二代测序报告
格式
尊敬的客户：
首先感谢您选择我们公司进行二代测序服务。我们为您提供的是一份详细的，以帮助您更好地了解您的样品。
一、测序结果概述
1.测序平台：我们使用Illumina HiSeq测序平台进行二代测序。
2. 样品信息：以下为您提供的样品信息：
样品编号：******
测序文库ID：******
测序文库构建方法：******
3. 读长分布情况：测序文库的PE150和SE150的数据分别为
******。测序质量分析表明，88.7％的碱基质量在Q20及以上，99.2％的碱基质量在Q30及以上。
4. 测序数据总结：共获得******个高质量read。读长分布范围
为******。其中，****%的reads能够比对到人类基因组上，****%的reads能够比对到参考基因组上。
二、测序分析结果
1.序列比对
我们使用Bowtie2软件将您的数据比对到对应的基因组上，得
到了比对率。具体分析结果如下：
2. SNV检测
我们使用Freebayes工具对您的样品进行SNV检测，并检测到
了******个SNV位点。具体分析结果如下：
3. INDEL检测
我们使用GATK工具对您的样品进行INDEL检测，并检测到了******个INDEL位点。具体分析结果如下：
三、结论
1.根据我们提供的测序结果，我们认为您的样品******
2.在您使用我们的服务后，我们建议您进行的后续分析有
******
感谢您的选择，我们将竭尽全力为您提供更优质的服务。
此致
敬礼！
XX测序公司
日期：XXXX年XX月XX日
关于血液肿瘤二代测序报告单解读，您需要知道的。。。 随着二代测序技术的发展，越来越多血液科医生都会开展二代测序项目，但是很多医生对报告单结果一头雾水。所以今天我们简单谈谈如何看懂一份血液肿瘤二代测序报告。 鉴于大家对二代测序的相关知识了解程度参差不齐，我们总结出“一对二看三查四问”的四步法，大家可以作为参考来分析二代测序的结果。 “一对”：核对标本送检信息。养成良好的核对习惯，确定我们手里拿的报告正好是我们需要的，病人信息没错，送检项目没错。 “二看”：看测序结果。几乎所有报告单的测序结果都是分等级列表式呈现，通常会报出三类变异：强烈临床意义变异、可能临床意义变异以及意义未明变异。推荐临床医生重点查看前两类突变，而“意义未明变异”鉴于目前尚不清楚其临床指导意义，不要过于纠结而浪费时间，只需记录积累，将来再进行回顾性分析即可。测序结果通常以表格形式呈现，表头术语就是要交代清楚XX基因XX位置发生什么突变，突变频率是多少。这些表头术语解释通常在报告单的末尾。以下图为例，简洁明了地列出“基因”、“突变命名”和“突变频率”。 这个结果表示检测到I类变异有三个：其中DNMT3A发生了移码突变，SETBP1和SRSF2发生点突变；三类变异有一个：ETV6发生点突变。其中“突变命名”均以人类基因组变异协会（HGVS）规范进行标准书写： 以DNMT3A为例进行移码突变的书写方式解释： 1. NM_175629.2是DNMT3A的一个转录本， 2. c.2374delC：c是cDNA序列，C是胞嘧啶，del是deletion
缩写，c.2374delC表示cDNA序列第2374位胞嘧啶缺失， 3. p.R792fs: p是蛋白序列，R是精氨酸， fs是framshift缩写，p.R792fs表示蛋白序列第792位精氨酸发生移码突变， 4. 30.6%：表示DNMT3A这个突变占野生+突变总和的30.6%，即突变频率为30.6%。 以SETBP1为例进行点突变的书写方式解释： 1. NM_015559.2是SETBP1的一个转录本， 2. c.2608G>A: c是cDNA序列，G是鸟嘌呤，A是腺嘌呤， c.2608G>A表示cDNA序列地2608位鸟嘌呤突变为腺嘌呤， 3. p.G870S: p是蛋白序列，G是甘氨酸，S是丝氨酸，p.G870S 表示蛋白序列第870位甘氨酸突变为丝氨酸， 4. 23%：表示SETBP1这个突变频率为23%。 以上点突变及移码突变是最常见的两种变异方式，想知道其他复杂的变异书写方式可参阅2001年发表在Hum Genet的文献“Nomenclature for the description of human sequence variations”。 有的报告单会把基因的突变频率写成“丰度”“变异比例”“VAF（variant allele frequency）”“MAF（mutant allele frequency）”等，通过突变频率可初步判断一下突变是体细胞突变（后天获得的）还是胚系突变（先天可遗传的），一般胚系突变的理论值是50%（杂合）或者100%（纯合），但在实际分析中，会把50%左右（如40%-60%）认为是胚系的杂合突变，90%-100%认为是胚系的纯合突变，其他比例的突变是体细胞突变的可能性大。但是判断是体细胞突变还是胚系突变，最好是有正常样本的对照，比如对口腔粘膜上皮细胞进行一代测序位点验证。对于体细胞突变，突变频率可以反映当前样本肿瘤细胞的克隆比例，对于以后样本复查有重要的参考价值。对于初诊标本，如存在多个基因突变，还可通过突变频率的高低大概判断一下基因突变发生的前后顺序，一般起始突变的突变频率都比较高，比如DNMT3A突变。
送检mNGS宏基因组二代测序报告情况、标本类型、送检保存要求、标本运输要求、测序情况、内容解释、微生物致病概率分级及 解读 宏基因组二代测序(mNGS) 是基于核酸检测的微生物鉴定技术其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS 技术本身存在的局限性，mNGS 诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理解读。 需送检mNGS情况 (1) 免疫抑制宿主疑似发生LRTI 且临床表现提示非CAP 常见病原微生物所致者； (2) LRTI 患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI 经规范经验性抗感染治疗48—72 h 后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者； (3) 聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体(感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时； (4) 患者有LRTI 症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致，可以在常规
病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS 以帮助鉴别诊断。 不建议送检 mNGS情况 (1) 免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎)，经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转； (2) LRTI 已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效； (3) 无法获取优质标本。 mNGS 标本类型 在LRTI 的病原微生物诊断中，可用于mNGS 检测的标本包括痰(含诱导痰)、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等。 mNGS 送检及保存要求 (1)下呼吸道标本：包括痰 (含诱导痰)、BALF、肺炎旁胸腔积液等，原则上应在采集后立即送检。若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时间间隔≤24 h，可在 2—8 ℃保存。若标本采集时间与检测时间间隔 >24 h，DNA 测序标本保存时间≤2周时可储存在-20 ℃冰箱，保存时间超过 2 周则需储存在 -80 ℃冰箱；需要进行 RNA 测序的标本如果保存时间 > 24 h，均应保存在 -80 ℃冰箱。对于短期不做检测的液体样本，冻存前应分装保存在冻存管 (≥ 500 μL/管) 中。 (2)血标本：采集后 4 ℃保存不超过 8 h，如果需要长期保存，分离血浆后 4 ℃可保存 24 h，长期保存于 -80 ℃冰箱。 (3)组织标本：来自感染部位的穿刺或手术切除组织标本，应保
肿瘤二代测序临床报告解读共识 二代测序临床报告解读肿瘤学专家组;张绪超 【期刊名称】《循证医学》 【年(卷),期】2022(22)2 【摘要】随着新型治疗药物的研发以及多学科综合治疗模式的优化,传统的病理分型及检测方法已经不足以满足临床需求,二代测序(next generation sequencing,NGS)已成为中国肿瘤医生常用的检测手段。为进一步协助临床医生理解临床靶点或驱动基因相关变异注释及解读、梳理NGS报告的逻辑、提升抓取关键信息,二代测序临床报告解读肿瘤学专家组对国内外NGS检测最新进展进行认真分析、讨论和总结,在《二代测序临床报告解读指引》基础上增加部分NGS报告解读示例,同源重组缺陷(homologous recombination deficiency,HRD)及微小/分子/可测量残留病灶(minimal/molecular/measurable residual disease,MRD)相关内容解读,制定了《肿瘤二代测序临床报告解读共识》,最终帮助临床医生做出正确的临床决策。 【总页数】15页(P65-79) 【作者】二代测序临床报告解读肿瘤学专家组;张绪超 【作者单位】不详;广东省人民医院 【正文语种】中文 【中图分类】R446.7 【相关文献】
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利用二代测序技术在不明原因发热的血液样本中检测到人 细环病毒 张益芜为王佶申辛欣何小周杨梦婕马学军 【摘要】【摘要】目的阐明不明原因发热(fever of unknown origin，FUO)的血液样本中用常规方法难以检测到的潜在病原。方法利用二代测序技术序列非依赖的特性对病原核酸进行随机捕获，随后采用多重链置换扩增(multiple displacement amplification，MDA)方法进行富集。在得到测序结果后，进行宏基因组数据分析，构建进化树，最终实现对未知病原的鉴定。结果对10份不明原因发热的血液样本进行宏基因组二代测序分析时未发现引起发热的常见病原体序列，但发现了大量人细环病毒(Torque teno Virus，TTV)存在的现象。将所有相关测序读长进行组装拼接，并计算得到的一致性序列在匹配的参考序列上的基因组覆盖度。在对组装出的置信序列进行进化分析后，发现其分属于α TTV、β TTV和γ TTV三个属。结论对本研究中发现的TTV的基因组特征、进化特征以及作为免疫水平评估的意义进行了分析。而对于本研究中只检测出三个属的TTV的现象，可能是因为TTV具有潜在的病原性以及感染性疾病所导致的宿主免疫水平低下，也有可能是由于其他非感染性病因导致的宿主免疫水平降低所导致。 【期刊名称】中华实验和临床病毒学杂志 【年(卷),期】2018(032)002 【总页数】5 【关键词】【关键词】不明原因发热；二代测序；宏基因组；人细环病毒 为便于研究长期发热症状，Petersdorf[1]在1961年通过对100例患者前瞻性
观察，首次提出不明原因发热(fever of unknown origin，FUO)的概念。随着诊断技术的不断发展，不明原因发热的概念也在不断扩展，目前感染性疾病是FUO的最主要原因[2]，在20世纪90年代，20%～60%的FUO病属于感染性疾病[3]。而进入21世纪后的10年内，最主要的感染病原为细菌、病毒以及真菌和寄生虫。近年来病毒感染比例呈明显上升趋势。然而传统的分子生物学检测方法需要病原基因组序列的先验知识，因此对于样本中的未知病原需要有新的序列非依赖性的检测手段来处理。 近些年来，随着二代测序技术(NGS)的飞速发展，得益于二代测序通量的高速提升和成本的大幅下降，使得二代测序技术越来越广泛的应用于宏基因组检测未知病原的研究领域中。相对于传统的序列依赖性的核酸检测技术，如PCR技术等，二代测序结合宏基因组技术具有不依赖于病原序列信息的特性，因此对临床样本的检测使得我们能够得到更加广泛的病毒谱，进而也可以发现一些用传统方法无法观察到的病原组成情况[4]。 本研究中，对10份不明原因发热症状的血液样本进行宏基因组测序(metagenomics shotgun sequencing，MSS)时，发现了大量的人细环病毒(torque teno Virus，TTV)相关序列。对这些序列进行组装拼接并分析其进化树后，发现其分属于α TTV、β TTV和γ TTV三个属。 1 材料与方法 1.1 实验材料与方法选取10份汉坦病毒IgG抗体检测(ELISA)阴性的不明原因发热的临床血液样本(均为出现发热症状后一至两周内采集)，采用Qiagen 公司的RNease Mini Plus Kit试剂盒进行核酸提取。病毒基因组的反转录采用Invitrogen公司的Superscript Ⅲ试剂盒进行一链合成，随后加入Klenow片
二代测序报告放行标准 一、测序质量 测序质量是评估二代测序数据质量的重要指标。高质量的测序数据对于后续的变异检测和分析至关重要。在放行标准中，要求测序数据的质量得分大于Q30，以确保变异检测的准确性。 二、样本完整性 样本完整性是指测序得到的DNA序列与原始样本DNA的一致性。在二代测序中，由于PCR扩增和建库等操作可能导致DNA序列的偏移和丢失，因此需要评估样本的完整性。在放行标准中，要求样本完整性大于90%，以避免由于序列偏移或丢失导致变异检测的误差。 三、测序深度 测序深度是指测序得到的总碱基数与参考基因组的碱基总数的比值。足够的测序深度是确保变异检测灵敏度和特异性的前提。在放行标准中，要求测序深度大于10X，以满足大多数变异检测的需求。 四、测序覆盖率
测序覆盖率是指测序得到的碱基序列与参考基因组的碱基序列的比值。在放行标准中，要求基因组覆盖率大于95%，以确保变异检测的全面性和准确性。 五、检测变异 检测变异是二代测序的主要目的之一。在放行标准中，要求准确检测到已知的变异位点，并且变异位点的检测灵敏度和特异性均大于99%。同时，要求对未知变异进行合理注释和解读。 六、数据分析 数据分析是二代测序报告的重要组成部分。在放行标准中，要求数据分析过程符合科学和规范的要求，并且分析结果准确可靠。同时，要求对数据进行合理的解读和解释。 七、可重复性 可重复性是指实验结果的稳定性和可靠性。在二代测序中，由于操作复杂和数据量大等因素，实验结果的可重复性可能受到影响。在放行标准中，要求实验结果具有较好的可重复性，以确保数据的可靠性和
准确性。 八、生物信息学分析 生物信息学分析是二代测序数据处理的重要环节。在放行标准中，要求生物信息学分析过程符合规范和标准的要求，并且分析结果准确可靠。同时，要求对生物信息学分析结果进行合理的解读和解释。 九、报告格式 报告格式是二代测序报告的重要组成部分。在放行标准中，要求报告格式规范、清晰、易于理解，并且包括必要的实验和数据分析过程、结果和结论等信息。同时，要求报告中的数据和图表准确、完整、一致，并且符合出版物的规范和标准。
最新！张绪超教授解读中国首个《NGS报告解读指引》 2021 年3 月，《二代测序临床报告解读指引》（以下简称《指引》）在《循证医学》正式发布，作为中国首个针对二代测序（Next Generation Sequencing, NGS）报告解读规范性文件，《指引》不仅为检验机构提供了如何规范 NGS 报告的指南，也为临床医生提供了解读策略，将进一步规范中国肿瘤 NGS 报告的临床实践，为广大患者的临床获益提供保障。 我们邀请了《指引》的执笔组长，广东省肺癌研究所所长张绪超教授，为我们讲述《指引》诞生背后的故事。 「让中国临床医生能够在二代测序报告解读当中成为专家，更准确地把报告数据应于临床精准诊断和用药」 Q：张绪超教授，您好，首先恭喜《二代测序临床报告解读指引》正式发布，您作为执笔组长，能为我们介绍一下《指引》的初衷和目标吗？ 张绪超教授：NGS 检测服务已经成为临床实践的常规，也是临床精准用药的必备工具。但全球临床医生在 NGS 解读报告能力方面都有待进一步提升，如果过度解读、无法解读或者是不正确的解读具体报告，都不利于患者临床用药。国际上第三方公司和管理机构都要求规范的报告结果和解读，这种规范对于 NGS 最后一公里应用于临床非常重要。所以我们制定《指引》的目标和初衷就是让中国临床医生能够在二代测序报告解读当中成为专家，能够更好地、更准确地把这些报告的数据应用于临床精准诊断和用药。 「简洁明确，能够让医生一看就懂」 Q：《二代测序临床报告解读指引》有哪些亮点？ 张绪超教授：《指引》亮点主要包括： ● 第一是简洁精炼 专家组是希望通过简化的方式，让我们临床医生一看就能够理解，从而快速、准确解读 NGS 报告。《指引》也是我们现在知道的首个针对二代测序报告解读规范性文件（中文版）。
怎样看懂一份基因检测报告：报告解读常见问题答疑 # 怎样看懂一份基因检测报告 # 随着靶向治疗和免疫治疗的发展，基因检测已经成为众多肿瘤治疗必不可少的检测项目。尤其对于希望进行靶向药物或者免疫药物治疗的患者，绝大多数需要事先进行基因检测，从而了解自己是否能从靶向药物或者免疫药物中获益。而当患者拿到检测报告后，由于对疾病和检测的专业知识了解不足，常常会遇到很多问题，亟需专业人士给出权威的解答。 今天在我们“六周年企划”的最后一期，由仁东医学遗传咨询部为大家进行基因检测报告中的常见问题答疑，帮助您更加了解自己的基因数据。 1 某个基因上哪些突变是临床意义未明的，哪些是有意义的、指导用药的，怎么能看出来？ 为了方便客户能够快速掌握报告信息，报告在呈现时对于有临床意义和意义未明的突变，会予以明确标识，对于有获批药物的突变，会给出相应药物，并注明敏感性证据等级(见表1)。有临床意义和意义未明的划分，主要依据2017年AMP/ASCO/ CAP联合制定的体细胞突变变异位点解读指南(见图1)。在实际解读过程中，会综合相关指南，Clinvar、OncoKB、COSMIC等数据库以及相关文献报道中关于变异位点的描述，按照证据级别进行划分，以判定其临床意义。 2
遗传方式为隐性遗传，合子类型为杂合的单核苷酸突变位点，致病性分类为什么是致病/疑似致病？ 对于遗传性变异，在解读时是严格按照ACMG遗传性变异分类指南进行分类(具体可回看“怎样看懂一份基因检测报告：给胚系突变分个类”)，所分类的对象是“变异”，对应疾病的遗传模式是决定该疾病的表型是否会表现出来。检测到常染色体隐性遗传的杂合致病/疑似致病变异，说明被检测者是变异的携带者，一般不会表现出相关疾病的症状，但是并不表示变异是不致病的，一般纯合或复合杂合变异时患者才可表现出相应疾病的症状。 3 根据某个基因突变患者后续该如何用药？ 对于有用药提示的突变，报告中会给出相应的药物敏感证据等级，等级划分具体参考表1。 在用药时优先考虑证据等级高的药物(A级和B级)，在没有A级和B级药物可用的情况下，需医生综合评估患者的状况，和患者充分沟通获益程度可能有限，经患者知情同意后决定是否使用C级和D级药物。 4 前列腺癌中，HRR意义未明突变是否也可以指导用PARP抑制剂？ 临床意义未明的突变，说明目前对于该位点研究较为缺乏，文献报道很少或没有，也没有相应的功能实验来验证此位点的功能影响，临床意义尚不明确，因此不推荐根据临床意义未明的突变来指导用药。一般只有I类和II类变异(参考图1)才推荐指导用药。但是对于意义未明位点，随着研究的进展，如果后期完善了功能实验和临床研究证实
二代测序技术在病原学检测中的价值 感染仍是儿童目前最常见的疾病，面对一名明确感染或疑似感染的患儿，明确病灶及病原关系着整个治疗的成败和患儿的预后。常规的病原微生物检测手段存在培养时间长、阳性率低、受抗生素影响、特殊病原体检测困难等诸多缺陷，使得医生在临床实际工作中时常处于'盲打'或经验性治疗状态，如果患者的治疗效果不好，那么'大包围'现象就很常见，尤其是在有基础疾病和免疫状态差的患者，不但容易出现药物不良反应，还破坏了宿主的内环境，导致并发症增多甚至治疗失败。二代测序技术(next-generation sequencing，NGS)通过获得样本中所有核酸片段的序列信息，经过生物信息对照，能够在较短的时间内检测出所有微生物的种类，自2000年以来逐渐被应用到病原微生物的诊断中来，包括引起SARS的冠状病毒的发现[1]。2014年新英格兰医学杂志首次报告了该技术应用于脑脊液检测钩端螺旋体感染的病例[2]，之后该技术被越来越多的应用到临床诊断中，然而这项技术并不能简单地用'是'或'不是'来服务临床，了解这项技术并恰当利用是目前临床医生面临的问题，本文就二代测序技术在病原学中的诊断价值进行介绍。 1 二代测序技术的发展历程 核酸序列测定在分子生物学研究中是一项非常重要和意义重大的技术。测序技术最早可以追溯到20世纪50年代，1977年Sanger和Coulson[3]发明的双脱氧核苷酸末端终止法和Maxam和Cilbert[4]发明的化学降解法标志着第一代测序技术的诞生，以Sanger法为代表的一代测序技术测序读长(read)可达1 000 bp，准确率高(可达99.999%)，对生物学研究具有重要意义，人类基因组计划(Human Genome Project)就是基于第一代测序技术完成的。随着人类基因组计划的完成，人们开始致力于基因组功能的研究，第一代测序方法因通量低、成本高、速度慢，已经不能满足深度测序和重复测序等大规模基因组测序的需求，这促使了第二代测序，又称下一代测序的诞生，其中以Roche公司的454技术，Illumina公司的Solexa、Hiseq技
2020版：中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应 用专家共识（完整版） 病原学诊断始终是感染性疾病诊断中最重要的环节。传统的病原学诊断是临床医师根据患者的临床表现做出一系列鉴别诊断，然后针对这些进行检测，通常一项检测只能对应一种病原体，而宏基因组学第二代测序(metagenomics next generation sequencing,以下简称二代测序)技术检测能覆盖更广范围的病原体。本专家共识就二代测序的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等方面进行证据总结和意见推荐。 一、证据强度和证据质量的分级定义 证据强度：A为强烈推荐；B为推荐，但其他替代方案也可接受；C为推荐强度低，寻求替代方案；D为从不推荐。证据质量：Ⅰ为证据来自随机对照试验，Ⅱ为证据来自非随机对照试验，Ⅲ为证据仅来自专家意见。 二、二代测序的临床需求与应用范围 (一)背景及概述 推荐意见1：若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时，建议采用DNA检测；若怀疑RNA病毒感染时，则建议采用RNA检测(A，Ⅱ)。 推荐意见2：对于临床疑似感染的病重、病危或免疫抑制、免疫缺陷患者，建议在完善传统实验室及分子生物学检测的同时，采集疑似感染部位的标本进行二代测序(B，Ⅱ)。
二代测序检测能覆盖较大范围的病原体，病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测，不论临床样本培养成功与否，只要含有可检测到的DNA 或RNA即可[1,2,3,4,5,6]。从接收样本至完成数据分析，二代测序的周转时间根据测序技术、方法和生物信息学分析方法的不同而不同，已有报道为6 h至7 d不等(平均48 h)[7,8]。 二代测序在感染性疾病诊断领域中的优势在于其能检测到其他传统手段无法检测到的病原体。因此，二代测序可能在应用于临床疑难杂症或免疫抑制患者时有更大意义。另外，二代测序也被报道可用于"排除"检测，即检测阴性有助于排除感染性疾病的诊断，但前提条件是测序覆盖度足够高，能确保样本中存在的病原微生物被检测出来[1]。二代测序的其他潜在应用还包括病原体的耐药基因检测、医院感染控制的监测，以及社区传染性疾病暴发的监测，但这些应用通常需要极高的覆盖深度[9]。 从传统培养转向分子生物学诊断需要临床医师及临床微生物学家的思维转变。传统的微生物学是建立在体外分离培养的基础上，而实际上许多环境中或人体的致病微生物难以被培养，或许只能通过二代测序才能被发现[4]。所以临床医师及临床微生物学家很有必要熟悉这个新工具，知晓其优势和局限性。 目前，尚鲜见针对二代测序结果解读的规范，包括序列数阈值，以及灵敏性、特异性评估的统一临床标准等。就像所有其他新技术，在解释数据和报告数据方面仍有很大的困难与挑战[10]。如能进一步规范二代测序在临床感染性疾病中的应用，就可给予临床实践非常重要的线索和信息，协助临床诊断。
测序实验报告 测序实验报告 序言 近年来，随着生物技术的不断发展，基因测序技术已经成为生物学研究和医学 诊断的重要手段之一。本篇文章将介绍一项基因测序实验的过程和结果，旨在 展示该技术在生物学领域的应用。 实验目的 本次实验的目的是对一种未知细菌的基因组进行测序，以了解其基因组结构和 功能，为进一步研究提供依据。 实验步骤 1. 样品准备：从培养基中取出待测细菌样品，进行细菌培养和提取DNA。 2. DNA纯化：通过离心和酶处理等步骤，将提取到的DNA纯化。 3. DNA片段构建：将纯化后的DNA进行打断，得到一系列短小的DNA片段。 4. 连接接头：在DNA片段的两端连接上适当的接头序列，以便后续扩增和测序。 5. 扩增：利用聚合酶链式反应（PCR）技术，对连接好的DNA片段进行扩增， 得到大量的DNA模板。 6. 准备测序样品：将扩增得到的DNA模板进行纯化和浓缩，得到适合测序的样品。 7. 测序：将样品送入高通量测序仪中进行测序，获得大量的测序数据。 实验结果 通过测序仪获得的原始数据需要进行一系列的数据处理和分析，才能得到有用 的信息。首先，对原始数据进行质量控制，去除低质量的碱基，减少测序误差。
然后，将清洗后的数据与已知基因组数据库进行比对，以确定待测细菌的亲缘关系和物种分类。接下来，对测序数据进行组装，将碎片化的DNA片段拼接成连续的序列，得到待测细菌的基因组序列。最后，对基因组序列进行注释，识别出其中的基因、调控元件和重要功能区域。 讨论与结论 通过本次实验，我们成功地对一种未知细菌的基因组进行了测序，并获得了该细菌的基因组序列。通过对基因组序列的分析和注释，我们发现该细菌拥有多个重要的代谢途径和抗生素抗性基因。这些发现为进一步研究该细菌的生物学特性和致病机制提供了重要线索。 总结 基因测序技术的发展使得我们能够深入研究生物体的基因组结构和功能。本次实验展示了基因测序的整个过程，从样品准备到数据分析，再到结果解读。通过测序实验，我们不仅可以了解未知生物的基因组信息，还可以揭示其潜在的生物学特性和重要功能。基因测序技术的应用前景广阔，将为生物学研究和医学诊断提供更多可能性。
人类基因组测序研究报告 人类基因组测序是指对人类体细胞中的全部基因序列进行测定和分析，它对于了解人类的遗传信息、疾病发生机制以及个体化治疗等方面具有重要意义。本报告将介绍人类基因组测序的背景与意义、技术原理、应用领域以及未来发展趋势。 一、背景与意义 人类基因组是指人类体细胞中的全部基因序列，它携带着决定个体特征、遗传疾病易感性等重要信息。人类基因组测序的成功，标志着人类对自身基因组进行全面了解的开端，它可以为人类健康、疾病防治以及人类进化等方面提供有力支持。 基因组测序的目标是获取个体基因组的完整序列，这对于研究遗传变异与疾病关系、药物个体化治疗等方面具有重要意义。通过对基因组中的突变位点和易感基因的检测，可以帮助医生预测个体罹患某种遗传疾病的风险，从而提前采取干预措施。此外，基因组测序还可以为个体化治疗提供数据支持，使医生能够根据个人基因组信息精确制定治疗方案，提高治疗效果和副作用的预测。 二、技术原理 人类基因组测序主要依赖于高通量测序技术，其中最常用的是第二代测序技术（NGS）。第二代测序技术以其高效、高通量的特点，实现了对基因组序列的快速测定。
基因组测序的主要步骤包括DNA提取、文库构建、测序、数据分 析等。首先，从个体样本中提取DNA，并通过特定方法构建测序文库。接下来，将文库进行测序，产生大量的测序reads。最后，利用生物信 息学方法对测序数据进行处理和分析，得到个体基因组的序列信息。 三、应用领域 人类基因组测序的应用领域非常广泛，以下是其中几个重要的方面： 1. 遗传病筛查与诊断：通过基因组测序可以检测个体是否携带遗传 病相关的突变位点，为遗传病的筛查和诊断提供依据。 2. 药物个体化治疗：基因组测序可以为医生制定个体化用药方案提 供依据，减少药物治疗的副作用，并提高治疗效果。 3. 精准医学研究：通过对基因组序列的研究，可以深入了解疾病的 发生机制，为精准医学的发展提供支持。 4. 人类进化研究：基因组测序可以揭示人类演化的历史和规律，帮 助科学家了解人类的起源、发展和适应环境的能力。 四、未来发展趋势 随着测序技术的迅猛发展，人类基因组测序在未来的应用前景非常 广阔。以下是几个可能的发展趋势： 1. 单细胞基因组测序：目前大多数基因组测序是对大量细胞进行分析，未来将发展单细胞基因组测序技术，实现对个体每个细胞的基因 组测序。
二代测序及其在临床疾病中的应用二代测序 二代测序（Next Generation Sequencing，NGS）又称大规模平行测序，能够同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序，实现了大规模、高通量测序的目标，是继Sanger测序之后的革命性进步。 二代测序的原理 二代测序从发明至今，已有数个不同的平台开发出了基于不同原理的测序方法，目前，Solexa测序技术应用最为广泛。本文也将详细介绍solxa测序的原理。 Solexa测序：边合成边测序（SBA），循环可逆终止（CRT） Solexa技术测序的基本原理是边合成边测序，在体系中加入四种不同荧光标记的碱基，在测序过程中，不同的dNTP会释放出不同的荧光，根据图片捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，记录序列信息。
二代测序的临床应用 感染性疾病防控 医院感染性疾病暴发的调查：NGS序列信息可报告感染性疾病暴发的传播链，并已被用于跟踪由鲍曼不动杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和肺炎克雷伯杆菌引起的医院感染性疾病的传播[1-3]； 未知病原体的鉴定：NGS已在临床感染性疾病的诊断和新病原体的发现中取得了令人瞩目的成果，其高通量、低成本、并可以从头组装病原体，这一优势是其他基因检测方法所无法比拟的[4-6]。 检测病原体耐药基因突变：NGS不仅可以确认Sanger测序验证的耐药位点，还有助于检测出抗生素耐药基因出现的新发突变，并且通过进一步的实验确定这些基因是否为导致抗生素耐药模式的原因。 肿瘤的早期诊断以及精准治疗
随着新的分子诊断技术的出现，对肿瘤的认知也从单一疾病，发展到一系列驱动基因突变形成的一组疾病，带来了从病理分型到分子分型的演变。目前在临床肿瘤实践中，NGS已广泛应用于多种肿瘤类型，如肺癌、乳腺癌、胃肠道肿瘤、黑色素瘤等[7-9]，是肿瘤精准诊疗的重要环节，大大促进了个体化医学发展，为临床诊疗提供了一个崭新的平台和广阔的前景。 NGS在肿瘤领域的应用主要为： 肿瘤个体化治疗相关的驱动基因突变检测； 肿瘤基因组学研究，探索肿瘤异质性、耐药性和肿瘤克隆进化过程及机制; 例如FoundationOne CDx，是美国FDA批准的全球首个基于二代测序的泛肿瘤伴随诊断产品，324个基因、2个可以预测免疫检查点抑制剂疗效的分子标记 （MSI/TMB）、覆盖全部实体瘤（除肉瘤）、直接对应FDA批准的17种靶向治疗方案。 遗传病的早期筛查和诊断 遗传病是由遗传物质发生改变而引起的或者是由致病基因所控制的疾病，其确诊依赖于分子诊断技术。其中NGS在遗传病领域的应用主要集中在遗传病诊断、新生儿筛查、产前筛查、植入前筛查等领域[10- 12]。如： 遗传性耳聋：耳聋是最常见的感觉神经性听力损失出生缺陷疾病。大约2/3的耳聋来源于遗传因素，采用NGS技术测序筛查有助于早期诊断和干预； 无创产筛：采用NGS方法进行无创产前诊断已在全国各大医院开展，成为一种常规的无创筛查手段； 综上所述，NGS技术的应用，促进了疾病的分子诊断、个体化治疗以及针对高危人群的疾病相关基因筛查和预防性分析。相信随着测序技术的不断发展，其可为临床提供更及时有效的诊断结果，更好的为临床服务。
二代测序（NGS）在肿瘤检测中的应用什么是二代测序？ 二代测序是一种高通量测序技术，又称为下一代测序，指的是与Sanger测序技术相比，能同时进行大量DNA或RNA序列测序的新一代测序技术。二代测序主要包括Illumina、Ion Torrent、BGI等不同平台，都具有高通量、高灵敏度、高精度、低成本等优势。它已经广泛应用于基因组学、转录组学、表观基因组学以及其他生命科学领域的研究和应用中。 二代测序的优缺点 相较于传统的sanger测序、PCR技术、FISH等，二代测序优点有哪些？ 01产量高：能够一次性测序数百万到数千万条读段，比传统高出好几个数量级，大大提高了测序数据的覆盖率和可靠性。 02准确性高：高质量的测序和分析能够避免Sanger测序中的一些错误，如Sanger测序就很难以高的可信度将7个A和8个A区分开来。 03灵敏度高：能够检测到低浓度样本中的DNA或RNA。 04检测范围广：能够同时进行多种基因检测。对于只能切一次的小样本，又同时需要多种基因检测，二代测序是最好的选择，这对患者意义重大。二代测序也能够用于基因组学、转录组学、表观遗传学等多个领域的研究和应用。 05成本低：相比传统测序技术，二代测序每个基因的成本更低。 当然二代测序也有些短板： 01对样本质量要求较高：如果样本有大量炎症、坏死、氧化等可能导致数据质量的下降。
02数据分析难度较大：由于数据量大、质量不一和分析方法复杂等问题，对数据分析和解读的要求较高。 03报告周期长：相对于传统检测，二代测序复杂的实验流程和分析需要耗费时长更长。 二代测序对肿瘤患者有什么意义呢？ 二代测序在肿瘤领域中，可以帮助医生更好地了解肿瘤的性质、演化过程和药物敏感性等，从而为肿瘤的诊断、治疗和预后评估提供更精准的指导。具体包括以下几个方面： 01帮助诊断 二代测序技术可对患者的基因组进行全面测序，帮助医生判断某些疾病是否是遗传性的。对于有明显家族肿瘤史者，有必要进行特定的遗传性肿瘤综合征基因检测。例如遗传性乳腺癌-卵巢癌综合征者需检测 BRCA1/2，家族性腺瘤性息肉病患者需检测APC，林奇综合征患者需检测 MLH1、MSH2、MSH6 等。 02靶向治疗 二代测序技术可为药物研发提供重要的基础数据，包括疾病相关基因的信息、靶点的鉴定等。晚期非小细胞肺癌（NSCLC），晚期前列腺癌，晚期卵巢癌和晚期胆管癌等患者应常规NGS检测，尽可能得到副作用小、生存率高的靶向治疗。 03感染病原体检测： 二代测序技术可对临床样本进行感染病原体检测，从而快速准确地检测病原体的类型，为感染病的诊治提供支持。 04预后提示 二代测序得出的患者基因突变数据可以同时提供大量预后信息，结合基因大数据平台，提示医生使用某种治疗方案（化疗、放疗、靶向治疗、免疫治疗）后患者获益的程度。
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020 版） 让我们一起学习啊！ 二代基因测序（next generation sequencing, NGS）又称为高通量测序，该技术能够同时对上百万甚至数十亿个DNA进行分析，实现了高通量测序的目标。 NGS检测的适用人群 共识1：推荐所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分的肺癌以及不能分型的晚期新发或术后复发的NSCLC患者常规进行基因检测。【I 级推荐】 对经小标本活检诊断为含有腺癌成分或具有腺癌分化的混合型鳞癌，以及年轻或不吸烟/少吸烟肺鳞癌患者，也推荐进行基因检测。【II级推荐】 注：虽然单纯肺鳞癌患者中有4%的表皮生长因子受体（EGFR）突变率，但尚无证据支持肺鳞癌患者使用靶向EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI）显著获益，因此不推荐对单纯肺鳞癌患者进行EGFR基因检测。 共识2：针对敏感型突变发生率高的NSCLC患者（见“共识1”），常规基因检测结果为阴性时，建议使用中国国家药品监督管理局（National Medical Products Administration, NMPA）或美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration,FDA）批准的NGS产品进行复检。【III级推荐】 晚期新发或术后复发NSCLC患者首次进行基因检测的共识意见 共识3：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，首次检测建议采用NMPA批准的检测产品，检测至少包括NSCLC常见驱动基因: EGFR突变（应涵盖18号、19号、20 号、21号外显子），以及ALK 融合、ROS1融合。【I级推荐】 共识4：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，结合患者实际临床情况，如需获得更多的潜在靶点信息，首次检测建议采用NMPA 或FDA批准的检测产品，检测包括BRAF V600E、KRAS（如G12C
基因测序分析报告 引言 基因测序是一种用于确定个体基因组的技术。通过对DNA序列的测定，可以获取关于个体遗传信息的详细数据。基因测序的应用非常广泛，可以用于研究基因功能、疾病诊断和治疗、亲子鉴定等领域。 本文将为大家介绍基因测序分析报告的编写过程，并通过一个实际案例来展示其中的步骤和方法。 步骤一：数据收集 在编写基因测序分析报告之前，首先需要收集所需的数据。这些数据通常包括被测者的基因序列信息，以及相关的临床资料。在本次案例中，我们将以一个假想的病人为例进行分析。 步骤二：数据预处理 在进行基因测序分析之前，需要对原始数据进行预处理。这包括去除噪音、纠正测序错误等。预处理的目的是确保数据的质量和准确性。 步骤三：基因变异检测 基因测序分析的核心任务之一是检测基因的变异。基因变异是指与常规基因序列不同的基因序列。变异可以分为突变和多态性两种。突变是指在个体基因组中发生的较大变化，可能与疾病相关；而多态性是指一种基因有多种不同的表现形式，不一定与疾病相关。 在本次案例中，我们将使用一种常见的基因变异检测方法，例如单核苷酸多态性分析（SNP）。SNP是指DNA序列中的单个核苷酸发生变异，常见于人类基因组中。 步骤四：结果分析和解读 在完成基因变异检测后，需要对结果进行分析和解读。这通常需要结合已有的研究数据、数据库和临床资料进行综合评估。结果分析的目的是确定基因变异与疾病风险之间的关系。
在本次案例中，我们将根据已有的研究数据和临床指南，对基因变异的潜在影响进行解读。这可以帮助医生和病人更好地理解基因测序结果，并制定个性化的治疗方案。 步骤五：报告撰写 最后一步是根据分析结果，撰写基因测序分析报告。报告应包括以下内容： 1.病人基本信息：包括姓名、性别、年龄等。 2.基因测序数据：包括测序方法、数据质量等。 3.基因变异检测结果：列出检测到的基因变异及其相关信息。 4.结果分析和解读：对检测结果进行解读和分析。 5.建议和建议：根据检测结果提供相应的建议和建议。 在本次案例中，我们将按照上述格式撰写基因测序分析报告，并将其提供给医生和病人，以供参考和决策。 结论 基因测序分析报告是基因测序技术的重要成果之一，可以为疾病诊断和治疗提供有价值的信息。通过收集数据、预处理、基因变异检测、结果分析和解读以及报告撰写等步骤，可以生成一份详细和准确的基因测序分析报告。这将帮助医生和病人更好地理解个体基因组，并制定个性化的治疗方案。 注：本文中所提到的案例和步骤仅供参考，实际基因测序分析中可能会有其他步骤和方法。
宏基因组二代测序技术对肺部感染病原 菌检测的临床意义 【摘要】目的：研究宏基因组二代测序技术对肺部感染病原菌检测的临床意义。方法：选取肺部感染的患者，选取时间为2020年1月-2021年1(9)月没那 么多，选取例数为64例。所有患者均接受宏基因组二代测序技术（mNGS）检测，收集患者临床资料、mNGS检测结果、传统病原学检测结果。比较患者mNGS检测 结果和传统病原学检测结果阳性率情况和临床诊断一致性情况，同时探讨抗菌药 物治疗中mNGS的指导性作用。结果：所选64例患者中，38例为支气管肺泡灌洗 液标本、16例为痰标本、10例为血液标本。mNGS检出病原菌包括16例结核分枝 杆菌、1鸟分枝杆菌、12例鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯、1铜绿假单胞菌、1、肺炎链球菌、诺卡菌、10例曲霉菌、7例肺孢子菌、3例病毒、6例念珠菌。mNGS 检测结果阳性率为93.75%、临床符合率为71.88%，分别高于传统病原学检测的21.88%、6.25%，均有显著差异，P＜0.05。根据mNGS检测结果，为40例患者提 供抗菌药物治疗调整方案，调整后临床症状显著改善的患者有28例，有效率为70.00%。结论：在肺部感染患者的病原菌检测当中，采用宏基因组二代测序技术，能够使病原菌检出率大大提升，同时可提高与临床结果的符合率，为抗菌药物治 疗方案的制定和调整提供方案，具有重要的临床价值。 【关键词】宏基因组二代测序技术；肺部感染；病原菌检测；临床意义 在呼吸系统疾病当中，肺部感染具有较高的发病率，如果是重症感染，死亡 率还会进一步提升，对人们的生活质量、身体健康，甚至生命安全都造成了巨大 的影响。在肺部感染疾病的治疗过程中，要根据不同的病原菌采取相对应的治疗 方法，才能保证疗效[1]。因此，必须具体病原菌加以明确，同时以药敏试验结果 为依据，提高抗菌药物使用的合理性与针对性。在传统病原菌检测当中，主要采 取血液标本、支气管肺泡灌洗液标本、痰标本等涂片或培养的检测方法，不过阳 性率并不高，难以为疾病治疗提供准确的依据。宏基因组二代测序技术（mNGS）
测序成本分析报告 标题：测序成本分析报告 一、引言 近年来，随着测序技术的不断发展和成本的大幅下降，基因测序已经成为生物医学研究和临床实践中的重要工具。本报告主要针对测序成本进行分析，旨在为研究者和决策者提供相关的数据和指导。 二、测序技术的发展 测序技术的发展历经Sanger测序、二代测序和第三代测序等多个阶段。其中，Sanger测序是最早应用于基因测序的方法，但由于其高成本和低通量的限制，逐渐被二代测序技术所取代。二代测序技术相比Sanger测序具有高通量、快速和低成本的优势，广泛应用于研究和临床实践中。近年来，第三代测序技术的诞生更进一步降低了测序成本，并提供了更长的读长和更快的测序速度。 三、测序成本的构成 测序成本主要包括实验成本、数据分析成本和样本准备成本三个方面。 1. 实验成本：实验成本是指进行基因测序实验所需的物料和试剂费用。这一方面的成本主要由关联试剂、测序芯片和仪器设备的使用费用所决定。随着测序技术的发展
和成熟，相关试剂和设备的价格逐渐下降，从而使得实验成本得到有效降低。 2. 数据分析成本：数据分析成本是指处理和分析基因测序数据所需的费用。随着测序技术的进步，产生的数据量和复杂度不断增加，因此对于数据的处理和分析提出了更高的要求。数据分析成本包括软件和分析人员的费用，同时也与数据量及分析方法的复杂程度有关。针对大规模的数据处理需求，云计算和开源软件的普及也进一步降低了数据分析成本。 3. 样本准备成本：样本准备成本是指从样品提取DNA 或RNA的过程中所需的费用。样本准备成本主要包括试剂盒和人工操作的费用。随着样品提取技术的改进和试剂盒的标准化，样本准备成本得到了有效控制。 四、测序成本的变化趋势 随着测序技术的不断创新和发展，测序成本呈现了持续下降的趋势。以Illumina HiSeq为例，2007年的测序成本约为$1000/GB，到2019年已经下降至$0.01/GB。此外，新兴的第三代测序技术（如PacBio和Oxford Nanopore）由于其更高的通量和更低的成本，有望进一步推动测序成本的降低。 五、测序成本对研究和实践的影响 低成本的测序技术为研究和实践带来了许多机会和挑战。首先，低成本的测序技术使得研究者可以开展大规模的基因组学研究，加速了对人类基因组的理解和研究。其