初学VASP(一) what's it?
VASP = Vienna Ab-initio Simulation Package
VASP is a complex package for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) simulations using pseudopotentials (如超软赝势US-PP) or the projector-augmented wave (PAW) method and a plane wave basis set. The approach implemented in VASP is based on the (finite-temperature) local-density approximation with the free energy as variational quantity and an exact evaluation of the instantaneous electronic ground state at each MD time step.
它的好处主要包括基组小适于第一行元素和过渡金属，大体系计算快(<4000价电子)，适于平行计算(Unix/Linux) 其他特性还包括自动对称性分析、加速收敛算法另文涉及。一个简单的VASP作业主要涉及四个输入文件：INCAR(作业细节) POSCAR(体系坐标) POTCAR(赝势) KPONITS(k空间描述)
初学VASP(二) 布里赫定理
本文简单介绍点能带理论的基础知识以利于后文讨论
布里赫(F.Bloch) 参考书：《固体能带理论》谢希德陆栋主编
Bloch定理
周期性势场的单电子薛定谔方程的非简并解和适当选择组合系数的简并解同时是平移算符T(Rl)的属于本征值
exp(ik?Rl)的本征函数
数学表示：T(Rl)ψn(k，r) = ψn(k，r+Rl) = exp(ik?Rl)?ψn(k，r)
ψn(k，r)称为Bloch函数，用它描写的电子也称为布里赫电子
推论一：晶格电子可用通过晶格周期性调幅的平面波表示。由此我们知道k的物理意义波矢
推论二：若Km?Rl = 2nπ，即Km为倒格矢，那么ψn(k，r) = ψn(k+Km，r)
所以我们将k值限定在一个包括所有不等价k的区域求解薛定谔方程，这个区域称为布里渊区(Brillouin，没错，就是量化课上CI方法中最重要的基石Brillouin定理的那位)在布里渊区，对于每个n,En(k)是一个k的连续、可区分(非简并情况)的函数，称为能带，所有的能带称为能带结构。ok 那么实际上VASP的计算就是利用以上定理，通过T算符的变换，将实空间(r空间)和动量空间(k空间)联系起来，利用晶格的周期性简化计算，所以在后面的讨论中将常出现band,k-points,projectors in real space等概念。
初学VASP(三) 描述原子坐标
POSCAR = position + CAR
第1行：任意文字注释
第2行：晶格常数，单位A，后面所有的长度值得自原值除以此值
a=b=c时取a即可，否则个人习惯取三者最大若取负值，则为晶胞体积，单位A3第3-5行：定义晶矢参见《固体量子化学——材料化学的理论基础》赵成大
如对于正交晶体a=20.022 b=19.899 c=13.383 α=β=γ=90
可以这样定义
20.022
1.00000 0.00000 0.00000
0.00000 0.99386 0.00000
0.00000 0.00000 0.66841
又如对于面心立方晶体a=b=c=3.57 α=β=γ=90
可以定义如下
3.57
0.0 0.5 0.5 (1/2(b+c))
0.5 0.0 0.5 (1/2(a+c))
0.5 0.5 0.0 (1/2(a+b))
第6行：每种元素的原子数，特别注意顺序,要与下面的坐标顺序以及POTCAR中
的顺序一致
第7行：可省略，无需空行。
做动力学时，是否需要固定部分离子的坐标。若是，此行以'S'或者's'首字即可。
第8行开始为离子的坐标，格式为
option line
coordinate1 of element1
coordinate2 of element1
...
coordinateN of element1
option line
coordinate1 of element2
coordinate2 of element2
...
coordinateM of element2
...
其中，option line指定输入坐标的格式，除了第一个以外，如果后面的输入格式同前，则都可以无空行省略。
option line可指定的输入坐标格式有两种
'D'or'd' for direct mode
'C'or'c'or'K'or'k' for cartesian mode
顾名思义，前者是定义在三个晶矢方向上的坐标
R=R1×x+R2×y+R3×z R1,R2,R3为前面的晶矢，x,y,z为输入的三个坐标，R为坐标位矢而后者只是简单的将直角坐标除以前面第二行定义的晶胞常数两者可以混用，但不推荐。如果第7行设定了S(Selective Dynamic),则可以用以下形式定义各坐标是否可以移动
Selective dynamics
Cartesian
0.00 0.00 0.00 T T F
0.25 0.25 0.25 F F F
初学VASP(四) k点的选择
如前所述
The Bloch theorem changes the problem of calculating an infinite number of
electronic wavefucntions to one of calculating a finite number of
wavefunctions at an infinite number of k-points. (参见CASTEP的帮助文档，他和VASP是亲兄弟)。所以呢，一般来说，k点越密越多，计算精度也越高，当然计算成本也越高。嗯，对于k点的需求，金属>>半导体，绝缘体，不过呢，很多时候主要还是受硬件限制简约化可以使k点的数目大大下降。对于原子数较多的体系的计算，就需要谨慎的尝试k点数目，在避免或者预先评估wrap-around error的前提下尽量减少k点数目。另一个问题是k空间网格(k-points grid)的位置和形状，是否包括Г点(Gamma点，也可理解为原点)？(一般不包括的话很可能会带来误差，尤其是使用了tetrahedron方法的时候。暂时还不知道不包括的好处，为了减少k点？)方形？线形？还是长方形？或者奇形怪状？：）后文另述。那么现在来看看KPOINTS file的结构：
Line1: comment line 注释行no problem
Line2: k点总数或者'0'自动生成网格(Automatic k-mesh generation)
如果是前者，给出k点总数，又分两种情况
M.全手动Entering all k-points explicitly
Line3: 输入格式标识。直角坐标(Cartesian)或者倒格坐标（Reciprocal）
同样的'cCkK' for Cartesian，其他首字母则自动切换到Reciprocal
Line4-n: 逐个k点的描述。格式为x y z W。xyz是三个坐标，W是权重。所有k点的权重相互之间的比例对了就行，VASP会自动归一的
注意C坐标和R坐标的定义
C: k=(2π/a)(x y z) R: k=x*b1+y*b2+z*b3 b1-3为倒格基矢
（这里我们看到xyz只是代表了坐标的顺序，与坐标轴无关）
比如一些常用的高对称性点的C和R坐标：
Point Cartesian coordinates Reciprocal coordinates
(units of 2pi/a) (units of b1,b2,b3)
------------------------------------------------------
G ( 0 0 0 ) ( 0 0 0 )
X ( 0 0 1 ) ( 1/2 1/2 0 )
W ( 1/2 0 1 ) ( 1/2 3/4 1/4 )
K ( 3/4 3/4 0 ) ( 3/8 3/8 3/4 )
L ( 1/2 1/2 1/2 ) ( 1/2 1/2 1/2 )
输入示例：
Example file
4
Cartesian
0.0 0.0 0.0 1.
0.0 0.0 0.5 1.
0.0 0.5 0.5 2.
0.5 0.5 0.5 4.
一般如非必要，可以先用自动模式生成k点，VASP会自动生成一个简约化后的k点矩阵，存于IBZKPT file，可以直接复制里面的数据到KPOINTS file来用，其实这也是这个输入法的主要用途，为了减少重复自动生成格点的时间。另一个用途是为了做精确的DOS(Density of status)的计算，由于这类计算所需k点数极大，通过全手动尽可能的优化k 点也就必需了。
L.半手动/线形模式Strings of k-points for bandstructure calculations
看到啦，对于能带结构的计算，同前面的理由，需要精确的选取k点，在指定的高对称性方向上生成指定数目的k点。Line2: 指定两点间生成的k点数不同于全自动的总k点数
Line2.5: 'L' for Line-mode 表示是线形模式
Line3: 输入格式标识。同前。C or R
Line4-n: 每行描述一个点格式为x y z。每两行的点连成一线，在两点间生成指定数
目的k点。每两行两行之间以空行区分（不空的话,VASP可能也认得出，没试过）
比如：
10 ! 10 intersections
Line-mode
rec
0 0 0 ! gamma
0.5 0.5 0 ! X
0.5 0.5 0 ! X
0.5 0.75 0.25 ! W
ok，那么更常用的方法是让VASP自动生成网格
Line2: 0 ！number of k-points = 0 ->automatic generation scheme
（!后面字符为注释）
Line3: A for fully automatic or G for Г/Gamma or M for Monkhorst-Pack
若都不是这些首字母，则自动切换为高级模式。
A mode 全自动模式，可以看作以Г点为圆心以l为半径做圆，当然各晶格矢不同时，相应的圆就拉成了椭圆，来确保三个倒格矢方向上覆盖的k点数为l
Line4：length (l)
Useful values for the length vary between 10 (large gap insulators) and
100 (d-metals).
进一步的做法是分别指定三个倒格矢方向上的格点数N1,N2,N3。G mode
Line4: N1 N2 N3
Line5: s1 s2 s3 偏移原点的位矢一般设成0 0 0 啦。
以及Monkhorst-Pack法，生成的格点不包括Г点，从Г点周围1/2长度处开始取点。
M mode
Line4: N1 N2 N3
Line5: s1 s2 s3 同上
所谓的高级模式，就是用C坐标或者R坐标直接输入新的基矢
如
c c
0.25 0 0 0.25 0 0
0 0.25 0 0 0.25 0
0 0 0.25 0 0 0.25
0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5
分别等价于
g m
4 4 4 4 4 4
0 0 0 0 0 0
因为存在这种等价关系，所以一般也没有必要使用高级模式
好啦，就这些。最后提醒一点，VASP的帮助文档特别提醒，对于六方晶系，不要用M来自
动生成格点，而要用G。
关于tetrahedra方法，帮助文档说用于全手动模式，可选。具体设定原文如下：
In this case, the next line must start with 'T' or 't' signaling that this connection list is supplied. On the next line after this 'control line' one must enter the number of tetrahedra and the volume weight for a single tetrahedron (all tetrahedra must have the same volume). The volume weight is simply the ratio between the tetrahedron volume and the volume of the (total) Brillouin zone. Then a list with the (symmetry degeneration) weight and the four corner points of each tetrahedron follows (four integers which represent the indices to the points in the k-point list given above, 1 corresponds to the first entry in the list). Warning: In contrast to the weighting factors for each k-point you must provide the correct 'volume weight' and (symmetry degeneration) weight for each tetrahedron - no internal renormalization will be done by VASP!
示例：
Example file
4
Cartesian
0.0 0.0 0.0 1.
0.0 0.0 0.5 1.
0.0 0.5 0.5 2.
0.5 0.5 0.5 4.
Tetrahedra
1 0.183333333333333
6 1 2 3 4
初学VASP(五) 赝势?选择
POTCAR 赝势文件
可以理解为分子力学模拟中的力场文件但包括的信息更多
VASP4.6将各元素优化的INCAR里的参数也包括在这里了，作为支持PREC的缺省选择通常各元素的POTCAR已经包括在软件包里了我们只需要按照POSCAR里的顺序，将各元素的POTCAR按顺序连接起来就可以了
如以下命令：
cat file1 file2 file3 > POTCAR
软件包自带的绝大多数赝势是超软赝势（US-PP）了，但不少元素有两个版本，如何选取呢？一个简单的办法是看后缀标准的没有后缀_h 硬一点_s 软一点
_pv,_sv,_d 就是说semi-core的p,s或者d也当做价态处理了如果是数字的话，表示的可能是不同的半径截距
也可以参考各版本同目录下的V_RHFIN file ，PSCTR file 这两个文件告知该版本的赝势是如何生成的。比如：
V_RHFIN file
Sc: 6p d2 s1
8 21. .002000 44.95590 125. .25E-05 .300 200FCA 12.00000
.7 1.0 0
1.0 .0 .5 -320.8847
2.0000
2.0 .0 .5 -34.4217 2.0000
2.0 1.0 1.5 -28.2366 6.0000
3.0 .0 .5 -3.7944 2.0000
3.0 1.0 1.5 -2.2591 6.0000
3.0 2.0 2.5 -.1113 2.0000
4.0 .0 .5 -.2699 1.0000
4.0 3.0 2.5 -.1000 .0000
第一行是注释行给出基本的信息
第二行是最重要的控制行
8 21. .00 2000 44.95590 125. .25E-05 .300 200 F CA 12.00000
J Z XION N AM H DELRVR PHI NC1 | CH QCOR
|
GREEN
J - 轨道数Z - 原子序数XION - 离子化程度一般设为0 N - 格点数
AM - 原子质量H - 决定格点间距DELRVR - 自洽收敛标准
PHI - 线性拟合参数NC1 - 最大自洽循环次数GREEN - 是否存在初始的势
CH - 交换相关能(XC)类型
Slater-XC
HL Hedin Lundquist (1971)
CA Ceperly and Alder parameterized by J.Perdew and Zunger
WI Wigner interpolation
PB Perdew -Becke
PW Perdew -Wang 86
LM Langreth-Mehl-Hu
91 Perdew -Wang 91
QCOR - 非价键电子数（core electrons）
第三行开始是每个轨道的具体参数，依次为
n l j(=l±1/2) 原子轨道能占有率
PSCTR file of LDA/H1.25
TITEL = US H
LULTRA = T use ultrasoft PP ?
RWIGS = 0.57 nn distance ! Wigner-Seitz radius
RCLOC = .65
NE = 100
LCOR = .TRUE.
QCUT = -1
RMAX = 3.0 ! core radius for proj-oper
Description
l E TYP RCUT TYP RCUT(cutoff radius)
0 0 15 0.80 23 1.25
0 0.5 15 0.80 23 1.25
1 -0.
2 15 0.80 2
3 1.25
最重要的地方上面已经用颜色标出来啦：）
说明一下，TYP是指赝势的类型,RCUT是半径截距，TYP可取的值如下：
正则
1 BHS
2 TM
3 VAN
6 XNC
7 RRKJ wave function possibly with node
15 RRKJ wave function strictly no node
非正则+8
最后一个问题是LDA or GGA。貌似没有定论目前。
这个最好是两个一起做做看啦。或者看文献别人验证过哪个数据好。
其实据说目前最好的是PAW(P.E.Blochl,Phys.Rev.B 50,17953(1994).,Phys.Rev.B 59,
1758(1999).)，PP已经落伍了，不过好像我们用的VASP不带这个，就不展开讨论了。
初学VASP(六) 最重要的INCAR参数
INCAR是决定how to do 的文件
限于能力，只对部分最基本的一些参数(>,没有这个标志的参数都是可以不出现的)详细说明，在这里只是简单介绍这些参数的设置，详细的问题在后文具体示例中展开。部分可能会干扰VASP运行的参数在这里被刻意隐去了，需要的同学还是请查看VASP自带的帮助文档原文。
参数列表如下：
>SYSTEM name of System
任务的名字***
>NWRITE verbosity write-flag (how much is written)
输出内容详细程度0-3 缺省2
如果是做长时间动力学计算的话最好选0或1(首末步/每步核运动输出)
据说也可以结合shell的tail或grep命令手动输出
>ISTART startjob:
restart选项0-3 缺省0/1 for 无/有前次计算的WAVECAR(波函数)
1 'restart with constant energy cut-off'
2 'restart with constant basis set'
3 'full restart including wave function and charge prediction'
ICHARG charge: 1-file 2-atom 10-const Default:if ISTART=0 2 else 0
ISPIN spin polarized calculation (2-yes 1-no) default 2
MAGMOM initial mag moment / atom Default NIONS*1
INIWAV initial electr wf. : 0-lowe 1-rand
Default 1 only used for start jobs (ISTART=0)
IDIPOL calculate monopole/dipole and quadrupole corrections
1-3 只计算第一/二/三晶矢方向适于slab的计算
4 全部计算尤其适于就算孤立分子
>PREC precession: medium, high or low(VASP.4.5+ also: normal, accurate)
Default: Medium VASP4.5+采用了优化的accurate来替代high,所以一般不推荐使用high。不过high可以确保'绝对收敛'，作为参考值有时也是必要的。同样受推荐的是normal，作为日常计算选项，可惜的是说明文档提供的信息不足。受PREC影响的参数有四类：ENCUT; NGX,NGY,NGZ; NGXF, NGYF, NGZF; ROPT 如果设置了PREC，这些参数就都不需要出现了
当然直接设置相应的参数也是同样效果的，这里不展开了，随后详释
>ENCUT energy cutoff in eV : default taken from POTCAR-file
important! 重要到几乎最好不要手工去设置
除非文献告诉你要用多少，或者经过结果可靠性的验证当然，为了测试一下提交的任务，也不妨先设个较小的值附加说明：当且仅当POTCAR里头没有设置ENCUT时(其实貌似没有才是常态)，才受PREC设置影响从POTCAR 里找出相应的ENMAX/ENMIN值来设置。
PREC= Low Medium Accurate High
ENCUT= ENMIN ENMAX ENMAX 130%ENMAX
对于多个元素的POTCAR不同的ENMAX/ENMIN，都取最大值
>NGX,NGY,NGZ: FFT mesh for wavefunctions
>NGFX, NGFY, NGFZ: FFT mesh for charges
也是两类重要的最好不要去动的参数，PREC设置将从POTCAR中自动读取。
PREC=High,Accurate 2倍值，用来避免wrap around errors得到精确解
PREC=Low,Medium,Normal 3/4 也已经足够精确到1 meV/atom
>LREAL: Default= .FALSE.
赝势的非局域部分用到的一个积分在倒格空间或者实空间都可以求值。这个选项就是决定是在哪个空间里求。在倒格空间里，采用平面波基组求解，在实空间里，采用积分球求解。缺省是.FALSE，即不在实空间求。但效率会低一些。其他选项是O or On,A or Auto 和.True.。
On和.TRUE.的差别在于是否使用King-Smith算法优化，Auto则自动选择，推荐。
>ROPT: 优化控制每个核周围的积分球内的格点数，LREAL=Auto or On
For LREAL=On
PREC= Low 700 points in the real space sphere ( ROPT=0.67)
PREC= Med 1000 points in the real space sphere ( ROPT=1.0)
PREC= High 1500 points in the real space sphere ( ROPT=1.5)
For LREAL=Auto
PREC= Low accuracy 1e-2 ( ROPT=0.01)
PREC= Med accuracy 2e-3 ( ROPT=0.002)
PREC= High accuracy 2e-4 ( ROPT=2E-4)
>NELM, NELMIN and NELMDL nr. of electronic steps
Default
最大电子自洽循环次数NELM = 60
最小次数NELMIN = 2
弛豫次数NELMDL = -5 if ISTART=0, INIWAV=1, and IALGO=8
-12 if ISTART=0, INIWAV=1, and IALGO=48
0 else
如果初始的波函数采取随机赋值，即ISTART=0, INIWAV=1，那么很可能开始的值比较离谱，那么在第一步核运动循环之前采用NELMDL(负值)步的非自洽(保留初始的H)步计算将减少计算所需的时间。如果NELMDL取正值，将在每次核运动之后附加指定次数的弛豫步，目前不知道可以干嘛
>EDIFF 电子SC循环的收敛精度缺省：1e-4
注意，即使EDIFF=0，NELM步也会执行
>EDIFFG 核运动的收敛精度缺省：EDIFF*10 (总能量)
EDIFFG<0 则在所有的力都小于EDIFFG时停止
EDIFFG=0 则在NSW步后停止
此参数不支持MD，仅用于Relax
>NSW 指定核运动步数缺省: 0
NBLOCK and KBLOCK inner block; outer block
Default NBLOCK = 1 KBLOCK = NSW
>IBRION ionic relaxation: -1-Fixed 0-MD 1-quasi-New 2-CG 3-Damp 5-freq
Default if NSW=0 or 1 IBRION=-1 else IBRION=0
这个参数是和ISIF;IALGO/ALGO一起决定怎么算的最重要的参数
1-3 是三种Relax的方法，受ISIF决定是否固定核位置、晶胞大小和形状
0 是标准的ab-initio MD，不受ISIF影响，即不改变晶胞大小和形状
5 大概是和0差不多吧？支持Hessian和Freq(仅Г点)的计算以及部分固定的MD
详细的要在示例中具体情况具体分析了。
>ISIF calculate stress and what to relax
Default if IBRION=0 (MD) 0 else 2
ISIF│calculate │calculate │relax │change │change
│force │stress tensor │ions │ cell shape │cell volume
──┼─────┼───────┼───┼──────┼──────
0 │yes │ no │yes │ no │no
1 │yes │ trace only │yes │ no │no
2 │yes │ yes │yes │ no │no
3 │yes │ yes │yes │ yes │yes
4 │yes │ yes │yes │ yes │no
5 │yes │ yes │no │ yes │no
6 │yes │ yes │no │ yes │yes
7 │yes │ yes │no │ no │yes
Trace only means that only the total pressure
IWAVPR prediction of wf.: 0-non 1-charg 2-wave 3-comb
Default if IBRION=0 (MD) 2
if IBRION=1,2 (relaxation) 1
else (static calculation) 0
以上选项保存TMPCAR +10 则全部使用内存，不保存此文件
IWAVPR determines how wave functions and/or charge density are
extrapolated from one ionic configuration to the next configuration.
>ISYM symmetry: 0-nonsym 1-usesym 是否使用对称性Default 1
SYMPREC determines precision of the positions in POSCAR file. Default 1e-5
LCORR Harris-correction to forces. Default .TRUE.
>POTIM time-step for ion-motion (fs)
Default
IBRION=0 (MD) no default,必须指定，MD每步步长
IBRION=1,2,3 (relaxation) 0.5 最小化的'scaling constant',尤其是IBRION=1
>TEBEG, TEEND temperature during run (MD有效)
Default: TEBEG = 0 TEEND = TEBEG
注意VASP的温度定义与实际温度有细微的差别，所以
TEBEG=T×(N-1)/N T为实际温度，N为原子数
SMASS 控制MD中的速度模拟方法
default -3 微正则系综(总自由能不变)
-2 保持初速度不变
-1 每NBLOCK步调整速度，来保证动能连续
>=0 Nosé算法模拟正则系综，(不懂-,-)
NPACO and APACO
NPACO : number of slots for pair correlation (PC) function. Default 256
APACO : maximum distance for the evaluation of PC function in A. Default 16
简单说就是在不超过APACO的NPACO个距离上求成对相关函PCF
RWIGS Wigner-Seitz半径DOS计算用
>NELECT 总电子数
如果系统不是电中性的就必须设置，所带电荷作为均一的背景电子气考虑
NUPDOWN default不考虑电子自旋态改变的可能
EMIN, EMAX energy-range for DOSCAR file
>ISMEAR part. occupancies: -5 tet with Blochl -4-tet -1-fermi 0-gaus >0 MP
采用所谓部分占有波函数，用一个函数来平滑积分，尤其是对于金属体系可减少k点
Default ISMEAR = 1 如果在KPOINTS里使用了tetrahedra方法推荐ISMEAR=5
SIGMA determines the width of the smearing in eV
Default SIGMA = 0.2
>ALGO algorithm: Normal (Davidson) | Fast (mixed)| Very_Fast (RMM-DIIS)
>IALGO algorithm: use only 48 (RMM-DIIS) or 38(Davidson) or 8(CG)
Default IALGO = 38 for VASP4.5
算法是最重要的参数之一。一般VASP推荐使用的是以上三种算法，一般来说8/38是初期比较快收敛，在接近平衡时采用48较快，在初期或MD时使用48可能会遇到不收敛的情况。也可以使用ALGO参数来替代IALGO，设置Fast，VASP会先用38，再自动切换到48。各种算法只要收敛，结果应该一致。另一个可能有用的选项是-1。不进行实际的计算，只对重要的步骤做计算测试，并将测试得到的各部分耗时输出在OUTPUT里。VOSKOWN use VWN interpolation 算法，default 0 不用，如果使用了PW91或者需要计算磁性质，不妨设为1 用
mixing tag & MAXMIX
IMIX = type of mixing
AMIX = linear mixing parameter
AMIN = minimal mixing parameter
BMIX = cutoff wave vector for Kerker mixing scheme
AMIX_MAG = linear mixing parameter for magnetization
BMIX_MAG = cutoff wave vector for Kerker mixing scheme for mag.
WC = weight factor for each step in Broyden mixing scheme
INIMIX = type of initial mixing in Broyden mixing scheme
MIXPRE = type of preconditioning in Broyden mixing scheme
MAXMIX = maximum number steps stored in Broyden mixer
Default
for US-PP non-magnetic
IMIX = 4
AMIX = 0.8
BMIX = 1.0
WC = 1000.
INIMIX = 1
MIXPRE = 1
MAXMIX = -45
值得注意的是，在MD或者Relax的时候，设置MAXMIX(>0,一般约3倍的电子SC步数)，可能会大大减少核运动步数。但是同时会增加对内存的要求。
LWAVE,LCHARG and LVTOT create WAVECAR/CHGCAR/LOCPOT
LELF create ELFCAR
LORBIT create PROOUT
输出文件的选项NPAR 并行计算band的节点数，每一个节点计算一个band当然可以提高并行效率，减少通讯量，不过貌似现在硬件的主要限制还是内存，而这个选项的使用可能会大幅增加内存的需求
>NBANDS 总能带数。
之所以把它放在最后，是因为它对于解决内存需求的重要性。计算需要大量的能带(空带)，至少要1个空带(否则VASP会给出警告)。一般NBANDS=NELECT/2+NIONS/2以上可得到较精确的结果，如果内存不够就只好减少NBANDS，在牺牲精度和体系大小之间平衡了。最后提示一下大多数参数的首字母代表了参数的性质
I 初始化L 逻辑开关E 能量N 数目T 温度,便于记忆
初学者怎样学习基本的游泳方法 学游泳的方法 1、识水性、学漂浮 学游泳不能对水产生恐惧，为了快速学会游泳，先在浅水区戏水，通过水中跳跃，脚离地等方式。 感受一下水的浮力，用手划水来体验如何在水中让身体移动。 2、控制呼吸、在水中憋气 初学游泳的人很担心水呛入口中和鼻子中，在学游泳时可以先尝试在浅水区域用鼻孔吹气的方式，感受一下脑袋没在水中的感觉，憋气入水的时候， 其实水是不容易进入鼻孔的，而只有在慌张的时候水才会入口，鼻子呼吸的时候导致危险，所以多尝试水下憋气，有利用快速掌握水性。 3、练习划水和踏水 借助游泳圈的浮力让初学者身体漂浮在水面，然后感受用手划水，让身体向着指定方向移动，逐步体会游泳时手的作用;用脚踏水， 动作不能太快，有节奏的向下踏，感受如何让身体更多部位露出水面以及在脚的作用下移动。 4、找陪练人指导 会水者协助学习游泳，是一件很有效的办法，一是可以给人示范，二是可以在旁协助你练习，不仅经验交流方便，也可增加初学者的信心和安全感，此时一定要多观察，那样学游泳会更效率。
5、报名游泳班 当学习游泳者对水性和水中漂浮，有了一定经验后，为了能更系统的学习游泳，建议报名游泳班，此方法能让游泳学习者更好的学习到不同的游泳方法和技巧，遇到问题时，可以得到更专业的回答。 6、多下水，多练习 以上学习游泳的方法，主要是经验分享，下水后每个人的感受不同，所以为了能学好游泳，还是多下水，多练习时关键。 也可以多看些学习游泳的视频，将看到的，学到的付诸于体验，才能更好的把握好游泳的方法。 体验的过程中需要多发现游泳的乐趣，才越来越喜欢这个运动。 游泳的好处 1、能够防暑降温 夏天天气酷热，游泳可以防暑降温，因人体在水里散发热量的速度要比在空气中快很多，所以，人体在水中散发的热量远远小于散发到外面的热量，这样便会起到很好的降温效果。 提醒：建议把时间尽量控制在两个小时以内，浸泡时间过长会导致体温调节功能受到破坏，对身体反而不利 2、有助于减肥 由于人体在水里散热快，而且游泳需要全身运动，手脚、头部一起运动拍打水面，加之水的阻力也大，人在水里消耗的体能也比较多，对于想减肥的人群来说，无非是一个很好很有效的方法。特别对于女性来说，还可以起到收腹瘦臀的作用，体型更加曲线美。 提示：大家在游泳前，建议吃点东西，以便补充能量，因为游泳减肥是很耗体力。
了解法国必须读的十本书 2010-04-28 17:15:33 [1] “普罗旺斯”系列：一个都市人的独白 [2] 《小王子》——关于生命和生活的寓言 [3] 《带一本书去巴黎》——在苦涩中细品革命 [4] 《恶童好色日记》——看漫画就像看电影 [5] 《达·芬奇密码》——巴黎活广告 [6] 《第一性》：做爱就是革命 [7] 《恋人絮语》：罗兰巴特的狡黠智慧 [8] 《你好，忧愁》——缅怀萨冈 [9] 《我的野生动物朋友》:一本充满野心的畅销书 [10] 《ELLE》：她世纪看《她》 1.“普罗旺斯”系列：一个都市人的独白 《普罗旺斯的一年》《永远的普罗旺斯》《重返普罗旺斯》彼得梅尔/著 清晨在斜身入窗的阳光中醒来，滴几滴橄榄油在涂满了碎番茄的面包上，和着阳光一起吃下；花一上午的时间在山谷里漫步；午后挟一本书，在小树林找一个凉快所在，睡上两小时；趁余阳未尽，回到游泳池里，舒舒服服地伸个懒腰;晚上睡在能看到星星的房间里，窗外更有鸟鸣山涧幽。这还不够，都是习惯了文
明和物质的都市人，所以这里还应该是喧闹、绚丽、生机勃勃的，有一群有趣、热情、淳朴的当地人，让你生活得闲适却并不单调，宁静却并不孤单。 梅尔说：欢快的假日有两个最简单的要素，一个是明媚清澈的阳光，一个是随心所欲的计划。这两点，只有到过普罗旺斯才有体会。 现在去不了？哦，或许有一种办法能找到它。那就是读梅尔的书，在《重返》中品味从《一年》到《永远》。 2. 《小王子》——关于生命和生活的寓言 “这就像花一样。如果你爱上了一朵生在一颗星星上的花，那么夜间，你看着天空就感到甜蜜愉快，所有的星星上都好像开着花。”法国著名作家圣·埃克苏佩利的《小王子》一书，自从1943年在纽约问世以来，被译成42种文字，经久不衰。“这本给成人看的儿童书处处包含着象征意义，这些象征看上去既明确又隐晦，因此也就格外的美。” 一个平实无华的童话，既没有离奇的情节，也没有惊天动地的壮举，《小王子》在其富有诗意的淡淡哀愁中也蕴含着一整套哲学思想。 3.《带一本书去巴黎》——在苦涩中细品革命 林达带着一本人民文学出版社１９７８年版的《九三年》，奔赴巴黎。正因为是在“革命”中读的法国革命，所以，对法国和巴黎的第一印象，就是革命了。
游泳的五种训练方法 05-03-31 00:04 发表于：《南京碧水游泳培训班》分类：未分类 游泳的五种训练方法 训练种类能量系统能力发展 1.持续训练：氧化作用，耐力 2.任意变速训练：氧化作用和一部分酵解过程，耐力、持续速度 3.间歇性训练：氧化作用和酵解过程，耐力、持续速度 4.目标设定训练：酵解过程、磷酸肌酸、一部分氧化作用，持续速度、肌肉力 量、耐力 5.短冲训练：磷酸肌酸、酵解过程，爆发速度、肌肉力量 持续训练 游的距离较长，速度适中(太慢就不能本质性的激活有氧代谢系统)。提高人体有氧代谢能力，从而提高耐力。优点在于这种训练方法适用于所有的人。 缺点：对于提高速度没有多大作用，过程单调、枯燥。 任意变速训练 这种训练法是对持续训练法的一种补充。通过快慢相间的游泳训练，可以增强训练的趣味性。也可以在相间的短时间的快速游中通过酵解过程获得能量，从而提高持续速度。 例如：“梯形训练法”——游一趟快的紧接着一趟慢的，再游两趟快的紧跟两趟慢的，直到四趟快的紧跟四趟满的。该训练法同样适合于任何人。 间歇性训练 两次练习之间有一个严格控制休息时间的间歇阶段，并且这个间歇阶段的长短是通过测量运动员的心率来控制的。关键一点是，运动员要在尚未完全恢复体力时便开始下一组练习。在训练中用不同的DIRT(Distance, Interval, Rest and Time)四个因素组合，达到不同效果。 分为两类“慢速间歇性训练”、“快速间歇性训练”。休息时间与练习时间的比例大于1的为“快速间歇性训练”，侧重于持续速度的培养；反之为“慢速间歇性训练”，发展耐力。 优点：对DIRT的调节，使得该训练法适合于每个人；更具趣味性；使运动员承担更大负荷，有很好的激励作用。 目标设定训练 又叫做重复训练法。按照规定的时间，多次重复某一距离的方法。间歇时间的控制要使呼吸和心率基本恢复。训练强度高，但重复次数少。 目标设定训练训练强度很大，因此安排要分散，不要积劳成疾。 短冲训练法 全力以最高速度训练的方法。于目标设定训练不同点在于短冲训练法的距离更短一些(不超过25米)，而且要全力游，练习之间的间歇要更常，呼吸和心率更要恢
NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url]https://www.doczj.com/doc/f413816750.html,/[/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。 Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。 Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3．Literature Databases（文献数据库） （1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 （2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。 （3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。
Le?on 13 一、词汇短语 (tout) au long loc.adv. 自始至终地，全部地 【词组】écrire un mot tout au long完整地写一个词 lire tout au long du voyage旅途中一直在读书 bon gré mal gréloc.adv. 不管愿不愿意 【例句】Bon gré mal gré, il devra se soumettre.不管愿意不愿意，他都要服从。 phase [faz] n.f. 阶段，时期 【例句】Le malade est en phase terminale, il est aux portes de la mort.病人已经是末期了，生命危在旦夕。 【词组】les diverses phases de la fabrication des livres书籍制作的各个不同阶段 remettre [r?m?tr] v.t. 放回；使想起；使恢复原状；重新穿上 (se)v.pr. 恢复原状；恢复健康 【例句】①N’oubliez pas de remettre ces livres dans l’étagère.别忘了把这些书放回书架上。 ②Est-ce que tu peux remettre ce qu’on t’a dit hier soir?你能回忆起别人昨晚上跟你说什么了吗？
【词组】remettre qch en question把某事重新提出来讨论 remettre à neuf翻新，翻修 remettre qn au pas使某人就范 se remettre à重新开始做 se remettre de从……中恢复过来 affres [afr] n.f. pl. 极度的苦痛，折磨 【例句】J’ai des affres de la faim.我非常饿。 【词组】les affres de l’agonie 临终的痛苦 censé,e [sɑs e] adj. 被认为……的 【例句】①Les étrangers ne sont pas censés utiliser les bains publics que fréquentent les Chinois.外国人不使用中国人经常去的公共浴室。 ②Il est censé responsable.他被认为是有责任的。 tomber [t?b e] v.i. 跌倒；掉下；降落 【例句】①Les idées justes ne tombent pas du ciel.正确思想不是从天上掉下来的。 ②La nuit tombe.夜幕降临。 【词组】tomber par terre.跌倒在地。 tomber dans le désespoir陷入绝望 tomber du lit比平时起得早 tomber sur不期而遇
游泳经验 第一步：憋气、吐气。一般人只知道使劲的憋气，全身的力气都用在了脸上，注意力也在脸上，所以动作也会变形。因此，第一步在浅水区练习憋气，每次憋到快憋不住时，慢慢的将气吐出来，注意：开始一定要慢！并不断尝试不同的吐气速度。同时，身体放松，还可以尝试在水下睁开眼睛，有游泳镜最好。人在黑暗中容易紧张。 此步骤的作用是熟悉水下环境，消除紧张、慌乱的感觉。 第二步：水中站立。因为游泳时人要横在水面的，不懂得站立人就没有安全感，容易慌乱。初学时可以拿一块浮板或游泳圈，登游泳池壁，头埋在水中，双臂前伸，身体登直，向前滑行。想站立时收腿，身体抱团，由于人的腿部密度相对较大，身体自然垂直，此时，向下伸腿，既可踩到池底站立。 此练习是为了提高在水中的安全感。 第三步：滑行。学会了憋气和水中站立，既可抛开辅助设备练习滑行。姿态与水中站立一样，两手叠压，伸向头顶，用力登池壁，身体一定要拉直，头部埋在水中，向前滑行。身体不做任何动作，滑行时间越长，距离越远越好。 此目的是找到在水中前进的感觉。 以上三个步骤熟练了，即可开始练习动作。 第四步：先练分解动作，因为人的手部做动作相对容易，所以先练腿部。即在滑行过程中练习动作。为了提高练习时间，可以利用辅助设备让头部保持在水面以上。具体动作我就不说了，有很多途径可以获得正确的姿势。但是，刚开始，动作一定要一个一个地做，切忌不可连续动作，每次动作做完即保持滑行姿势。一直练到每次动作都可以使身体向前滑行一定有效距离。到身体不再向前滑行时再作第二个动作。一般来讲，高手一次蛙泳腿部动作可以滑行5米以上。 第五步：加上手部动作。手部动作一定要在岸上先练习才能下水，否则动作容易变形。以蛙泳为例：手-脚——手-脚——，动作一定要一组一组的做，每次做完一组，身体即保持滑行状态。此时还不宜练习换气，头部还要埋在水中。动作做快了容易，做慢了难。当每组动作都能做准确，离成功就不远了。 此练习主要练习手脚的协调性。 第六步：换气。每次换气必定是由手部动作帮助完成。具体方法其它文章有介绍。总之，无论如何难受，换气一定要有规律，时间久了就习惯了。其实在任何体育项目中，呼吸都是很重要的成功条件。 总之，学习游泳并不难，但一忌讳心情急躁，还不会憋气站立就想游起来，动作必然变形、无效，只见扑腾不见往前游，游不了几下就乱抓寻找支撑物。二忌讳胆小不敢尝试，这是成年人学游泳的最大困难之处。
ncbi中查找基因序列的方法和三个号码 一．例子：查找酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）里的海藻糖合成酶基因（tps1） 即可出现很多条目，找到Saccharomyces cerevisiae的就是NC_001134了，点击后就进入该基因所在染色体的界面了，再在“编辑”中“查找”tps1就可以看该基因所在的位置，再点击CDS或者GeneID:852423都可以出现相关链接！ 当然，如果你在文献查到目的蛋白的序列号如NP_009684.1或者GeneID:852423，那分别在Search后选择Protein或者Gene也可以出现相关链接！ 二．基因CDS区界面的3个号码 https://www.doczj.com/doc/f413816750.html,/entrez/viewer.fcgi?val=50593115&from=488899&to=490386& view=gbwithparts 找到后，我发现该界面有3个标记，一个是NC_001134 ，其次是gi:50593115，最后是FEATURES中的gene中的/db_xref= “GeneID:852423”，他们分别是什么号码，用在什么地方呢？尝试中，终于发现， 在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是NC_001134，最终go 到该基因所在染色体全长序列的信息，所以NC_001134应该是该染色体的登录号吧？ 在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是50593115，最终go到该基因所在染色体全长序列的信息，所以50593115应该是该染色体的号吧？ 在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到该基因的信息，所以852423应该是该基因的登录号吧？所以我们如果要记住目的基因在ncbi中的位置就记住这个GeneID！ 其他像NP_009684当然是基因编码的蛋白质的登录号啦，不说了。 我们在文献中查到的基因往往给的是Gene ID 三．引物设计第一步--找编码序列的方法 在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到目的基因的信息
前言：所有想要自学法语，西语的同学，我都建议先有老师带你学会所有发音，然后再开始自学。想要通过MP3和视频学发音的，还是算了吧～切身之谈！ 还有啊，背中国教材的课本，背引进教材的对话都非常重要啊～～～楼主是各种后悔有木有！！！ 话不多说，开始· 法语： 课本：简明法语教程 学实用语法和词汇。进行阅读，写作训练，要背课文哦！齐进法语有视频教学，大家可以百度之。 法语专业的课本是马晓宏老师编的《法语》，但对自学者和二外法语的同学来说，简法学好了完全就够了。 课本：reflets走遍法国 听力，口语训练，了解法国文化，本书的视频互动教学法很有趣。第一册台湾电台有配套讲座 现另有一本更新的名为festival法语浪漫的课本，台湾电台也有配套讲座，而且下册的讲座比走法的下册讲座要更好，（确切地说是好的太多）据学过的同学说也是相当不错，听力材料特别棒。不过法语浪漫没有视频教学法，也没有中文编译本。 建议大家买走法，第一册上只买课本，其他别买（教书用书，练习册，语法手册别买。你不是有了简法了么，还要这些做什么），课本练习答案杨淑娟老师会念的，大家练练听写也很好。第一册下还得买本教师用书（蔡淑玲老师不念答案），第二册也要买教师用书。 词典：法语助手 手机词典，网上找免费版。现在几百块就能买个安卓智能机，何必去花几百块买电子词典，或者一天到晚翻纸质词典？这词典超级好用，应付日常查询，动词变位是绝对够了。该软件苹果，塞班都，安卓都能用。 语法书：法语现代语法 毛意忠老师编写，法语界公认的权威。 还有一本全新法语语法，是法国直接引进版，也是毛老师翻译。完全是法国人的思维模式，适合高水平同学，例句都不带翻译的。
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在你准备自学游泳前，你首先应对人体和水的特点要有一个充分的认识，这样才便于你合理的运用自身的条件，充分的掌握水的性能，加以利用。 众所周知，水的比重为1；而人体的比重约为0.96-1.03之间。物体在水中的沉浮取决于物体的比重，比重大于水的下沉，比重小于水的则上浮。了解这两点，相信初学者不会再对水产生恐惧感。 在进行水上练习时，如果身体浮力较差、或者胆小者，可以带上泡沫做的腰漂，以便增加浮力，同时也给初学者增加安全感。 水中行走
这是初学者下水后的第一个练习，目的是体会水的阻力、压力和浮力，并初步学会在水中维持身体平衡的方法 第一步：两手扶住池（岸）边或同伴的手，在水中行走。 第二步：一手扶住池（岸）边或同伴的手，一手在体前侧做向外、向后划水，同时在水中行走。 第三步：不借助任何支撑物，两臂在胸前左向外、向后的对称划水，双脚在水利做向前、向侧、向后的行走。
在熟悉水性的同时，针对小孩还可以采取一些游戏性的项目，如跳水，水下钻杆等。 学习呼吸 不会呼吸的游泳不能叫做游泳，只能是“憋气”。 正确的游泳呼吸是用嘴吸气、用嘴或嘴鼻呼气。 站在齐肩深的水里，两手抓住池（岸）边；或者抓住同伴的手，用嘴深吸一口气，然后把头埋入水中，慢慢的用鼻呼气，直至将体
内的废气呼尽，迅速抬头用嘴吸气。 熟练以上技术，能做到连续、连贯、自然的完成多个呼气、吸气的技术，并且要求自己独立完成慢呼快吸的动作技术。 水中漂浮 学习水中的漂浮技术，主要是体会水对人体的浮力，并初步掌握人体在水中的平衡能力，排除对水的恐惧心理 抱膝漂浮练习
两脚站立水底，深吸气后，下蹲低头抱膝，两膝尽量靠近胸部，前脚掌蹬离水底，成低头抱膝团身姿势。身体要尽量放松，自然的漂浮于水中。 站立时，两臂前伸，向下压水并抬头，同时两腿伸直，以脚触水底站立，两臂自然放于体侧。 展体漂浮练习：两脚开立，两臂放松向前伸直，深吸气后身体前倒并低头，两脚轻轻蹬离水底，成俯卧姿势漂浮于水面，两臂、两腿自然分开，要求全身放松，身体充分展开。
第一章进入PubMed魔法学校——PubMed 概述 无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：https://www.doczj.com/doc/f413816750.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 进入PubMed的主界面后，首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和“Advanced search”功能键。这是PubMed的核心部分。在主界面的下方有： ● Journals Database：收录的学术期刊数据库。 ● MeSH Database：检索MeSH数据库。 ● Single Citation Matcher：单引文匹配，输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。 ● Batch Citation Matcher：用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 ● Clinical Queries：这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4 个范围：治疗、诊断、病原学与预后。 ● Topic-Specific Queries：特定主题的查询。 Related Resources ● Order Documents可以使用户在当地得到文献的全文，但这是要收费的，至于如何免费获得文献全文，我将在后面的有关章节中详述。 ● Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med也提供MEDLI NE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。 ● Consumer Health提供与MEDLINE plus的链接，MEDLINE plus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。 ● Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。利用左侧框的这些服务，我们不仅能够进行功能更加强大的检索，而且还能得到不少非常有用的服务。这些都将在后续章节中介绍。 在以后的章节中，我们将逐步深入地了解PubMed，相信通过这些章节的学习，我们可以真正熟练掌握PubMed，从而使自己的工作事半功倍。 第二章 PUBMED简单检索技巧
NCBI资源介绍及使用手册 NCBI资源介绍 本文目录： NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI－Coffee Break NCBI－基因和疾病 NCBI－UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍 Gene Expression Omnibus （GEO）介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq：NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了
在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件 在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 GenBank是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。 GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近，GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合
作者：Amanda 来源：6 livres àavoir sous la main pour améliorer votre fran?ais 6 livres à avoir sous la main pour améliorer votre fran?ais 这6本书可以提高你的法语水平 Ces six livres sont des investissements, certes, mais ce sont des indémodables, qui peuvent être conservés toute une vie. 这六本书就像是一种投资，但它们是永恒的知识财产，可以保存一辈子。 1.Le Bon Usage Le Bon Usage est la référence inévitable. La seizième édition de cette grammaire compte 1600 pages, 40 000 exemples et des citations issues de 2500 auteurs. Un monument. Son auteur, Maurice Grevisse (1895 –1980), ne pense pas la langue fran?aise selon des dogmes. Il ne cherche pas à régenter la langue. Il cherche à évaluer les usages, littéraires ou populaires et les formes concrètes qu’emprunte la langue, pour en tirer des règles. Le Bon Usage是不可多得的好的参考书。该语法书的第16版有1600页，40,000个例子和对2,500位作者作品的引用。它是一座里程碑。其作者莫里斯·格雷维斯（Maurice Grevisse，1895 - 1980年），并不认为法语是根据教条所说的那样。他没有试图控制语言。而是尝试总结文学性的用法和通俗的用法，以及从语言中总结出的固定用法，从而得出使用的规则。 2. Le Bled
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游泳教学的重点难点及其教学方法 1.xx的提升与身体素质的提高 1.1对于教练员来说，在上课前必须做好备课工作，认真地编写教案、科学组织试讲试教，为上课做好做足准备。虽然游泳教学是注重实践的教学课程，但是必要的应急预案也是不可缺少的，特别是对于一些年轻的教练员来说，从教年龄小、任职资历浅，相应经验也缺乏，教案预案作为一项基础性工作就显得尤为必要。 1.2在进行教学时特别是技能训练时，必须强调安全问题，这是一个基本问题，也是保底工程。如果离开了安全，一切的教学活动就会失去原有的意义，所以在教学活动中必须强调安全，狠抓安全，以安全为基点开展游泳教学训练工作。 1.3在课堂上进行实际而又有效的热身训练也非常重要，这样训练的目的是既可以提升学员的基本身体素质，又可以帮助学员养成良好的运动习惯，防止学员出现一些不必要但是影响训练的运动损伤。对于课堂训练来说最好的方法就是寓教于乐，采用体育游戏的方式进行，这样既不会使学员感到枯燥又可以帮助学员形成一种训练的潜意识。 2.课堂中的创新教学流程与心理活动的引导 2.1加强学员心理素质培训。相当一部分学员害怕进行游泳训练，特别是害怕下水，所以就要进行相应的心理调适，帮助学员建立一个良好的心理状态，使他们能够有好的训练心理环境。 2.2利用?F代化的信息手段。利用微信、QQ等便捷联系手段建立相应的联系群组，通过群组内的定时练习，来提升相互之间的交流度，帮助教练员更好地掌握学员的训练情况，并根据情况实时调整教学大纲，提高教学效率。 2.3采取因人而异的训练方式。根据每名学员的实际情况，让他们采用自己认为合适的游泳训练方式进行训练，乃至运用“我很放松”“我很沉静”等心理暗示方法，对自己的身体、心理进行调节，帮助学员练就过硬的身体、心理素质。 3.游泳教学的内容探讨
GenBank Overview 基本信息 ?什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。 ?纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 ?访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 ?增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。 ?公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 ?公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。 ?遗传密码- 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。（向）GenBank提交（数据） ?关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。 ?BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体） ?Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）?ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE 实验的cDNA序列。 ?GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。 ?HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。） ?STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。 ?注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。 国际核苷酸序列数据库合作组织 ?GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。 ?DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
法语语音入门（整理） 法语是一种拼音文字【拼音文字（音素文字）和音节文字（日文）的区别是，音节文字的一个字位表示一个音节，如日文假名；而拼音文字的一个字位只表示一个音素。】，由字母组成单词，共有26个字母，a,e,i,o,u,y共6个元音字母，其余为辅音字母。 在语音上，法语共有35个音素，11个元音，4个鼻化元音，3个半元音，17个辅音，采用国际音标来表示音素。 法国人说话时，鼻音很重，而且说话时似乎把嘴巴略微要向前突出一些。现代法语的发声模式主要是由以u和eu表示的中央圆唇音以及浓厚的鼻音(an,in,on,un)支配着。一般复数词尾-s不发音，意味着讲话中单复数的区别是由前面冠词来表示的。 基本概念： 清辅音，浊辅音。发音时声带不振动的为清辅音，如[p],[t],[k],[s],[f]发音时声带振动的称为浊辅音，如[b],[d],[g],[z],[v],[l],[n]。 音节。法语单词可以分成若干音节，音节以元音为基础，有几个元音就有几个音节。一个音节构成的词叫做单音节词，如il,Nice,两个音节以上音节构成的词叫做多音节词，如Pascal,Nathalie。 音节 法语单词由音节构成，音节中的主体因素是元音，一般来说，一个单词有几个元音，也就有几个音节。（注意，是元音的个数，不是元音字母的个数，这两个概念要区分）。例如：national 这个词中，有三个元音，分别是 a ，o ，还有一个a。因此这个词有三个音节，分别是，na, tio, 和 nal。 音节的划分规则是这样的： 首先，一个元音，构成一个音节！元音之间的单辅音，划为下一个音节！如na—tion，a 与i之间的t 属于后一个音节。元音之间的两个辅音，必须分开！如mer—ci。（fr fl br bl kr kl gr gl tr dr 这些辅音群除外。辅音群永远在一个音节中） 元音之间的三个辅音，前两个属于上一个音节，后一个划入下一个音节。如abs—te—nir。另外还有一些比较特别的情况，比如一些字母组合：tion/sjo/，若作为词末，on 这个字母组合要发成鼻化元音/o~/。若不在词末并且后面接有元音或者字母n，则鼻化音取消，两个字母分开，发/o n /的音。还有em 字母组合发鼻化音/a~/，而在femme这个词中，由于em 后面接有字母m ，因此要取消鼻化音，读成/fam/。
游泳专项理论试题（初级） 一、填空题（共2题，每空3分，共15分）； 1.游泳时最容易抽筋的部位主要是（小腿）、（脚趾）、（大腿）。 2.一般来说，游泳池可以分为：（长池）、（短池）、（不规则池）。 二、是非题（共5题，每题5分，共25分）； 1.现代奥运会的游泳比赛池长度为50米（对） 2.在教蛙泳的腿部动作时，若要突出翻脚动作应当采用背面示范（错） 3.中国在第26届奥运会上首次获得游泳金牌（错） 4.人在水中游泳时的热量散失速度远远快于在空气中（对） 5.蛙泳技术的关键是增进推进力（错） 三、简答题（共3题，每题10分，共30分） 1.为什么游泳运动可以强身健体？ 答：游泳是连续不间断运动，属于有氧锻炼，游泳过程中一般无间歇时间，练习密度较大，锻炼效益较高，在游泳中不断变换各种姿势的游法，运用变换练习法进行锻炼，有利于提高身体的适应能力和健身效果。 2.简述蛙泳平收腿的特征？ 答：两膝之间太宽，大腿收得多，小腿收得少，往往会形成脚掌对水的动作（平收腿），减少了对水面积，动作效果不
好。 3.简述游泳教学中循序渐进的原则？ 答：1）手段，动作的难度安排由易到难 2）按照游泳教学的规律 3）先教基本的再教先进的 4）循序渐进地增加运动负荷 四、论述题（共2题，每题15分，共30分） 1.对于游泳初学者来说，做蛙泳多腿少呼吸的配合练习有什么好处？ 答：1）做不带呼吸的蛙腿练习难度比带蹑手蹑脚的蛙腿练习难度低，有利于掌握正确动作。2）呼吸动作不熟练，在一个蛙腿动作周期内不能把气完全吐光，而用多腿少呼吸的方法可以达到这个目的，3次腿完成前，气也快没了，这时抬头吸气，就能够吸到气，避免了假呼吸的动作，随着呼吸技术熟练程度的提高，腿的次数减少，最后达到1次腿1呼吸。 2. 论述自由泳腿部动作常见的错误及纠正方法？ 答：屈髋打腿：塌腰、挺肚子、大腿上抬、脚跟朝水面上抬。直腿打水，大腿有上抬动作后再鞭状打水 屈膝打腿：改进方法同屈髋打腿。 在水面上打腿：控制脚露出水面的高度就可以了。