PubMed使用指南
PubMed简介
PubMed是美国国家医学图书馆(NLM) 所属的国家生物技术信息中心(NCBI) 开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。该系统通过网络途径免费提供包括MEDLINE在内的自1950年以来全世界70多个国家4300多种主要生物医学文献的书目索引和摘要，并提供部分免费和付费全文链接服务。
PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE 是一个拥有1亿字条以上的巨大数据库。
PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。
PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。PubMed使用指南
1，PubMed使用指南之：如何获取PubMed全文？
当很多人开始了解PubMed，并且逐渐得心应手的时候，都会面临一个棘手的问题，即如何获取全文？的确，PubMed真正向公众（public）免费开放的只是摘要部分，而绝大部分文章都没有全文提供。其实，只要我们掌握一些技巧，还是有可能获得一些文章的全文的。
一、PubMed
PubMed上约有5％的文献是可以免费看到全文的，通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text的小标记（）。你只要点击这个图标，系统就自动链接入该文献的全文。但有两点值得注意的是，第一，很多时候，这个图标在PubMed处于显示简要（summary)状态下并不出现，而只有在选择显示摘要（abstract)时才出现。因此，如果你不只是泛泛浏览，而希望看到全文的话，我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要（abstract)状态。第二，有些时候，小图标上仅标着Full Text，而并没有Free字样，但仍然可以链接入全文，你不妨试一试（）。
二、免费提供全文的期刊
有些期刊就提供全文免费检索。比如著名的美国Science(科学）杂志。
方法如下：
（1）先登录Science网址:https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html, 。注意，不是https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html,,否则你得不到全文。
（2）点击中间那个SEARCH按钮，就进入查询页了。你可以选择简单检索还是复杂检索。（3）输入您要找的关键词（不一定是MESH标准主题词），再点击search就可以了。（4）找出文章后，点击标题后的Full Text，就可以浏览原文了。
除了Science，其他一些期刊如美国科学院院报（PNAS)，Genetics等都可以在网上获取全文，甚至能够下载文献的pdf格式，这样就和真正在期刊上的排版形式一模一样了。一般而言，那些相应期刊的网址是以org为域名的，往往提供免费的全文。例如上面提到的两家期刊的
网址就分别是：https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html, ；https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html, 。
这里，我特别推荐一个提供免费全文的网站High Wire Press。该网站号称拥有地球上最大最全的免费的科学文献全文数据库。输入网址https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html,/即可登录该网站，首页即列出几个生物医学相关栏目，包括：
1、生命科学（包含：生物化学，细胞和分子生物学/ 微生物学与病毒学/ 免疫与免疫学/ 神经科学与神经生物学/ 生理学/ 植物学/ 其他生命科学/）
2、医学（包含：心血管医学/ 临床医学/ 精神病学与心理学/ 医学研究/）
3、自然科学以及其他科学栏目。
我个人的建议是，先在PubMed上检索，而仅以High Wire Press作为获取全文的一个途径而已。
三、利用一些高校图书馆网站
国内一些高等院校，尤其是一些名牌高校的图书馆经常和国外一些大的出版商签订协议，支付不菲的费用，从而可以检索并看到所有由这些出版商出版的期刊的全文。你可以就近到这些高校的图书馆的电子检索厅去检索，或者链接到大学图书馆的网站（不过一般高校的图书馆网站都不会对外开放的)，然后通过该网站的链接进入相应的检索系统。
四、向第一作者索要
这种方法究竟效率如何，没有人统计过，不过在以上方法都没有用时不妨试一试。你可以根据作者的Email地址给作者去封信，这里，我总结的另一个技巧是，向第一作者而不是通信作者要全文。为什么这样说呢？我们知道，一篇医学文献往往有好几个作者。文献上有一个所谓的通信作者，通常是该实验室的老板。既然是老板，往往各种应酬套磁自然颇多，每天email信箱里的信杂七杂八一大堆，而那些明显无关紧要的讯问信件自然就遭受冷落了。
而文献的第一作者，即该实验的主要承担者，应酬不会那么多，有email来讯问或索取文献也乐于答复。那么又如何知道第一作者的email地址呢？其实这很容易，你只要到PubMed 上显示出文献摘要，上面亦包括作者的单位，然后从google上找到该单位网址，从网站上通常就不难查找到作者的通信方法。
六、作者主页
有些作者会在他们的个人主页或实验室主页上放上所发表论文的全文，你也可以去看看。我就曾经为查找一篇文献的全文尝试了各种方法，最后竟然就在其作者的主页上意外地发现了。大有踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫之感觉。
2，PubMed使用指南之：PubMed快速入门
如何开始在PubMed搜索？
首先看段教程视频:
确认搜索的关键词
在搜索框里输入关键词
点击GO搜索。点击演试下面例子的搜索
Example（例子）
What role does pain have in sleep disorders?
The key concepts are（关键词是）:
Pain
sleep disorders
如何用作者的名字来搜索？
首先看段教程视频:
在搜索框输入作者的姓氏（last name），再加上其它开头的第一个字母，点击GO搜索。
Example
Watson JD
Lederberg J
如果仅仅知道作者的last name，这样在搜索时加上一具限定的标签[au]，如Watson[au]。用作者的全名搜索是用于2002年之前的文章，也就是文章里作者也是用全名时才可以的。
Example
Joshua Lederberg
Garcia Algar, Oscar
如何通过杂志名来搜索？
输入杂志名或杂志缩写
其它的想要搜索的关键词
点GO搜索
Example
To search for citations to articles about drosophila in the journal Molecular Biology of the Cell enter the following in the search box（例如要在Molecular Biology of the Cell杂志搜索关于drosophila的文章）:
molecular biology of the cell drosophila
知道了具体的作者名、杂志名、文章的发行年月，怎样才能精确搜索到文章？
用PubMed的高级搜索
在PubMed主页的搜索框旁点击”Advanced Search（高级选项）”
输入作者名、杂志名等，选择其它的限定条件
点击search搜索
PubMed搜索后的结果怎样看？
搜索后的结果以summary format显示，默认情况下每页显示20条结果，最近提交的文章将优先显示的前面。
怎样才能看到文章的摘要？
在搜索的结果点击文章的标题，就能看到文章的摘要。如果有标示着“No abstract available”，表示这篇文章在PubMed没有摘要。
怎样才能下载PubMed文章？
在搜索结果的summary format界面，是没有提供电子版的文章下载的。但在文章的摘要界面有提供全文下载的链接。有的是免费的，有的是需要付费才能下载的。这部分的详细内容请参阅：如何获取PubMed全文？
怎样保存PubMed搜索的结果？
这里有几种办法保存在PubMed搜索的结果，包含用Clipboard临时保存结果（保存时间为8个小时和最多保存500个结果）和用My NCBI（需要注册）来永久保存结果等。
在需要保存的文章前打上勾
用Send to菜单，选择Clipboard，看图。
要查看保存的结果，点击Clipboard菜单。
另外，你还可以用其它方法来保存；
用E-mail来订阅搜索的结果。看上面，在Send to菜单选择Email
直接把搜索结果的页面收藏
另存为文件，在Send to菜单选择Text或File
用RSS来订阅。在Send to菜单选择RSS
搜索后的结果太多，怎样才能挑选需要的？
用更精确的关键词来代替一般的搜索关键词
再加搜索的关键词
用PubMed的Limits功能来筛选搜索的结果
Example
If the search pain sleep disorders retrieves too many citations consider adding more specific search terms to focus your results such as facial pain sleep disorders.
（例如搜索pain sleep disorders retrieves太多结果，可以用facial pain sleep disorders试试）
PubMed搜索的结果太少，如何找到更加相关的文章？
1，在搜索的结果，点击Related Articles的链接。
2，去掉无关的关键词再重新搜索
Example
If your search, facial pain sleep disorders, retrieves too few citations consider removing search terms to broader the search and retrieve more citations such as, pain sleep disorders.
（与上面的例子相反，用facial pain sleep disorders如果结果太少，再换pain sleep disorders 试试）
找不到我所需要的，PubMed是怎样执行搜索工作的？
在搜索时，PubMed会自动修改搜索的关键词以提高搜索的能力。有时候这种修改不一定符合你的想法。想要查看PubMed是如何修改的，点击Detail菜单查看详细，并且你也可以编辑。
Example
If you search for cystic fibrosis by its abbreviation cf the cf search retrieves some citations that do not discuss cystic fibrosis. To see why PubMed retrieved these citations, click Details to see that PubMed translated cf to search for citations about cerebrospinal fluid or cf.
例如你用cf（囊肿性纤维化cystic fibrosis的缩写）关键词搜索，但结果中却没有出现关于cystic fibrosis 的。这是因为PubMed会自动把cf关键词转换为搜索cerebrospinal fluid(脑脊髓液,缩写也是cf)。（这也就提醒你搜索时尽量不要使用缩写。最好用全名称。）
我需要更加的帮助和训练？
联系客户支持：用PubMed Help Desk在线提交问题。
NLM的客户服务热线：1-888-FIND-NLM (1-888-346-3656) 星期一到星期五：8:30 a.m.-8:45 p.m. EST
星期六：9:00 a.m.-5:00 p.m. EST
相关PubMed文章
PubMed新增特性: Entrez系统扩展组件更有利于检索
用RSS订阅NCBI-PubMed文献
~完~
本文详细出处参考：https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html,/832/
PubMed使用手册 【基本查询方法】 ?一个检索词： 一个单词：在文本框中输入检索词，按GO查询。 含两个单词以上的检索词：需要加双引号，注意是英文输入状态下的双引号。 如："ultrasonic diagnosis"是正确的，“ultrasonic diagnosis” 是错误的 ?两个以上的检索词：可使用AND、OR 连接各检索词。 如："three dimensional ultrasound" AND thyroid ?可以在“limit”菜单下限制文献出版的时间、语种等等。 【完全手册】 PubMed 系统的主要特点 1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping） 在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。 （1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘
词）进行检索。例如：键入"Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。 （2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE 形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为"MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。如：在检索提问框中键入："new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med [Journal Name]"后进行检索。 （3）短语表（Phrase list）。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短词表。 （4）著者索引（Author Index）。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用AND）在全部字段中检索。如："single cell"，系统就会自动将其分成两个词："single"和"cell"检索，其检索表达式为："single AND cell"。要查验检索词的转换情况，可点击"Details"键。 2.截词检索功能
PubMed检索完全攻略(1) 第一章进入PubMed魔法学校--PubMed概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝ Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？ PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed挂钩
近年来，利用计算机进行文献检索已逐步代替传统的手工检索，随着Internet的普及，我们可以随时随地通过国际互联网来检索获得免费的医学文献，这是一条文献检索新捷径[1]，特别是进行MEDLINE检索，既简单又实用[2]。现在有多个机构提供免费的网上MEDLINE检索服务，其中由美国国立医学图书馆（NLM）所属的国家生物技术信息中心（NCBI）建立的PubMed数据更新快[3]，检索系统完善，深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。由于PubMed检索系统在不断完善和加强，要快速、全面、准确地在近4千种医学期刊、1千1百万条数据中检索出符合自己要求的资料[4]，并不容易。下面介绍最新版本（2000年9月版）的PubMed使用方法。 1. 进入PubMed 在浏览器的地址栏内输入Pubmed的网址：https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html,/PubMed/后按回车键，就进入PubMed的主页，开始检索。 2. 普通检索 在检索式提问框中输入一个或更多的词（例如：vitamin c common cold），然后按回车键或用鼠标点击"Go"按钮，PubMed就会利用"自动词语匹配"功能将重要的词或词组用"AND"组合在一起进行检索（见图1）。输入的词可以是自由词、主题词、或其他指定字段。由于主题词检索的文献更全面、更准确，应尽量使用主题词/副主题词检索。对于某些新的技术词汇、新药、新方法、新疾病等，还没有相应的主题词时，应该用自由词检索。 3. 高级检索 使用逻辑词AND, OR, NOT（例如：vitamin c OR zinc）、指定文献记录字段名称检索、使用医学主题词（MeSH）/副主题词组配格式检索，如neoplasms/diet therapy［mh］。不久返回检索结果，检索提问框仍出现在页面顶端，并显示您刚才输入的检索词。您可以在提问框内、点击"Details"或"Limits"按钮再修改检索词。 3.1 PubMed检索规则和语法 ①布尔运算符AND，OR，NOT必须大写，例如，vitamin c OR zinc； ②PubMed从左至右进行布尔运算。不过，你可以通过加圆括符改变运算顺
pubmed数据库的使用方法 本文以 pubmed中的一篇文章 Inhibition of Notch pathway attenuates the progression of human immunodeficiency virus-associated nephropathy. 为例来说明pubmed数据库的使用方法。 在pubmed中检索到该篇文章后，网址是 https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html,/pubmed/23389453 在页面左侧稍微靠上的地方，显示有该文章所属的期刊名字，如下图所示： 上图中棕色横线标注处显示的就是收录该文章的期刊的名字（是缩写），鼠标移动到该缩写的期刊名字上后，会弹出提示框显示该期刊的全名。棕色横线标注处同行的后边是这篇文章在该期刊中是哪一年的哪一期以及该文章的doi编号等信息。双击棕色横线标注处的链接，将可以查看该期刊的更多详细信息。 页面的右上角有时候会显示出该篇文章的全文获取链接，如下图所示:
在上图的棕色横线标注处，有时可以看到一个矩形的图标，那就是该篇文献的全文下载链接。点击该链接将来到收录该文章全文的期刊或者数据库的该篇文章的网络下载页面，例如该篇文献的网络下载页面如下图所示：
上图红色链接标注处出现了一个登陆框，要求进行登陆，这表明你没有下载该篇文献的权限。上图中绿色横线标注处是当你有此篇文献下载权限时，点击下载文献全文的位置。没有该篇文献全文下载权限的话，是无法下载到此文献的，如果您是通过seek68数字图书馆提供的pubmed入口来到此页面，则有很大机会直接就具有该篇文献的下载权限，如下图所示：
PubMed中文使用手册 （一）PubMed简介： PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开 发的、基于WWW的查询系统。 PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。 PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。 PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生 物学数据，序列中心的数据等等。 PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。 （二）页面介绍:（更新很快，但其内容变化一般不大）
在你的浏览器中的URL地址框中健入 https://www.doczj.com/doc/ce17226933.html,/pubmed/ 并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。如图： 1. 主页面左侧框的介绍（注：Cubby和tutorial为最新 加入的） MeSh Browser你可以用它来分层浏览MesH表 Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。 Batch Citation Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。 Old PubMed (使用以前的PubMed查询方式) 关于每一项的具体使用方法, 后面将会有详细介绍。 Related Resources Order Documents提供一种收费性质服务，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝（费用与发送方式各不相同）。 Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med 也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。 Consumer Health提供与MEDLINE plus的链接，MEDLINE plus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。 Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。 2. 主页面底部的介绍 Disclaimer 在这里可以得到版权的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。 Write to the Help Desk发e-mail给NLM消费者服务部。
PubMed检索系统简介 PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE 数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆（U.S.National Library of Medicine）最重要的书目文摘数据库，内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊，现有书目文摘条目1000万余条，时间起自1966年。 PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。 PubMed还通过电子通讯方式接受出版商提供的文献条目数据，这种条目带有[MEDLINE record in process]的说明，并标有[Record as supplied by publisher]的标识。这种条目每天都在不停地向PreMEDLINE数据库中传送，但其中有些条目由于超出了MEDLARS数据库的收录范围，将永远不会被PreMEDLINE或MEDLINE条目所取代，例如在综合性的科学杂志（Science 或Nature）上发表的地理学文章等。 PubMed 系统的主要特点 1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping） 在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。 （1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord 词（题名词和文摘词）进行检索。例如：键入“Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。 （2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN 号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。如：在检索提问框中键入：“new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med [Journal Name]"后进行检索。 （3）短语表（Phrase list）。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短词表。 （4）著者索引（Author Index）。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用AND）在全部字段中检索。 如："single cell"，系统就会自动将其分成两个词：“single“和“cell”检索，其检索表达式为：“single AND cell”。要查验检索词的转换情况，可点击“Details”键。