要考虑到那些不依赖于DNA结合域的转录调控。同时,也必须注意:某些新效等位基因也有一定的意义。如改良的转录因子超表达产生的反效等位基因(或显负性新效等位基因)可以阻止正常内源蛋白的功能。

3转录因子超表达在分子育种中的应用

植物受到的非生物胁迫和生物胁迫,包括干旱、盐碱、低温、病害等严重影响植物的生长发育,实践表明超表达是提高作物抗逆性的有效手段。

很多实验证明,转录因子在植物中的超表达可以提高植物对非生物胁迫的耐受能力。如DREB1A在转基因拟南芥中的超表达使植株表现出对干旱、高盐和冻害的抗性;DREB2A的超表达在非胁迫条件下能诱导低温胁迫相关基因的表达,并能提高转基因植株对低温胁迫的耐受性(Liuetal.,1998);Tsil在转基因烟草中的超表达也能提高其对盐的耐受性(Parketal.,2001);OPB1在烟草中超表达能够提高

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其耐盐能力(刘文奇等,2002,植物生理与分子生物学学报,228(6):473-478);番茄JERF1和JERF3在转基因烟草中的超表达能够激活下游基因osmotion、GLA、prb-1b、CHN50的表达,提高植株的耐盐能力(Zhangetal.,2004a;Wangetal.,2004)。

转录因子超表达在改良植物抗病性的应用中也具有重要的作用,而且与传统的单一下游抗病基因的转基因策略相比,转录因子在转基因方面的应用具有更高的价值,因为传统的单一下游抗病基因的转基因策略只能提高植物抵抗某种病害的能力,对农作物改良具有一定的局限性,而转录因子能够激活多个下游抗病功能基因的表达,从而获得具有综合抗病能力的转基因植株。如Pti5超表达能够增加病原菌侵染下GluB和Catalase的表达,提高番茄对P.s.tomato的抗性。在拟南芥中,Pti4/5/6的表达能激活水杨酸调控基因PR1和PR2的表达,同时也能激活茉莉素及乙烯调控基因PR3、PR4、PDF1.2和Thi2.1的表达。Pti4在拟南芥中超表达能够提高其对真菌病原物Erysipheorontii和细菌病原物Pseu-domonassyringaepv.tomato的抵抗能力。这说明Pti4/5/6在防卫基因表达调控和抗病中起促进作用(Guetal.,2002)。Tsil在转基因辣椒中的异源超表达能够提高植物对病毒、细菌、卵菌等病害的广谱抗病性(Shinetal.,2002)。番茄TSRF1在转基因烟草中的超表达提高了转基因植株对细菌枯萎病的抗性(Zhangetal.,2004b);ERF1在转基因拟南芥植株中的超表达能使一些启动子中含有GCC-box的PR基因组成型表达,并能有效地抵御B.cinerea和Plec-tosphaerellacucumerina等坏死型营养真菌的侵染(Berrocal-Loboetal.,2002),本实验室研究证明,JERFs基因在辣椒中的超表达,能够提高辣椒植株抵抗疫病和疮痂病的能力(杨国顺,2003)。

除此之外,有些转录因子还可以在以上两种胁迫应答中起作用,可能是这两种胁迫应答信号转导途径的交织点,如Tsil(Parketal.,2001)、CAZFP1(Kimetal.,2004)等。

由于转录因子的超表达能够激活多个与同类性状有关的基因的表达,那么在提高作物对环境胁迫抗性的分子育种中,与导入或改良个别功能基因来提高某种抗性的方法相比,转录因子在转基因植株中的超表达是提高作物抗逆性更为有效的方法和途径。因为通过调控一个转录因子就可以激活多个功能基因发挥作用,从而达到使植株性状获得综合改良的效果。由此可见,转录因子的超表达为植物的抗性分子育种提供了一条非常有效的新途径。而且以上这些研究结果也表明:转录因子在植株中的超表达使植株组成性表现对多种逆境和病原物的广谱持久抗性,这也揭示了转录因子超表达在分子育种方面的潜力。

致谢

本研究由北京市自然科学基金项目辣椒超表达JERF1对抗病基因表达的增强作用机理(5062030)和农业部蔬菜遗传与生理学重点开放实验室项目JERFs超表达的转基因辣椒的抗病功能鉴定(2005-10)资助。

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通讯作者简介

谢丙炎博士,男,中国农业科学院蔬菜花卉研究所,研究员。主要研究方向:分子植物病理学与生物安全。在国内外期刊上共发表相关论文80余篇。

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