小鼠表达谱芯片及服务
热点推荐
芯片名称：Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K HOT！
芯片介绍：安捷伦基于G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片。涵盖39,430 条Entrez Gene RNAs 外，及16,251条lincRNA。除了检测蛋白编码RNA表达量变化，还能检测非编码lincRNA 的表达量变化。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 37；Ensembl Release 55；Unigene Build 176；GenBank (April 2009)；RIKEN 3。lincRNA探针是Agilent和John Rinn 实验室（麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所）共同设计的。
Agilent 小鼠表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K NEW！
芯片介绍：安捷伦基于G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片。涵盖39,430 条Entrez Gene RNAs 外，及16,251条lincRNA。除了检测蛋白编码RNA表达量变化，还能检测非编码lincRNA 的表达量变化。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 37；Ensembl Release 55；Unigene Build 176；GenBank (April 2009)；RIKEN 3。lincRNA探针是Agilent和John Rinn 实验室（麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所）共同设计的。
芯片推荐：Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent小鼠全基因组表达谱芯片，真正代表小鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本，代表了超过41,174 个小鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于UCSC、NIA、RefSeq、Ensembl、Unigene和RIKEN等数据库，而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。
Affymetrix 小鼠表达谱芯片服务
芯片名称：GeneChip Mouse Genome 430 2.0 Array
详细介绍：涵盖了39,000个转录本，代表34,000个的小鼠基因。序列信息基于GeneBank、dbEST、RefSeq，The sequence clusters 在UniGene database (Build 107, June 2002)创建，并通过了Whitehead Institute for Genome Research (MGSC, April 2002)小鼠基因组进行了分析比较。
芯片推荐：Affymetrix GeneChip HT MG-430 PM Array Plate
芯片介绍：该款芯片信息与Affymetrix 小鼠基因组430 2.0芯片相同。涵盖了39,000个转录本，代表34,000个的小鼠基因。序列信息基于GeneBank、dbEST、RefSeq，The sequence clusters 在UniGene database (Build 107, June 2002)创建，并通过了Whitehead Institute for Genome Research (MGSC, April 2002)小鼠基因组进行了分析比较。
Phalanx小鼠表达谱芯片及服务
芯片名称：Phalanx MOA V5 Mouse OneArray?
芯片介绍：源自台湾工业研究院专利生产技术，依据美国食品药品管理局（FDA）制定的生物芯片质量评估标准MAQC计划规范，总探针数27,294个，基因探针数26,423个，参考数据库：RefSeq release 42；Ensemble release 59。
Illumina小鼠表达谱芯片服务
芯片推荐：Illumina Mouse WG-6 expression beadchips
芯片介绍：每张芯片可平行检测6个样本，包含45,200个基因转录本.，信息来源于NCBI RefSeq数据库。
芯片推荐：Illumina Mouse Ref-8 expression beadchips
芯片介绍：每张芯片可平行检测8个样本，包含25,600个基因转录本，信息来源于NCBI RefSeq 数据库。
Roche-NimbleGen小鼠表达谱芯片及服务
芯片名称：Mouse Gene Expression 12×135K Arrays
芯片介绍：每张芯片平行检测12个样本，包含有44,170个基因转录本，信息来源于NCBI, MM9。每个转录本设计3个探针，探针长度60bp。
芯片名称：Mouse Gene Expression 385K Arrays
芯片介绍：每张芯片包含有42,586个基因转录本，信息来源于NCBI,MM8。每个转录本设计9个探针，探针长度60bp。
芯片名称：Mouse Gene Expression 4×72K Arrays
芯片介绍：每张芯片平行检测4个样本，包含有18,869个基因转录本，信息来源于NCBI,MM8。每个转录本设计3个探针，探针长度60bp。
全基因组表达谱分析方法（DGE）----基于新一代测序技术的 技术路线 该方法首先从每个mRNA的3’端酶切得到一段21bp的TAG片段（特异性标记该基因）；然后通过高通量测序，得到大量的TAG序列，不同的TAG序列的数量就代表了相应基因的表达量；通过生物信息学分析得到TAG代表的基因、基因表达水平、以及样品间基因表达差异等信息。技术路线如下： 1、样品准备： a) 提供浓度≥300ng/ul、总量≥6ug、OD260/280为1.8~2.2的总RNA样品； 2、样品制备（见图1-1）： a) 类似SAGE技术，通过特异性酶切的方法从每个mRNA的3’末端得到一段21bp 的特异性片段，用来标记该基因，称为TAG； b) 在TAG片段两端连接上用于测序的接头引物； 3、上机测序： a) 通过高通量测序每个样品可以得到至少250万条TAG序列； 4、基本信息分析： a) 对原始数据进行基本处理，得到高质量的TAG序列； b) 通过统计每个TAG序列的数量，得到该TAG标记的基因的表达量； c) 对TAG进行注释，建立TAG和基因的对应关系； d) 基因在正义链和反义链上表达量间的关系； e) 其它统计分析； 5、高级信息分析： a) 基因在样品间差异表达分析； b) 库容量饱和度分析；
c) 其它分析； 测序优势 利用高通量测序进行表达谱研究的优势很明显，具体如下： 1．数字化信号：直接测定每个基因的特异性表达标签序列，通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量，大大提高了定量分析的准确度。整体表达差异分布符合正态分布，不会因为不同批次实验引起不必要的误差。 2．可重复性高：不同批次的表达谱度量准确，能够更准确的进行表达差异分析。 3．高灵敏度：对于表达差异不大的基因能够灵敏的检测其表达差异；能够检测出低丰度的表达基因。 4．全基因组分析，高性价比：由于该技术不用事先设计探针，而是直接测序的方式，因此无需了解物种基因信息，可以直接对任何物种进行包括未知基因在内的全基因组表达谱分析，因此性价比很高。 5．高通量测序：已有数据表明，当测序通量达到200万个表达标签时，即可得到样本中接近全部表达基因的表达量数据，而目前每个样本分析可以得到300 万~600万个表达标签。
全自动生物芯片微阵列化学发光检测平台SLXP-001标 准操作规程（程序版本01） 一、开机：打开仪器主机电源开关（仪器左上角）和温度控制开关（仪器右侧门打开里面的绿色按钮）→仪器进行开机自检→双击打开软件BIOCHIP_ANALYSIS→登陆→进入操作界面→【日常操作】→【系统初始化】 二、操作前准备： 1、检查废液桶内的废水，液位超过2/3时需清空；检查垃圾盒内的废料，废料超过垃圾盒1/3时需清空；检查洗液液位，当液位低于1/3时应及时补充。 2、将二抗反应液、检测液A和B加够当天的用量。二抗反应液放于1~6号相应的位置内，检测液A和B 分别放置于11和12号位。（不同批号试剂盒中相同批号的反应液和检测液A、B可以合并使用） 三、定标和质控：当使用新的批号试剂盒时，要进行定标和质控。 1、输入浓度值：点击【工作设置】→【试剂盒信息】→【添加试剂盒】→输入新的批号并选择项目→【确认】→【标准品浓度】→选择所添加的试剂盒，之后在右边界面出现标准品1~5和质控品的浓度修改界面，然后按照浓度表修改浓度或者扫描二维码输入浓度→【修改】。 2、定标液和质控液准备：分别用200μL蒸馏水复溶标准品5-1和质控品，将复溶后的校准品5-1和质控品各取200μL按照顺序加到各反应杯中。 3、校准品申请：【日常操作】→【定标质控申请】，选择要定标的芯片种类，试剂盒批号等→【确认申请】 三、样本准备： 1、根据血清数量将相应数量的空反应杯放置于杯架上； 2、用纯水按1：9稀释Mak处理液，之后每个杯子中加入20μL稀释后的Mak处理液； 3、按照一定顺序向杯子中加入180μL的血清，并与反应杯中的Mak处理液混匀。 四、样本申请：点击【日常操作】→【样本申请】→单击检查项目列表中所要检查的项目→在试剂盒批号的下拉菜单中选择对应批号→输入患者姓名、性别等信息→录入下一个样本信息（当最后一个样本血清信息录入完毕之后，点击完成申请） 五、仪器启动： 1、人工放芯片程序
图Ⅸ-1 整体骨骼侧面观The skeleton. Lateral view 图Ⅸ-2 整体骨骼背面观The skeleton. Dorsal view 1 背肋dorsal rib 2 胸椎thoracic vertebra 3 颈椎cerical vertebra 4 顶间骨interparietal bone 5 顶骨parietal bone 6 额骨frontal bone 7 鼻骨nasal bone 8 锁骨clavicle 9 肩胛骨scapula 10 肱骨hemerus 11 髌骨patella 12 腰椎lumbar vertebra 13 荐椎sacral vertebra 14 尾椎caudal vertebra 15 坐骨ischium 16 髂骨ilium 17 股骨femur 18 腓骨fibula 19 胫骨tibia 20 跖骨metatarsal bone 21 趾骨digital bone 22 胸肋sternal rib 23 头骨skull 24 指骨digital bone 25 桡骨radius
图Ⅸ-3 背柱背面The vertebral column. Dorsal aspect 1 枢椎axis 2 胸椎thoracic vertebra 3 第II 胸椎I Ith thoraac vertebra 4 第1 腰椎I st lumbar vertebra 5 第 6 腰椎6th lumbar vertebra 6 耻骨pubis 7 闭孔obturator foramen 8 寰椎atlas 9 第7 颈椎seventh cervical vertebra 10 胸肋sternal rib 1l 背肋dorsal rib 12 第4 腰椎4th lumbar 13 髂骨ilium 14 荐椎sacral vertebra 15 坐骨ischimn 16 尾椎caudal vertebra
基因表达谱测序 背景介绍 基因表达谱分析利用HiSeq 2000高通量测序平台对mRNA进行测序，获得10M读长为49nt的原始reads，每一个reads可以对应到相应的转录本，从而研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱分析要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点，能很好的替代以往的数字化表达谱分析。 技术路线
生物信息学分析 送样要求 样品要求 1. 所需Total RNA 的量均不少于 20μg/文库，Total RNA 可以保存在DEPC 处理过的水中、75%的乙醇、异丙醇中，具体以什么方式保存请注明。 2. 如提供实验材料为动物组织材料，样品质量需大于2g ； 3. 如提供实验材料为植物样品，样品质量需大于4g ； 4. 如提供实验材料为培养细胞，请提供1×107培养好的细胞； 5. 如提供实验材料为血液样品，请提供≥2ml 的样品。 我们强烈建议在送样的同时客户做好备份，以备后续实验之用。 样品纯度要求 1. OD 260/OD 280在1.8- 2.0之间，RNA 无降解、28S 和18S 核糖体RNA 条带非常亮且清晰（其
大小决定于用于抽提RNA的物种类型），28S的密度大约是18S的2倍；Agilent 2100检测仪分析RNA完整性数据RIN≥8。 2. 无蛋白质、基因组DNA污染，如有污染请去蛋白并进行DNase I处理。 请提供至少一种样品的凝胶电泳或者Agilent 2100检测仪检测图片，并注明其浓度、体积、OD260/OD280、溶剂名称、制备时间、物种来源以及特别备注。最终以我方定量、质检为准。 样品采集 为了保证提取RNA的完整性，确保后续实验的顺利进行，请务必确保样品的新鲜，对于如何确保样品的新鲜针对不同的样品获取材料的方法如下： 1. 动物组织：从活体上迅速的取下组织（切成黄豆粒大小的块状），每切成一个黄豆粒大小的块状立即放入液氮中，重复上述操作，直至足够提取总RNA的量；准备一个50ml的离心管，做相应的标记（样品名称、编号、客户姓名、时间），最好既在管盖上做好标记，也在管壁上做好相应的标记，先放入液氮中预冷2-3min，拿出离心管（离心管的下部分还是保持在液氮中），打开离心管的盖子，将液氮中黄豆粒大小的块状收集进离心管中。 2. 植物组织： （1）如所采集的是果实、麦穗等体积偏大的样品，收集样品请参照1.动物组织取样方法；（2）如采集的是叶片等体积偏小的样品，请尽量采集嫩叶、幼芽等，每采集一片叶片立即放入液氮中，直至足够提取总RNA的量，后续操作请参照动物组织的采集。 （3）如是植物的花，在采集花骨朵的时候请尽量不要采集到花萼、叶片等，每采集一个花骨朵请立即放入液氮中，直至足够提取总RNA的量；后续操作请参照动物组织的采集。3. 如提供实验材料为菌丝体，请取500μl的菌液于1.5ml离心管中，离心去上清，剩余菌丝体放入液氮或干冰中，请提供不少于5管的菌丝体。 样品运输 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。请填写完整订单，放入自封袋中与样品一起邮寄。为防止RNA的降解，请确保干冰的量足够运送到目的地。我们强烈建议在寄送RNA样品时将RNA保存在75%的乙醇或异丙醇中。 如是特殊样品，关于送样量和保存问题请与我们联系沟通，以便双方共同协商解决。 提供结果 根据客户需求，提供不同深度的信息分析结果。
小鼠表达谱芯片及服务 热点推荐 芯片名称：Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K HOT！ 芯片介绍：安捷伦基于G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片。涵盖39,430 条Entrez Gene RNAs 外，及16,251条lincRNA。除了检测蛋白编码RNA表达量变化，还能检测非编码lincRNA 的表达量变化。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 37；Ensembl Release 55；Unigene Build 176；GenBank (April 2009)；RIKEN 3。lincRNA探针是Agilent和John Rinn 实验室（麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所）共同设计的。 Agilent 小鼠表达谱芯片服务 芯片名称：Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K NEW！ 芯片介绍：安捷伦基于G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片。涵盖39,430 条Entrez Gene RNAs 外，及16,251条lincRNA。除了检测蛋白编码RNA表达量变化，还能检测非编码lincRNA 的表达量变化。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 37；Ensembl Release 55；Unigene Build 176；GenBank (April 2009)；RIKEN 3。lincRNA探针是Agilent和John Rinn 实验室（麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所）共同设计的。 芯片推荐：Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray（4×44K） 芯片介绍：Agilent小鼠全基因组表达谱芯片，真正代表小鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本，代表了超过41,174 个小鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于UCSC、NIA、RefSeq、Ensembl、Unigene和RIKEN等数据库，而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。 Affymetrix 小鼠表达谱芯片服务 芯片名称：GeneChip Mouse Genome 430 2.0 Array 详细介绍：涵盖了39,000个转录本，代表34,000个的小鼠基因。序列信息基于GeneBank、dbEST、RefSeq，The sequence clusters 在UniGene database (Build 107, June 2002)创建，并通过了Whitehead Institute for Genome Research (MGSC, April 2002)小鼠基因组进行了分析比较。 芯片推荐：Affymetrix GeneChip HT MG-430 PM Array Plate 芯片介绍：该款芯片信息与Affymetrix 小鼠基因组430 2.0芯片相同。涵盖了39,000个转录本，代表34,000个的小鼠基因。序列信息基于GeneBank、dbEST、RefSeq，The sequence clusters 在UniGene database (Build 107, June 2002)创建，并通过了Whitehead Institute for Genome Research (MGSC, April 2002)小鼠基因组进行了分析比较。 Phalanx小鼠表达谱芯片及服务 芯片名称：Phalanx MOA V5 Mouse OneArray? 芯片介绍：源自台湾工业研究院专利生产技术，依据美国食品药品管理局（FDA）制定的生物芯片质量评估标准MAQC计划规范，总探针数27,294个，基因探针数26,423个，参考数据库：RefSeq release 42；Ensemble release 59。 Illumina小鼠表达谱芯片服务 芯片推荐：Illumina Mouse WG-6 expression beadchips
蛋白生物芯片检测 系统
蛋白生物芯片检测系统 资格预审文件 永川区公共资源招投标交易中心受永川区计生集爱医院的委托，根据区财政局下达的采购计划（08A152），对该单位申请采购的蛋白生物芯片检测系统1台（预算10.5万元）实施邀请招标。现对供应商的投标资格进行资格预审，欢迎符合条件的商家报名。资质要求： 1、具有独立承担民事责任的能力； 2、具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度； 3、具有履行合同所必须的设备和专业技术能力； 4、有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录； 5、参加政府采购活动前三年内，在经营活动中没有重大违法记录。 二、提供的证明材料（复印件加盖参与投标方单位公章）： 投标人必须是在中华人民共和国境内注册并取得营业执照的独立法人；注册资金≥50万元，并提供有效的《医疗器械经营企业许可证》、《企业法人营业执照》、《税务登记证》、《法人组织机构代码证》复印件； 投标人必须是所投产品的制造商，或者是取得制造商授权的代理商，投标人是制造商的必须具备《医疗器械生产企业许可证》、是授权代理商的必须具备《医疗器械经营企业许可证》，
所投医疗器械产品必须具备《医疗器械注册证》（含医疗器械产品注册登记表）； 以上均为必备条件，如有一项未提供视作不具备资格。所提供的材料必须在有效期内，如有年检要求的，须有年检标志。 三、招标项目技术参数 1．设备用途说明：该设备可用于以下生物芯片的检测 *（1）生殖道感染（HPV） （2）孕期感染TORCH (3)唐氏综合症产前筛查(提供测试芯片注册证) (4)心肌梗塞联检 (5)幽门螺杆菌(提供测试芯片的新药证书或注册证) 2．设备配置包括：生物芯片分析仪、计算机、打印机、专用分析 软件、生物芯片诊断系统软件 3．技术指标： 1)产品重复性：CV≤2%； 2)产品不稳定性：≤3%
基因表达谱芯片的数据分析(2012-03-13 15:25:58)转载▼ 标签：杂谈分类：生物信息 摘要 基因芯片数据分析的目的就是从看似杂乱无序的数据中找出它固有的规律, 本文根据数据分析的目的, 从差异基因表达分析、聚类分析、判别分析以及其它分析等角度对芯片数据分析进行综述, 并对每一种方法的优缺点进行评述, 为正确选用基因芯片数据分析方法提供参考. 关键词: 基因芯片; 数据分析; 差异基因表达; 聚类分析; 判别分析 吴斌, 沈自尹. 基因表达谱芯片的数据分析. 世界华人消化杂志2006;14(1):68-74 https://www.doczj.com/doc/1516394589.html,/1009-3079/14/68.asp 0 引言 基因芯片数据分析就是对从基因芯片高密度杂交点阵图中提取的杂交点荧光强度信号进行的定量分析, 通过有效数据的筛选和相关基因表达谱的聚类, 最终整合杂交点的生物学信息, 发现基因的表达谱与功能可能存在的联系. 然而每次实验都产生海量数据, 如何解读芯片上成千上万个基因点的杂交信息, 将无机的信息数据与有机的生命活动联系起来, 阐释生命特征和规律以及基因的功能, 是生物信息学研究的重要课题[1]. 基因芯片的数据分析方法从机器学习的角度可分为监督分析和非监督分析, 假如分类还没有形成, 非监督分析和聚类方法是恰当的分析方法; 假如分类已经存在, 则监督分析和判别方法就比非监督分析和聚类方法更有效率。根据研究目的的不同[2,3], 我们对基因芯片数据分析方法分类如下: (1)差异基因表达分析: 基因芯片可用于监测基因在不同组织样品中的表达差异, 例如在正常细胞和肿瘤细胞中; (2)聚类分析: 分析基因或样本之间的相互关系, 使用的统计方法主要是聚类分析; (3)判别分析: 以某些在不同样品中表达差异显著的基因作为模版, 通过判别分析就可建立有效的疾病诊断方法. 1 差异基因表达分析(difference expression, DE) 对于使用参照实验设计进行的重复实验, 可以对2样本的基因表达数据进行差异基因表达分
附件5 生物芯片类检测试剂注册技术审查指导原则 一、前言 本指导原则主要针对生物芯片类检测试剂的主要原材料、生产工艺及反应体系、产品质量控制等环节提出指导性技术要求。 本指导原则系对生物芯片类检测试剂的一般要求，申请人应依据产品特性确定其中的具体内容是否适用，若不适用，需详细阐述其理由及相应的科学依据。 本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件，但不包括注册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但是需要提供详细的研究资料和验证资料。应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。 本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制订的，随着法规和标准的不断完善、科学技术的不断发展，其相关内容也将进行适时的调整。 二、适用范围 根据芯片制作的主要原料和方法，生物芯片可分为核酸芯片、蛋白芯片、细胞芯片、组织芯片等。本指导原则是针对核酸和蛋白为检测靶分子生物芯片的注册技术审查指导原则，其他类型靶分子检测的芯片诊断试剂可参考本指导原则。 三、基本要求 （一）基本原则 1.试剂研制、生产用各种原料、辅料等应制定相应的质量标准，并符合有关法规的要求。
2.试剂生产企业应具备相应的专业技术人员、仪器设备以及适宜的生产环境，获得《医疗器械生产许可证》；同时，应按照《体外诊断试剂生产实施细则（试行）》的要求建立相应的质量管理体系，形成文件和记录，加以实施并保持有效运行；还应通过《体外诊断试剂生产企业质量管理体系考核评定标准（试行）》的考核。 3.生物芯片类试剂在研制时，应当按照科学、规范的原则组织研发，各反应条件的选择和确定应符合基本的科学原理。 4.试剂研制、生产过程中所用的物料及工艺，应充分考虑可能涉及的安全性方面的事宜。 5.生产和质量控制的总体目标：保证试剂使用安全、质量稳定、工艺可控、检测有效。 （二）原材料质量控制 1.核酸检测芯片 核酸芯片检测时，从生物样本中提取的核酸可用荧光标记、金标记和酶标记；检测方法包括光谱学方法和化学显色。下面为荧光标记芯片技术指导原则，采用金标记和酶联显色等的生物芯片诊断试剂可参照核酸芯片和蛋白芯片相关部分。 （1）主要生物原料 核酸检测芯片的主要生物原料包括模板DNA、dNTPs、引物、探针、标记物等。主要生物原料若为企业自己生产，其工艺必须相对稳定，企业应按照工艺要求对这类生物原料进行质量检验，以保证其达到规定的质量标准；若购买，其供应商要求相对固定，不能随意变更供应商，同时，供应商应提供相应的质量保证证明和相应的质检报告，达到生产规定的质量标准。如果主要原料（包括工艺）或其供应商有变更，应依据国家相关法规的要求进行变更申请。
第24章 基因表达谱分析的生物信息学方法 思考与练习参考答案 1．据教材表24–3提供的数据信息可以构建一棵决策树，请利用最大信息增益方法写出如何选出根结点中用于分割的特征。 教材表24-3 天气情况与是否去打球的关系数据集 注：该信息表示根据天气情况决定是否出去打球，数据集共包含14个样本，两个类别信息（Yes 、No ），每个样本包含3 个特征信息（Outlook 、Temp 、Windy ）。 解：计算用每一个特征进行分割时所获取的信息增益，取信息增益最大的那个特征作为分割特征，以Outlook 特征为例计算（参照练习图24-1） 练习图24-1 同Outlook 特征进行分割所获得的信息增益 )14 9 log 149145 log 145()(220+-=S H
)5 2 log 5253 log 53()(2211+-=S H 0)4 4 log 44()(212=-=S H )52 log 5253 log 53()(2213+-=S H )(14 5 )(144)(145)(1312111S H S H S H S H ++= infor-gain （Outlook ）=)()(10S H S H - 同理，计算其他两个特征的信息增益，最后从三个值中选取最大的一个对应的特征作为根结点的分割特征。 2．请从https://www.doczj.com/doc/1516394589.html,/上下载一原始未经标准化的表达谱数据，并对该数据进行如下分析： （1）对数据进行标准化处理。 （2）对数据进行分类分析。 （3）分别对基因和样本进行聚类分析。 （4）选择特征基因。 （答案略）
图Ⅷ-1整体骨骼侧面观The skeleton. Lateral View 图Ⅷ-2整体骨骼左前面观The skeleton. Left anterior view 1肋骨rib 2胸椎thoracic vertebra 3颈椎cervical vertebra 4颅骨cranium 5肩胛骨scapula 6肱骨hiimeius 7桡骨radius 8尺骨ulna 9掌骨metacarpal bone 10指骨digital bone 11腰椎lumbar vertebra 12髂骨ilium 13尾骨coccyx 14股骨femur 15髌骨patella 16腓骨fubula 17胫骨tibia 18跖骨metatarsal bone 19趾骨digital bone
图Ⅷ-4头骨侧面The skull. Lateral aspect
图Ⅷ-6下颌骨侧面The mandible. Lateral aspect
1枕骨occipital bone 2顶间骨interparietal bone 3矢状缝sagittal suture 4颧骨malar bone 5上颌骨maxillary bone 6前颌骨premaxillary bone 7枕外嵴external occipital creat 8顶骨parietal bone 9额骨frontal bone 10鼻骨nasal bone 11鼻间缝internasal suture 12前筛孔preethmoid pore 13蝶腭孔sphenopalatine foramen 14门齿 incisor tooth 15下颌骨mandible 16视神经孔optic foramen 17枕骨occipital bone 18茎突styloid process 19外耳道external acoustic meatus 20颞骨temporal bone 21 腭裂patoschisis 22臼齿molar tooth 23腭骨palatine bone 24翼孔pterygoid apertures 25破裂孔foramen lacerum 26枕大孔foramen magnum 27腭后孔posterior palatine foramen 28鼻后孔posterior nasal apertures 29卵圆孔foramen ovale 30鼓骨tympanic bone 31舌下神经孔hypoglossal foramen 32下颌联合mandibular symphysis 33颏孔mental foramen 34冠状突coronoid process 35下颌支ramus of mandible 36角状突process of horn 37下颌孔mandibular foramen 38翼肌窝pterygoid fossa 39髁突condylar process
津沪合作开发肿瘤基因表达谱芯片 肿瘤的治疗将实现：取患者的血液或者一小块肿瘤组织通过“肿瘤分型基因表达谱芯片”，将其的基因与人类基因组比对，找到发生改变的肿瘤相关基因后，再有针对性地制定个体化的治疗方案。这是记者6月1日在本市举行的“肿瘤分型基因表达谱芯片合作开发签字仪式”上获悉的。中国抗癌协会理事长、天津医科大学附属肿瘤医院院长郝希山院士，国家人类基因组南方研究中心赵国屏院士代表双方签字。天津市科委副主任陈养发，教委副主任荆洪阳，天津医科大学副校长姚智出席签字仪式并讲话。天津医科大学附属肿瘤医院党委书记王平、天津市科委、教委、天津医科大学肿瘤医院及上海生物芯片有限公司相关人员出席了签字仪式。天津医科大学附属肿瘤医院副院长王瑛主持了签字仪式。 市委常委、市教卫工委书记陈超英会见了来津参加签字仪式的赵国屏院士一行。陈超英在会见中指出，生命科学是当今世界发展最快的一门科学，生物产业不仅是新的经济增长点，更与社会发展、人类健康密切相关，生物芯片作为新兴的生物技术，发挥着越来越重要的作用。天津始终瞄准世界生物技术发展的前沿，把其列为滨海新区重点发展与建设的领域。此次津沪双方强强联合，搭建起一个前瞻性平台，为合作开展高水平生物技术研发起到重要的示范作用，并将加快天津生物技术发展步伐，推动生物医药产业升级，创造良好的社会效益和经济效益。 恶性肿瘤是一种全身性的疾病，其发生可以分为启动、促进和进展等多阶段的逐步演变过程，每一个发展阶段都由外因或内因引起不同基因的改变，即基因突变。国家中长期科技发展规划、创新型人类全基因组计划完成以后，为恶性肿瘤的诊治研究提供了一个新的平台。利用全基因组扫描的方法，可以全面的揭示恶性肿瘤的病因，了解遗传因素和环境因素对恶性肿瘤的影响，对肿瘤的诊断、治疗及预防干预等领域带来革命性的进步。 由天津医科大学附属肿瘤医院和上海生物芯片有限公司将共同研发具有我国自主知识产权的“肿瘤分型基因表达谱芯片(C12芯片)”。研究目标是运用生物芯片技术，采用全基因组扫描的方法，对肿瘤恶性程度、分子分型和转移情况，以及患者预后和复发作出判断，筛选肿瘤早期诊断和预测预后的分子标志物，实现肿瘤的早期诊断和早期治疗；对患者术前、
图Ⅸ-1整体骨骼侧面观The https://www.doczj.com/doc/1516394589.html,teral view 图Ⅸ-2整体骨骼背面观The skeleton.Dorsal view 1背肋dorsal rib 2胸椎thoracic vertebra 3颈椎cerical vertebra 4顶间骨interparietal bone 5顶骨parietal bone 6额骨frontal bone 7鼻骨nasal bone 8锁骨clavicle9肩胛骨scapula10肱骨hemerus11髌骨patella12腰椎lumbar vertebra 13荐椎sacral vertebra14尾椎caudal vertebra15坐骨ischium16髂骨ilium17股骨femur18腓骨fibula19胫骨tibia20跖骨metatarsal bone21趾骨digital bone22胸肋sternal rib23头骨skull24指骨digital bone25桡骨radius
图Ⅸ-3背柱背面The vertebral column.Dorsal aspect 1枢椎axis2胸椎thoracic vertebra3第II胸椎I Ith thoraac vertebra4第1腰椎I st lumbar vertebra5第6腰椎6th lumbar vertebra6耻骨pubis7闭孔obturator foramen8寰椎atlas9第7颈椎seventh cervical vertebra10胸肋sternal rib1l背肋dorsal rib12第4腰椎4th lumbar13髂骨ilium14荐椎sacral vertebra15坐骨ischimn16尾椎caudal vertebra
康成生物全基因组表达谱芯片技术服务 康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作, 并提供完整的实验报告。根据您的需要您可选择不同厂家提供的全基因组表达谱芯片，包括Phalanx , Agilent和NimbleGen。 Phala nx 全基因组表达谱芯片 华联生物科技开发的标准规格的高密度基因组芯片(Phalanx Whole Genome Microarray)在开发过程中透过台湾工业技术研究院与英国 Sanger Institute等国外权威研究机构合作，从设计到生产再到实验的各个步骤中均执行严格标准，采用创新技术，广泛吸收现有芯片的优点，使得其生产的高密度基因组芯片获得了优异的国际品质。康成生物为您提供华联生物高密度基因组芯片及全程技术服务。 Phalanx Slide TM专利片基处理技术 华联生物的高密度基因组芯片，探针设计采用台湾工业技术研究院特有探针设计软件平台( Integrated Massive Probes Optimal Recognition Tool ，IMPORT )。在芯片的制作过程中，华联生物应用表面化学专利技术( PhalanxSlide TM Technology )对片基表面进行处理，使得片基与寡核苷酸探针的亲和活力更高，背景噪音更低，点阵的均一性更强。 高速的PhalanxArray探针布放技术 华联生物在点样过程中，采用非接触式基因探针布放技术，并以方阵基因探针高速布放技术(PhalanxArray Technology)之优势，大量生产。PhalanxArray 同时使用196个排列整齐的PhalanxJets，在一张芯片上布放39，200个均一的探针。PhalanxArray能够布放多达1，000，000张高 密度芯片，布放效率和产量是目前市场上一般芯片布放系统的100倍。 先进的PhalanxJet TM专利点样技术 华联生物开发出独特的PhalanxJet TM系统，结合其先进的非接触式基因探针布放技术和专利的片基处理技术，保证了探针布放的高重复性。尤其重要 的是，PhalanxJet TM系统可以最大限度的避免探针布放中可能的探针交叉污染。每个单独的PhalanxJet TM包含200个独立的点样针，分别对应不同 的探针，在布放时彼此独立，不会相互干扰。 严谨的检测探针和控制探针设计 华联生物的的高密度基因组芯片，寡核苷酸探针均经过严格筛选，能特异性检测数据库中的基因，灵敏度高，特异性强。人类基因组表达谱芯片，探针 信息主要基于数据库UniGene V.175版，同时整合了各大重要数据库信息。小鼠基因组表达谱芯片，探针信息基于数据库MEEBO (Mouse Exonic Evidence Based Oligonucleotide) 。 华联生物的高密度基因组芯片，实验控制探针设计严谨，包括GAM，OGAM，CGAMs，IHCs，ITQC，ETQC等等，并且还采用了多家公司已经设计好的芯片检测探针，如SpotReport Oligo Array 验证系统，Stratagene 的Alien Oligo Array 验证系统，以及Ambion 公司的ArrayControl Sense Oligo Spots系统等等，从而全面检测样品质量，杂交反应效果，标记反应效果等。使得芯片质量与实验效果得到双重保障。 生物芯片质量评估标准MAQC规范 依据美国食品药物管理局(FDA)与国际上主要生物芯片企业协商制定的生物芯片质量评估标准MAQC计划规范，华联全基因组表达谱芯片各项指标，
1. 外观大鼠外观与小鼠相似,但个体较大。一般成年大鼠体长不小于18-20cm。尾上覆有短毛和环状角质鳞片，数量多于200片。上下颌各有两个切齿和六个臼齿，共16颗牙齿。齿式为（1003/1003）×2。 2. 大鼠骨骼约105-108块，大鼠的生长发育期长,长骨长期有骨骺存在，不骨化。切齿终生不断生长，大鼠需不断啃咬磨牙以维持其长度恒定，故垫料中应有部分小木块供其啃咬。 3. 大鼠唾液腺包括腮腺、颌下腺和舌下腺。分别位于下颌骨后缘至锁骨的腹外侧、下颌骨后缘和胸腔入口的腹侧、颌下腺口侧。颈区肩胛部间沉积的脂肪组织呈腺体状，称为冬眠腺，在产热中起着重要作用。 4. 胃由前后两部分组成，前胃为无腺区，后胃为有腺区，前后两部分由一个界限嵴分开，食管通过界限嵴的一个褶进入胃小弯，此褶是大鼠不能呕吐的原因。 5. 肠道分为十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠。其中小肠最长，约114cm（102-126），盲肠较长，约6-8cm。 6. 肝脏呈紫红色，占体重的比例大，约为体重的1/25，由四叶组成（右侧叶、中叶、左叶和尾叶）。肝脏的再生能力强,经部分肝切除术后仍可再生。成年大鼠切除肝2/3，在一周内肝脏生长最快，三周内肝脏重量可恢复到接近正常。大鼠无胆囊，各肝叶的胆管会合成胆总管，开口于十二指肠。胰脏位于胃和十二指肠的弯曲处，呈淡粉色，形状不规则，似脂肪。 7. 心脏重量约占体重的1/30-1/20，由左心房、左心室、右心房、
右心室组成。左心室发出主动脉弓，由此分出无名动脉、左颈总动脉、左锁骨下动脉。无名动脉又分出右颈总动脉和右锁骨下动脉。主动脉弓到心脏背侧沿脊柱下行，形成背主动脉，背主动脉再分支到髂部和四肢。 8. 肺脏为海绵状，淡粉色,位于胸腔中部,分为左、右两部分。左肺为一个大叶，右肺分为4叶（前叶、中叶、副叶、后叶）。 9. 肾脏呈暗红色、蚕豆状，位于腹腔背侧脊柱两侧。每侧肾都和一条白色细长的输尿管相连，输尿管下接膀胱。 10. 大鼠的神经系统与人类相似，亦包括中枢神经系统和周围神经系统两部分。中枢神经包括脑和脊髓，周围神经包括脑神经、脊神经、植物神经。脑分为大脑、间脑、中脑、小脑和延脑，大鼠的大脑很发达，中脑较小。由脑发出的神经叫脑神经，共12对。脊神经和植物神经和其它动物相似。 实验用大鼠解剖生理学 一、概述 每年约使用3千5百万只鼠应用于研究和测试。使用实验大鼠进行的研究包括老化，肿瘤neoplasia，药效与毒性，含特定菌之动物gnotobiology，龋齿的研究，脂质新陈代谢，维他命之作用，行为，酒精中毒和肝脏硬化，关节炎，苯酮尿症(phenylketonuria)，黄疸，果糖不耐症，高血压、胚胎学，畸胎畸形学，肾性尿崩症及传染性疾病等皆可使用大鼠进行研究。 二、解剖构造
基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现 1.表达谱芯片及其应用 表达谱DNA芯片（DNA microarrays for gene expression profiles）是指将大量DNA片段或寡核昔酸固定在玻璃、硅、塑料等硬质载体上制备成基因芯片，待测样品中的mRNA被提取后，通过逆转录获得cDNA,并在此过程中标记荧光，然后与包含上千个基因的DNA芯片进行杂交反应30min~20h后，将芯片上未发生结合反应的片段洗去，再对玻片进行激光共聚焦扫描，测定芯片上个点的荧光强度，从而推算出待测样品中各种基因的表达水平。用于硏究基因表达的芯片可以有两种：①cDNA芯片；② 寡核昔酸芯片。 cDNA芯片技术及载有较长片段的寡核昔酸芯片采用双色荧光系统：U前常用Cy3—dUTP （绿色）标记对照组mRNA, Cy5—dUTP （红色）标记样品组mRNAUl。用不同波长的荧光扫描芯片，将扫描所得每一点荧光信号值自动输入计?算机并进行信息处理，给出每个点在不同波长下的荧光强度值及其比值（ratio值），同时计算机还给出直观的显色图。在样品中呈高表达的基因其杂交点呈红色，相反，在对照组中高表达的基因其杂交点呈绿色，在两组中表达水平相当的显黄色，这些信号就代表了样品中基因的转录表达情况⑵。 基因芯片因具有高效率，高通量、高精度以及能平行对照研究等特点，被迅速应用于动、植物和人类基因的研究领域，如病原微生物毒力相关基因的。基因表达谱可直接检测mRNA的种类及丰度，可以同时分析上万个基因的表达变化，来揭示基因之间表达变化的相互关系。表达谱芯片可用于研究：①同一个体在同一时间里，不同基因的表达差异。芯片上固定的已知序列的cDNA或寡聚核昔酸最多可以达到30 000多个序列，与人类全基因组基因数相当，所以基因芯片一次反应儿乎就能够分析整个人的基因⑶。②同一个体在不同时间里，相同基因的表达差异。 ③不同个体的相同基因表达上的差异。利用基因芯片可以分析多个样本，同时筛选不同样本（如肿瘤组织、癌前病变和正常组织）之间差异表达的基因，这样可以避免了芯片间的变异造成的误差⑷。张辛燕⑸ 等将512个人癌基因和抑癌基因的cDNA用点样仪点在特制玻片上制成表达谱芯片，对正常人卵巢组织及卵巢癌组织基因表达的差异性进行比较研究，结果发现在卵巢癌组织中下调的基因有23个，上调的基因有15个，初步筛选出了卵巢癌相关基因。Lowe⑹等利用胰腺癌、问充质细胞癌等组织的cDNA制备基因芯片，筛选到胰腺癌细胞中高表达的基因，为医疗诊断、病理研究及新药设计 奠定基础。 2.表达谱芯片的数据处理技术
液相蛋白芯片技术 液相蛋白芯片技术由美国纳斯达克上市公司Luminex研制开发并于2O 世纪9O年代中期发展起来，是在流式细胞技术、酶联免疫吸附试验(enzy me linked immunosorbent assay，ELISA)技术和传统芯片技术基础上开发的新一代生物芯片技术和新型蛋白质研究平台。液相蛋白芯片技术推动了功能基因组时代的蛋白质研究，相关的仪器、分析软件以及试剂盒研发备受瞩目并已形成一定的市场规模。现拟对该技术的基本原理、技术特点及其在免疫诊断和分析领域的研究和应用情况进行综合介绍。 一、液相蛋白芯片技术的基本原理 传统的蛋白芯片技术是将蛋白质分子有序地固定在滤膜、滴定板和载玻片等固相载体上，用标记了特定荧光抗体的蛋白质等生物分子与芯片作用，再利用荧光或激光扫描技术测定其荧光强度，通过荧光强度分析蛋白质与蛋白质的相互作用，从而达到研究蛋白质功能或免疫诊断的目的。但固相载体难于维持蛋白质的天然构象，不利于蛋白质功能研究。 液相芯片技术在国际上被称之为xMAP(flexible MultilyteProfili ng)技术，其核心技术是乳胶微球包被、荧光编码以及液相分子杂交。液相芯片体系以聚苯乙烯微球 ( beads ) 为基质，微球悬浮于液相体系，每种微球可根据不同研究目的标定上特定抗体或受体探针，可对同一样品中多个不同的分子同时进行检测。微球表面可进行一系列修饰以适合固定各
种蛋白、多肽或核酸等生物分子。xMAP技术可应用于蛋白或核酸的功能及其相互作用研究，分别称之为液相蛋白芯片技术和液相基因芯片技术。 液相蛋白芯片体系主要包括微球、蛋白探针分子、被检测物和报告分子四种成分。在液相系统中，为了区分不同的探针，每一种用于标记探针的微球都带有独特的色彩编码，其原理是在微球中掺入不同比例的红色分类荧光及发色剂，可产生100种颜色差别的微球，可标记上100种探针分子，能同时对一个样品中多达100种不同目标分子进行检测。反应过程中，探针和报告分子都分别与目标分子特异性结合。结合反应结束后，使单个的微球通过检测通道，使用红、绿双色激光同时对微球上的红色分类荧光和报告分子上的绿色报告荧光进行检测，可确定所结合的检测物的种类和数量。 二、液相蛋白芯片技术的特点 液相蛋白芯片技术有机地整合了微球、激光检测技术、流体动力学、高速的数字信号处理系统和计算机运算功能，不仅检测速度极快，而且在免疫诊断以及蛋白质分子相互作用分析方面，其特异性和敏感性往往也超越常规技术。其技术特点可归纳如下。 1、反应快速，灵敏度高。反应环境为液相、微球上固定的探针与待检样品均在溶液中反应，其彼此间碰撞几率与速度相对于固相芯片或ElISA等反应模式，可增加10倍以上，因此可提高反应速度及灵敏度。抗原---抗体
基因表达谱聚类分析 [ 文章来源：| 文章作者：| 发布时间：2006-12-21| 字体：[大中小] 学习过程可以采用从全局到局部的策略。采取这种策略时，学习初期可设定较大的交互作用半径R ，随着学习过程的不断推进，逐步减小R ，直至不考虑对邻近单元的影响。邻域的形状可以是正方形或者圆形。 KFM 的聚类结果与K 均值相似，它的优点是自动提取样本数据中的信息，同时也是一种全局的决策方法，能避免陷入局部最小，缺点在于必须实现人为设定类的数目与学习参数，而且学习时间较长。KFM 方法克服了K- 均值聚类的一些缺点：它应用类间的全局关系，能提供大数据集内相似性关系的综合看法，便于研究数据变量值的分布及发现类结构。而且，它具有更稳健更准确的特点，对噪声稳定，一般不依赖于数据分布的形状。 8.4.2.5 其它聚类方法 聚类方法是数据挖掘中的基本方法，数据挖掘的方法很多，在基因表达谱的分析中，除了以上常用方法外，还有一些其它的方法。由于对聚类结果尚没有一种有效的方法进行评价，尤其是对聚类结果的进一步生物学知识发现尚没有新的分析思路和成功应用，因此，科学家们在不断地研究一些新方法。这些方法有不同的原理，能够提取不同数据特征，有可能对具体的数据得到更有意义的结果，发现更多的生物学知识。这里，简单介绍这些方法的原理，更详细的介绍请参看相关文献。 (1)模糊聚类分析方法:这是一种模拟人类的思维方法，通过隶属度函数来反映某一对象属于某一类的程度。基本思路是计算两两基因表达谱之间的相似性程度，构建模糊相似矩阵，利用模糊数学中的传递闭包计算方法得到模糊等价矩阵，选择不同的置信水平从模糊等价矩阵中构建动态聚类图。对于特定的置信水平，可以实现对基因表达谱的分类。该方法的优点是利用了模糊数学中的隶属度概念，能够更好的反映基因表达谱之间的相互关系，而且它是一种全局的优化方法，与向量的顺序无关。 (2)模糊C均值算法:该方法同样将模糊数学中的隶属度概念引入到常用的K 均值聚类方法中。对于K 均值算法，一个基因表达谱所属的类只有一个，因此，它与各类别的关系要么是 1 ，要么是0 ，即属于或不属于某一类。而对于模糊 C 均值法，一个基因表达谱是否属于某一类，是以隶属度来确定第i 个样本属于第j 类的可能性。最终的聚类结果取决于分析的目的，可以根据最大隶属度来确定基因表达谱的分类，即一个基因表达谱只属于一类；但往往是确定隶属度的阈值，只要大于该阈值，就可以将基因表达谱划分为该类，这样的划分结果是一个基因表达谱可以属于多个类，这也是可以被生物学家接受的。模糊 C 均值法与K 均值法的实现过程基本相同，所不同的是对于