武汉大学化学与分子科学学院
《分子模拟实验》实验报告
生物大分子模拟
指导老师：侯华
姓名：陆文心
专业：化学弘毅班
学号：2012301040179
日期：2014年12月18日（周四下午）
一、实验内容
问题12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白（human cyclin-dependent kinase 2,i.e.，CDK2和ATP的结合晶体结构），并采用不同的模型观察其结构特点。
查阅文献可知，CDK2的第81号Glu与ATP分子的嘌呤环上N6上的氢、第83号Leu 与ATP分子的嘌呤环上N1上的氢之间存在氢键，如下图：
参考文献：
[1]Mark P. Thomas, Campbell McInnes, Peter M. Fischer, Protein Structures in Virtual Screening:
A Case Study with CDK2. J. Med. Chem. 2006, 49, 92-104
[2] 白晓光,许乐幸,李祎亮等,基于靶蛋白结构的CDK2小分子抑制剂研究进展.Chinese Journal of New Drugs. 2011, 20(17), 1668
问题12-3-2在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度为260K，273K，298K，373K下的分子动力学模拟（10ps），观察晶体结构的变化情况并做定性解释。
冰晶体原始结构：
经MM2处理过后的结构：
①260K。
模拟过程：
模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
②273K。模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
③298K。模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
④373K。模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
变化情况：温度升高时，晶体结构的混乱程度加大，变得越来越不规则；从能量随时间变化图也可以看出，体系的总能量和势能也越来越大。
定性解释：随着温度的升高，维持冰晶体结构的氢键逐渐被破坏，冰晶体也有原有的四面体配位结构逐渐向无规则的液态水转变。
问题12-3-3分子对接。自行选择聚合物片段进行分子对接。
选择一个四肽片段。对接前：
对接后效果图：
二、收获与感想
1. 通过在线使用PDB号下载蛋白质的构型，巩固了这一种建模方式；通过使用Chem3D
左侧原子序号窗口，可以很方便地选中某个或某些原子，并能用球棍模型、丝带模型显示蛋白质分子。
2. 冰的独特晶体结构不需要自己创建（自己很难将每个水分子都摆放到合适的位置），从样本文件中调出即可；利用MM2分子力学方法可以迅速、方便地优化调整分子结构；通过不同温度下对冰晶体的分子动力学模拟，发现并能解释冰晶体的构型随温度升高的变化规律。
3. 通过调整特定几对原子之间的距离，成功使两个四肽分子对接。
一.解释概念(20分,每个4分) 卫星DNA 复制体逆转座子反式激活因子衰减子与衰减作用 三、问答题(50分) 1. 说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。(15分) 2. 简述增强子的特点和性质及作用机制。(10分) 3. 简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始(15分) 4. DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶,它是在大肠杆菌 (E.coli)R株中发现的,它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一,它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DN**段克隆到pUC质粒中,并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增,已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶,你设计如何做才能确保成功?为什么?(10分) 武汉大学2002分子生物学 三.问答: 1.简述(或绘图说明)真核细胞RNA聚合酶II转录的起始需要哪些基本转录因子及其装配过程(15分) 2.简述(或绘图说明)色氨酸操纵子弱化的机制(15分) 3.在讨论基因家庭时经常提到胚胎、胎儿和成体形成的蛋白质,这些述语是指什么现象?可用什么术语来描述这一类基因家族(5分) 4. 你正在进行Southern blot分析,并刚刚完成凝胶电泳部分,下一步是将胶浸泡在NaOH溶液中使DNA变性为单链,为了节约时间,你跳过这一步,直接把DNA 从胶上转到硝酸纤维素膜上,你将标记好的探针与膜杂交,却发现放射自显影结果是一片空白,哪里错了呢?(5分)
一、下列名词翻译成中文，并简要解释 1、Domains and motifs 2、Alternative splicing 3、Reporter genes 4、The PCR cycle 5、Restriction mapping 6、Multiple cloning sites 7、DNA libraries 8、Proteomics 9、Replicon 10、Semi-conservative replication 二、简答题(共5题,每题8分,共40分) 1、请列举三种以上蛋白质纯化技术,并说明不同纯化技术的简单原理。 2、简述DNA损伤与DNA突变之间的区别与相互关系。 3、简述密码的简并性(degeneracy)和同义密码子(synonymous codon)及其在生物学上的重要性。 4、简述原核生物转录起始与转录终止过程中所涉及的主要蛋白质和核酸结构及其具体作用。 5、简述cDNA文库的构建过程。 三、论述题(共5题,1-4题每题15分,第5题10分,共70分) 1、人类基因组计划完成的社会意义和科学意义是什么？ 2、什么是操纵子(operon)？试说明色氨酸操纵子(Trp operon)在原核基因表达调控中的调控机制和重要作用。 3、请简要解释顺式作用元件与反式作用因子,并举二例加以说明它们的相互作用方式。 4、试说明真核细胞与原核细胞在基因转录、翻译及DNA的空间结构方面存在的主要差异,表现在哪些方面？ 5、限制性核酸内切酶有哪几种类型？哪一种类型的限制酶最适合于基因工程,为什么？请简要说明其理由。
武汉大学 2001年攻读硕士学位研究生入学考试试题 科目名称:分子生物学 科目代码: 477 一、解释概念(20分,每个4分) 卫星DNA 复制体逆转座子反式激活因子衰减子与衰减作用 二、填空(30分,每空1分,请将答案写在答卷上) 1. 从病毒到高等生物的研究表明,遗传物质是。 2. 冈崎片段的发现证实了双链DNA的复制,在复制过程中,一条新生链的合成 是的,称为链;而另一条链的合成是的,称为链。 3. 大肠菌中有三种DNA聚合酶,其中的pol I的作用是,而pol III的作用是。pol I和pol III都有的三种活性是、、。 4. 由于真核细胞染色体DNA的复制要有一段RNA为引物,因此线状的DNA复制后必须存在着5’端缩短的问题。已发现有一种端粒蛋白称为,它由构成,可以使单链DNA的5’延长。 5. 对DNA损伤有几种修复系统,其中只有修复系统可以造成DNA变异,与这一系统有关的一套基因平时受到一称为的抑制蛋白所抑制,它发挥抑制作用是结合在一段约20bp 长的称为的DNA序列上,当DNA损伤时,另一种蛋白质称为把这种抑制蛋白水解后,修复系统的基因才会被激活。 6. 真核细胞中有三种依赖于DNA的RNA聚合酶分别合成不同的RNA,RNA pol I负责合成,RNA pol II负责合成,RNA pol III负责合成。 7. 大分子互相作用是分子生物学的重要内容,包括蛋白质之间、蛋白质与DNA或RNA之间的互相作用,蛋白质有四种重要的结构花式与大分子互相作用有关,这些结构花式是, , 。 8. NO是气体小分子信号,它可由脱氨产生,它的作用方式是直接与酶作用使产生cGMP(环式GMP)。 9. 真核mRNA的5’端通常有帽子结构,3’端有polyA。在polyA上游有一保守序列称为polyA信号,其序列为。polyA能提高mRNA的翻译水平是由于: (1) (2) 。 10. G-蛋白关联受体是一类重要的细胞表面受体,它的结构特色是,它发挥信号传递作用的两条途径是途径和途径。 三、问答题(50分) 1. 说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。(15分) 2. 简述增强子的特点和性质及作用机制。(10分) 3. 简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始(15分) 4. DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶,它是在大肠杆菌(E.coli)R株中发现的,它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一,它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DN**段克隆到pUC质粒中,并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增,已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶,你设计如何做才能确保成功?为什么?(10分) 武汉大学
（生物科技行业）考研武汉大学分子生物学名词
ModificationofDNAorRNA(DNA或RNA修饰)：在最初合成聚核苷酸链之后核苷酸上所做的任何改变。 Modifiedbases(修饰碱基)：除通常在DNA(T、C、G、A)和RNA(U、C、G、A)四种碱基以外的碱基，通常是在核酸合成后发生改变。Molecularchaperone(分子伴侣)：协助壹些蛋白质装配或者恰当折叠所需的蛋白质，但这种蛋白质且不是靶复合物的成分。 MonocistronicmRNA(单顺反子mRNA)：编码壹个蛋白质的mRNA。Monolayer(单细胞层)：指真核细胞在培养基上生长，只能形成壹个细胞深度的壹层。 Morphogen(形态发生因子)：诱导特别细胞型以依赖其浓度形式发育的因子。MPF(促成熟因子)：是二聚体激酶，包括p34催化亚基和周期蛋白调控亚基，其激活能引发有丝分裂进行。 MtDNA：线粒体DNA。 MTOC：见微管组织中心。 Multicopyplasmids(多拷贝质粒)：以大于壹个拷贝出当下细菌中的质粒。Multiforkedchromosome(多叉染色体)：在细菌中，有壹个之上复制叉，因为在第壹个复制循环结束之前第二个就已开始。 Multimericprotein(多亚基蛋白质)：由壹个之上亚基组成的蛋白质。
Mutagens(诱变剂)：通过诱导DNA上的突变增加突变率的物质。 Mutation(突变)：指基因组DNA序列上的任何改变。Mutationfrequency(突变频率)：在种群中某个突变被发现的频率。Mutationrate(突变率)：某个突变发生的速率，通常用每个基因每代出现的次数表示。 Myeloma(骨髓瘤细胞)：起源淋于巴细胞的壹个肿瘤细胞株，通常产生壹种免疫球蛋白质。 N Negativecomplementation(负互补)：当等位基因间互补允许多亚基蛋白质中突变亚基抑制野生型亚基的活性时发生。 Negativeregulators(负调控物)：通过关闭转录或者翻译来行使功能。Negativesupercoiling(负超螺旋)：双链DNA在空间以双螺旋链旋转方向相反的方向形成的扭曲。 Neutralsubstitution(中性置换)：蛋白质中不改变活性氨基酸的变化。 Nick(切口)：指双链DNA中壹条链上俩个相邻核苷酸间缺少磷酸二脂键。Nicktranslation(切口平移)：指大肠杆菌中DNA聚合酶I能够将切口作为壹个起点，将双链DNA中的壹条链分解且用新物质重新合成新链代之。可用来在体外
0.012 0.010 0.008 0.006 0.004 0.002 0.000 k (L o r e n t z ) 分子光谱模拟 姓名： 学号： 专业： 日期：151207&151214 一.实验内容 1.红外光谱模拟 1.1 用PM3理论方法计算H2O 分子红外光谱 图1-1 GAMESS 程序中PM3方法预测的H2O 分子的红外光谱 用0.974来标定计算的频率，然后做出红外光谱图
得到的振动频率分别为1698 cm-1、3770 cm-1、3880 cm-1 与标准值1594cm-1，3657cm-1，3756cm-1比较三个频率都偏大。说明半经验方法计算的红外光谱可靠性不高，若采用高水平计算方法，理论计算一实验值会符合很好，但同时会提高对计算机资源的要求。 2.拉曼光谱光谱模拟 2.1用HF/6-31G(d)计算的CH4分子的拉曼谱图 图2-1 HF/6-31G(d)计算的CH4分子的拉曼谱图 3.紫外可见光谱的模拟 3.1计算甲酸分子5个垂直激发的单重态和三重态，2个绝热激发的单重态和三重态，并确定垂直激发和绝热激发波长。 3.1.1 甲酸分子5个单重态垂直激发能(HF/6-31G(d)) ①利用GAMESS程序HF/6-31G（d）理论水平优化基态 Total Energy =-118450.0392 Kcal/Mol ②手动修改输入方式，其中NSTATE=5 甲酸分子（HCOOH）分子的5个单重态的垂直激发能
λ=1/△E(cm)=10^7/△E(nm) 经过换算，5个单重态的垂直激发波长分别为179nm、120nm、111nm、109nm、100nm均位于紫外区内。 3.1.2 甲酸分子5个三重态垂直激发能(HF/6-31G(d)) ①利用GAMESS程序HF/6-31G（d）理论水平优化基态 Total Energy =-118450.039 Kcal/Mol ②手动修改输入方式，其中NSTATE=5 MULT=3 甲酸分子（HCOOH）分子的5个单重态的垂直激发能 经过换算，5个三重态的垂直激发波长分别为198nm、195nm、122nm、116nm、109nm均位于紫外区内。 HF/6-31G(d)实验下HCOOH分子垂直激发波长表（单位：nm） 3.1.3甲酸分子2个单/三重态绝热激发能(HF/6-31G(d))
考试复习重点资料（最新版） 资料见第二页 封 面 第1页
分子生物复习题及答案 一、填空题 1．病毒ΦX174及M13的遗传物质都是单链DNA。 2．AIDS病毒的遗传物质是单链RNA。 3．X射线分析证明一个完整的DNA螺旋延伸长度为3.4nm。 4．氢键负责维持A-T间（或G-C间）的亲和力 5．天然存在的DNA分子形式为右手B型螺旋。 二、选择题（单选或多选） 1．证明DNA是遗传物质的两个关键性实验是：肺炎球菌在老鼠体内的毒性和T2噬菌体感染大肠杆菌。这两个实验中主要的论点证据是（C）。 A．从被感染的生物体内重新分离得到DNA作为疾病的致病剂 B．DNA突变导致毒性丧失 C．生物体吸收的外源DNA（而并非蛋白质）改变了其遗传潜能 D．DNA是不能在生物体间转移的，因此它一定是一种非常保守的分子E．真核心生物、原核生物、病毒的DNA能相互混合并彼此替代 2．1953年Watson和Crick提出（A）。
A．多核苷酸DNA链通过氢键连接成一个双螺旋 B．DNA的复制是半保留的，常常形成亲本-子代双螺旋杂合链 C．三个连续的核苷酸代表一个遗传密码 D．遗传物质通常是DNA而非RNA E．分离到回复突变体证明这一突变并非是一个缺失突变 3．DNA双螺旋的解链或变性打断了互补碱基间的氢键，并因此改变了它们的光吸收特性。以下哪些是对DNA的解链温度的正确描述？（C、D）A．哺乳动物DNA约为45℃，因此发烧时体温高于42℃是十分危险的B．依赖于A-T含量，因为A-T含量越高则双链分开所需要的能量越少 C．是双链DNA中两条单链分开过程中温度变化范围的中间值 D．可通过碱基在260nm的特征吸收峰的改变来确定 E．就是单链发生断裂（磷酸二酯键断裂）时的温度 4．DNA的变性（A、C、E）。 A．包括双螺旋的解链B．可以由低温产生 C．是可逆的D．是磷酸二酯键的断裂 E．包括氢键的断裂
2002年 三、问答： 1、简述（或绘图说明）真核细胞RNA聚合酶II转录的起始需要哪些基本转录因子及其装配过程（15分） 2、简述（或绘图说明）色氨酸操纵子弱化的机制（15分） 3、在讨论基因家庭时经常提到胚胎、胎儿和成体形成的蛋白质，这些述语是指什么现象？可用什么术语来描述这一类基因家族（5分） 4、你正在进行Southern blot分析，并刚刚完成凝胶电泳部分，下一步是将胶浸泡在NaOH溶液中使DNA变性为单链，为了节约时间，你跳过这一步，直接把DNA从胶上转到硝酸纤维素膜上，你将标记好的探针与膜杂交，却发现放射自显影结果是一片空白，哪里错了呢？（5分） 2001年 三、问答题（50分） 1．说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。（15分） 2．简述增强子的特点和性质及作用机制。（10分） 3．简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始（15分） 4． DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶，它是在大肠杆菌（E.coli）R株中发现的，它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一，它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DNA片段克隆到pUC质粒中，并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增，已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶，你设计如何做才能确保成功？为什么？（10分）
2003年分子生物学 一。下列名词翻译成中文，并简要解释4*10 1.Domains and motifs 2. Alternative splicing 3.Reporter genes 4. The PCR cycle 5.Restriction mapping 6.Multiple cloning sites 7.DNA libraries 8.Proteomics 9.Replicon 10. semi-conservative replication 二。简答题8*5 总计40分 1. 请列举三种以上的蛋白质纯化技术，并说明不同技术的简单原理。 2. 说说DNA损伤与DNA突变之间的区别和相互关系。 3. 简述密码的简并性（degeneracy）和同义密码子（synonymous codon）及其在生物上的重要性。 4. 简述原核生物转录起始与转录终止过程中涉及到的主要蛋白质和核酸结构及其具体作用。 5. 简述cDNA文库的构建过程。 三。问答题（1-4每题15，5题10，总计70） 1. 人类基因组计划完成的社会意义和科学意义是什么？ 2. 什么是操纵子（operon）?试说明色氨酸操纵子（Trp operon）在原核基因表达调控中的调控机制和重要作用。 3. 简要解释顺式作用元件与反式作用因子，并举二例说明他们的相互作用方式。 4. 试说明真核细胞与原核细胞在基因转录，翻译及DNA的空间结构方面存在的主要差异，表现在哪些方面？ 5. 限制性核酸内切酶有哪几种类型？哪一种类型的限制酶最适合于基因工程，为什么？请简要说明理由。 2004年武汉大学硕士研究生入学考试分子生物学试卷 一名词翻译与解释 1synonymous codons 2RNA editing 3Spliceosome 4Microarray 5Plaque hybridization 6Open reading frame 7Ribozyme 8RFLP
武汉大学 2001 年攻读硕士学位研究生入学考试试题 一、解释概念(20 分,每个4分) 1. Satellite DNA-卫星DNA,又称串联重复序列，由2~6个核苷酸组成的重复单位组成的串联重复。 2. Replisome-复制体,是指由多种复制相关蛋白组成的复合物。 3.逆转座子，指另一类能够通过逆转酶和整合酶共同作用介导转座的转座子 4. 反式激活因子，一类能结合到顺式作用元件上形式激活作用的蛋白质 5. 衰减子，原核生物操纵子上一段能够显著减弱或终止转录作用的核苷酸序列 衰减作用，指原核生物中根据底物浓度变化来调控基因转录进程的中断与否的一种调控机制。 三、问答题(50 分) 1.说出双链DNA 复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。(15 分) 2.简述增强子的特点和性质及作用机制。(10 分) 3.简述真核RNA 聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始(15 分) 4.DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶,它是在大肠杆菌(E.coli)R株中发现的,它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一,它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII 等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DNA段克隆到pUC 质粒中,并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增,已知条件是所用的R
菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶,你设计如何做才能确保成功?为什么?(10 分) 武汉大学 2002 年攻读硕士学位研究生入学考试试题 三、问答: 1、简述(或绘图说明)真核细胞RNA 聚合酶II 转录的起始需要哪些基本转录因子及其装配过程(15 分) 2、简述(或绘图说明)色氨酸操纵子弱化的机制(15分) 3、在讨论基因家庭时经常提到胚胎、胎儿和成体形成的蛋白质,这些述语是指什么现象?可用什么术语来描述这一类基因家族(5分) 4、你正在进行Southern blot 分析,并刚刚完成凝胶电泳部分,下一步是将胶浸泡在NaOH 溶液中使DNA 变性为单链,为了节约时间,你跳过这一步,直接把DNA 从胶上转到硝酸纤维
分子生物学名词解释 1、gel electrophoresis(凝胶电泳) 2、restriction endonuclease(限制性内切酶) 3、hybridization(杂交) 4、probe（探针） 5、Autoradiogram（放射自显影） 6、DNA cloning 7、DNA ligase（DNA连接酶） 10、transformants（转化子） 11、copy DNA（cDNA） 12、DNA library 13、colony hybridization（菌落杂交） 14、oligonucleotide（寡聚核苷酸） 15、site-directed mutagenesis（定位突变） 16、shotgun sequencing（鸟枪法测序） 17、contig（叠连群） 18、annotation（注释） 19、transcriptome（转录组） 20、BLAST（基本局部比对搜索工具） （11.7.2015） 21、tandem mass spectrometry（MS-串联质谱） 22、interactome（互作组） 23、DNA foot printing（DNA足迹） 24、insulator（绝缘子） 25、homeodomain（同源结构域） 26、mediator（中介蛋白） 27、bromodomain（同源调节域） 28、chromodomain（染色质结构域） 29、locus control region-LCR（位点控制区域） 30、heterochromatin（异染色质） （11.10.2015） 31、euchromatin（常染色质） 32、epigenetic regulation（表观遗传调控） 33、constitutive expression（组成型表达） 34、operator（操作子） 35、operon（操纵子） 36、CTD（c端结构域） 37、lysogenically（溶源生长） 38、lytically（裂解） 39、prophage（原噬菌体） 40、antitermination（抗终止作用） 41、retroregulation（逆向调控）
1.你认为样品制备和显微观察中（光镜和电镜）应通过哪些方法改变样品的反差以改善观察效果？ 标准答案: 光学显微镜：对样品染色后改善反差；更换聚光器和物镜，使用暗视野显微镜、相差显微镜使用荧光显微镜时针对不同的目标选用不同的荧光染料在相同条件下适当降低照明亮度电子显微镜：扫描电镜在进行样品制备时喷金透射电镜对样品进行负染、正染透射电镜用投影法制样 2.为什么在微生物学奠基后的数十年时间内，人们认为微生物学与普通生物学之间没有关系？二者是怎样实现交叉、融合的？ 微生物学和普通生物学都是在19世纪中叶奠基； 但二者的研究方法和研究兴趣完全不同 由于个体微小，对微生物的研究需要借助显微镜及注重微生物的群体，而以动植物为主要对象的普通生物学在研究时可以不借助显微镜，可以方便地对个体甚至个体的部分结构进行观察和研究 二者的研究兴趣也完全不同： 微生物学：寻找感染疾病的致病因子、免疫及疾病防治；寻找新的化学治疗药物、微生物代谢研究等。也就是更注重微生物对人类生活的影响及应用 普通生物学：高等动植物细胞的结构与功能、动植物的生态学、繁殖和发育、遗传以及进化等。也就是更加注重对生命基本活动规律的理论研究。 由于微生物个体十分微小，人们甚至怀疑动植物的生命活动规律是否适用于结构大大简单的微生物？ 这使得二者之间并无交叉。 20世纪上半叶，下列三个方面的研究进展使人们认识到微生物在生命本质上与动植物并无差别，推动了微生物学和普通生物学的交叉、融合。微生物也由于其结构简单、生长迅速、易于培养等特点逐渐成为研究很多基本生命活动规律的材料，成为生命科学研究的明星 1）肌肉的糖酵解和酵母菌乙醇发酵在本质上具有同一性； 2）动物需要的维生素和某些微生物生长需要的生长因子相同的化学本质上述研究使人们认识到一切生命系统在代谢水平上具有相同的本质，所有的生命形式具有“生物化学的同一性”3）生化突变可以用微生物遗传标记，以及细菌间水平基因转移途径的发现导致了微生物遗传学的建立，进一步的研究证实动植物的遗传规律同样适用于微生物。用微生物为材料进行的肺炎双球菌转化实验、病毒重组实验、噬菌体感染实验证实了核酸是遗传的物质基础，也标志着微生物学与普通生物学的汇合、交叉，微生物学被推到了整个生命科学发展的前沿，获得了迅速的发展，在生命科学的发展中作出了巨大的贡献。 1.培养微生物的常用器具中，（）是专为培养微生物设计的。 A. 平皿 B. 试管 C. 烧瓶 D. 烧杯 标准答案: A 2.（）可用来分离培养出由科学家设计的特定环境中能生长的微生物，尽管我们并不知道什么微生物能在这种特定的环境中生长。 A. 选择平板 B. 富集培养
2015年武汉大学885分子生物学考研真题（B卷）及详解 一、专业术语翻译与解释（共10小题，每小题4分，共40分） 1．Exon 答：Exon中文名称是外显子，是指断裂基因的一部分，包含在一个基因的转录物中，并在核内RNA剪接过程中保存下来成为细胞质中信使RNA的一部分。外显子在编码蛋白基因中处于三个明显的区域：第一部位，不翻译成蛋白质部分，是RNA转录物起始部分的信号并含有引导mRNA到核糖体进行蛋白质合成的顺序；第二部位是含有翻译成蛋白质氨基酸顺序的信息部分；第三部位是转录为mRNA的一部分含有翻译终止和加多腺苷酸尾的信号。 2．Promoter 答：Promoter中文名称是启动子，是指基因中控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度的一个组成部分。启动子本身并不控制基因活动，而是通过与转录因子结合而控制基因活动的。启动子就像"开关"，决定基因的活动。 3．Proteomics 答：Proteomics中文名称是蛋白质组学，是指一种基因组所表达的全套蛋白质，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。
4．Frame-shift mutation 答：Frame-shift mutation中文名称是移码突变，是指由于插入或缺失非3的倍数个的核苷酸导致阅读框发生移动，随着转译成不正常的氨基酸的一种突变。这种突变通常会导致多肽链上一系列的氨基酸发生变化，严重影响后续蛋白质或酶的结构和功能。 5．Wobble hypothesis 答：Wobble hypothesis中文名称是摆动假说，是解释遗传密码简并性的假说，克里克于1966年提出。具体内容是：对氨基酸专一的密码子的头两个碱基与相应转移RNA上反密码子的第2个和第3个碱基互补配对，而密码子的第3个碱基（3＇端）与反密码子5'端碱基的配对专一性相对较差。在反密码子的5＇位置上常发现次黄嘌呤（Ⅰ）或与之相似，仅能形成2个氢键的嘧啶。 6．Single-strand binding protein 答：Single-strand binding protein中文名称是单链结合蛋白，又称DNA结合蛋白，是指结合于螺旋酶沿复制叉方向向前推进产生的单链区，防止新形成的单链DNA重新配对形成双链DNA或被核酸酶降解的蛋白质，是DNA复制所必须酶。DNA解旋后，DNA分子只要碱基配对，就有结合成双链的趋向。 7．Tandem affinity purification 答：Tandem affinity purification中文名称是串联亲和纯化，是指一种可以经过两步特异性亲和纯化可快速得到生理条件下与靶蛋白质存在真实相互作用的蛋白质来研究体内蛋白质相互作用的新技术。
武汉大学 2004年攻读硕士学位研究生入学考试试题 科目名称：分子生物学科目代码：813 注意：所有的答题内容必须答在答题纸上，凡答在试题或草稿纸上的一律无效。 一、下列名词解释翻译成中文，并简要解释（共10小题，每小题4分，共40 分） 1. Synonoymous codons 2. RNA editing 3. Spliceosome 4. Microarray 5. Plaque hybridization 6. Open reading frame 7. Ribozyme 8. RFLP 9. Site specific recombination 10. RNA interference 二、简答题（共5题，每题10分，共50分） 1.简述真核生物rRNA基因、tRNA基因和mRNA基因的转录机制。 2.原核生物和真核生物中存在哪些类型的转座子？其转座机理有哪些？ 3.简述真核生物DNA复制中，端粒复制与染色体其它部分DNA复制的异同和生物 学意义。 4.原核生物的蛋白质合成可分为哪些阶段？简述各阶段的主要事件。 5.列举4种可用来检测、鉴定转基因动植物的分子生物学技术和方法，简述选择这些 技术的理由。 三、论述题（共4题，每题15分，共60分） 1.试述环境因素对DNA的损伤以及生物体中存在的DNA损伤修复系统。如果DNA 损伤没有被修复会造成什么后果？ 2.试比较真核生物RNA聚合酶Ⅱ识别启动子与原核生物RNA聚合酶所识别的启动 子的结构特点，各结构单元的功能是什么？为什么原核生物一种RNA聚合酶能识 别不同的结构基因？ 3.在进行基因工程时，载体是携带靶DNA片段进入宿主细胞进行扩增和表达的工具， 请问一个载体应具有哪些基本特性和结构特点？ 4.人类基因组计划基本完成表明：人类基因组约有3x109bp（而大肠杆菌的基因组约 为4.6x106bp），其中仅有1%的基因组DNA直接编码蛋白质，约有24%的基因组 DNA为内含子，而75%的基因组DNA为其它非编码序列。试从（1）传代中遗传 信息的保持；（2）基因表达调控的角度来论述人类基因组如此排列的可能生物学意 义。
《遗传学 (Genetics)》课程教学大纲 课程编号：0231204 课程名称：《遗传学》 总学时数：48学时 先修课及后续课：先修课有《普通生物学》、《生物化学》、《细胞生物学》、《微生物学》、《分子生物学》，后续课有《基因工程》 一、说明部分 1、课程性质遗传学是研究生物遗传和变异规律、探索生命起源和生物进化机理的科学，是生物学科中十分重要的基础科学。遗传学研究的任务是阐明生物遗传和变异现象及其表现的规律；探索遗传变异的原因、物质基础及其内在规律；指导动植物和微生物的改良，提高医学水平，为人民谋福利。 2、教学目标及意义让学生全面系统掌握遗传学的基本原理和方法、遗传物质及其传递过程、遗传物质和环境的关系。要求学生正确理解生物的遗传和变异的辨证关系，能够运用遗传变异理论解决生产实践上的实际问题。 3、教学内容及教学要求本课程安排在学生完成《普通生物学》、《生物化学》、《细胞生物学》、《微生物学》、《分子生物学》等有关基础和专业基础课程之后的第七学期。内容上注意与以上课程的衔接，并避免不必要的重复。同时注意与后续课程《基因工程》等课程的衔接。课堂教学应力求使学生掌握基本概念，弄清生物遗传物质存在的形式及其传递特点，生物产生可遗传变异的有效途径，数量性状与质量性状的特征等内容。在群体、个体、细胞和分子水平了解遗传变异的规律及其遗传学基础。由于该课程内容繁多，发展迅速，故授课教师在吃透教材基础上，应广泛阅读相关参考资料，紧跟本学科发展，随时补充新内容，使学生及时了解本学科的重要进展及发展动态。 4、教学重点、难点重点是遗传学三大规律及其应用、基因定位、染色体结构与数目变异、细菌的遗传分析、分子遗传学基础和数量遗传学基础等内容。难点是连锁分析与基因定位；染色体数目变异与遗传分析；数量性状基因定位等内容。 5、教学方法与手段在教学方法上采取课堂讲授为主，辅以多媒体课件、提问、综述、实验、作业、教学辅助材料等，以加强学生对理论知识的消化和理解，在教学过程应注意积极启发学生的思维，培养学生发现问题和解决问题的能力。 6、教材及主要参考书 教材和重要参考书： 教材：朱军. 遗传学. 第三版. 北京: 中国农业出版社，2002 参考书： 1）、刘祖洞. 遗传学（上、下册）. 第二版. 北京：高等教育出版社，1990 2）、王亚馥，戴灼华. 遗传学. 北京：高等教育出版社，1999 3）、杨业华. 普通遗传学. 北京:高等教育出版社，2001
2001年攻读硕士学位研究生入学考试试题 一、解释概念（20分，每个4分） 卫星DNA 复制体 逆转座子 反式激活因子 衰减子与衰减作用 二、填空（30分，每空1分，请将答案写在答卷上） 1. 从病毒到高等生物的研究表明，遗传物质是。 2. 冈崎片段的发现证实了双链DNA的复制，在复制过程中，一条新生链的合成是的，称为链；而另一条链的合成是的，称为链。 3. 大肠菌中有三种DNA聚合酶，其中的pol I的作用是，而pol III的作用是。pol I和pol III都有的三种活性是。 4. 由于真核细胞染色体DNA的复制要有一段RNA为引物，因此线状的DNA复制后必须存在着5’端缩短的问题。已发现有一种端粒蛋白称为，它由构成，可以使单链DNA的5’延长。 5. 对DNA损伤有几种修复系统，其中只有修复系统可以造成DNA变异，与这一系统有关的一套基因平时受到一称为的抑制蛋白所抑制，它发挥抑制作用是结合在一段约20bp长的称为的DNA序列上，当DNA损伤时，另一种蛋白质称为把这种抑制蛋白水解后，修复系统的基因才会被激活。 6. 真核细胞中有三种依赖于DNA的RNA聚合酶分别合成不同的RNA，RNA pol I负责合成，RNA pol II负责合成,RNA pol III负责合成。 7. 大分子互相作用是分子生物学的重要内容，包括蛋白质之间、蛋白质与DNA或RNA之间的互相作用，蛋白质有四种重要的结构花式与大分子互相作用有关，这些结构花式是，，，。 8. NO是气体小分子信号，它可由脱氨产生，它的作用方式是直接与酶作用使产生cGMP（环式GMP）。 9. 真核mRNA的5’端通常有帽子结构，3’端有polyA。在polyA上游有一保守序列称为polyA信号，其序列为。polyA能提高mRNA的翻译水平是由于： （1）（2）。 10. G-蛋白关联受体是一类重要的细胞表面受体，它的结构特色是，它发挥信号传递作用的两条途径是途径和途径。 三、问答题（50分） 1．说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。（15分） 2．简述增强子的特点和性质及作用机制。（10分） 3．简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始（15分） 4．DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶，它是在大肠杆菌（E.coli）R株中发现的，它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一，它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DNA片段克隆到pUC质粒中，并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增，已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶，你设计如何做才能确保成功？为什么？（10分）
https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/userhome/5570752 最全的医学下载网址 北大医学部视频资源http://202.112.190.68/shipin.htm ★★北京中医药大学精品课程http://***https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/ ★★北大医学部视频资源http://202.112.190.68/shipin.htm ★★上海中医药大学网络教学资料 方剂学视频:https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/jpkj/fjx/shikuang.htm 方剂学网络课件:https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/jpkj/fjx/index.htm 实验中医学视频:https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/jpkj/syzyx/shikuang.htm 中医内科学课件:https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/jpkj/zynk/cai/ctm.rar 安装须知:https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/jpkj/zynk/cai/setup.rtf 内科学视频:https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/jpkj/zynk/shikuang.htm 针灸学网络课程http://61.129.75.54/zhenjiu/zj_demo/index.htm ★★辽宁中医学精品课程https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/***/article_index.asp ★★天津中医学院-实验针灸学网络教学 http://202.113.168.14/zhenjiu/101/帐号:test/密码:test http://202.113.168.14/zhenjiu/101/50.htm里面的视频都可以下载! ★★广州中医药大学精品课程 http://210.38.96.15/index.htm http://210.38.96.15/zjtn/index.htm http://210.38.96.15/zynkx/CONTENT/SHIPIN.HTM http://210.38.96.15/shl/index.htm ★★福建中医学院精品课程http://***https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/***/***.HTM ★★暨南大学精品课程http://***https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/ ★★陕西医学高等专科学校组胚教研室精品课程 http://www.***https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/jxlx/jxlx.htm ★★海南医学院精品课程http://210.37.79.3/jingpin/index.htm ★★四川大学精品课程---医学部分 诊断学http://219.221.200.61/2003/58/classonline.htm 药物化学http://219.221.200.61/2003/show.asp?id=63 病理学http://219.221.200.61/g2003/show.asp?id=57 护理学基础http://219.221.200.61/2004/show.asp?id=47 生理学http://219.221.200.61/2004/show.asp?id=33 生物化学http://219.221.200.61/2004/show.asp?id=45 口腔修复学http://219.221.200.61/2004/show.asp?id=52 ★★河北省精品课程网站http://218.11.76.26/ ★★河北医科大学https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/***/jpkt.htm ★★中国医科大学精品课程网https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/curriculum/ ★★武汉大学精品课程－－医学部分 武汉大学精品课程网站http://www.***https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/ 人体解剖学http://www.***https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/***/rtjp/ 病理生理学http://www.***https://www.doczj.com/doc/7e6675594.html,/***/blslx/asp/
一年就这样过去了，内心思绪万千。 一年很短，备考的经历历历在目，一年很长，长到由此改变了一个人的轨迹，并且成就一个梦想。回忆着一年的历程，总想把它记录下来，希望可以给还在考研道路上奋斗的小伙伴们一点帮助。 考研是一个非常需要坚持的过程，需要你不断坚持和努力才能获得成功，所以你必须要想清楚自己为什么要考研，这一点非常重要，因为只有确认好坚定的动机，才能让你在最后冲刺阶段时能够坚持下来。 如果你只是看到自己周围的人都在考研而决定的考研，自己只是随波逐流没有坚定的信心，那么非常容易在中途就放弃掉了，而且现在考研非常火热，这就意味着竞争也会非常激烈，而且调剂的机会都会非常难得，所以备考时的压力也会比较大，所以大家一定要调整好心态，既不能压力太大，也不能懈怠。 既然选择了，就勇敢的走下去吧。 考研整个过程确实很煎熬，像是小火慢炖，但是坚持下来，你就会发现，原来世界真的是美好的。 文章整体字数较多，大家可视自己情况阅读，在文章末尾我也分享了自己备考过程中的资料和真题，大家可自行下载。 初试科目： (101)思想政治理论 (201)英语一 (656)生态学 (887)普通生物学 参考书目：
《生态学》（第2版）杨持主编，高等教育出版社，2013年。 《普通生物学》周云龙编，高教出版社，2011 关于英语复习的建议 考研英语复习建议:一定要多做真题，通过对真题的讲解和练习，在不断做题的过程中，对相关知识进行查漏补缺。对于自己不熟练的题型，加强训练，总结做题技巧，达到准确快速解题的目的。 虽然准备的时间早但因为各种事情耽误了很长时间，真正复习是从暑假开始的，暑假学习时间充分，是复习备考的黄金期，一定要充分利用，必须集中学习，要攻克阅读，完形，翻译，新题型！大家一定要在这个时间段猛搞学习。 在这一阶段的英语复习需要背单词，做阅读（每篇阅读最多不超过20分钟），并且要做到超精读。无论你单词背的多么熟，依然要继续背单词，不能停。 真题是木糖英语的真题手译，把阅读真题争取做三遍，做到没有一个词不认识，没有一个句子不懂，能理解文章的主旨，每道题目选项分析透彻。 完型填空的考察重点就是词汇辨析，逻辑关系，固定搭配和语法等。完型一般放在最后一步做，所以时间有限，不需要把文章通读一遍，只要把握首句，即文章的中心大意，不要脱节文章主题意思即可。 做题的时候多联系理解上下文，精读空格所在句，根据前后的已知信息寻找相关的线索去选择合适的单词，所以建议大家练习完形填空要注重思路和寻找文章的线索。另外，要注重固定搭配与常见词组，完型填空常常和搭配有关系，平常应当多积累一些固定搭配，在考试的时候就能节省更多时间，而且记忆词组和搭配在作文、阅读、翻译中也起很大帮助。完形填空一共20题，练习时尽量控制在20分钟内完成。
资源与环境科学学院环境科学专业本科人才培养方案 一、专业代码、名称 专业代码：071401 专业名称：环境科学(Environmental Science) 二、专业培养目标： 本专业培养具备环境科学的基本理论、基本知识和基本技术，能在科研机构、高等学校、企事业单位及行政部门等从事科研、教学、环境保护和环境管理等工作的高级专门人才。三、专业特色和培养要求： 本专业学生主要学习环境科学方面的基本理论、基本知识，接受系统的环境科学方面的基础研究、应用基础研究、应用研究和环境管理的基本训练，具有较好的科学素养及一定的教学、研究、开发和管理能力，掌握环境污染控制与治理的基本知识、环境监测与环境影响评价的方法以及进行环境规划或管理的基本技能。 毕业生应获得以下几方面的知识和能力： 1．掌握数学、物理、化学、生物学、地学等方面的基本理论和基本知识； 2．掌握环境科学的基本理论、基本知识和基本技能； 3．了解相近专业的一般原理和知识； 4．熟悉国家环境保护、自然资源合理利用、可持续发展，知识产权等有关政策和法规； 5．了解环境科学的理论前沿、应用前景和最新发展动态以及环境保护产业的发展状况； 6．掌握资料查询、文献检索及运用现代信息技术获取相关信息的基本方法，具有一定的实验设计，创造实验条件，归纳、整理、分析实验结果，撰写论文，参与学术交流的能力。 四、学制和学分要求： 学制：4年。 学分要求：152学分。 五、学位授予：授予理学学士学位。 六、专业主干（核心）课程： 普通生态学、环境科学概论、环境化学、环境生物学、环境工程学、环境监测、环境影响评价、环境管理、环境信息系统。 七、主要实验和实践性教学要求： 普通生态学实验36学时 环境化学实验54学时 环境生物学实验54学时 环境工程实验36学时 环境监测实验54学时 环境信息系统实验36学时 环境科学综合实习2周 毕业论文16周 八、毕业条件及其它必要的说明 达到学校规定的毕业生必须具备的条件。