当前位置:文档之家› SnapGene中文使用教程

SnapGene中文使用教程

SnapGene中文使用教程
SnapGene中文使用教程

SnapGene使用教程

一、SnapGene中的几个View介绍

View1:Map

1.打开一个质粒图谱文件,在Topology option处选择circular。得如下界面:

显示质粒图谱的酶切位点。右侧箭头可显示不同厂家出售的酶。

显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击其显示的箭头可显示该ORF 的片段大小、GC%值等一些信息。

显示片段名称。

△给非编码序列命名:如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧sequence,找到两个酶切位点之间的序列。

View2:Sequence

点击Sequence,得到如下界面:

显示编码的氨基酸序列,有缩写和全写两种。

View3:Enzymes

点击Enzymes,得到如下界面:

View4:Features

点击Features,得到如下界面:

显示各个已命名片段的一些特点。

二、对片段进行注释

1.给编码序列命名:

点击其中一个箭头,按Feature→Add Translated Feature,弹出以下窗口:

Feature:给该片段命名。

Type:选择该片段的类型,右侧箭头代表阅读方向。

Color:选择颜色。

2.给非编码序列命名:

如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧sequence,找到两个酶切位点之间的序列。

3.给质粒图谱增加引物序列:

按Edit→Find,输入引物序列,找到质粒序列对应位置,点击Primers →Add primer,弹出该界面:

按上下游引物选择Top Strand还是Bottom Strand,在Primer处可给该引物命名,随后即可显示该引物在图谱Map中的位置。

三、创建新DNA文件

1.打开SnapGene,点击New DNA File,弹出以下窗口:

在Create the following sequence窗口下输入DNA序列,并对该文件命名,点击OK。或是点击Import from Genebank,输入NCBI中某序列的access number,点击OK。

2.此时弹出如下窗口:

3.对该序列进行注释:点击Features→Add Feature,对该序列进行命名注释。△创建质粒图谱文件方法相同。

四、处理序列翻译信息

1.创建一个DNA序列文件,点击

2.显示如下箭头:

黄色箭头代表的是上面一条链编码序列,绿色箭头代表的是下面一条链编码序列。

3.点击Sequence,点击右侧箭头,选择All 6 Frames,可得到编码序列的所

有情况,其中代表的是终止密码子。

4.添加内含子:根据内含子的位置,点击Edit→Select Range,输入内含子碱

基位置。点击Features→Delete Feature Segment,得到如下图:

紫色粗带为外显子,虚线为内含子部分。

五、引物、PCR和突变绘制

1.PCR引物绘制:在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。如BamHI和XbaI,在目的基因两侧截取15-30bp序列,点击Primers→Add primers,选择top strand 或bottom strand,如图:

给该引物命名,然后点击Insertion,在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列,如图选择了BamHI,点解Insert:

然后在该序列5’端上添加数个碱基作为保护碱基。点击完成。

△下游引物设计相同,不再赘述。

2.突变引物绘制:在目的基因上截取一小段包含要突变位点的序列,点击Primers→Add primers,为该引物命名,在5’序列突变位点的三个碱基画黑,如图:

点击Insertions,选择突变成的氨基酸,点击Insert。即可获得该突变引物,点击Reverse Complement,可获得反向引物。

六、模拟标准限制性克隆

1.打开被插入片段的质粒图谱,选择合适的两个酶切位点,如HindIII和ApaI,如图:

点击Actions→Insert Fragment,点击HindIII+键盘Shift键+ApaI,点击Insert,在source of fragment处选择插入的目的片段来源。点击上述同样的酶,给该重组质粒命名,点击clone。

七、模拟融合克隆

1.打开一个需要插入片段质粒图谱,点击Actions→Insert One Fragments,

弹出以下窗口:

2.点击sequence,找到想要发生替换的位点。

3.点击Fragment,在Source of Fragment处选择替换片段的另外一个质粒图

谱。此时弹出另外一个质粒图谱图样。

4.点击用于替换的片段,观察该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是否一

致,如不一致,点击更换方向。

5.选择后,点击Product,点击Choose Overlapping PCR Primers,此时即形

成融合后的质粒图谱。

6.若想获得引物的序列,点击Primers→Export Selected Primers,选择保存。

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the 4.5.x series.

Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, em acs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate (i.e., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP). Now that the crystal waters are gone and we have verified that all the necessary atoms are present, the PDB file should contain only protein atoms, and is ready to be input into the first GROMACS tool, pdb2gmx. The purpose of pdb2gmx is to generate three files: 1.The topology for the molecule. 2. A position restraint file. 3. A post-processed structure file. The topology (topol.top by default) contains all the information necessary to define the molecule within a simulation. This information includes nonbonded parameters (atom types and charges) as well as bonded parameters (bonds, angles, and dihedrals). We will take a more detailed look at the topology once it has been generated. Execute pdb2gmx by issuing the following command: pdb2gmx -f 1AKI.pdb-o 1AKI_processed.gro-water spce The structure will be processed by pdb2gmx, and you will be prompted to choose a force

APBS教程

目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件(PDB2PQR) 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献 5.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子 6.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点

8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例 方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程 这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。 重要信息 注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现,而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。 提示 本教程仍在完善之中,并且会在下一版本的APBS 开 发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。

pymol使用教程

pymol使用教程

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 2.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.

GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 3.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install

封装教程1

观看本文之前,你必须首先会使用封装工具、虚拟机(推荐VMware)、EasyBoot、UltraISO、Ghost、PE系统。它们都是封装系统必备的工具,如果不会其中的任何一种,也就没必要再看本文了。 系统减肥是整个封装过程中的第二重点。第一重点是什么?当然是封装后系统部署到其他计算机上不蓝屏,只有在这个前提下,才考虑减肥的问题。 准备做DVD 镜像的朋友,也没必要看本文了。本文是给那些做CD 镜像的朋友准备的。 系统减肥有两种方式: 第一种,对安装光盘进行精简,这种方式是最有效的,有人称之为“事前避孕”。 第二种,系统安装完毕,封装前后减肥,有人称之为“人工流产”。 单一的减肥方式是不能达到完美效果的,要两种结合。 首先叙述安装光盘的精简。 1、准备工具:nLite、UltraISO。 nLite 的功能:整合驱动程序和系统补丁、精简组件、系统优化。 nLite 下载地址:https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/download.html 如果是Windows XP SP3,推荐使用最新版,版本号是 1.4.9.1 如果是Windows XP SP2,推荐使用 1.4.5 或以前的版本。 (还有一种精简工具叫做RVMi,但由于用户少,而且会把SPx.cab 合并到Driver.cab ,致使某些封装工具无法使用。这里就不再介绍了) UltraISO 的功能:制作、修改光盘镜像。 UltraISO 下载地址:https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/filebox/down/fc/e47aece94b04a8cb58dd2269fba45e65 2、使用UltraISO 或者WinRAR 将原版光盘iso 镜像解开释放到硬盘,例如D:\XPSP3 启动nLite,指定刚才释放的文件夹。 (nLite 的具体使用不在本文讨论范围内,本文只展示其精简组件的功能) (本论坛的『nLite 精简』版块有nLite 的使用教程,请自行查阅) 到如图步骤时,单击“组件”,前进

pymol用法(教程二)

[转载]PyMOL用法(教程二) 基础Pymol命令 这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样,要想更好的操作Pymol,掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写,所以记住,所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时,你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令,以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到,该文件的后缀名应为.pml,记住,Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全: Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录,只需要键入: Pymol> log_close 好了,现在载入pdb文件(继续前用的pdb文件): Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象,你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项

目的名字(如test): Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。 首先: Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为:cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入: Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果:也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子,只是方向不同而已,那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢?首先输入如下命令: Pymol> label all, chains

Nlite整合windows XPSP3详细全过程

[原创] Nlite整合windows XPSP3详细全过程 『前言』 很多系统封装初学者,往往是系统减肥这块做不好,做出来的GHO文件始终是超过650MB 系统制作容量控制不好的原因有几个: 1:系统减肥没处理好,看了各种精简、减肥教程也不好。 2、软件安装的比较多,没压缩处理好,程序目录不要大于400MB 3、驱动过大(驱动包一般控制在125MM以内比较合适) 这时候我们就需用Nlite软件对原版系统进行精简和整合! 一,需要到的工具 用nlite整合当然得下个nlite先啦 我用的是nLite-1.4.9.1版本的,而且它需要Microsoft .NET Framework 2.0.支持 所以安装nLite-1.4.9.1这个版本之前,得先安装Microsoft .NET Framework 2.0这个东西. nLite-1.4.9.1官方下载地址: https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/download.html或者到华军或天空都有下Microsoft .NET Framework 2.0.华军下吧https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/soft/38669.htm 当然你还必须有个一windows_xpsp3 professional 操作系统 这是本人下载后的校验码

Windows XP with SP3 VOL MSDN 简体中文官方集成版(FTP下载) 文件名:zh-hans_windows_xp_professional_with_service_pack_3_x86_cd_vl_x14-74070.iso 大小:601.04M 文件: E:\操作系统\WindowsXP(SP3)简体中文正式版\Windows_XP_SP3_VOL_CN.iso 大小: 630237184 字节 修改时间: 2008年5月4日星期日, 21:35:34 MD5: E74D72F3D90456003E9E02BA0FB7DA61 SHA1: D142469D0C3953D8E4A6A490A58052EF52837F0F CRC32: FFFFFFFF ——这是本人下载后的校验码(图一) 发布日期(UTC):5/2/2008 12:05:18 AM SHA1:d142469d0c3953d8e4a6a490a58052ef52837f0f MD5: E74D72F3D90456003E9E02BA0FB7DA61 ISO/CRC:FFFFFFFF 下载完毕之后请验证SHA1及MD5值! 下载地址:

封装系统

教你如何修改GHO,制作自己的系统安装盘 文中以【电脑公司ghost xp v7.3】为例 桌面壁纸 C:\Documents and Settings\BBW\Local Settings\Application Data\Microsoft 软件准备 1 UltraISO 2 GHOST镜像浏览器V8.3.EXE(在光盘里可以提取到) 3 EasyBoot 4 电脑公司ghost xp v7.3 .ISO文件 详细步骤: 1.用UltraISO打开电脑公司ghost xp v7.3 ISO文件提取一个文件包,一个GHO 文件 (EZBOOT文件包,WINXPSP2.GHO文件) EZBOOT文件包是光盘DOS启动界面和WINDOWS系统中自动运行截面 2.修改光盘DOS启动截面: 准备一张640*480 256色图片,图片可以选择自己喜欢的图片,用PS修改成640*480 256色 首先将准备好的图片放到提取出的EZBOOT文件夹中,替换原来的BACK.BMP;用EASYBOOT打开EZBOOT文件夹中的cdmenu.ezb文件,因为已经替换了背景文件BACK.BMP文件,所以在EASYBOOT显示的已经是你喜欢的背景图片了,各位可以按照自己的喜好随便用EASYBOOT软件修改里边的文字部分,比如作者,日期,菜单可以不用修改,因为DONGHAI已经做的很好了,对了在保存以前别忘记在EASYBOOT里选中背景图象一项。 SUB.EZB文件和上边一样的修改方法 容易出现的问题就是图片的格式问题,一定要把图片个修改对了 完成以后替换原来的EZBOOT就OK了 3 修改WINDOWS系统下光盘自动运行的界面 在UltraISO打开的7.3ISO文件里提取AUTORUN.INI,把里边修改成自己的OEM信息,替换原来的文件 有人要问了,干吗要改,(哈哈,这个AUTORUN.INN文件就是WINDOWS系统下光盘自动运行的界面显示的文字内容)

最新pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, H:隐藏某种样式, L:显示某种label, C:显示的颜色 下面是操作过程: 点击all中的H,选择everything,隐藏所有 点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择 点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,是配体 点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选 择rename selection,窗口中出现,更改sele 为IDT,点击(IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择,,调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键: IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线,IDT行下面出现了新的一行,这就是氢键的对象,点击这一行的C,选择 red red,把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基(sele)改名为s1。点击S1行的S选择sticks,C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基,另一个找不到,这是因为这个氢键可能是与水分子形成的,水分子在pdb文件中只用一个O表示,sticks显示方式没有显示出来水分子,点击all行S选择nonbonded,此时就看到一个水与N形成氢键 ,点击分子空白处,然后点击选择这个水分子,更改它的名字为w。在all 行点击H,选择lines,在选择nonbonded,把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整:点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing,这样就可以编辑修改 pdb文件了,咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label,鼠标拖拽到适合的部位,是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止,这时就可以保存图片了,file>>save image as>>png

集成SATA驱动到系统安装盘(图文教程)

早期的一些主板,由于芯片功能不完善,导致在安装系统的时候必须要通过软驱加载SATA RAID驱动,否则无法安装。然而现在软驱已成为“古董”,找一块可用的软盘绝非易事。虽然“ghost版”可以实现免软驱安装,但某些人就是不喜欢ghost版的。这种情况下把SATA驱动集成到系统安装光盘中就和有必要了。集成的方法可以用XP系统自带的组件,但修改txtsetup.sif文件实在令很多人望而却步;另一个方法是利用nLite软件,这个软件本意是为精简Windows安装盘而设,但也具备集成硬件驱动、系统补丁等功能,而且个各个功能都是可选的。本帖就是介绍nLite软件的集成驱动功能,不SATA驱动集成XP系统啊安装盘中,有兴趣的网友可以试试。 一、所需软件 1、nLite-1.4.1 Final ,下载地址:https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/html_2/1/59/id=10014&pn=0.html 2、DOTNETFX.EXE ,因为nLite软件需要NET Framework框架支持。下载地址:https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/download/5/6/7/567758a3-759e-473e-bf8f-52154438565a/dotnetf x.exe 3、UltraISO ,光盘镜像制作修改工具。绿色版下载地址:https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/soft/4779.htm 或https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/soft/1585.html 4、虚拟机,可选,但用虚拟机检验你的劳动成果也是不错的主意。 5、XP SP2安装光盘或镜像 先安装DOTNETFX.EXE ,然后nLite-1.4.1 Final ,UltraISO 可以用绿化版。 二、集成方法、步骤 1、将XP SP2安装光盘中的所有文件(包括隐藏文件),拷贝到一个文件夹中(本例是sata_XP),如果是镜像,则用UltraISO 提取到sata_XP文件夹中。如图 2、把SATA驱动放到某个文件夹中,本例是raid文件夹。驱动可以从主板驱动光盘中拷贝出来,也可以从网上下载,或者从ghost系统中提取sata/raid驱动包。本帖以VT8237芯片SATA驱动为例介绍。 3、启动nlite,先选择中文界面,点“前进”,然后点“浏览”定位到sata_XP文件夹,

史上最小的Windows XP

“最小的中文操作系统”--贝贝XP家庭版V0.14 安装盘71MB,安装后WINDOWS系统文件夹193MB。PF值39MB。纯净不加任何第三方软件,原汁原味儿。 已经安装、测试的软件有: PHOTOSHOP、CORELDWAW、OFFICE系列、WMP10、REALONE、KMP、TT在线播放、RAR、ACDSEE、NERO、DX90C、3D游戏等等。 硬件支持:打印机、扫描仪、无线配置、PCMCIA、声、显、网三卡等等。 局域网内和ADSL拨号上网均可,但不主张长期使用该系统在586的电脑上网冲浪,老机器配置低,加了杀软就没有资源了。 下载地址:https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/soft/15/2007/200701021103.html 最小,微缩,精简xp(比zmhXP4进一步精简20M余)已修复错误 已修复错误,谢谢大家支持潜水这么长时间,一直没有什么帖子发布,最近研究精简xp,在zmhxp4的基础上手工删除了大量文件,使xp体积进一步缩小约20M,安装完后占用空间约140M左右,不过精简后发现,根据需要可以打各种补丁,与zmhxp4实现相同功能,运行速度稍有增快,本人无空间,无法上传,就上传精简列表给诸位,希望对精简高手有用。精简前i386文件夹1164个文件,精简了383个文件,另外83 个文件减小了体积。下载附件解压缩到zmhxp4字体修改版的i386目录下,运行del.bat就精简完成。 还是因为没有空间,修改的83个文件,就不提供了,祝大家成功,有问题欢迎交流。 经过重新测试和大家的建议,已经作了修改,增加了及个文件,增强了兼容性,不过安装过程中仍会出现两次错误提示。已增加截图,截图为安装完,未进行任何优化设置的情况 另外还有些文件及文件夹可以进一步精简,大家可以试试。 下载地址http://share.138.io/get/a6db685e1e85b9f19959141a3.html http下载目前最小的XP---zmhxp3 (75m) 本作品只有75M解压后81M 源安装盘是Windows XP SP2大企业版,经过本人精简压缩后只有75M 安装可在无人看管的情况下全自动完成,512M内存板载显卡,5分钟安装完成。 第一只能从硬盘安装可以在纯DOS下安装WINNT.BAT 也可以在WINDOWS下安装WINNT32.BAT

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py"表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 2.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol—src $ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install # python setup2。py install

PyMOL Users Manual

4/8/2016PyMOL Users Manual Contents Previous Next Command Syntax and Atom Selections Syntax A typed PyMOL command always starts with a keyword that calls PyMOL to execute an action. It ends with a carriage return ("enter" on your keyboard). The simplest commands consist of a keyword alone. For example, typing quit will end your PyMOL session. The quit command never takes an argument. Many commands have default arguments, so you can type the keyword alone and PyMOL will supply the rest. For example, the default argument to zoom is the selection-expression all: E X A M P L E P y M O L>z o o m#A l l v i s i b l e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e i n c l u d e d i n t h e v i e w. For some keywords, certain arguments are required and others are supplied by default. For example, the keyword color requires one argument, the color-name. As for zoom, the default selection-expression is all: S Y N T A X c o l o r c o l o r-n a m e c o l o r c o l o r-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n E X A M P L E S P y M O L>c o l o r r e d#A l l t h e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e c o l o r e d r e d. P y M O L>c o l o r r e d,n a m e c a#O n l y t h e r e p r e s e n t a t i o n s o f #a t o m s n a m e d c-a l p h a a r e c o l o r e d r e d. When you type a command that has more than one argument, color color-name, selection-expression in this case, a comma must separate the arguments. Selection-expression s are an essential type of keyword argument. They can be simple or complex, with several different kinds of syntax. Selection-expressions Selection-expression s stand for lists of atoms in arguments that are subject to PyMOL commands. You can name the selections to facilitate their re-use, or you can specify them anonymously (without names). Object and selection names may include the upper or lower case characters A/a to Z/z, numerals 0 to 9, and the underscore character (_). Characters to avoid include: !@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>.?/ Selection-expression s describe the class of atoms you are referencing. Most of them require identi?ers to complete the speci?cation. For example, the selector resi references biopolymer residues by sequence number, and the identi?er gives the number. The selector name references atoms according to the names described in the PDB, and the identi?er gives the name (ca for alpha carbons, cb for beta carbons, etc). A handful of selection-expression s don't require identi?ers, but most do. PyMOL uses several logical operators to increase the generality or speci?city of selection-expression s. Logical combinations of selectors can get complex, so PyMOL accepts short forms and macros that express them with a minimum of keystrokes. This section describes named-selections, and then gives the syntax for making selections in a progression from simple one-word selectors to complex combinations of selectors, using macros and short forms. Named Atom Selections Atom selections can be named for repeated use by using the select command: S Y N T A X s e l e c t s e l e c t i o n-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #T h e s e l e c t i o n-n a m e a n d #t h e s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #a r e b o t h a r g u m e n t s t o s e l e c t #s o t h e y a r e s e p a r a t e d b y a c o m m a. E X A M P L E P y M O L>s e l e c t b b,n a m e c+o+n+c a#C r e a t e a n a t o m s e l e c t i o n n a m e d"b b" #i n c l u d i n g a l l a t o m s n a m e d #"C","O","N",o r"C A"; P y M O L>c o l o r r e d,b b#c o l o r t h e s e l e c t i o n r e d, P y M O L>h i d e l i n e s,b b#h i d e t h e l i n e r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>s h o w s t i c k s,b b#s h o w i t u s i n g t h e s t i c k r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>z o o m b b#a n d z o o m i n o n i t. In this case, the selection-expression is the property selector name, which takes the list of identi?ers ca+c+n+o to complete the speci?cation. Property selectors and their identi?ers are discussed below. Named atom selections appear in the PyMOL names list in the control panel. They are distinguished from objects by a surrounding set of parentheses. The control panel options available under the diamond menu differ between objects and atom-selections, because objects and named selections play slightly different roles in PyMOL. Named selections are pointers to subsets of data that are found under an object name. After an object is deleted, the data are no longer available, unless you reload the object. Any named selections that refer to atoms in that object will no longer work. But when named selections are deleted, the data are still available under the object name. Disabling objects eliminates them from the viewer, but disabling named-selections just turns off the pink dots that highlight them in the viewer. Atom-selections, named or not, can span multiple objects: E X A M P L E https://www.doczj.com/doc/fc10515698.html,/newman/user/S0220commands.html1/6

相关主题
相关文档 最新文档