基于孕妇游离DNA的胎儿染色体非整倍体检测试剂质量控制技术评价指南（高通量测序法）
(征求意见稿)
1.前言
对孕妇外周血中游离DNA进行高通量测序（Next Generation Sequencing, NGS)，并分析孕妇外周血中携带的胎儿的染色体突变异常风险，特别是染色体非整倍体变异的检测，是近几年出现的无创产前筛查新技术。
本指南主要是对企业研发、质检和产品应用关于质量控制和分析的指导性文件，应在遵循相关法规的前提下使用本指南。
本指南旨在规范申请人在胎儿染色体非整倍体检测试剂盒（高通量测序法）的产品设计开发、性能评价的诊断试剂技术指标和要求，并为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考，不代替注册申报资料的准备及撰写的指南和规范。
本指南仅作为技术指导性文件使用，需根据技术的发展和实际需要进行适当的更新，本指南不具有法律强制性。
2.适用范围
本指南所述的胎儿染色体非整倍体检测试剂（Noninvasive Prenatal Test, NIPT）是
采用低深度全基因组的高通量测序法，指的是直接通过对孕妇外周血中游离DNA进行文库构建、上机测序的第二代高通量测序方法，并不完全适用于高深度的目标片段测序法，SNP突变测序法和表观遗传学甲基化的测序法等其他高通量测序法。和本指南不相适应的其他高通量测序法，可以参照本指南的性能评价、质量控制的要求，并通过企业参考品，证明和本指南的要求具有实质性的等效性。
对于第三代单分子测序或其他测序方法，在文中并未涉及，但高通量测序技术发展迅速，第三代单分子测序方法在企业内部参考品设置、性能评估等，如有适用的方面，可以参照执行并证实实质性的等效性。
适用疾病类型：胎儿染色体非整倍体（fetal chromosome aneuploidies）中的21三体、18三体、13三体（Trisomies 21、18、13，即T21、T18、T13）。本指南也适用于其它胎儿染色体非整倍体的检测，如XXX，XYY，XXY, T9等。
适用人群：本指南预期用途为对孕周12周（包含12周）以上的孕妇进行产前筛查，其结果不能代表对孕妇怀有三体胎儿的确认，产前筛查的结果必须要经过产前诊断进行确认。
伦理学问题：终止妊娠应在遵守我国相关法律法规和行业规定的前提下选择，该项检测不得作为终止妊娠的依据。
3.诊断试剂的设计开发和质量控制要求
基于游离DNA的胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT）的设计和原理至少要考虑到以下几个方面：
3.1预期用途
明确胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT）的预期用途，包括被测孕妇孕周特征，样本类型等。按照《体外诊断试剂说明书编写指南》进行，介绍临床适应症及背景，说明相关的临床或实验室诊断方法等，应介绍产前诊断金标准。明确该产品作为产前辅助诊断用途，其结果的确认要由产前诊断金标准进行。
3.2测试方法学
阐明胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT）的设计原理和方法学，需要重点指出设计原理和方法的关键点：（1）详细说明母体胎儿游离DNA判断染色体数量和检测变量的相关性；（2）详细说明实验过程如高通量测序的文库构建方法及原理；（3）在实验过程中的质量控制和标准品的构建；（4）数据分析和算法的详细说明等。
如低覆盖全基因的胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT）原理是：孕妇母体血浆中存在胎儿游离DNA（cffDNA，cell-free fetal DNA），片段长度主要为～160bp，几乎全部来源于胎盘的滋养层细胞，其浓度和孕周密切相关并以一定比例稳定存在于母体外周血浆中。取母体血浆提取包含正常母体和胎儿的血浆游离DNA，不经过处理或经过片段化选择，通过文库构建，最后进行上机测序，再通过软件分析数据获得染色体数目评价结果。当对怀有T21胎儿的母体血浆游离DNA数据进行分析时，其21号染色体游离DNA总数会有小比例的升高，结合生物信息学分析方法，对21号染色体所属的DNA片段数量进行统计，与大量样本构成的参考集合相比较，根据数理统计的原理和血浆DNA测序数量的结果、染色体数量的相对变化，通过统计学算法区分这一微小差异来实现利用孕妇血液中胎儿游离DNA进行胎儿染色体非整倍体的产前筛查。
但高通量测序法不能对染色体结构异常进行检测，不能代替传统筛查中的开放式神经管缺陷筛查等。
3.3主要原材料
胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT）的主要原料是指所有与预期用途相关原材料从DNA提取之后到测序文库装载入测序芯片之前的重要试剂。主要原材料一般由：相应功能的酶（末端修复酶、DNA连接酶、缺口修复酶DNA聚合酶等）、核苷酸序列（如引物、接头序列、标签序列、文库定量标准品）、缓冲液及dNTP组成。
3.4辅助试剂组成的要求
辅助试剂组分分为如下几个部分：
（1）采样时所需要的试剂或材料
（2）与采样得来的孕妇外周血或者血浆的保存，运输和储存相关的试剂或材料（3）和血浆DNA提取相关的试剂或原材料
（4）和特定的高通量测序仪相关的通用测序试剂及耗材
（5）在实验过程中使用的耗材和通用试剂
辅助试剂可以是检测试剂盒的一部分也可以分开申报，但是胎儿染色体非整倍体检测试剂和辅助试剂应该作为整体评估。
3.5企业质量控制参考品
如采用全基因组低深度测序方法的胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT），应满足国家标准品或经过标化的企业参考品的要求，企业参考品的设置应参照国家参考品进行；采用其他原理的胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT），企业则需提供企业参考品，并且证明其实质性的等效性。
3.6测试结果的解释和报告的要求
目前的报告内容，至少要有检测项目及项目设定阈值，样本编号，样本基本信息，采样时间地点，检测时间地点，采用的仪器设备、试剂、检测人员、检测结果、结果解释建议和发报告的流程及信息。
（1）检测有效性
应建立检测有效性的评价指标。如采用阴、阳性质控品的方式进行同时检测，以阴、阳性质控品的结果反映检测的有效性。如阴性质控品结果必须为阴性，阳性质控品结果必须为阳性，说明此反应体系结果有效。
（2）结果判断
应给出目标疾病检测值、参考范围、低风险或高风险结果。
（3）结果描述与建议
建议阳性结果的受检者结合临床金标准方法染色体核型分析及其症状/体征、病史、其他实验室检查等情况综合考虑进行确诊。
3.7测试方法的局限性
应注明测试方法存在的局限性。可从检测原理本身的局限性、受试者的生物学效应等方面进行分析汇总后给出，并注明其对结果造成的影响。
（1）检测方法局限性
胎儿染色体非整倍体检测试剂（NIPT）一般采用统计学方式进行测试样本和大样本参考数据进行比较的方法进行结果判定，统计学方式本身存在一定概率的假阴性、假阳性。
（2）受试者的生物学效应
鉴于当前医学检测技术水平的限制和孕妇个体差异，有下列情形的孕妇进行检测时，可能影响结果准确性。包括：1）孕周<12＋0周、孕妇重度肥胖（体重指数>40）等造成的胎儿游离DNA浓度低。2）夫妇一方有明确染色体异常。3）1年内接受过异体输血、移植手术、异体细胞治疗等。4）胎儿超声检查提示有结构异常须进行产前诊断。5）有基因遗传病家族史或提示胎儿罹患基因病高风险，胎儿染色体平衡异位、微缺失微重复等。6）孕期合并恶性肿瘤。7）胎盘局限性嵌合。8）通过体外受精-胚胎移植方式受孕。9）双胎及多胎妊娠。10）有染色体异常胎儿分娩史，但除外夫妇染色体异常的情形。11）医师认为有明显影响结果准确性的其他情形。
但是检测方法的局限性可采取其他辅助的方式或其他有效手段增加检测的准确性来避免其相应的局限性。如体外受精-胚胎移植方式受孕受试者可以采取胚胎植入前染色体非整倍体的检测；1年内接受过异体输血、移植手术、异体细胞治疗等受试者采取同时检测异体样本的方式提高其准确性。
4.诊断试剂设计开发流程的质量控制要求
4.1检测分析前质量控制
（1）标本收集和处理
样本的采集和处理应经过验证。试剂需指出适应样本采集和处理过程，说明对采
血管及抗凝剂的要求，适用样本和质量，要求应用已获批的血液的采集配套试剂和耗材。注明样本的包装，保存和运输的流程。
需指出孕妇外周血样本的采集管，保存条件（温度、时间长度），运输条件，处理条件（如：必须规定多长时间内分离血浆）；已分离的血浆样本的保存管，保存条件（温度、时间长度），运输条件，处理条件（如：核酸提取前的预处理）；冷藏/冷冻样本检测前是否需恢复至室温，冻融次数的要求；例如：使用EDTA抗凝采血管进行
取样；颠倒混匀时动作应轻柔，防止溶血；全血离体后必须在8小时内进行血浆分离；血浆分离过程中注意不要吸到中间层的白细胞；血浆样本反复冻融次数应不超过2次；禁止将普通EDTA抗凝管采集样本和血浆样本在室温状态下放置（注: 随着技术的进步，采血管的发展也日新月异，使用其他特殊的NIPT检测采血管例如Streck 和K管时，
应经过充分的验证，不仅仅是对采血管，而且应该包括适用的血浆分离时间）。
血浆样本寄送采用干冰运输，并应监控运输条件；详细描述并记录合适的外周血
采集量，如最少不得少于5mL。
建立并记录当样本来源于外部样本提取的DNA 是否适用于检测，并建议和记录外源样本需求标准。
样本应详细记录是否有测试局限性所规定样本类型，如：孕妇本人为染色体非整
倍体疾病患者、其他染色体疾病患者或携带者；怀有双胎或者多胎（三胎及三胎以上）的孕妇；近期接受过移植手术、干细胞治疗；近期接受过免疫治疗或输注过异体血制品；孕妇本人为肿瘤患者；通过体外受精-胚胎移植（IVF-ET）方式受孕的孕妇；体重严重超重的孕妇等。
（2）标本质量
建立并记录标本接收和拒收的关键标准，如是否有以下情况：1）样本出现溶血的情况；2）样本标签不清晰的情况；3）样本信息与临床信息不符的情况；4）血浆样本出现裂管、开盖、泄漏或样品外溢情况等；并保证在研究、检测过程中符合伦理和法律的要求。
4.2检测分析中质量控制
应该对检测样本到检测结果的检测周期给予说明，包括DNA 提取，文库构建，测序，数据分析和报告的流程。
（1）DNA的提取的流程
应说明DNA提取所用的试剂（盒），要求该核酸提取试剂（盒）获得批准并经过测试证明其适用性，使用在有效期内的核酸提取试剂盒。
应说明DNA提取的血浆样本起始量，说明可能会影响血浆提取效率的因素，比如蛋白酶K，干扰物质等；对检测过程控制或检测体系监测的标准品、参考品和模拟样本的提取和制备过程也应进行说明。
血浆DNA提取应当在标本制备区进行，各项操作应当符合标准操作流程和说明书要求。
剩余的血浆样本应当在-70℃以下保存至规定的期限，避免反复冻融。
（2）DNA质量及处理
应设立对用于建库的DNA质量控制标准，如规定建库的DNA量并设立最低起始量等，并采取合适的形式进行检测或验证。应记录样本提取的DNA 浓度、体积，记录测试DNA浓度的方法（如荧光法、荧光PCR法等）。
（3）文库制备
文库制备应当严格按照标准操作流程进行。确定并记录文库制备的方法；文库制
备过程中的纯化试剂应有测试和优化的记录并经过验证；指出可能影响文库构建的因素；使用barcode 对多个样本进行区分，每个样本应建立一个或一组唯一的barcode；应对样本间barcode 串扰进行评估并记录；多个样本的pooling的相应研究，可以是等体积或等量的，应建立流程并验证；考虑是否进行平衡文库的制备，质量和相关性的研究，其作用相当于一个流程质控品对测序质量和文库构建以后的流程进行监控，即使该平衡文库会占用一定的数据量，但是不应该对预期检测有影响。
当多个样本一同检测时所有扩增产物均可以得到准确和可重复的结果，每个独特
的标签barcode 只能用于一个标本，但当样本数量大于标签barcode数时，只要不在同一个反应池或者同一个pool，标签barcode都是可以重复使用的。
（4）文库质量控制
应建立文库质量控制的标准。建立文库检测浓度及文库片段分布范围的指标并验证。如有必要，文库的量应根据所使用的测序平台和芯片设立参考值，应规定装载测序芯片需要的测序文库使用量。DNA文库和上机测序文库如有区别，应评价两者质量控制的相关性。如使用标签barcode对多个pooling文库进行区分，应评估并记录在pooling 文库间标签barcode串扰。
应建立文库质量控制的方法。如采用荧光定量，2100分析或酶标仪定量等方法进行检测。
根据不同测序平台之间的差异，应记录从DNA文库制备到加载芯片全过程的处理步骤和相应的质控参数，如需要多少DNA文库，产生多少测序文库，使用了多少测序文库来加载测序芯片，文库的质量是如何评估的等等。
（5）测序流程质控
不同测序仪有不同的质控方法，需根据不同的测序仪器和方法，建立测序仪的主要质量控制参数。
1)测序以及碱基识别
应对测序片段进行碱基识别和质量评分分析并记录，质量评分分析可以采用各种适用的方式，如Q score（如Q30）、聚类分析和cluster 过滤比率、读长(例如读长的数量)、唯一比对序列的百分比（在去除重复的序列之前）、重复读长的百分比（能够反映出在同一位置开始的读长数量，同时也能显示库的复杂性）等。应建立合理的质量评分指标并验证。
2)比对或组装
测序下机后的原始数据，首先，要去除一些低质量的序列（如根据Q值过滤），然后根据样本的标签进行拆分后的数据才能进行序列比对。
应详细说明并记录所使用的数据库（如有使用），如数据库的来源，构建，设置，版本，如何维护其版本。在实践中通常是使用NCBI下载的人源公共数据库，特别说明下载后对数据库进行了如何处理。说明是否序列是针对人类参考基因组还是针对目标序列。如果使用云端分析软件，对人类参考基因组使用的文件登记号和版本号也需要指明。在数据分析中，应说明新版本的数据库或者新数据库是如何适用于试验中，否则应限定所使用的数据库版本。
应建立比对的质量控制标准，可以采用读长对比参考基因组的百分比、读长对比目标区域的百分比、读长正确率、目标覆盖率、对比到人类参考基因组序列（或目标序列）的偏差率、覆盖的深度等技术指标中一个或多个进行组合确定比对的质量控制标准。3）生物信息学分析
应详细说明并记录使用到的所有软件，包括软件源（如自主开发、第三方开发）及所有修改记录。描述并记录所有数据处理和分析过程，包括变异检测、过滤和注释过程。详细说明并记录软件是在本地运行还是远程运行（如基于云计算）。
生物信息分析应说明测序的原始数据处理过程，如重复序列过滤、唯一匹配序列的计算、GC校正等原始数据均一化的处理过程。数据分析的流程可以部分使用模拟数据测试，但必须使用真实的实验结果对其进行校正。如：估算人的基因组被打断成200bp长的片段数据量时，可以得到150M的数据量，但是必须测序平台和实验条件验证，才可以内置在分析的参数中等。如果用外挂的数据库和校正的参数，生物信息分析应该说明是如何实现，使用和进行质量控制的。
4）检测阈值或参考值的设定
检测风险值一般是根据在一个测序检测体系中的染色体的有效数量或者是染色体片段的有效数量的分布情况，和其他大样本实验统计的相对应的染色体的有效数量或者是染色体片段的有效数量的分布的比较来判定的。
由于目前胎儿染色体非整倍体T13、T18、T21的风险值测算存在多种计算方式，且更好的算法和数据处理方式仍在不断开发中。
应确定参考值的计算方式的算法，并详细阐述选择该算法作为依据的原因（如权威文献、行业共识等），详细阐述计算公式和各参数代表的意义并提交采用不少于规定数量的真实临床样本对参考值的试验验证资料。
鉴于并无100%阴、阳性分界点，应考虑是否设置参考值的灰区范围，灰区的设定应提交理论和实际试验结果的依据，并在说明书参考值和检验结果的解释项进行解释说明，如是否需要用产前诊断的方式进行最终确认，可能的原因，是否需要孕龄再大时进行再次抽血复测等。如果不进行灰区设置，需要使用临床数据统计结果进行验证说明。
Z检验（Z Test）是一般用于大样本平均值差异性检验的方法。它是用标准正态分布的理论来推断差异发生的概率，从而比较两个平均数的差异是否显著。Z-值的应用条件为大样本量以及数据符合正态分布。
以大样本常用的Z-值（Z-score）算法来举例说明，使用比对软件（如BWA、SOAP
()，计算每个样品各个染色体的Z值，计算公式如下：
Z nm=UR nm?UR_mean m
SD m
其中m为染色体编号，m ∈(1..22,X,Y)，n为样品数。
根据统计学原理，出现在Z-值为正负3以外的数值，则有99.9%的可能为阳性，因此，通常将Z-值=3定为参考值分界点。│Z-值│>3则判断为胎儿染色体非整倍体阳性。
如果某个样品的染色体chr21的Z值大于3，则认为该样品的chr21的UR显著(α<0.005)离群，即chr21-三体。
根据实验数据的正态性，为达到一定可信度，需规定和使用一定数量的真实的大样本的测量结果来设定合理的阈值或参考值。如在诊断试剂开发过程中，至少应采用2000-5000例样本来设定Z值计算的相关参数，从而Z值设定可信，也可以加灰区来帮助设定可信度，再用一定数量的样本对设定的Z值进行验证。
5）数据存储要求
检测数据应当进行安全备份，并与互联网物理隔离。可追溯原始序列的核心数据保存规定的期限。详细说明并记录数据存储路径，如有本地存储，应该说明本地存储所需要具备能力，和存储备份的时间表和建议。应说明数据库是否为云端存储，和数据库更新的流程和管理模式。
4.3检测分析后质量控制
1）报告的输出和系统链接
报告的输出应该可以朔源到原始数据，如果报告输出是可以通过网络链接的，确认和批准的流程应该建立。
2）结果的报告和解释
应建立标准化的结果报告格式，目前的报告内容，至少要有检测项目及项目设定阈值，样本编号，样本基本信息，采样时间地点，检测时间地点，采用的仪器设备、试剂、检测人员、检测结果、结果解释建议和发报告的流程及信息。
注明本检测结果不作为唯一的确定性诊断，但应该指明病人在不同情况下应该和医生进行的沟通和咨询，以及可能的或辅助的确诊方式。
4.4检测过程中的质控品
流程中使用的质控品是指在检测流程中加入的质控品，其目的是用于控制实验流程的重复性或效率，保证检测的有效性等。例如：
阴阳性质控品：应设置过程控制阴阳性质控品，须能够监控从样本DNA片段到最终测序结果全过程。阴性对照品、阳性对照品的浓度根据不同的测序平台的需求确定。建议每个检测run或测序都要进行阴阳性质控品的检测。
根据开发的需要，可以选择性的使用其他质控品，用于部分流程的监控，例如：（1）检测扩增效率的质控品：建库中末端修复加完接头后，在扩增前加入已知的序列来确认扩增的好坏；（2）样本混合前的标签：加的样本barcode或标签用以区分不同样本或混合的不同的文库；（3）平衡文库：在测序前或pooling前后加入的标准测序文库来平衡测序文库中的碱基分布，可以用于确认从测序文库到测序芯片的操作的稳定性和重复性等。
5.诊断试剂产品质量控制的要求
体外诊断试剂检验结果的准确性、不同厂家同类产品检验结果的一致性是产品质量的重要议题。产品的质量评价一般要考虑与产品性能密切相关的准确度、特异性、重复性、检测限等指标。
5.1测序平台的适用性
目前商业上常用的第二代测序平台根据测序原理可分为光学技术(Illumina公司、华大基因公司为代表)和半导体技术（Thermo公司为代表）。每个测序平台都有各自的特异性参数，包括仪器大小、通量、读长、运行时间及测序成本等，企业应结合具体的临床应用需求选择合适的测序平台并进行评估。
5.2文库构建和测序策略
不同的测序平台要求的测序检测方法和文库构建方法也有所不同，与测序检测方法相对应的文库构建方法应该给予充分的考虑，特别是要求和预期用途匹配。
尽管在给予其它的高通量测序方法的企业参考品一定的考虑和设计以后，本指南也可能适应于其他的染色体非整倍体的无创产前筛查，但是这里主要针对低覆盖度全基因组的高通量测序方法。文库构建的方法学应阐明其相应的变量和测序策略的结合，如：测序类型（如单末端测序SE或双末端测序PE）；测序的序列组成，大小，长度和方向；测序的样本标签，组合标签或者其他有用的拆分标签；样本或者文库的混合方法（Pooling）；文库的扩增和纯化；文库接头是否加标签；样本DNA是否有预扩增和处理等。
鉴于目前高通量测序技术的复杂程度，在文库构建、测序等技术过程中发生认为错误或意外的情况不能完全避免，应针对文库构建失败率进行限定，国家参考品中的文库构建失败率应不高于1%。
5.3检测的数据量控制
在母体血液中胎儿的游离DNA片段是随机的序列而不是一个固定的序列，尽管其浓度随着孕周增加而增加，但是其序列则每次采样都会有不同。按照统计学基本原理要求进行正态分布的评估，reads数是否属于正态分布与数据量具有直接的关联。染色体数量变异检测对数据覆盖度有一定要求，通常来讲，覆盖度越高，检测精度越高越准确。而当总体数据覆盖度和待检验对象（如21号染色体）覆盖度达到一定水平时（如不低于1%），方能代表染色体总体变异情况。通过综合考虑其他因素，如实验间波动、人员操作系统差异等，设定合理的质控标准。
在现行的国家参考品中，考虑到降低数据量可能导致假阴性和假阳性发生，单个样本数据量的要求是不低于3.5M。
在现有的技术改进中，部分企业采用片段化选择的方式对样本提取的游离DNA或文库构建后的产物等过程中进行片段筛选，以提高胎儿游离DNA和母体游离DNA的相对比例，其数据量控制要求应进行验证后提供合理的有效数据量控制指标。
5.4检测的阴阳性符合率
采用全基因高通量测序法在检测血液中的游离DNA的时候可以检测到的DNA片段有许多种类，如：胎儿的游离DNA、母体的游离DNA、病原体的游离DNA、试剂
中污染物种的DNA、来自环境的DNA等。
应通过样本检测分析样本中游离的胎儿DNA的量、片段大小等理化特性，根据理化特性合理的设置参考品考核试剂的阴阳性符合率。模拟真实样本的参考品中加入的DNA片段应与正常孕妇游离DNA的片段长度等物理性能指标近似，如DNA片段为打断后经过片段选择的150-200bp 的DNA片段。
阴性参考品应包括采用染色体数目正样本DNA片段按一定比例与正常女性血浆混合的模拟样本，以及采用其他染色体异常样本DNA片段按一定比例与正常女性血浆混合的模拟样本。应设置一定数量的阴性参考品，其他染色体异常尽可能涵盖每条染色体。
在现行国家参考品中，阴性参考品（其他类型染色体非整倍体和其他染色体正常
阴性样本）应不得检出T21、T18 和T13 阳性。而阳性参考品采用T21、T18、T13
胎儿DNA片段按一定比例与正常女性血浆混合的模拟样本，T21、T18、T13胎儿DNA 片段可由流产组织或羊水细胞等来源制备。根据报道平均的胎儿游离DNA 浓度为10%，阳性参考品包括10%浓度的T21、T18 和T13样本，要求检出率达到100%。
5.5嵌合和微缺失微重复检出率
临床中除了典型的21三体综合征患者，约有1%案例胎儿为嵌合型21三体，嵌合比例从低到高，嵌合比例越高，临床表型越明显，当嵌合比例达到50%以上时，胎儿各
项生理指标与完整性21三体综合征患者几乎相似，因此嵌合型21三体的检测准确性需要作为参考品进行考虑和设置。除了嵌合型三体以外，染色体亚显微结构上的缺失重复同样会导致与完整性21三体综合征相似的临床表型，因此同样需要在参考品中考虑和设置。
为了检测胎儿微缺失微重复对染色体非整倍体检测结果的影响，现行国家参考品采用微缺失微重复细胞系配制了微缺失重复参考品，其中含有T18 染色体微重复参考品，其中18号染色体中20Mb以上微重复样本应全部检出T18，其余微缺失微重复参考品应不得检出T21、T18 和T13 阳性。
为了检测胎盘嵌合比例对染色体非整倍体检测结果的影响，现行国家参考品中设置了嵌合参考品，分别设置70%和30%嵌合比例T21、T18 和T13 样本。70%异常嵌合体应全部检出，30%异常嵌合体可为检出或未检出。
5.6检测限
根据临床统计结果，约92%临床检测样本胎儿浓度高于5%，超过96%临床样本胎儿浓度高于4%。考虑到不同定量方法的差异，故此，设置了检测限参考品的浓度一般为5%到3.5％。
同时应对干扰物和残留污染物在实验步骤中携带率的影响进行评估。应包括整个流程的评估，包括样品制备和文库制备，其中已知的阳性样品（高目标浓度）和阴性样品交替摆放的实验。应评估干扰物如胆红素、高GC、甘油三酯等因素对检测的影响。
现行国家参考品中设置检测限参考品浓度为5%和3.5%。检测限参考品包含以下几个部分：5%浓度的T21、T18 和T13 流产组织样本；5%浓度的高GC PCR 产物和T21、T18 和T13 流产组织样本混合；5%浓度的胆红素干扰样本；5%浓度的T21、T18、T13 细胞系样本；3.5%浓度的T21、T18 和T13 流产组织样本。
现行国家参考品要求5%浓度检测限参考品（包括流产组织、高GC、胆红素和细胞系样本）应全部检出，3.5%浓度检测限参考品应准确检出不低于50%。
5.7重复性
为考察试剂的重复性，应建立重复性考核指标。应对指标的评价标准做出合理要求，如一致性、标准差或变异系数的范围等。现行国家参考品要求全参考盘重复。6.参与起草单位和人员
中国食品药品检定研究院黄杰曲守方李丽莉于婷孙楠白东亭
深圳国家基因库陈芳
华大基因研究院张艳艳
广州市达瑞生物技术股份有限公司吴英松
北京贝瑞和康生物技术股份有限公司张建光
附件 胎儿染色体非整倍体（ T21、 T18、 T13） 检测试剂盒（高通量测序法）注册技术审查指 导原则 本指导原则旨在指导注册申请人对胎儿染色体非整倍体 （T21、T18 、T13）检测试剂盒（高通量测序法）注册申报资料 的准备及撰写，同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审 评提供参考。 本指导原则是针对该类试剂的一般要求，申请人应依据产品的 具体特性确定其中内容是否适用，若不适用，需具体阐述理由及相 应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行 充实和细化。 本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件，但不包括注 册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满 足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但需要详细阐明理由， 并对其科学合理性进行验证，提供详细的研究资料和验证资料，相 关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。 本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下 制定的，随着法规和标准的不断完善，以及科学技术的不断发展， —1——
本指导原则相关内容也将适时进行调整。 一、范围 胎儿染色体非整倍体（Fetal Chromosome Aneuploidies ）中 的21 三体、 18 三体、 13 三体（ Trisomies 21、 Trisomies 18、Trisomies13 ，即 T21 、T18、T13）是临床上最常见的染色体非整 倍体疾病。其对应的分别为 21-三体综合征（又称唐氏综合征，先天愚型 或 Down 综合征）、18-三体综合征（又称 Edwards 综合征）和 13-三体 综合征（又称 Patau 综合征），发病率分别约为 1/700、1/6000、1/10000，患儿绝大多数存在严重智力障碍及器官畸形。 产前筛查和产前诊断是为避免产生遗传缺陷患儿提供的手 段。常规的产前筛查方法包括：早孕期的超声与血清学联合筛查和中 孕期母体血清学筛查。筛查结果为高风险的孕妇经建议经产前诊断进 行最终确认，由孕妇知情选择。胎儿染色体异常的产前诊断金标准 为介入前产前诊断手术 ,是指通过绒毛取材术 /羊膜腔穿刺术 /经皮脐 血管穿刺术，取相应细胞采用细胞生物学方法对 胎儿染色体进行核型分析。 高通量测序方法检测胎儿染色体非整倍体的原理是：孕妇母体 血浆中存在胎儿游离DNA （cell-free DNA ，cfDNA ），长度约为 75bp— 250bp，几乎全部来源于胎盘的滋养层细胞，其浓度和 孕周密切相关并以一定比例（ 5%— 30%）稳定存在于母体外周血 浆中。高通量测序方法通过取母体血浆提取包含正常母体和胎 —2——
染色体异常基因检测 染色体 染色体是组成细胞核的基本物质，是基因的载体。人类体细胞有23对染色体，其中22对为男女所共有，称为常染色体；另外一对为决定性别的染色体，男女不同，称为性染色体；男性为XY，女性为XX。 染色体异常 体细胞或性细胞内染色体发生异常改变称为染色体异常，可分为数目异常和结构异常两大类。染色体异常可以自发地产生，称为自发突变；也可以通过物理的、化学的和生物的诱变作用而产生；还可以由亲代遗传所致。 染色体异常是导致出生缺陷、先天性遗传病、自然流产、不孕不育等的重要遗传因素。新生儿染色体异常的发病率为1/60。 常见的染色体微缺失/微重复综合征有300种，多会导致不同程度的发育异常和智力障碍，常伴有五官、内脏、四肢等方面的畸形，严重危害患者健康，给家庭和社会带来极大负担。 染色体异常基因检测 核子基因基于新一代高通量测序仪开发的染色体异常检测方法，可对流产组织、脐带血、绒毛、羊水、外周血等多种来源的样本进行测序分析，一次性检测23对染色体非整倍体、300种常见微缺失/微重复综合征及其他100kb以上的染色体异常，全面排查流产、胎儿异常、新生儿/儿童表型异常、不孕不育原因。 临床应用： 1、流产组织染色体异常检测：查明反复流产、异常妊娠的原因，指导再次生育。 2、胎儿染色体异常检测：排查胎儿异常的原因。 3、新生儿/儿童染色体异常检测：为发育异常、智力障碍，多发畸形等患儿排查染色体异常因素，为疾病确诊和治疗提供指导信息。 4、成人染色体异常检测：排查不孕不育、不良孕产史的遗传因素。 ????
技术优势： 1、全面覆盖：一次性检出23对染色体非整倍体和300种常见染色体微缺失/微重复综合征。 2、分辨率高：可检出100kb以上的染色体微缺失/微重复和低至5%的嵌合体。 3、准确度高：检测准确率>99% 4、自动解读：对检测到的微缺失/微重复，自动关联国际主流染色体异常数据库（Decipher、ISCA、OMIM、Clinvar）进行解读。 检测适用人群： 1、反复性流产，需要查明流产原因并确认再次生育方案的家庭。 2、超声显示结构异常或宫内发育迟缓的胎儿及父母。 3、临床表型为发育异常、智力障碍、多发畸形等患儿及父母。 4、具有染色体疾病家族史的夫妇及胎儿。 5、曾生育染色体疾病患儿的夫妇。 6、不孕不育或有不良孕产史的夫妇。 ????
附件 胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒（高通量测序法）注册技术 审查指导原则 本指导原则旨在指导注册申请人对胎儿染色体非整倍体 （T21、T18、T13）检测试剂盒（高通量测序法）注册申报资料的准备及撰写，同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。 本指导原则是针对该类试剂的一般要求，申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用，若不适用，需具体阐述理由及相应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。 本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件，但不包括注册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但需要详细阐明理由，并对其科学合理性进行验证，提供详细的研究资料和验证资料，相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。 本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下 制定的，随着法规和标准的不断完善，以及科学技术的不断发展， —1—
本指导原则相关内容也将适时进行调整。 一、范围 胎儿染色体非整倍体（Fetal Chromosome Aneuploidies）中的21三体、18三体、13三体（Trisomies 21、Trisomies 18、Trisomies13，即T21、T18、T13）是临床上最常见的染色体非整倍体疾病。其对应的分别为21-三体综合征（又称唐氏综合征，先天愚型或Down综合征）、18-三体综合征（又称Edwards综合征）和13-三体综合征（又称Patau综合征），发病率分别约为1/700、1/6000、1/10000，患儿绝大多数存在严重智力障碍及器官畸形。 产前筛查和产前诊断是为避免产生遗传缺陷患儿提供的手段。常规的产前筛查方法包括：早孕期的超声与血清学联合筛查和中孕期母体血清学筛查。筛查结果为高风险的孕妇经建议经产前诊断进行最终确认，由孕妇知情选择。胎儿染色体异常的产前诊断金标准为介入前产前诊断手术,是指通过绒毛取材术/羊膜腔穿刺术/经皮脐血管穿刺术，取相应细胞采用细胞生物学方法对胎儿染色体进行核型分析。 高通量测序方法检测胎儿染色体非整倍体的原理是：孕妇母体血浆中存在胎儿游离DNA（cell-free DNA，cfDNA），长度约为75bp—250bp，几乎全部来源于胎盘的滋养层细胞，其浓度和孕周密切相关并以一定比例（5%—30%）稳定存在于母体外周血浆中。高通量测序方法通过取母体血浆提取包含正常母体和胎 —2—
染色体疾病的产前诊 断
染色体疾病的产前诊断 时间:2013-01-31 来源:网络综合整理 染色体病是指由染色体异常引起的疾病。据估计染色体异常占出生儿的 1/150～1/120。产前诊断中最常见的染色体异常有：染色体数目异常、染色体结构异常和微结构异常染色体疾病。据文献报道我国每年出生染色体异常的新生儿约10万人，在活婴儿中染色体异常者占0.3%。因此，普及染色体疾病的产前筛查和产前诊断，对降低出生缺陷的发生有着非常重要的意义。 下面就常见的染色体疾病及染色体病的产前筛查和染色体疾病的产前诊断作简单的阐述。 一、染色体数目异常疾病 染色体数目异常是临床上最主要的染色体病，其中以13号、21号、18号，X、Y染色体异常最为常见，占染色体非整倍体畸变95%以上。这些染色体异常占全部染色体病的80%～90%。常见的可以进行产前诊断的染色体病有以下几种。 （一）21三体综合征 21三体综合征（trisomy 21 syndrome）又称先天愚型综合征和唐氏综合征（Down syndrome），是胎儿和新生儿中最常见的非整倍体染色体异常。在新生儿中的发病率为1/600，在受精卵中为1/150。主要的临床特征为：智力低下，特殊面容，眼裂上斜，鼻梁扁平，舌大、外伸和流涎。约40%患者伴有先天性心脏病。 患者核型绝大多数（92.5%）为单纯型21三体，即47，XX，（xy），＋21； 4.8%为易位型（如14/21、21/22易位）；少数为嵌合型。单纯型21三体几乎都是新突变，与父母核型无关，它是减数分裂染色体不分离所致。单纯型21
三体的发生率与母亲的生育年龄密切相关，高龄孕妇生育21三体患儿的比例明显升高。 （二）18三体综合征 18三体综合征又称为Edward综合征，是一种严重的畸形，出生后不久死亡。患儿临床表现为头面、手足有严重畸形，头长而枕部凸出，犹如冬瓜样，称冬瓜头。眼距宽，眼球小，手紧握拳，足突出，向背部翘起，呈帆船状脚，95%的病例有先天性心脏病。 细胞遗体学检查80%患者核型为47，XY（或XX），＋18；另外10%患者为嵌合体，即46，XY（或XX）/47，XY（或XX），＋18；其余为各种易位，主要是18号与D组染色体的易位。 （三）13三体综合征 13三体综合征又称Patau综合征。新生儿中的发病率为1∶25 000。临床表现为智力发育障碍、小头、眼球小、前脑发育缺陷，常伴有腭裂。 细胞遗传学检查80%的病例为游离型13三体，核型为47，XX（或XY），＋13。其余的为嵌合型或易位型。易位型通常以13号和14号染色体罗泊逊易位居多。 （四）性染色体异常综合征 1. klinefelter syndrome综合征：又称先天性睾丸发育不全综合征。临床表现主要是小睾丸、无精子产生，97%患者不育。患者男性第二性征发育差，身材高，四肢长，可有智商低，精神异常及精神分裂症倾向。细胞遗传学检查绝大多数患者核型为47，XXY。大约有15%患者为嵌合体，其中常见的为46，XX/47，XXY；46，XY/48XXXY。额外的X是由于亲代减数分裂时X染色体不分离的结果。 2. XYY综合征：在男婴中发生率为1∶900。患者男性表型正常，身材高大，易兴奋，常有攻击行为。睾丸发育不全，生精过程障碍。XYY核型是父亲精子形成过程中第二次减数分裂时发生Y染色体不分离的结果。
无创胎儿染色体非整倍体产前检测技术的应用 无创胎儿染色体非整倍体产前检测技术是20多年来基因组学首个真正意义上能够进入临床应用领域的创新性突破，以下是搜集的一篇探究无创胎儿染色体非整倍体产前检测技术的，供大家阅读查看。 研究发现，孕妇外周血浆中存在胎儿游离DNA(cffD-NA)，长度在75bp和250bp之间，平均为166bp。怀孕4周可检出，8周后含量上升并稳定存在(7周建立胎儿胎盘循环)，其含量在5%～30%之间，能够通过高通量方法稳定检测出来。cffDNA以核小体形式稳定存在，在分娩后2h内快速消失从而不会影响下一胎的检测。因此，可以作为非创伤性产前检测的理想材料。 xx年8月，我院与中国医学遗传中心，湖南家辉遗传专科医院，北京贝瑞和康生物技术有限公司合作开展了“无创胎儿染色体非整倍体产前检测”，xx年8月-xx年8月，对257例孕13周～26周孕妇外周血进行了胎儿游离DNA检测。 检测的257例孕妇外周血中，253例正常，4例异常。其中:1例提示21-三体阳性，羊水结果证实(无假阳性，无假阴性)。1例提示18-三体阳性，羊水结果证实(无假阳性，无假阴性)。1例提示13-三体阳性，羊水结果正常(有假阳性，无假阴性)。1例提示母体性
染色体异常，对孕妇外周血进行染色体检查，结果为46，XXX/46，XX(60%∶40%)(无假阳性，无假阴性)羊水结果提示胎儿正常。阳性率为1.56%，灵敏度99%以上。 3.1国外临床试验结果:自1997年发现母体血液中存在胎儿游离DNA之后，无创伤的直接检测胚胎染色体异常成了一个重大的研究课题。xx年 ___中文大学和美国斯坦福大学的研究人员相继发表了应用高通量测序技术从母体血浆DNA中检测胎儿21三体的论文。xx 年 ___中文大学、美国Sequenom公司和VerinataHealth公司先后开展了应用高通量测序方法检测胎儿21、18、13号染色体的临床试验。 3.1.1 ___中文大学于xx年1月发表于英国医学 ___(BritishMedicalJournal)的文章表明，通过对753例高危孕妇的血浆DNA进行检测，准确检出86例唐氏综合征胎儿，灵敏度大100%，3例假阳性，无假阴性。 3.1.2Sequenom公司的临床结果于xx年3月发表于AJOG，该机构对449例高危孕妇的血浆DNA进行了检测，准确诊断出39例T21样本，1例假阳性，无假阴性，与 ___中文大学的结果非常相似。
染色体异常是什么原因引起的 *导读：染色体异常是什么原因引起的？染色体异常也称染色体发育不全，染色体是组成细胞核的基本物质，是基因的载体，染色体病即染色体异常，故而导致基因表达异常机体发育异常。…… 染色体异常是什么原因引起的？染色体异常也称染色体发 育不全，染色体是组成细胞核的基本物质，是基因的载体，染色体病即染色体异常，故而导致基因表达异常机体发育异常。 染色体异常的病因有以下几种： 1、物理因素：人类所处的辐射环境，包括天然辐射和人工辐射。天然辐射包括宇宙辐射，地球辐射及人体内放射物质的辐射，人工辐射包括放射辐射和职业照射等。 2、化学因素：人们在日常生活中接触到各种各样的化学物质，有的是天然产物，有的是人工合成，它们会通过饮食、呼吸或皮肤接触等途径进入人体，而引起染色体畸变。 3、生物因素：当以病毒处理培养中的细胞时，往往会引起多种类型的染色体畸变，包括断裂、粉碎化和互换等。 4、遗传因素：染色体异常常可以表现为家族性倾向，这提示染色体畸变与遗传有关。 5、自身免疫性疾病：自身免疫性疾病似乎在染色体不分离中起一定作用，如甲状腺原发性自身免疫抗体增高与家族性染色
体异常之间有密切相关性。 染色体异常分分类为：数量畸变包括整倍体和非整倍体畸变，染色体数目增多、减少和出现三倍体等；结构畸变染色体缺失易位倒位、插入、重复和环状染色体等又可分为常染色体畸变以及性染色体畸变和先天性睾丸发育不全等。 染色体异常治疗困难疗效不满意，导致的先天性智能障碍的治疗，也尚无有效药物，可尝试中药治疗与康复训练。所以该病的预防很重要，染色体发育不全治疗困难疗效不满意预防显得更为重要预防措施包括推行遗传咨询、染色体检测、产前诊断和选择性人工流产等，防止患儿出生。孕妇应该定期做产前检查，如果胎儿有问题，至少能及早发现。抽羊水诊断是能检验胎儿是否患有先天染色体缺陷的其中一个方法。
基于孕妇游离DNA的胎儿染色体非整倍体检测试剂质量控制技术评价指南（高通量测序法） (征求意见稿)
1.前言 对孕妇外周血中游离DNA进行高通量测序（Next Generation Sequencing, NGS)，并分析孕妇外周血中携带的胎儿的染色体突变异常风险，特别是染色体非整倍体变异的检测，是近几年出现的无创产前筛查新技术。 本指南主要是对企业研发、质检和产品应用关于质量控制和分析的指导性文件，应在遵循相关法规的前提下使用本指南。 本指南旨在规范申请人在胎儿染色体非整倍体检测试剂盒（高通量测序法）的产品设计开发、性能评价的诊断试剂技术指标和要求，并为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考，不代替注册申报资料的准备及撰写的指南和规范。 本指南仅作为技术指导性文件使用，需根据技术的发展和实际需要进行适当的更新，本指南不具有法律强制性。 2.适用范围 本指南所述的胎儿染色体非整倍体检测试剂（Noninvasive Prenatal Test, NIPT）是 采用低深度全基因组的高通量测序法，指的是直接通过对孕妇外周血中游离DNA进行文库构建、上机测序的第二代高通量测序方法，并不完全适用于高深度的目标片段测序法，SNP突变测序法和表观遗传学甲基化的测序法等其他高通量测序法。和本指南不相适应的其他高通量测序法，可以参照本指南的性能评价、质量控制的要求，并通过企业参考品，证明和本指南的要求具有实质性的等效性。 对于第三代单分子测序或其他测序方法，在文中并未涉及，但高通量测序技术发展迅速，第三代单分子测序方法在企业内部参考品设置、性能评估等，如有适用的方面，可以参照执行并证实实质性的等效性。
刘兴会教授：胎儿染色体非整倍体无创产前筛查（2016年 ACMG声明更新） 翻译：苏明连刘兴会陈锰单位：四川大学华西第二医院产科参考文献：Gregg et al. Noninvasive prenatal screening for fetal aneuploidy, 2016 update: a position statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2016 Oct;18(10):1056-65. 自2013年美国遗传学和基因组学学会（ACMG）首次发表声明以来，应用细胞游离DNA的无创产前筛查（NIPS）已经被快速整合进入产前检查体系。新的证据强烈推荐在不同年龄段的非肥胖妇女中，妊娠9-10周以后，NIPS可以取代针对Patau综合征，Edwards综合征，和Down综合征的传统筛查。进行NIPS前的咨询至关重要，但咨询需要超出Patau 综合征，Edwards综合征，和Down综合征这三个综合征的范围。鉴于目前没有其他的筛查方法，应用NIPS筛查性染色体非整倍体及有临床意义的拷贝数变异（CNVs）越来越常见。 本声明强调所有的遗传学筛查都存在残余风险。需要重点强调的是NIPS不是针对患者的筛查；在临床上不用于单基因病的筛查；不用于预测晚期妊娠并发症；也不能筛查开放性神经管缺陷，故仍然应在妊娠15-20周时检测母亲血清甲胎
蛋白以筛查开放性神经管缺陷。NIPS无法取代常规得胎儿解剖学超声筛查。 NIPS临床实践：基因检测是一个多方面的临床过程 在妊娠期进行基因检测或者筛查，是出于向患者提供信息便于他们优化妊娠结局的目的。遗传学咨询贯穿了基因检测或筛查的整个主题，咨询的核心是建立患者的偏好和期望。患者的信息偏好对在产检中使用NIPS起重要作用。ACMG推荐：检测前的咨询，应当充分告知患者能够（例如非整倍体，易位，微缺失和微重复）和不能够被识别（例如单基因疾病）的异常类型，以及检测的缺点，以便优化患者不依赖筛查方法的决策。检测实验室应当与公共健康组织，政策制定者和私人支付方合作，使得NIPS，包括检测前、检测后教育和咨询，对所有妊娠妇女可及。允许患者根据个人目的和偏好选择胎儿染色体非整倍体和/或基因变异的诊断和筛查方法。告知所有妊娠期妇女诊断性检查（CVS或者羊膜穿刺术）是检测染色体异常和有临床意义的CNVs的选择之一。 NIPS的应用 1.告知所有妊娠期妇女，筛查传统的染色体非整倍体（包括Patau综合征，Edwards综合征，和Down综合征），NIPS是最敏感的方法。不推荐NIPS用于除Patau综合征，Edwards 综合征和Down综合征之外的其他常染色体非整倍体筛查。 2.应告知患者NIPS可扩展用于筛查性染色体非整倍体的可
无创产前染色体非整倍体检测项目书 1
目录 华大基因简介 (3) 华大基因染色体相关项目（部分） (4) 基于孕妇外周血的胎儿染色体非整倍体无创基因检测 (4) （一）项目简介 (4) （二）现有技术比较 (6) （三）可行性分析及项目数据 (7) （四）样本要求 (9) （五）适用范围 (9) （六）技术路线 (10) （七）相关文章 (10) 2
华大基因简介 华大基因是国际领先的基因组学研究中心，拥有一批标志性的科研成果，致力于以先进的科学技术为民生造福，聚焦?基因与健康?领域。通过与国内外医疗机构广泛合作，积极地推动基因组领域所取得的科研成果与技术突破应用于医学健康实践；为?预防为主、服务民生?的新医疗健康体系提供强有力的技术和平台支撑。自2007以来，华大基因共在国际高水平杂志《自然》、《新英格兰医学》、《柳叶刀》、《细胞》、《科学》等期刊上发表论文200余篇。现有研发人员4000多人，拥有中国科学院院士、德国科学院院士及发展中国家科学院院士1人，深圳市高层次人才29人，其中国家级领军人才19人，地方级领军人才4人，后备级人才6人。广东省首批引进的重点科研团队国际肿瘤基因组创新研究团队成员10人。持专家证的外国专家2人。 2007年10月，依托华大基因全球领先的基因组技术力量，成立了深圳华大基因临床检验中心，先后通过了卫生部临床基因扩增检验实验室技术验收、ISO 9001:2008及ISO17025等资质认证。本中心以?基因引领未来?为理念，旨在建立标准化、规范化的独立医学检测服务平台，成为基因检测前沿技术的引领者，着重为生育健康、出生缺陷、单基因病、血液病、遗传代谢性疾病、病原微生物、肿瘤、药物基因组等相关方向提供研发及临床检测服务；致力于将拥有自主知识产权、技术领先的基因检验回馈社会，为人民的健康保驾护航。 妇幼健康状况直观地反映了国民的健康水平、生活质量和社会文明程度。出生缺陷是对妇幼生存健康最严重的威胁，是我国卫生体系的重点防控方向。基于 3
2. 性能指标 2.1 通用要求 2.1.1 处理对象 本软件针对基因测序仪上获得的基因组DNA序列数据进行计算，获得分别与之对应的参考序列比对结果，并根据阈值进行统计和筛选达到对T13、T18、T21的检出目的，确定样本检测结果为阳性（确诊或高危）或阴性，可用于13、18、21常染色体的非整倍体基因检测数据分析。 2.1.2 最大并发数 本软件属于单机版软件，在服务器端标准配置要求下可行的最大并发用户数为1个。 2.1.3 数据接口 用户接口：软件采取功能键作为用户接口。模块之间采用函数调用、参数传递、返回值方式进行信息传递。各接口传递的信息是以数据结构封装了的数据，以参数传递或返回值的形式在各模块间传输。 产品接口：基因测序仪产生的测序下机数据。 2.1.4 特定软硬件 a)特定软件： 1)操作系统x64 Windows 7或以上； 2)R（版本号3.0.0或以上）。 b)特定硬件：基因测序仪 2.1.5 临床功能 1)数据筛选模块：可以实现按是否分析和测序日期对测序数据进行筛选；
2)测序批次选择模块：对输入路径下所有测序批次进行列表，并显示测序 批次ID； 3)样本选择模块：选择特定测序批次后，用户界面会列出该批次中所包含 的所有样本列表，用户可以选择一个或多个样本进行分析； 4)比对分析模块：对所选择的样本中的测序数据与参考序列进行比对，并 输出比对结果； 5)报告生成模块：测序数据分析完成后，会输出质控指标和分析结果；2.1.6 使用限制 本软件仅适用于与基因测序仪配套使用，仅供经专业培训的操作人员使用。 2.1.7 用户访问控制 本软件的调用和访问，受基因测序仪用户控制界面的限制，用户可根据界面上的图标进行操作，实现相应功能。 2.1.8 版权保护 使用了基于软件加壳的版权保护技术。 2.1.9 用户界面 用户通过视窗调用运行本软件。 2.1.10 消息 出自软件的消息应设计成使最终用户易于理解的形式。 2.1.11 可靠性 软件进行数据分析完成后会在本地固定路径自动对分析结果进行备份。 2.1.12 维护性 包括用户所需的维护信息： 1)软件可以自动监控数据产出情况，并自动运行主程序； 2)软件可以自动生成监控日志记录程序的运行情况； 2.1.13 效率 在满足软硬件标准配置条件要求下，处理一个标准数据量（5M reads）数据时间约为800秒左右，多核处理器可同时处理核数个样本，一个文库（16个样本）大约需要3200M的存储空间。 2.1.14 运行环境
染色体疾病的产前诊断 时间:2013-01-31 来源:网络综合整理 染色体病是指由染色体异常引起的疾病。据估计染色体异常占出生儿的1/150～1/120。产前诊断中最常见的染色体异常有：染色体数目异常、染色体结构异常和微结构异常染色体疾病。据文献报道我国每年出生染色体异常的新生儿约10万人，在活婴儿中染色体异常者占0.3%。因此，普及染色体疾病的产前筛查和产前诊断，对降低出生缺陷的发生有着非常重要的意义。 下面就常见的染色体疾病及染色体病的产前筛查和染色体疾病的产前诊断作简单的阐述。 一、染色体数目异常疾病 染色体数目异常是临床上最主要的染色体病，其中以13号、21号、18号，X、Y染色体异常最为常见，占染色体非整倍体畸变95%以上。这些染色体异常占全部染色体病的80%～90%。常见的可以进行产前诊断的染色体病有以下几种。 （一）21三体综合征 21三体综合征（trisomy 21 syndrome）又称先天愚型综合征和唐氏综合征（Down syndrome），是胎儿和新生儿中最常见的非整倍体染色体异常。在新生儿中的发病率为1/600，在受精卵中为1/150。主要的临床特征为：智力低下，特殊面容，眼裂上斜，鼻梁扁平，舌大、外伸和流涎。约40%患者伴有先天性心脏病。 患者核型绝大多数（92.5%）为单纯型21三体，即47，XX，（xy），＋21；4.8%为易位型（如14/21、21/22易位）；少数为嵌合型。单纯型21三体几乎都是新突变，与父母核型无关，它是减数分裂染色体不分离所致。单纯型21三体的发生率与母亲的生育年龄密切相关，高龄孕妇生育21三体患儿的比例明显升高。 （二）18三体综合征 18三体综合征又称为Edward综合征，是一种严重的畸形，出生后不久死亡。患儿临床表现为头面、手足有严重畸形，头长而枕部凸出，犹如冬瓜样，称冬瓜头。眼距宽，眼球小，手紧握拳，足突出，向背部翘起，呈帆船状脚，95%的病例有先天性心脏病。 细胞遗体学检查80%患者核型为47，XY（或XX），＋18；另外10%患者为嵌合体，即46，XY（或XX）/47，XY（或XX），＋18；其余为各种易位，主要是18号与D组染色体的易位。 （三）13三体综合征 13三体综合征又称Patau综合征。新生儿中的发病率为1∶25 000。临床表现为智力发育障碍、小头、眼球小、前脑发育缺陷，常伴有腭裂。
《胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒（高通量测序 法）》行业标准编制说明 一、工作简况 1、任务来源 高通量测序技术已经广泛的应用于胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测中，不同公司在不同的测序技术平台上开发了胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒（高通量测序法）。目前尚无相关的标准对试剂盒的性能及使用进行规范。项目名称定为：“胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒（高通量测序法）”。标准起草由中国食品药品检定研究院发起，中国食品药品检定研究院、深圳华大生命科学研究院、广州市达瑞生物技术股份有限公司、北京市医疗器械检验所、博奥生物集团有限公司等单位共同参与撰写。主要起草人：曲守方等。 2、工作过程 本标准于2018年3月形成工作组草案，2018年4月11日在北京召开了工作组草案讨论会，5月30日召开标准研讨会，针对工作组草案和验证方案进行了讨论。会后在2018年月至月组织企业对标准进行了验证，并形成征求意见稿。 二、标准编制原则和确定标准主要内容 1、标准制定的意义、原则 染色体非整倍体是指相对于人的正常的46条染色体而言，细胞中的某一条或几条染色体数目增加或减少，与婴幼儿期显著的发病率和死亡率有着密切的关系。我国新生儿中染色体异常的发病率为1/60，其中21三体（唐氏综合征）、18三体（爱德华氏综合征）和13三体（帕陶氏综合征）是三种最主要常染色体非整倍体疾病，在新生儿中发病率分别为1/(600-800)、1/(3500-8000)和1/(7000-20000) 。临床上对胎儿这几种病变产前诊断方法主要是通过B超引导下的羊水穿刺，再将羊水细胞培养后进行染色体核型分析。该技术检测结果准确，但所需时间长，检测过程中还可能导致羊水量骤减而造成胎儿宫内窘迫；另外羊水细胞不易培养，不便于大规模的产前普查。高通量测序的方法是通过检测孕妇外周静脉全血样本中的胎儿游离DNA，然后对测序信号的生物信息学分析，对21、18和13号染色体所属的DNA 片段数量进行统计，将统计的结果与大量正常样本构成的参考集合相比较，从而获得样品中所含的DNA 片段数量是否存在异常，从而实现对21、18和13三体综合征快速的产前辅助诊断。高通量测序技术在胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测中具有显著优势，不同公司进行了胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒（高通量测序法）开发，但是不同的技术平台及评价指标不统一。目前尚无相关的标准对试剂盒的性能及使用进行规范，对临床使用上的风险不易把控。
附件1 胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒（高通量测序法）技术审查 指导原则（征求意见稿） 一、前言 本指导原则旨在指导注册申请人对胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒（高通量测序法）注册申报资料的准备及撰写，同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。 本指导原则是对该类试剂的一般要求，申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用，若不适用，需具体阐述理由及相应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。如申请人认为有必要增加本指导原则未包含的研究内容，可自行补充。 本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件，但不包括注册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但需要提供详细的研究资料和验证资料，相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。 本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及科学技术的不断发展，本指导原则相关内容也将适时进行调整。 二、适用范围
(一)临床背景 胎儿染色体非整倍体（fetal chromosome aneuploidies）中的21三体、18三体、13三体（trisomies 21、18、13，即T21、T18、T13）是临床上最常见的染色体非整倍体疾病。其对应的分别21-三体综合征（又称唐氏综合征，先天愚型或Down综合征）、18-三体综合征（又称Edwards综合征）和13-三体综合征（又称Patau综合征），发病率分别约为1/700、1/6000、1/10000，患儿绝大多数存在严重智力障碍及器官畸形，生活无法自理，不仅影响儿童的生命健康和生活质量，同时影响经济社会的健康可持续发展。 依据《中华人民共和国母婴保健法》，为了保障母亲和婴儿健康，提高出我国出生人口素质，医疗保健机构应当为育龄妇女和孕产妇提供孕产期保健服务。产前筛查和产前诊断即是为避免产生遗传缺陷患儿提供的有效手段。常规的产前筛查方法包括：早孕期的超声与血清学联合筛查和中孕期母体血清学筛查。中孕期母体血清学筛查是指通过中孕期母体血清甲胎蛋白、血清人绒毛膜促性腺激素、血清人绒毛膜促性腺激素游离?亚基、抑制素A和非结合雌三醇指标结合孕妇的年龄、体重、孕周、病史等进行综合风险评估，得出胎儿是否罹患相关三体综合征或神经管缺陷的风险度。筛查结果为高风险的孕妇经建议经产前诊断进行最终确认，由孕妇知情选择。胎儿染色体异常的产前诊断金标准为介入前产前诊断手术,是指通过绒毛取材术/羊膜腔穿刺术/经皮脐血管穿刺术，取相应细胞采用细胞生物学方法对胎儿染色体进行核型分析。 我国对以下孕妇均实行产前诊断：35岁以上的高龄孕妇；产前筛查出来的胎儿染色体异常高风险的孕妇；曾生育过染色体病患儿的孕妇；产前B超检查怀疑胎儿可能有染色体 异常的孕妇；夫妇一方为染色体异常携带者；医师认为有必要进行产前诊断的其他情形。 （二）高通量测序法进行产前筛查 高通量测序(High-Throughput Sequencing)是近年来迅