由发卡行费率、清算机构费率、收单机构服务费率三方面组成POS机刷卡手续费。而且费率三方所占比例分别为：发卡行占0.45%、清算机构占0.065%、收单机构服务费在0.05%-0.1%间浮动。
一、发卡行
发卡行在手续费收取中所占比例较大，虽然不同的发卡行针对自己的用户会推出不同的规定。但总体来说，自九六费改后发卡行的服务费率单笔不可超过交易金额的0.45%，而对储蓄卡收取的服务费更是单笔不可超过0.35%。发卡行一般指的是所持信用卡的银行，诸如中国建设银行、中国人民银行等。
二、清算机构
上调手续费后，清算机构在收取手续费时不得超过交易金额的0.065%，当然这是指单笔交易的手续费。在这0.065%间，发卡机构占0.0325%，收单机构占0.0325。值得一提的是清算机构一般有银联和网联两种。
三、收单机构
收单机构作为第三方支付机构，一般会根据发卡行和清算机构的手续费率调整相应POS机的手续费，这个调整范围在九六费改后一般在0.05%到0.1%之间。当然这些收单机构诸如微信、支付宝等都由中国人民银行进行管理。
综上所述，POS机刷卡手续费和自己单笔交易的金额有关，一般是交易金额的0.565%到
0.615之间。虽然会有所波动但总体看来手续费一般会在国家规定的单笔交易金额0.6%左右。也就是说手续费的收取一般会按照国家规定的标准来收取，会有小的波动但不会有大的不同。